Чсв расшифровка человека: «Каких девушек называют ЧСВ?» — Яндекс Кью

Содержание

«Каких девушек называют ЧСВ?» — Яндекс Кью

как расшифровывается аббревиатура и что означает в интернете

» или слово « «, но и сокращённых аббревиатур.

Одна из таких аббревиатур — ЧСВ. В этой статье рассмотрим ЧСВ — что значит эта аббревиатура и устное её использование при общении.

Также как и «кек», ЧСВ является распространённым интернет-мемом, который люди используют, в основном, при общении в социальных сетях. Данное сокращение принимает два, очень близких друг-друг, значения. Это «Чувство Собственной Важности» и «Чувство Собственного Величия».

«Чувство Собственной Важности» и «Чувство Собственного Величия» (ЧСВ)

«Чувство Собственной Важности» или «Чувство Собственного Величия» (ЧСВ) — это чувство превосходства над чем-либо или кем-либо, чувство повышенной значимости самого себя, своих действий и поступков, не отражающего реальной картины происходящего. Концепцию ЧСВ использовал Карлос Кастанеда во многих своих книгах. Дон Хуан потратил много времени и усилий на разъяснение значения понятия ЧСВ, так как оно является чрезвычайно ёмким.

Используя все объяснения, который даём нам дон Хуан, ЧСВ имеет такое описание и значение:
«Данное чувство изначально не присуще человеку, оно привносится в человека снаружи. Заставляя конкретного человека в течении всей жизни, то есть постоянно, проверять собственную значимости и важность, жизненные ценности этого человека меняются. Результаты подобных проверок выдвигают на первое место, среди всех жизненных ценностей человека, ценности, которые удовлетворяют его ЧСВ. При этом не удовлетворяющие ЧСВ ценности — отодвигаются на второй план или вовсе отбрасываются.

К сожалению, в раздел понятий не удовлетворяющих ЧСВ (неважных) в результате попадает даже сама жизнь человека. Чтобы не утратить ЧСВ человек готов пойти на любую глупость и даже смерть. При этом ЧСВ деструктивно и кроме вышеуказанной переоценки самого себя не несёт существенных изменений в способностях и жизни человека. Главной предпосылкой достижения чувства воина, а также принятия ответственности за свои свои поступки и стирание личной истории, является потеря чувства собственной важности или величия. Понятие ЧСВ выделено во многих книгах, особенно в третьей книге «Путешествие в Икстлан».

Таким образом, часто используя понятие ЧСВ в интернете, само понятие ЧСВ стало распространенным интернет-мемом, характеризующем людей, которые чрезмерно демонстрируют и преувеличивают перед окружающими свою важность и значимость своей персоны в глазах других людей и сообщества в целом.

Симптомы и характеристики ЧСВ

Характеристиками и симптомами ЧСВ являются:

излишняя или исключительная самовлюблённость и эгоизм
преувеличение своих талантов и своей роли

демонстративное поведение

Увидев подобные симптомы, можно с уверенностью диагностировать у человека ЧСВ.

Афоризмы и фразы людей с ЧСВ

Люди с ЧСВ часто употребляют подобные афоризмы и выражения:

Я Д’Артаньян, а вы все п*дарасы
Мне на всех пофиг, я делаю своё дело и так, как считаю нужным (если произносится вне связи с чем-либо)
У меня +100500 правок каждого поста на форуме, при переписке
У меня значительный вклад в статьях, а ты флудер и троль
и так далее.

Как и когда используется ЧСВ

Наиболее часто ЧСВ применялось к таким деятелям, как Артемий Лебедев, Варракс, Катя Гордон, Ярослав Золотарёв, Димитрий Подковыров и так далее. Также ЧСВ приписывается активистам Википедии, которые в википроектах часто совершали самопиар — Аюз, Погребной-Александров и Голдберг.

Аббревиатуры, вроде как, полезный предмет — можно при помощи пары букв выдать сразу целое предложение. Очень удобно в плане административного управления, не приходится по десять раз перечислять все регалии какого-то заведения, когда их можно сократить до 7-8 букв и пустить одной строкой. Но вот в повседневном общении — беда, особенно когда пишут, что ты «ЧСВ». Как расшифровывается сокращение, приходится уже искать в сети, и так сразу не ответишь.

Как расшифровывается ЧСВ?

В самой аббревиатуре всего три буквы, так что запутаться сложно:

Ч — чувство.
С — собственной.
В — важности.

Это действительно старое сокращение и уже лет десять назад в сети его активно использовали, во всяком случае, в узких кругах. Но раньше его хоть правильно применяли «на практике»:

У тебя ЧСВ слишком высокое.
Непомерное ЧСВ, как у представителя «голубых кровей».
Твое ЧСВ может достать до Луны, а может даже и до Марса.
Машка, конечно, симпатичная зараза, но ЧСВ у нее до небес.

Но с годами что-то изменилось, что-то пошло не так и три буквы стали использовать уже даже не как сокращение, а в качестве какого-то определения. Сегодня вполне реально услышать:

Ты ЧСВ.
Ну он и ЧСВ.
Паша на самом деле ЧСВ-дурак.

Как бы изначальное значение не изменилось, речь все еще идет о раздутом самомнении. Но новый вариант применения кажется уже каким-то совсем не литературным, не подходит расшифровка.

Что такое ЧСВ в ВК?

Это намек на ваше раздутое чувство важности, по мнению собеседника.
Человек негативно настроен и склонен к конфронтации.
Стоит прислушаться к замечанию, если оно звучит не первый раз и от разных людей.
Вполне допустимо как-то едко ответить.

Но если у человека уже сформировалось определенное мнение, переубедить его будет сложно или практически невозможно. Любой дальнейший поступок будет трактоваться, как попытка сохранить ощущение собственной важности, ну та же защита своего ЧСВ.

С другой стороны, зачем пытаться оправдываться в глазах каждого встречного, иногда проще немного откорректировать свой круг общения и все вернется на круги своя. Если человек относительно вас предубежден, это только его проблемы и его неадекватное восприятие окружающего мира. Вы же не врач, чтобы лечить всех от их недугов.

Почему все не любят ЧСВ?

Иногда собеседник действительно «сильно много на себя берет». Здесь стоит запомнить пару вещей:

Человек ведет себя ровно так, как ему позволяют себя вести.
Если знакомый или знакомая пытается вытереть об вас ноги, значит, раньше вы активно подставляли себя в качестве этой самой тряпки.
Сбить спесь с человека очень сложно. Самомнение может вырасти за пару дней, а потом даже долгие месяцы работы не помогут исправить ситуацию. Сдувать эго — сложная задача.
Лучше всего прекратить общение, хоть на время. Если даже этот шаг не возымел эффекта и не сработал в качестве контрастного душа — для вас человек потерян, 100%. Может, для общества тоже.

Общаться с людьми, которые внезапно решили, что они значительно лучше окружающей серой массы — задача непосильная . Иногда спасает тот факт, что у некоторых особ действительно есть какие-то поводы так думать:

Незаурядные интеллектуальные способности.
Литературный талант.
Многочисленные награды в области науки или спорта.
Признанный музыкальный талант.

Но некоторые люди лелеют свое эго, опираясь лишь на недостатки воспитания. Родители «вбили», что дите лучшее в мире и все, теперь даже будучи посредственностью, чадо будет рассчитывать на внимание со всех сторон. Такие ситуации разрешаются очень быстро и, как правило — очень большими разочарованиями и разрывом шаблонов .

Как реагировать на замечание?

Стоит ли обращать внимание на своих знакомых, которые начали упрекать в слишком высоком ЧСВ? Сначала следует задаться парочкой вопросов:

Давно ли вы знаете человека?
Собеседник всегда давал только хорошие советы?
Вам кажется, что она заботится о вашем благополучии?
Сами ощущаете, что в последнее время в поведении что-то изменилось?

Если на все заданные вопросы ответ «да», это можно расценивать как первый тревожный звоночек. Окружающую реальность необходимо воспринимать максимально объективно, чтобы не возникло каких-то серьезных разочарований. Многие неудачи случаются лишь из-за того, что человек переоценивает свои скромные способности и без должной подготовки пытается добиться недостижимых для него, на этом этапе, результатов.

Чем больше ваше эго соответствует реальной картине мира, тем больше шансов со 100% эффективностью реализовать свои ресурсы и добиться какого-то вполне реального результата.

Непомерное ЧСВ у парня

Порой отношения в формате «парень-девушка» приводят к тому, что у одного из партнеров ЧСВ взлетает до небес. Точнее, ошибки другого партнера и завышение уровня значимости приводят к такому печальному результату. В плане контактов с остальными это может практически не проявляться, но вот в отношениях гарантированно появится «комнатный тиран». Бороться в этой ситуации следует, используя даже «грязные» методы:

Продемонстрируйте человеку, что он не вершина мира. Желательно, при людях и желательно так, чтобы этот «контрастный душ» партнер не связывал с вашей персоной.
Обзаведитесь новыми контактами, покажите, что не испытываете какой-то физической или психической зависимости.
Поучаствуйте в паре проектов, продемонстрируйте результат, добейтесь публичного признания собственных успехов. Все очень вариативно, в зависимости от сферы деятельности и увлечений.
Начните вести себя абсолютно так же, не обращая внимания на чувства и потребности партнера. Хуже уже не будет.

В любом случае, раздули ЧСВ ему или ей вы самостоятельно , так что теперь своими силами придется возвращать все к норме. Или прощаться, такова жизнь.

Что значит «ЧСВ» — расшифровка

Аббревиатура ЧСВ не так уж сложна, как это может показаться:

Расшифровывается как «чувство собственной важности ».
Употребляется в сети. Но в последние пару лет сокращение стали употреблять и в реальной жизни.
Указывает на раздутое самомнение человека, его непомерное эго, несоответствующее реальным возможностям.
Не несет в себе никакого оскорбления, но обычно говорит о том, что собеседник не прочь развить конфликтную ситуацию.

Сегодня в сети, вместо того чтобы подбирать правильные слова о раздутом эго и самомнении, просто пишут — «ЧСВ ». Три простых буквы, но в чьих-то глазах это настоящее клеймо для собеседника. На самом деле, заботитесь вы о своем имидже или нет, как-то публично на такое заявление реагировать бессмысленно. Но вот пересмотреть само поведение и кое-что в нем отредактировать может и стоит.

Когда говорят о чьем-то ЧСВ, как расшифровывается аббревиатура можно спросить у самого собеседника. Это, кстати, докажет, что вы готовы признать пробелы в своих знаниях и что вероятно у вас все в порядке с этим самым ЧСВ.

Видео о значении ЧСВ

Который буквально означает «Чувство Собственной Важности ». Данный термин довольно часто можно встретить на различных молодежных интернет форумах, в социальных сетях и в сетевых играх типа: «DotA », «Counter-Strike: Global Offensive », «League of Legends » и так далее. Помимо этого, шутки про завышенное ЧСВ стали настоящим вирусным мемом, который и сейчас можно встретить на просторах интернета.

Что такое ЧСВ – расшифровка простыми словами.

Простыми словами, ЧСВ – это обычная аббревиатура () выражения «Чувство Собственной Важности», которая используется в молодежном сленге для определения уровня собственного восприятия того или иного человека. Как правило, данный термин используют в связке со словами «завышенное» или «заниженное», что в свою очередь характеризует человека как того, кто мнит себя слишком важным или недооценивает себя.

Примеры использования термина ЧСВ в речи:

— !!! Да у тебя ЧСВ завышено;
— Твое ЧСВ просто зашкаливает, будь попроще;
— Хватит повышать свое ЧСВ за счет унижения других;
— Друг, да у тебя заниженное ЧСВ. Ты явно себя недооцениваешь.

Что такое завышенное ЧСВ.

Как уже стало понятно из определения, люди с завышенным ЧСВ, это персонажи, которые считают себя слишком важными личностями. Они считают, что окружающие их люди, менее важные, и должны оказывать им повышенное внимание и лояльность. Как правило, такие люди весьма самоуверенны и считают свое мнение единственным важным и правильным. Нередко завышенное Чувство Собственной Важности может сопровождаться хамским или аморальным поведением. По сути, у них есть собственная и искаженная . Единственным благом остается то, что подобных персонажей довольно редко можно встретить в реальной жизни. Основной средой их обитания являются просторы интернета, где можно абсолютно безнаказанно оскорблять и унижать людей повышая свой ЧСВ.

Что такое заниженное ЧСВ.

В противовес к завышенному, заниженное ЧСВ характеризует людей весьма неуверенных в себе, которые сомневаются в своих способностях, навыках или внешности. Как правило, это очень спокойные, тихие, скромные и безынициативные люди, за счет угнетения которых собственно и утверждают свое ЧСВ окружающие.

Чувство собственной важности и тщеславие – самые яркие признаки эго . Они всегда отталкивают людей.

Если у человека сильно развито эго и чсв, с ним невозможно долго общаться.

В словах, энергетике и невербалике таких людей чувствуется фальшивое высокомерие, социальная обусловленность, тщеславие и честолюбие .

Понятие и расшифровка ЧСВ

Эго – это привязанность к собственной важности .

ЧСВ расшифровывается как Чувство Собственной Важности.

Человек с завышенным чувством собственной важности очень восприимчив и реактивен на действия и слова окружающих. Часто испытывает чувство ущербности и неполноценности.

Явные признаки завышенного ЧСВ у человека:

Эго – это твое ложное я, твоя личность, твоя трусость.

Махарадж сказал: «Чтобы узнать, кем ты являешься, надо узнать, кем ты не являешься» .

Явные признаки большого ЭГО

Эго держит тебя в зоне комфорта.
Оно не хочет, чтобы ты знакомился с новыми людьми. Эго против всего нового.
Эго всегда мало, оно постоянно жаждет чужого одобрения, признания, славы.
Оно гонится за цифрами. Больше денег, больше признания, больше почести.
Эго хочет чужого уважения.
Оно мешает тебе осознать, что ты уже самодостаточен без внешних стимуляций.
Если ты не доверяешь никому, легко поддаешься своим эмоциям, имеешь плохое настроение, зол на всех – это значит, что эго диктует твое поведение. Ты под его влиянием.
Эго мешает тебе быть в моменте, фокусироваться на чем-то одном. Беспорядочные мысли, путаница в голове – это его рук дело. Если нет отождествления с мыслями, этого не будет.

Отождествлять себя с эго или нет – всегда твой выбор. Ты решаешь сам.

Можно любить себя на максимально естественном уровне, без эго. В тебе не должно быть высокомерия .

Что надо знать людям, и почему они не меняются

Твое эго – это привязанность к телу, его ограничениям, страхам. Это твои мысли, которые не дают тебе покоя, твои эмоции, твое тело, внутренний диалог.

Ошибка человека верить всему, что говорят ему мысли. Он верит своим мыслям, которые говорят ему что, как и когда делать .

Все приходящее и уходящее не является тобой . Твои мысли, эмоции, тело – это не ты.

Эго – это твоя личность, это чувство собственной важности и гордыня.

Личность – это то, что навязано тебе снаружи обществом , твои маски, социальные наслоения, проекции не настоящего себя. Эго – это невидимые ограждения вокруг тебя, которые никого не подпускают близко.

Будь индивидуальностью – это твоя истина, это то, каким тебя сделал бог когда ты родился, это твоя реальность.
Когда ты ненавидишь, твое эго удовлетворено.
В ненависти ты чувствуешь свое превосходство.
В ненависти ты выделяешь себя среди других.
В ненависти ты становишься определенным. Чувствуется отождествление с кем-то или чем-то.
Определять себя – значит ограничивать себя.
Любовь – растворение в других. Любовь требует принести в жертву эго.
Лишь те, кто готов стать никем, способны любить.

Видео «Как люди зависимы от чужого одобрения и признания»

Посмотри следующее видео. В нем говорится о том, что такое эго человека и чсв.

Как избавиться от лишнего и стать осознанней

Что надо делать, чтобы избавиться от ЧСВ :

Если будешь вести себя высокомерно, смотреть свысока на других, то все отвернутся.

Никому не нужно твое хвастовство.

Никому не интересно выслушивать твои слова – какой ты пуп земли, какой ты крутой и как ты умеешь красиво расчесывать свои волосы.

Если хочешь повысить свой уровень осознанности и лучше замечать в себе признаки эго, то полезны следующие книги:

Ошо «Храбрость. Радость жить рискуя» .
Нисаргадатта Махарадж «Я есть То» .

Про хвастливых и высокомерных людей

Не знаю почему, это происходит автоматически, я чувствую отвращение к парням, которые меряются своей крутизной, сравнивают себя со мной или говорят мне: Ты видел, что я сделал? Ты видел, какой я молодец?

Мне абсолютно плевать кто ты и что ты там сделал. Можешь рассказать маме, может, она оценит и погладит тебя по головке . Мне не надо об этом говорить .

Все это напоминает детский сад. Просто убери это в себе.

: осознание себя, просветление, самоисследование – выйди из бесконечного колеса страданий и пойми кто ты.
: как медитировать правильно – поза, техника, практика + 2 видео.
: прекрасная статья про любовь, счастье, внутренний баланс и гармонию.

Хвастовство – признак комплекса неполноценности

При общении как только человек начинает хвастаться перед тобой, он начинает ждать твоей реакции.

Человек хвастается и ждет, чтобы им восхищались и уважали, потому что сам не любит себя и не уважает.

Он сам относится к себе плохо, а от других требует очень много . Мне проще уйти от таких людей и не тратить свое время.

Ищущий найдет сам, что ищет . Спящего будить не стоит. Он обидится на тебя за правду.

Оттого что ты узнал кое-что новое или прочел пару книг, ты не изменишься. Мало просто прочесть.

Надо упорно работать над собой ! Надо внедрять осознания, наблюдать за собой и менять себя с большой страстью.

Подписаться на сайт

Ребята, мы вкладываем душу в сайт. Cпасибо за то,
что открываете эту красоту. Спасибо за вдохновение и мурашки.
Присоединяйтесь к нам в Facebook и ВКонтакте

Активные пользователи сети интернет нередко сталкиваются с аббревиатурой ЧСВ. Также с этим понятием не понаслышке знакомы поклонники компьютерных игр. Что значит ЧСВ, как это расшифровывается?

Значение ЧСВ

Часто эта аббревиатура употребляется в словосочетаниях «ЧСВ зашкаливает», «ЧСВ завышено» и «повышенное ЧСВ». Что имеет в виду пользователь, употребляя эти слова?

ЧСВ – это чувство собственной важности . Другая расшифровка аббревиатуры – чувство собственного величия .

Человек с завышенным ЧСВ считает, что он осведомлен во всех делах гораздо лучше, чем другие люди. Он имеет личную точку зрения на все события и думает, что только она является правильной.

Такой человек имеет высокое мнение о своих суждениях. Он не прислушивается к мнению окружающих, игнорируя или высмеивая их слова. Он считает себя самым главным и самым важным.

История аббревиатуры ЧСВ

Родоначальником данной аббревиатуры считается писатель Карлос Кастанеда. Он разработал концепцию ЧСВ и использовал ее во многих своих трудах.

Кастанеда негативно относился к величию и эгоизму, он писал, как следует побороть свое эго, чтобы увидеть все краски окружающего мира. Избавление от ЧСВ освобождает массу энергии и наделяет человека безграничной силой. Сделать это не просто, ведь личность, как правило, наполнена ЧСВ на 90%.

Дон Хуан, альтер эго Карлоса Кастанеды, учит читателя перестать ставить личность в центр и призывает нас «снять корону». Он сравнивает человека с жуком, который, возможно, также имеет большое ЧСВ и видит этот мир сквозь призму личности. Это мешает познать мир, насладиться гармонией вселенной и познать радость бытия.

Признаки ЧСВ

Чтобы понять, чсв что это такое, следует выделить ряд признаков, которые характерны для личности подобного типа:

Самовлюбленность и эгоцентризм
Самовосхваление своих талантов
Постоянная демонстрация превосходства над другими

Понятие ЧСВ стало популярным интернет-мемом. Этот мем характеризует людей, которые в комментариях или интервью подчеркивают собственную значимость и постоянно делают ссылки на важность своей персоны. Такие люди высокомерны, они насквозь фальшивы, и общение с подобными личностями приносит мало радости.

Истоки ЧСВ

С точки зрения психологии, человек с завышенным ЧСВ имеет много комплексов. Он прячет свой страх и неуверенность за эгоизмом. Человек так старательно скрывает комплексы, что и сам не догадывается об их существовании.

Также личности с ЧСВ интуитивно отталкивают других людей, так как они боятся общения. Они скрывают свою сущность за громкими высказываниями и фальшивыми похвалами, адресованными себе. Люди с высоким ЧСВ тонко чувствуют свою ущербность и неполноценность. Они боятся перемен, поэтому и вынуждены пропускать через свою личность все события и давать им точную характеристику.

Грамотная работа с психологом поможет выявить причину такого поведения. Чсв что это? Это травма, чаще всего она кроется в детстве. Обиды и слезы заставили маленького человека надеть на себя броню ЧСВ. Чтобы стать гармоничной личностью, надо от нее освободиться.

Как избавиться от ЧСВ

Чтобы перестать ставить свою личность выше других людей, стоит вспомнить афоризм: «Будь проще, и люди к тебе потянутся».

Научитесь смеяться над собой. Подшучивайте над собственными поступками. Критикуйте себя. Причем лучше это делать в присутствии других людей. Не бойтесь показаться смешным или глупым.
Попробуйте повысить уровень осознанности жизни. Не критикуйте перемен, не прячьтесь от неизбежного. Посмотрите на события с высоты птичьего полета и удивитесь, насколько все происходящее красиво и гармонично.
Не стоит забывать о духовном росте. Найдите список книг, которые благоприятно влияют на личность. Начните с классики, попробуйте найти ответы на свои вопросы в шедеврах мировой литературы. Пополните свою библиотеку книгами по духовному росту и развитию.

Человек с завышенным ЧСВ – это эгоист, не способный трезво смотреть на вещи.

что значит аббревиатура. У кого бывает повышенное чувство собственной важности и что это значит

Как расшифровывается ЧСВ?

В самой аббревиатуре всего три буквы, так что запутаться сложно:

Ч — чувство.
С — собственной.
В — важности.

У тебя ЧСВ слишком высокое.
Непомерное ЧСВ, как у представителя «голубых кровей».
Твое ЧСВ может достать до Луны, а может даже и до Марса.
Машка, конечно, симпатичная зараза, но ЧСВ у нее до небес.

Ты ЧСВ.
Ну он и ЧСВ.
Паша на самом деле ЧСВ-дурак.

Что такое ЧСВ в ВК?

Это намек на ваше раздутое чувство важности, по мнению собеседника.
Человек негативно настроен и склонен к конфронтации.
Стоит прислушаться к замечанию, если оно звучит не первый раз и от разных людей.
Вполне допустимо как-то едко ответить.

Почему все не любят ЧСВ?

Иногда собеседник действительно «сильно много на себя берет». Здесь стоит запомнить пару вещей:

Человек ведет себя ровно так, как ему позволяют себя вести.
Если знакомый или знакомая пытается вытереть об вас ноги, значит, раньше вы активно подставляли себя в качестве этой самой тряпки.
Сбить спесь с человека очень сложно. Самомнение может вырасти за пару дней, а потом даже долгие месяцы работы не помогут исправить ситуацию. Сдувать эго — сложная задача.
Лучше всего прекратить общение, хоть на время. Если даже этот шаг не возымел эффекта и не сработал в качестве контрастного душа — для вас человек потерян, 100%. Может, для общества тоже.

Незаурядные интеллектуальные способности.
Литературный талант.
Многочисленные награды в области науки или спорта.
Признанный музыкальный талант.

Как реагировать на замечание?

Давно ли вы знаете человека?
Собеседник всегда давал только хорошие советы?
Вам кажется, что она заботится о вашем благополучии?
Сами ощущаете, что в последнее время в поведении что-то изменилось?

Непомерное ЧСВ у парня

Продемонстрируйте человеку, что он не вершина мира. Желательно, при людях и желательно так, чтобы этот «контрастный душ» партнер не связывал с вашей персоной.
Обзаведитесь новыми контактами, покажите, что не испытываете какой-то физической или психической зависимости.
Поучаствуйте в паре проектов, продемонстрируйте результат, добейтесь публичного признания собственных успехов. Все очень вариативно, в зависимости от сферы деятельности и увлечений.
Начните вести себя абсолютно так же, не обращая внимания на чувства и потребности партнера. Хуже уже не будет.

Что значит «ЧСВ» — расшифровка

Аббревиатура ЧСВ не так уж сложна, как это может показаться:

Расшифровывается как «чувство собственной важности ».
Употребляется в сети. Но в последние пару лет сокращение стали употреблять и в реальной жизни.
Указывает на раздутое самомнение человека, его непомерное эго, несоответствующее реальным возможностям.
Не несет в себе никакого оскорбления, но обычно говорит о том, что собеседник не прочь развить конфликтную ситуацию.

Видео о значении ЧСВ

Мы более, чем уверены, что большая часть людей минимум единожды видела во всемирной сети ЧСВ или смеялась над местами уморительными шутками по поводу завышенного ЧСВ.

Это выражение – сленговое , и в основном употребляется молодежью, но имеет своё место в лексиконе людей всех возрастов.

Как расшифровывается ЧСВ?

Приступим к расшифровке данной аббревиатуры, чтобы всем было понятно, какой конкретно смысл кроется в данном сокращении. ЧСВ — это чувство собственной важности , то, как человек оценивает себя в обществе и видит себя со стороны.

Стоит учитывать также и то, что некоторые пользователи расшифровывают это как чувство собственного величия. Этот вариант также можно считать правильным – по сути, это степень оценки человеком самого себя.

К сожалению, на сегодняшний день большое количество людей оценивает себя не совсем адекватно, от чего ЧСВ стал ассоциироваться с самым что ни есть настоящим недугом. Страдают ним как взрослые, так и молодежь, но чаще всего он встречается именно среди молодежи.

Молодой человек с завышенным чувством собственной важности мнит о себе слишком много, рассуждая о себе как о выдающимся сверхчеловеке, которого все по умолчанию должны любить и обожать и, естественно, которому должно быть уделено все внимание окружающих его людей.

Подросток, у которого есть сильное чувство собственного превосходства, имеет острую потребность в огромном количестве внимания со стороны и просто не может обойтись по-другому с окружающими его родными и близкими, кроме как постоянно выклянчивая внимание всеми доступными ему способами – от глупых шуток до самых настоящих истерик со скандалами.

Всё же, уровень значимости и важности для общества подобных деток очень сильно приукрашена. И если о вас кто-либо говорит, что вы имеете чрезмерно завышенное чувство собственной важности, учтите, что это далеко не комплимент и пора задуматься о своем поведении на людях – скорее всего оно очень некрасиво.

Как переводится ЧСВ

Большое количество наших сограждан полагают, что у этого распространенного сокращения есть какое-либо особенное значение и что произошло оно от одной из многочисленных иностранных идиом.

На самом деле предположения этих людей в принципе не верны – это не более, чем сленг, произошедший от слияния нескольких слов в сочетании “Чувство Собственной Важности/Величия” и совершенно никакого специфического перевода не имеющий. Иными словами, это всего лишь аббревиатура, которая на английском языке ровным счетом ничего особенного не значит.

Конечно, у англичан имеются свои идиомы для рассуждений о чувстве собственной важности, но, в любом случае, переводить напрямую целое сокращение было бы некорректно.

ЧСВ у людей подросткового возраста

ЧСВ с завидной частотой вспоминается в молодежном окружении и их сленге, но это не просто так. Подростковый возраст – это сложное время, когда болезненно- неадекватная самооценка начинает проявляться во всей красе.

Это легко объяснить тем, что подростки очень требовательны к одобрению окружающих им людей. Они прилагают все усилия, чтобы практически любой ценой завоевать уважение и восхищение сверстников.

Поскольку желание быть популярным и востребованным наиболее обострено именно в этом возрасте, ЧСВ молодежи всё больше и больше набирает обороты. К несчастью, даже для самих ЧСВ-шников завышенное самомнение идет отнюдь не в радость, а становиться очередным сильным разочарованием.

Подросток, чрезмерно многое о себе возомнивший, выглядит как человек не в меру тщеславный и сосредоточенный только лишь на себе любимом.

Такой человек, кроме себя, практически никого не видит, ведь он – центр Вселенной. Такая характеристика человека – далеко не самая привлекательная для окружающих людей, а также для заведения новых знакомств и общения. Такое поведение отталкивает.

Не только окружающим и знакомым людям не по вкусу такое поведение, так как друзья и родители испытывают особую тяжесть при таком положении вещей, по этой причине достаточно часто возникают различного рода конфликты и ссоры. Отношения начинают “трескаться” и по итогу – подросток страдает.

Как может показаться сначала, рассуждения о чей то завышенной собственной важности – это не более, чем смешная тема для обсуждения в кругу друзей. Но, если опустить свой взгляд поглубже, то становится ясно, что эта черта имеет негативный характер , требующая наиболее скорого избавления от неё.

Завышенное ЧСВ: как определить человека с таким недугом

Людей, имеющих завышенное ЧСВ, определить не составит труда . Всё, что Вам для этого потребуется- понаблюдать за манерой общения человека, за его поведением с друзьями, близкими и родными ему людьми; а также, хотя бы один раз увидеть этого человека в некомфортных для него условиях и обстановке. И сразу же всё станет ясно.

В цифровом мире повстречать чрезмерно сосредоточенных на себе людей проще простого – обратите свое внимание на их

Что такое ЧСВ – расшифровка простыми словами.

Примеры использования термина ЧСВ в речи:

— !!! Да у тебя ЧСВ завышено;
— Твое ЧСВ просто зашкаливает, будь попроще;
— Хватит повышать свое ЧСВ за счет унижения других;
— Друг, да у тебя заниженное ЧСВ. Ты явно себя недооцениваешь.

Что такое завышенное ЧСВ.

Что такое заниженное ЧСВ.

В мемах, постах и комментариях в ВКонтакте часто натыкаешься на аббревиатуру ЧСВ. Что это и почему это сокращение так популярно среди молодежи? Мы подскажем, научим как правильно понимать и применять это сленговое выражение в повседневном общении в вк.

Что, простите?

Что такое ЧСВ

В самой аббревиатуре всего три буквы, так что запутаться у вас не получится, как ни пытайтесь:

Ч – чувство
С – собственной
В – важности.

Еще ЧСВ иногда расшифровывается, как «Чувство Собственного Величия», оба значения верны. Это сленговое выражение никак не переводиться с английского, потому что произошло от сокращения русских слов.

Я узнала, что я отсталый мамонт, который умер от старости (читай от незнания) своей смертью и застыл во льдах. Ведь сокращение используют в вк уже лет эдак 5-7 и довольно активно. Раньше его применяли в повседневной речи более-менее правильно: «Заметил, что твое ЧСВ взлетело до небес? :)» Что значит сейчас?

Теперь, оглянитесь, аббревиатура стала определением, неким ругательством. Кстати, обидным. «Ты ЧСВ!» Определение осталось тем же, а сокращение превратилось в обзывательство. Речь идет о раздутом на пустом месте самомнении. Стоит ли прислушиваться к критике?

ЧСВ в ВК

В одноименной соцсети аббревиатура сейчас очень популярна, особенно в некоторых сообществах где царствуют мемасики, демотиваторы, разные прикольчики… То и дело проскакивает знакомая фраза в комментариях, намекающая на низкое поведение оппонента. Намек на разросшееся до необычных размеров чувство важности огорчает, заставляет присмотреться к себе. Стоит ли?

Большинство адекватных пользователей не реагируют на подобные замечания. Стоит ли тратить калории, чтобы объяснить и отстоять собственную точку зрения человеку, которого ты не знаешь и который тебя не слышит вообще? Первое впечатление о человеке – главное. Если в контакте о вас незнакомец сказал, что «Вы, гражданин, ЧСВ», то рекомендую отпустить его лесом. Ибо каждый ваш дальнейший поступок будет трактоваться, как попытка сохранить ощущение собственной важности, ну та же защита своего ЧСВ.

Почему ЧСВ в ВК не любят?

Чаще всего, переписка с индивидуумом с завышенным чувством собственной важности – это игра в одни ворота. Конечно, если проблема с эго действительная. Доказать им что-то – нереально. У чсвшника своя точка зрения, которую не пробьет ни один, даже самый логичный аргумент. Будь вы хоть Лев Толстой, для них вы будете всего лишь…. Ну вы поняли.

Можем сделать простой вывод:

В настоящее время, ЧСВ – всего лишь фраза. Вас не столько пытаются оскорбить, унизить, сколько задеть. Просто ваш собеседник не прочь оказаться в эпицентра конфликта и подпитаться вашей энергией. Отпустите неадеквата с миром и попойте чай с печеньками.

Вы наверняка сталкивались с тем, что понимаете не все слова, многие люди используют особый жаргон, выражения и аббревиатуры, например ИМХО , ХЗ , ТП , SFS и многие другие. Одной из таких аббревиатур является ЧСВ. Что значит ЧСВ при общении в устной и письменной форме?
Так же, как и «СПС » сокращение «ЧСВ» является одним из самых популярных на просторах всемирной паутины. Я думаю, что каждый из нас сталкивался с людьми, которые очень много думают о себе, я имею в виду, что они пафосны , тщеславны, и выпячивают свою значимость в обществе. Аббревиатура ЧСВ расшифровывается, как «Чувство собственной значимости «, либо чуть по другому «Чувство собственного Величия «. Многие интересуются, что значит ЧСВ в ВК, что значит ЧСВ Вконтакте, поэтому мы рассмотрим эти вопросы более подробно.

ЧСВ — это люди, которые считают себя незаменимыми, стоящими выше других, они обуяны гордыней, высокомерием, самомнением. Говоря простыми словами у этих особей явно завышенная оценка

Впервые эту концепцию разработал ещё Карлос Кастанеда , который является автором множества книг на мистическую тему. Впрочем, действительно ли этот человек являлся магом или был мошенником не известно, хотя хайп по этому поводу не утихает и поныне. У него был персонаж, Дон Хуан, который якобы обучал его таинственным знаниям, так вот, он достаточно долго пытался объяснить тому самому Кастанеде, что значит ЧСВ .

В итоге, подытоживая всё, что поведал Карлосу Кастанеде, его собственный книжный герой, можно сделать вывод, что люди не рождаются с чувством ЧСВ , оно привносится в человека извне. Капиталистический строй устроен таким образом, что постоянно провоцирует человека покупать больше вещей, чтобы в глазах других людей иметь высокий статус, при этом его эго и ЧСВ находятся на подъёме. Единственный минус такого образа жизни, что такие особи отбрасывают, как ненужное всё то, что не удовлетворяет его ЧСВ ценности.

Подобное видение мира может завести достаточно далеко, ведь в некоторых случаях люди прибегают к суициду , поскольку это становится их единственным шансом поддержать свою ЧСВ. Нужно понимать, что подобное чувство имеет деструктивные корни и ничего помимо переоценки своих возможностей не несёт.

К сожалению в интернете стало всё чаще и чаще использоваться понятие ЧСВ, которое стало одним из популярных мемов . В сети имеется множество изображений, в которых высмеивается преувеличенная важность отдельных индивидуумов и значимость своей персоны, как в лице всего общества, так и отдельных людей.

Характеристики и симптомы ЧСВ :

Демонстративное поведение;

Преувеличение своей роли и своих талантов;

Исключительный эгоизм и чрезмерная самовлюблённость.

Если вы нашли у вашего знакомого подобные симптомы, то будьте уверены, что он болен ЧСВ . Яркой особенностью этого состояния заключается в его убеждённости, что все вокруг УГ (унылое г@вно), а он один д»Артаньян в белом. Либо все вокруг маргиналы и люмпены , а он сам исключительно образованный и разумный человек, хотя на самом деле он явно не отличается большим интеллектом, разумностью и прогрессивностью.

Особая «каста» людей с ЧСВ — это красивые девушки . Такие марамойки ощущают на себе взгляды множества мужчин, и они понимают, что вагина поможет заработать денег не вставая с кровати. Поскольку они стараются развивать только ту часть своего тела, которое отвечает за внешний вид, то их интеллект не поднимается выше пятилетнего ребёнка. Они знают только слова «Дай», «Хочу», «Мне надо» . Отрезвление к этим дамочкам приходит только после сорока лет, когда внешность у них оставляет желать лучшего, сколько бы штукатурки на себя не намазывай, а им на смену приходят новые топовые тян с такими же запросами. Поэтому у этих бывших фавориток зачастую приходят в голову мысли, о том, что лучше выпилиться , чем прозябать в забвении.

Что Такое «ЧСВ»? (Расшифровка, Хорошо Это Или Плохо)

В пылу полемики часто можно услышать вопрос, который задают разгневанные оппоненты: «У тебя, что ЧСВ зашкаливает?» Конечно, многие знают, что такое ЧСВ, аббревиатура ЧСВ, но только в общих чертах и скорее в оскорбительной окраске. Чувство собственной Важности – вот такая расшифровка у этого сокращённого слова. В обиход эта аббревиатура вошла с пера Карлоса Кастанеды.

Именно он использовал термин в своих книгах, чтобы описать чувство превосходства над другими, присущее некоторым личностям. С одной стороны, слишком завышенное ЧСВ вызывает раздражение, а с другой – его низкий уровень осложняет жизнь своему хозяину. Так каким оно должно быть, давайте разбираться. Не с точки зрения мексиканского шамана, героя книг Кастанеды, а с точки зрения современного цивилизованного человека, живущего в социуме. Конечно, мы не будем спорить с мудростью писателя, но наша жизнь сильно отличается от того, что написано в его книгах.

Краткое содержание:

Что значит ЧСВ?

Конечно, стоит начать с того, что такое ЧСВ в молодёжном сленге, ведь именно на форумах и в соцсетях оно употребляется чаще всего. Кроме озвученной выше расшифровки есть ещё одна, которая звучит как Чувство Собственного Величия. И в этом смысле приобретает действительно не слишком приятную окраску. Это означает, что человек ставит себя выше других и хочет самоутвердиться за чужой счёт.

ЧСВ — это у подростков признак эгоизма, избалованности и нежелания думать о чувствах других. Проявляется данная черта не только при общении со сверстниками, но и в семейном окружении. Если в первом случае это естественное поведение, продиктованное желанием самоутвердиться (подростки постоянно соперничают друг с другом), то во втором – явные огрехи воспитания.

Ребёнок, едва перешагнувший порог взрослой жизни, считает себя гораздо умнее родителей и это опять-таки естественно. Но вот когда завышенное ЧСВ сочетается с неуважением к взрослым людям, и с потребительским отношением – родителям пора задуматься о методах воспитания своего потомка, пока ещё не стало слишком поздно.

Теперь вы знаете, что означает расшифровка ЧСВ. Люди с этой ярко выраженной чертой, в данном случае мы рассматриваем именно чувство собственного величия, мало задумываются о чувствах других, о чьих-то потребностях и ощущениях. По сути это эгоцентризм или примитивный эгоизм. Уровень ЧСВ зависит от воспитания и интеллектуального уровня.

Умный человек понимает, что для достижения жизненных высот нужно развиваться и работать над собой. Не слишком умный подросток постарается добиться уважения другими, более примитивными, методами – дорогими вещами, купленными на деньги родителей, силой или плохим поведением. Стремиться – не значит получить. Поначалу это производит впечатление на ровесников, но неадекватное поведение быстро им надоедает. Собственная важность будет существовать только в его воображении.

Взрослые тоже страдают этим недостатком. Особенно ярко это проявляется у мужчин – «диванных экспертов», которые лучше всех знают, «как управлять государством, воспитывать детей, лечить и зарабатывать деньги». Не отстают от них и женщины, попадающие в категорию так называемых «#яжематерей». «Яжемать» ведёт себя так, будто все ей обязаны, только за то, что она родила детей.

Бывают ли пенсионеры с завышенным ЧСВ? Ещё как! Все знакомы со склочными бабушками из очередей в поликлинике и в общественном транспорте. Вот он яркий пример собственной важности в преклонном возрасте. Характерно, что интеллигентные люди, перешагнувшие порог пенсионного возраста, так себя не ведут. Подобное поведение характерно как раз для тех, кто и в прошлом отличался хамством, грубостью, и в любом возрасте демонстрировал свою важность для окружающих. Как видите, все возрасты покорны не только любви, но и завышенной самооценке.

Как понять, что человек с ЧСВ?

▪️ Чем же опасны субъекты с ЧСВ? Они плохо влияют на окружающих, отравляя общение. У умных собеседников с нормальной самооценкой они вызывают неприятное, гадливо чувство и недоумение, а неуверенные люди начинают ещё больше сомневаться в себе. Ещё одно толкование аббревиатуры – синдром собственной важности, тонко подмечает это состояние. Человек впадает в зависимость от этого чувства и стремится к его усилению, подобно наркоману. Эта патологическая черта зарождается в ранней юности и может развиваться во взрослом состоянии.

▪️ Чсвшный подросток теряет контроль над своим поведением. Он становится всё более тщеславным, эгоцентричным, конфликтным. Это поведение становится в тягость окружающим – семье и учителям. Они пытаются «поставить на место» заигравшегося ребёнка, порой довольно жестокими методами, что чревато травмами для неокрепшей психики. В этот заколдованный круг попадают многие молодые люди и их семьи.

▪️ Первое впечатление, которое они производят на своих сверстников – это «крутизна» и независимость. Но при общении становится понятно, что из человека сочится негатив, который он изливает на своё окружение.

Завышенное ЧСВ признаки:

Высокомерное поведение;
Демонстрация «ума»;
Демонстрация собственной уникальности;
Эгоцентризм;
Искажённое восприятие собственной персоны как центра вселенной;
Ощущение абсолютной правоты;
Стремление к лидерству;
Насмешки и осуждение, направленные на других.

▪️ ЧСВ у девушки может появиться из-за природных данных или благодаря происхождению. Часто этим грешат красивые от природы девочки, избалованные мужским вниманием. Девушки из обеспеченных семей, никогда не знавшие ни в чём отказа также склонны демонстрировать ЧСВ. У них завышенные запросы по отношению к будущим и настоящим партнёрам, а материальные ценности стоят на первом месте.

▪️ К сожалению, иногда в ЧСВ обвиняют неприступных девушек. В таком случае не стоит принимать на свой счёт эти оскорбления. Вы не обязаны проявлять доступность для того, кто считает себя «самцом». Чувства и их проявления должны быть взаимны. Если вам не нравится молодой (или не очень молодой) человек – вы имеете своё, человеческое право, ему отказать. В таком случае лучше прослыть неприступной ЧСВшницей, чем девушкой лёгкого поведения.

Чем ЧСВ отличается от эгоизма?

Теперь перейдём к вопросу о том, насколько нам необходимо иметь чувство собственной важности. Это синоним самооценки. Конечно, каждый человек должен адекватно оценивать себя, но не у всех это получается. Хотя бы в силу того, что наше мировосприятие отличается от того, что видят другие люди. Отличается ли завышенное ЧСВ от эгоизма? Эти вещи тесно взаимосвязаны и могут быть синонимами. Нормальное ЧСВ не будет проявляться в эгоцентричных поступках и словах.

Может ли проявляться эгоизм при заниженном ЧСВ? Безусловно, может. Примером тому служат избалованные, но неуверенные в себе подростки и дети. Они обладают низкой самооценкой, считают себя уродами, глупцами и так далее, но при этом активно терроризируют своих родителей, бабушек-дедушек, требуя внимания, подарков, финансовой помощи. Они будут ныть о том, как им плохо и что их никто не любит, превращаясь в эмоциональных «вампирёнышей». Только адекватное восприятие себя с нормальным ЧСВ не будет сопровождаться эгоизмом. Любой перекос в ту или иную сторону может породить эгоцентричность.

ЧСВ — хорошо это или плохо?

✔️ Само по себе чувство собственного достоинства, уважения и значимости – это неплохо. Если оно в норме, то значит у человека адекватная самооценка. Совсем другое дело, когда ЧСВ зашкаливает. Вот здесь мы уже сталкиваемся с завышенной самооценкой, не сулящей для окружающих ничего хорошего. Дело в том, что подобное состояние психики требует постоянной «подпитки», обеспечить которую можно только за счёт других. Это выражается в насмешках, издёвках, уничижении и унижении других людей.

✔️ Всех, кто попадётся под руку, ожидают провокации и обидные фразы. Вслед за словами идут действия. Человек, страдающий завышенным ЧСВ, будет добиваться внимания и лидерства любыми средствами. Он может легко подставить, предать, обмануть, унизить. Всё ради одной цели – возвыситься в собственных глазах. Именно о таких людях говорят, что они готовы пойти по головам и не побрезгуют грязными методами.

✔️ Девушка может слить в сеть личные фото своей конкурентки или вчерашней подруги, чтобы унизить её. Парень будет держать свою подругу «в чёрном теле», заставляя выполнять все его прихоти и исполнять унизительные капризы. Родители с завышенным ЧСВ, морально подавляют собственных детей, «из благих намерений» калеча их психику оскорблениями и непомерными требованиями.

✔️ Очень опасны начальники, наделённые этой пагубной чертой. Рядом с ними ни один подчинённый не будет ощущать себя в безопасности. Такой самодур способен сократить зарплату, увеличить рабочий день, объявить выговор, домогаться и просто наорать. Всё это делается с одной целью – ощутить свою власть и насладиться собственной важностью.

✔️ Чувство собственной значимости должно быть у каждого человека, без него он превращается в безвольное ничтожество. Значение имеет уровень, на котором оно находится. Любой человек важен для жизни – для семьи, для коллектива, для вселенной наконец, но не стоит преувеличивать своё значение. Особенно самоутверждаться за счёт других – это зыбкое болото, в которое легко угодить, но трудно выбраться.

✔️ Итогом раздутого самолюбия становится отрыв от реальности и погружение в собственный выдуманный мир. Следствие подобного состояния – одиночество, непонимание со стороны окружающих, их нежелание общаться и невольная изоляция от общества. Затем наступает личностная деградация и падение «во все тяжкие».

Ещё древние говорили: «Чем выше взлетел, тем больнее падать». Только в этом случае происходит падение с высоты ЧСВ, а это чревато маргинальной пропастью. Оказавшись в одиночестве, «распугав» всех поклонников и сторонников своим поведением, человек может деградировать и спиться. Уйти в иллюзию собственного совершенствования при помощи опьяняющих веществ – самый лёгкий путь.

Как общаться с ЧСВ-человеком?

Эволюция распорядилась так, что общение с себе подобными построено на личной или на взаимной выгоде. Это естественное состояние. Мы обмениваемся эмоциями, поступками, информацией, материальными ценностями, наконец. Общение с человеком, страдающим завышенным ЧСВ, не приносит удовлетворения. Потому что нет отдачи, взаимного обмена.

Самый простой способ – отправить эту личность в игнор и ЧС. Положение осложняется, если вы связаны кровными узами или производственной необходимостью (члены семьи или коллеги). В этом случае придётся проявить характер и указать человеку «его место». Сначала стоит испробовать тактичный способ и намекнуть на то, что его поведение вы считаете неприемлемым, не вступая в открытую конфронтацию.

К «боевым действиям» стоит переходить, только если человек не понимает намёков либо специально провоцирует вас. В этом случае диалог нужно продолжить в более открытой форме, но без оскорблений и склок. Прямо выскажите всё о неприемлемости его поведения по отношению к вам. Ни в коем случае не ведитесь на провокации и не уподобляйтесь таким людям. По большому счёту это несчастные люди, достойные жалости. Они застряли в собственных комплексах и иллюзиях настолько, что уже не могут видеть настоящую картину мира.

Они часто лишены друзей и близких людей. Причиной такого поведения может быть воспитание или жизненные обстоятельства. Жизнь их тяжела и полна тревог. Они не способны никому доверять, даже самим себе. Если есть возможность – избегайте общения с такими людьми. Если же этой возможности нет – не позволяйте себя использовать, сводите все контакты к деловому минимуму.

Заключение

Ну и финальный вопрос на миллион – стоит ли повышать своё ЧСВ? Пожалуй, в этом есть смысл, но при одном условии – если оно у вас заниженное.

Допустим, вы решили усилить своё влияние и вырасти в собственных глазах и в глазах окружающих – это неплохо. Вопрос в том, какие методы вы собираетесь для этого использовать. Одно дело – прокачать свои навыки и способности, и совсем другое – самоутверждение за счёт унижения других людей.

Стремление к совершенству заложено в нас природой и к этому инстинкту стоит прислушаться. Вот только нужно сделать правильный выбор пути. От того, каким образом вы будете повышать свою важность, зависит будущее. Если завоёвывать авторитет, занимаясь спортом, искусством, любым другим ощутимым делом – это вклад в себя будущего. Если же самоутверждаться лишь за счёт дорогих гаджетов, девайсов, прикида – это путь, ведущий к саморазрушению. Выбор за вами.

Каролина Кораблёва

Об авторе: Привет! Я — Каролина Кораблёва. Живу в Подмосковье, в городе Одинцово. Люблю жизнь и людей. Стараюсь быть реалистом и оптимистом по жизни.
В людях ценю умение себя вести. Увлекаюсь психологией, в частности — конфликтологией. Закончила РГСУ, факультет «Психология труда и специальная психология».

Мы в телеграм канале! Присоединяйся!

Что значит ЧСВ? Что значит завышенный ЧСВ в молодежной среде. Расшифровка и перевод

Всемирная паутина затягивает в сети большую часть имеющего к ней доступ населения, особенно молодёжь. Интернет не статичен, постоянно меняется и развивается по собственным законам, что приводит к возникновению новых тенденций и веяний. Так, пользователи социальных сетей давно привыкли к постоянному мельканию в ленте слова ЧСВ, к возможному контексту и давно воспринимают его в качестве способа троллинга или формы оскорбления.

Огромное количество мемов, видео, шуточек по данной проблеме заполонило русскоязычную сеть (всё-таки Чувство Собственной Важности – продукт отечественной интернет-индустрии с изначально иностранным происхождением). Давайте разбираться, что такое ЧСВ и с чем его «едят».

Итак, начало истории с ЧСВ положил американец Карлос Кастанеда, который в своих книгах описывал его как ощущение мнимого превосходства, выделение собственной важности и важности своих действий.

Находясь в указанном состоянии, человек не способен трезво оценивать себя и других. Часто ЧСВ перекликается с эгоизмом, но это не синонимы. Прогрессирующее ощущение собственной важности заставляет человека видеть только факты и события, связанные непосредственно с его «скромной» персоной. Такая личность искренне считает, что её мнение в любой ситуации имеет значение, а внесённый вклад гораздо больше, чем у остальных – только масштабы, только раздутое эго!

Кстати, Чувство Собственного Величия (так тоже может расшифровываться эта аббревиатура) не зависит от того, положительно вы себя выделяете или отрицательно – вы ведь всё равно выделяетесь, требуя тем самым повышенного внимания к собственной персоне. Объясним проще: неважно, считаете ли вы себя «пупом земли» или распоследним неудачником, поздравляем – у вас ЧСВ.

В русскоязычной части Всемирной паутины мемчики, шуточки о ЧСВ появились, как обычно, благодаря Луркоморью. Точную дату появления указать сложно, поэтому скажем лишь, что мем до сих пор в ходу, но уже не пользуется столь бешеной популярностью.

Для тех, кто «не в теме», Луркоморье – аналог Википедии, но ребята рассказывают об интернет-фольклоре, известных фразах и мемах, летающих по просторам сети. Высказаться может каждый, предоставив пруфлинк (ссылку на источник), чтобы все и каждый понимали, о чём идёт речь.

Мемы о чрезмерном чувстве собственной важности затронули таких персон, как Тимати, уверенного, что его чихвостят исключительно из зависти, Джеймса Кэмерона, Мицгола, Стивена Кинга, Никиту Михалкова и многих других.

Симптомы ЧСВ

Несмотря на то что раздутое или заниженное ЧСВ – это ненормально, к болезням его официально не причисляют. Тем не менее, специалисты, да и просто неглупые люди определили ряд симптомов, по которым можно узнать чсвшника в обычной жизни и в интернете.

Проявление чувства собственной важности встречается преимущественно у молодёжи, особенно у подростков (переходный возраст – весьма неприятная штука).

Такие ребята считают себя лучше других, демонстрируют излишнюю самоуверенность и по всякому поводу высказывают мнение. Нуждаясь в одобрении, общественном признании и популярности, они пытаются любой ценой добиться востребованности, часто не понимая, какими методами действовать.

ЧСВ-шник выглядит тщеславным эгоистом, что провоцирует конфликты с родными и друзьями – то есть, эффект совершенно противоположный тому, чего хотелось добиться. Разглядеть человека с ЧСВ легко – просто посмотрите на его поведение, манеру общения в некомфортной ситуации.

Прослеживается взаимосвязь между наличием чувства собственной важности и уровнем личностного роста. Люди с низким показателем развития личности меньше страдают от ЧСВ, но не потому, что природная скромность оберегает их от этого – им просто в голову не приходит, что они могут быть настолько важны. Обладатели высокого уровня личностного развития обычно, как правило, таким не страдают.

К проявлениям синдрома относят:

ЧСВ в интернете

Гипертрофированное ЧСВ проявляется в той или иной степени у всех пользователей сети. Есть те, кто молча ненавидят всех и вся, считая ниже своего достоинства словесно указывать «плебеям» на их место, есть пользователи, слишком забитые, чтобы участвовать в перепалках, поэтому публичное страдание – ещё один симптом.

Самый распространённый тип, о котором говорят все мемчики и видео. Желая показать, какие они крутые и уникальные, в сети ЧСВ-шники пытаются учить всех жизни, исправляют малейшие ошибки, намекая на глупость и необразованность собеседника, много критикуют и привлекают внимание к своей персоне.

Во время или после игры этот человек доказывает, что он «вытащил» катку, а после поражения в ход идут фразы: «Я пытался, как мог, но остальные участники команды – полнейшие неумёхи и ничтожества». Оправдывают поражение или пытаются поднять свою значимость в глазах других – не так важно, главное, что с такими людьми безумно неприятно иметь дело.

Не ЧСВ

Чувство Собственного Величия иногда путают с другими похожими проявлениями, которые не имеют с ним ничего общего.

Известных и популярных личностей, с завидной регулярностью выходящих на красную дорожку, не стоит с ходу причислять к армии ЧСВ-шников. Не все актёры и музыканты считают себя пупами земли, которым должен поклоняться каждый встреченным им человек. О человеке, прежде всего, говорят поступки.
«Опасные» профессии тоже не показатель. Внутренние отношения в таких организациях строятся на силе и определённой иерархии, которую нужно чётко соблюдать. Поэтому, привыкнув к такому положению вещей на работе, армейцы и работники правоохранительных органов нередко переносят эту особенность на «гражданку», где их не всегда воспринимают так, как им того хотелось бы.
Аргументированная критика для неподготовленного человека ужасна, непонятна, а потому реакция на неё бывает неадекватной. Особенно у творческих людей. Поэтому не стоит задавать вопрос, если не готовы услышать ответ. Отвечать на подобные вопросы, если заранее знаете реакцию, тоже не надо. Будьте умнее.
Глубокие познания в той или иной теме. Классический пример с кинокритиками, которые иногда делают карьеру на ЧСВ, состоит в том, что критик за время своей карьеры повидал многое, а потому удивить или впечатлить его очень сложно. Не стоит делать поспешных выводов о том, что он «возомнил о себе», если вашу очередную романтическую комедию, книгу или пьесу назвал тривиальной и ничем не примечательной. Выясните для начала, насколько человек компетентен в данном вопросе.

Как обуздать Чувство Собственной Важности: практические советы

Повышенные показатели

Чтобы снизить Чувство Собственного Величия, главное – необходимо понять, что есть проблема, которую нужно решать. Справедлива фраза о том, что первым шагом на пути решения любой проблемы является её признание. Затем выполните простой комплекс «для незапущенных случаев».

Возьмите лист бумаги, честно и вдумчиво изложите свои положительные и отрицательные черты.
Подумайте, насколько справедливо вы поступаете по отношению к другим.
Запишите имена тех, кому в последнее время делали больно, оскорбили или обидели словом или делом.
Попробуйте самостоятельно разобраться в причинах такого поведения.
Заключите пари на то, что в ближайшую неделю (месяц) будете вести себя иначе: реагировать, воспринимать (напомним, для формирования привычки психологи советуют повторять действие хотя бы 21 день). Старайтесь переключить своё внимание на окружающих, их интересы, заботы – посмотреть на них в новом свете.

Помните, мы говорили, что ЧСВ может быть избыточным и заниженным? Чем плох переизбыток этого чувства, понятно, но ведь и пониженное чувство важности является проблемой. Чтобы поднять показатели, запомните несколько советов.

Относитесь к себе с большей уверенностью и любовью.
Не бойтесь выражать собственное мнение, если человек откровенно не прав или вас не устраивает ситуация, но не делайте из мухи слона.
Ввязавшись спор, будьте убедительны, руководствуйтесь логикой и хорошими аргументами.
Заслужили похвалу от начальства? Не прячьтесь под стол, насладитесь моментом – вас ведь хвалят за дело.

Резюме

В Интернет-пространстве слово «ЧСВ» носит негативный характер: как для обычных пользователей, так и для геймеров. В социальных сетях аббревиатура служит поводом для шуток: сколько мемов связано с этой проблемой! Всегда смешно, пока дело не касается тебя или твоего окружения, а когда ЧСВ становится ближе, бывает грустновато и тяжело. Не вам – окружающим.

Симптомы следующие: слишком высокое желание выделиться, показать, что человек другой, непохожий на остальных. Неважно, будете вы громко рассказывать, кто здесь молодец, или показательно страдать.

Есть ряд ситуаций, в которых люди могут вести себя в точности так, как описано выше. Не стоит их смешивать.

Обуздать Чувство Собственной Важности сложно, но при желании можно. Обе формы (с заниженными, и с завышенными показателями) нуждаются в исправлении. ЧСВ влияет на адекватную оценку действительности, сужает круг интересов до исключительно собственных и пробуждает в людях крайний эгоцентризм.

Мы предлагаем выше несколько практических советов, как выйти из сложившейся ситуации, но они не сработают, если вы сами не захотите решить эту проблему. Дело за вами!

Здравствуйте, я — Надежда Плотникова. Удачно отучившись в ЮУрГУ на специального психолога, несколько лет посвятила работе с детьми с проблемами в развитии и консультации родителей по вопросам воспитания малышей. Полученный опыт применяю, в том числе, и в деле создания статей психологической направленности. Конечно, ни в коем случае не претендую на истину в последней инстанции, однако надеюсь, что мои статьи помогут уважаемым читателям разобраться с какими-либо трудностями.

Что такое ЧСВ ВКонтакте?

В последнее время при общении в интернете часто используются слова и выражения понять которые довольно трудно, одно из таких выражений – это ЧСВ. Что такое ЧСВ в ВК? На самом деле это понятие говорит о чувстве собственной важности, к сожалению завышенное чувство собственной важности является актуальной проблемой в современном обществе.

Происхождение выражения чсв

Для начала необходимо понять откуда появилось такое понятие как ЧСВ, как оно попало в разговоры и переписки многих людей. Ввел его известный американский писатель, ученый-эзотерик Кастанеда. И именно из его творений люди впервые узнали о таком понятии как ЧСВ.

Но как множество людей могли узнать об этом понятии? Неужели этот учёный был настолько популярен? Нет, всё не так. Действительно не так много людей читают научные и эзотерические работы. Популяризировалось наше ЧСВ, благодаря множеству интернет ресурсов распространяющих информацию о различных мемах и интернет феноменах. В частности всё это благодаря русскоязычной викиэнциклопедии “Луркоморье”.

Значение ЧСВ

Аббревиатуру ЧСВ можно расшифровать как: Чувство Собственной Важности. Применяется данная аббревиатура зачастую на различных форумах или в социальных сетях чтобы показать человеку что он слишком много о себе возомнил. Проблема завышенной самооценки и чувства собственной важности, достаточно распространена в современном мире.

Но почему людей с завышенной самооценкой мы гораздо чаще встречаем на просторах интернета, чем в реальной жизни? Дело в том что интернет даёт таким людям прекрасную возможность заявить о себе максимально широка. Здесь они могут говорить и делать что угодно, но никто не сможет пресечь их выходки. Такая безнаказанность и привлекает людей с завышенным ЧСВ на просторы интернета.

Примеры использования

Чтобы лучше понять значение выражения ЧСВ, давайте рассмотрим его применение на конкретных примерах.

Да как ты можешь спорить с тем что я говорю? Всем известно, что это так и есть! – Да у тебя завышенное ЧСВ братан, если ты так говоришь, это не значит, что так и есть на самом деле.
Эй, девочка, освободи-ка мне место! Я старше мне нужно сидеть, а ты молодая постоишь! – Женщина да у вас завышенное ЧСВ, я между прочим всю ночь работала и мне тоже нужно отдохнуть.
Сейчас я всё порешаю! Как я скажу так и сделаете! – А почему мы должны делать как ты сказал? Да у тебя завышенное ЧСВ чувак!

Заключение

После прочтения данной статьи у вас больше не должен возникать вопрос — “Что такое ЧСВ ВКонтакте?”. Мы разобрали что ЧСВ это – Чувство Собственной Важности, а также увидели на примерах как можно использовать ЧСВ в разговоре.

Чувство собственной важности — (ЧСВ ) концепция, использованная Карлосом Кастанедой в своих книгах, описываемое как чувство превосходства над кем либо или чем либо, значимости самого себя и своих поступков.

Чувство собственной важности – основные его признаки это высокомерие, тщеславие и честолюбие . ЧСВ крайне негативно влияет на общение, и человек, которому оно присуще, находится в постоянном напряжении от страха запятнать репутацию . Осознание этого позволит в дальнейшем избавиться от собственных страхов и недостатков.

Если у вас отсутствует ЧСВ, то вас не смогут ранить слова и поступки. В таком случае энергия будет направляться на выполнение важных жизненных целей и очистит мысли от надуманных проблем. Отсутствие чувства важности позволит быть увереннее в себе и своих силах, так как вы избавитесь от несуществующих образов.

Люди, которые ознакомились с теорией ЧСВ, не замечают этого. Чтобы помочь человеку осознать недостатки, необходимо ненавязчиво указать на них, но с особой осторожностью и чуткостью.

Основные признаки завышенной самооценки

Постоянное ощущение обиды на кого-то – возникает ощущение униженности, непонимания общества. Проблема заключается в неправильном восприятии мира или определенной ситуации. Люди с такими ощущениями очень редко относятся к окружающим с большой признательностью.
Увеличение чувства собственной необходимости – человек ставит свои мысли и желания выше других.
В человеке зарождается тщеславие и гордыня.
Отсутствие доверия к окружающим – обычно раздутое чувство собственной важности провоцирует возникновение разного рода опасений и недоверия.

ЧСВ в большинстве случаев – обычное проявление невроза, которое провоцирует человека на демонстрацию своей персоны в самых лучших красках. При самых сложных ситуациях не стоит подавлять в себе личность.

Как избавиться от ЧСВ?

Люди могут справиться с ЧСВ. Для этого необходимо помнить:

Чем проще ваши мысли и действия, тем лучше к вам относятся люди.
Не бойтесь смеяться над собой и показаться кому-то глупым. Для всех невозможно стать хорошим человеком.
Повышайте уровень осознанности, читая книги по саморазвитию.
Найдите наставника с высокими духовными качествами.

Чтобы избавиться от чувства собственной важности необходимо постоянно трудиться и прилагать к этому максимум усилий. При любых его проявлениях следует помнить, что оно совершенно бесполезное. Нужно уметь признавать недостатки и говорить о них вслух. Если вы проявляете чрезмерную гордость или напыщенность, то вы тем самым показываете слабость и неуверенность. Многие люди научились справляться с этими проявлениями. Если вы действительно захотите усмирить собственное ЧСВ, то не позволяйте самозабвенным фантазиям затуманить ваш светлый ум.

Как общаться с людьми с завышенным ЧСВ?

Взаимоотношения людей построены на взаимной выгоде . Каждый участник при общении желает получить позитивные эмоции, полезную информацию, ощущение значимости, определенную выгоду. Но если при общении с таким человеком вы не получаете нужной отдачи, то это является большой проблемой, которую необходимо решать.

Обычно люди выбирают самый простой способ – прекращают общение. Но это может быть ваш близкий родственник или товарищ, с которым вам приходится пересекаться.

Вам придется поставить человека на «место». Изначально можно решить проблему дипломатичным путем и мягко намекнуть о том, что в первую очередь человек должен обратить внимание на свое поведение и найти проблему. Если он не прислушивается к замечаниям, скажите ему открыто то, что вас не устраивает. Не доводите дело до ссоры и взаимных оскорблений.

Людей с ЧСВ просто необходимо пожалеть. Возможно, на его проблему повлияла детская травма или взаимоотношения с родителями, или общество навязало ему мысль о том, что он лучше всех и во всем. Ему живется не очень просто. У него нет людей, которые всегда смогут поддержать. Такой человек не доверяет даже самому себе.

Побольше общения с новыми людьми.

Победить гордыню и полностью осознать, что на свете много людей не хуже вас, можно благодаря общению с окружающими. Необходимо стараться чаще выходить из привычного, сложенного круга общения и узнавать новых людей.

Если Вы никогда не ходили в спортзал – пойдите. Вы увидите, сколько людей выглядят лучше, говорят умнее, имеют больше жизненного опыта и способны посоветовать что-то дельное. Такие встряски сильно бьют по самолюбию, но отчетливо показывают пагубность чувства собственной важности. Обычно оно порабощает людей, у которых не много жизненного опыта и достойных знакомых.

Исследовать источник.

Для лучшей борьбы с ЧСВ нужно постараться отследить, откуда берет начало чувство. К примеру, человек считает себя лучше остальных потому, что хорошо учился в институте. Но теперь нужно взглянуть на ситуацию под другим углом: а такой ли он умный, чтобы возвышаться, смог ли найти достойную высокооплачиваемую работу и реализовать ум, помогли ли институтские оценки в дальнейшей жизни?

В 99 случаях из 100 ответ будет отрицательным, а значит повода для гордости нет.

Прекратить спориться по пустякам.

Многие ЧСВ личности страдают общей болезнью – желанием побеждать в спорах на любые темы. Что полезней кушать, сколько нужно спать, как правильно воспитывать детей, возможна ли жизнь на Марсе. Им все равно на реальное положение дел – просто нужно победить убедительной болтовней в споре и потешить самолюбие.

Чтобы срубить чувство собственной важности, нужно начать контролировать себя и не впутываться в пустые споры. Когда приходится переубеждать другого человека по какому-либо вопросу, для этого нужно использовать серьезную и подходящую информацию, а если ее нет, то лучше не спорить.

Полезные материалы

Считаете себя важной персоной, настолько важной, что ни один человек не сможет справиться без вашей помощи? Как правило, так думают люди с завышенным ЧСВ. Быть может, это и покажется им смешным, но такое поведение носит несколько болезненный характер, поэтому понять, что такое ЧСВ просто необходимо тем, кто стремится к совершенству.

Как расшифровывается ЧСВ?

Вероятнее всего, вы не раз встречали в сети Интернета подобную аббревиатуру, которая располагалась в непосредственной близости с физиономией недовольного человека или существа. ЧСВ что значит — вполне резонный вопрос для тех, кто действительно хочет узнать, что же скрывается за этими тремя буквами. Чувство собственной важности – так выглядит расшифровка этой аббревиатуры. Некоторые специалисты дополняют ее еще и таким словом, как тщеславие.

Личность с завышенным ЧСВ очень восприимчива и реактивна на действия и слова критики, которые доносятся в его сторону от окружающих. Такие люди зачастую испытывают чувство ущербности, неполноценности и самокритичности. Им присуща вспыльчивость и агрессия. А все потому, что они считают себя несколько иными по сравнению со всеми окружающими.

Чувство собственной важности — психология

Многие люди, которые в той или иной степени обладают такой особенностью темперамента, не способны адекватно оценивать свое психологическое состояние. Они в полной мере уверены, что их способ жизни – самый правильный, поэтому не прислушиваются к советам посторонних людей, в том числе и своих родственников. Повышенное ЧСВ характеризует человека как эгоистичную личность, перед которой все рамки и границы должны непременно раскрываться.

ЧСВ у женщин возникает гораздо чаще, чем у представителей сильного пола. И этому есть вполне понятное объяснение. Женщина – она мать и жена, которая, по мнению многих, должна держать все под своим контролем. По этой причине большинство домохозяек считают, что если они не выполнят ту или иную работу по дому, то весь мир остановится. Кроме этого, многие женщины привыкли считать, что все действия окружающих ее родных и близких – не правильные, поэтому они стремятся по делу и без вставлять свои советы, что со стороны выглядит как навязывание чужой точки зрения.

ЧСВ — это хорошо или плохо?

Что такое ЧСВ, мы уже выяснили. Теперь следует разобраться, какова роль этого качества темперамента в жизни человека. Многие из нас уверены, что чувство собственной важности это синоним . Однако, это ошибочное мнение. Когда задевают чувство достоинства, то это значит, что человек намеренно хочет упрекнуть, чтобы обидеть. Тогда как в случае с ЧСВ речь идет о критике, касающейся исключительно человеческой самовлюбленности и гордыни, которая еще никогда не считалась .

Лишившись чувства собственной важности мы становимся неуязвимыми, поскольку нет эмоциональной реакции ни на слова, ни на поступки. Отсутствие ЧСВ наделяет человека уверенностью в себе, потому что, когда мы избавлены от надуманных образов, терять нам уже больше нечего. Исходя из вышесказанного, становится понятно, что завышенное ЧСВ – не есть хорошей чертой темперамента.

Синдром ЧСВ

Отследить развитие подобного качества характера крайне сложно. Квалифицированные специалисты характеризуют завышенное ЧСВ в проявлении «синдрома отличника», то есть человека, который привык считаться только со своей точкой зрения и ни с чьей больше. Такие люди, как правило, обладают излишней наглостью, хамоватостью и вместе с тем некой отстраненностью, которая объясняется очень просто: за неимением более умного человека рядом, такие личности предпочитают время от времени уединяться и наслаждаться своим эгоцентризмом и превосходством над другими.

Признаки ЧСВ

Определить, если ли у человека чувство собственной важности или нет, не так-то уж и просто. Ученые вывели свою собственную теорию, по которой люди с ЧСВ ведут себя по следующему сценарию:

Синдром наставничества . Этот тот случай, когда человек пытается навязать всем свою точку зрения и мировосприятие.
Споры . Частые перепалки с партнерами и просто с друзьями, в ходе которых индивидуум, который обладает завышенным ЧСВ, пытается доказать свою точку зрения, приводя при этом всяческие, порой неоправданные, доказательства.
Оправдание . Поднятие самооценки за счет выставления себя с лучшей, быть может и неправдивой, стороны.
Привлечение внимания окружающих . Очередной способ поднятия собственной самооценки, стремление быть в центре всех событий. А вдруг что-то произойдет без его участия – это же будет крах всей Вселенной.
Ярко выраженное чувство мести . В этом случае человек начинает мстить за высказанную в его сторону критику. И пусть она была предъявлена по делу, все равно наказания, будь то словесного или физического, избежать не удастся.
Увлечение в недостатках других людей . Это, пожалуй, самый яркий пример проявления ЧСВ. На фоне чужих ошибок такие люди пытаются взобраться на высшую ступень пьедестала и показать, что они самые безукоризненные.

Чувство собственной важности — как избавиться?

Определения того, что же такое ЧСВ не достаточно, чтобы избавиться этого не совсем хорошего качества характера. Необходимо знать, как справиться с этой проблемой. Когда ЧСВ зашкаливает, следует принять меры по его исключению. Хорошо, если вы в состоянии заметить в себе этот недостаток. Гораздо хуже, если вы абсолютно уверены в своей правоте. В этом случае лучше обратить внимание на советы самых близких людей. Они то уж точно не посоветуют плохого. Итак, проведя параллель между своим поведение и вышеуказанными признаками, можно с легкостью определить, завышено ли у вас ЧСВ или нет.

Как понизить ЧСВ?

Избавление от подобного качества – это главный шаг к полноценной жизни, где нет эгоизма и критики. Уровень ЧСВ с легкостью можно понизить:

напишите без преувеличения положительные и отрицательные стороны своего характера;
задумайтесь, а по совести ли вы ведете жизнь;
напишите имена тех, кому причинили боль и кого оскорбили дурным словом;
попытайтесь принять новое мировоззрение;
сформируйте новое отношение к себе и окружающим;
заключите пари с самим собой на то, что изменитесь в ближайшее время (такая практика является наиболее действенной).

Как поднять ЧСВ?

Нередко можно столкнуться с такими людьми, у которых чувство собственной важности напрочь отсутствуют. Казалось бы, этому нужно радоваться, ведь нет ни гордыни, ни тщеславия, ни эгоцентризма. Однако, не все так просто. Заниженное ЧСВ может принести человеку проблемы не менее, чем переизбыток этой черты характера, поэтому необходимо знать приемы, которые помогут поднять чувство собственной важности.

«ЧСВ» что значит эта аббревиатура на языке интернета? Общение в Сети – особый мир со своим жаргоном. Без знания этого языка общаться на равных с оппонентами не получится. Если значение одних сокращений доходит интуитивно: ХЗ (не знаю), СПС (спасибо), то другие нужно предварительно расшифровать. Что такое ЧСВ у молодежи?

ЧСВ: что это значит, происхождение и история термина

На вопрос о чсв википедия отвечает однозначно: чувство собственной важности, чувство собственного величия. В речь аббревиатура попала из книги выдающегося писателя-мистика Карлоса Кастанеды «Путешествие в Икстлан». Главный герой, Дон Хуан утверждает, для многих людей собственная личность заслоняет весь мир, резко смещает все акценты. Человек с гипертрофированным самомнением уверен в собственной исключительности. Он считает всех окружающих менее развитыми по уму, образованию, опыту, умению мыслить, излагать мнение, делать что-либо.

Дон Хуан уверен, такие люди подобны жукам, занятым только собой, не замечающим окружающего мира. Склонность завышать собственную роль мешает адекватно воспринимать мир, заставляет постоянно доказывать личную исключительность, приводит к негативным последствиям, например, к самоубийству.

Стремление самостоятельно прервать жизнь – крайнее проявление эго, когда подросток смертью пытается доказать исключительность и непохожесть на остальных сверстников.

Зачем нужен компьютер, или как облегчить себе жизнь

Кто относится к группе риска

Признаки чувства своей важности

Лица с чрезмерно развитым эго, в отличие от знающих и авторитетных людей, не уверены в себе. Они не ждут, когда спросят их мнения, а навязывают свою точку зрения, с пеной у рта доказывают ее превосходство. Они хотят, чтобы оппоненты безропотно соглашались с ними, признавали их значимость.

Давление 100 на 100 (90 на 90, 70 на 70) что это значит, чем опасна маленькая разница между верхним и нижним давлением

При общении с лицом, страдающим от гипертрофированного ЧСВ, собеседники отмечают за ним следующие особенности:

пренебрежение чужим мнением;

Что значит ЧСВшник, как вести себя с носителями ЧСВ

Появление на форуме лица с обостренным ЧСВ, так называемого «чсвшника», становится непосильным испытанием для остальных участников беседы. Вычислить его сразу невозможно. Первые реплики и аргументы выглядят адекватно. Если оппоненту не возражать, он может и не проявить ЧСВ. Но стоит только возразить, последующий разговор превратится в перепалку и оскорбления.

Чтобы продолжить нормальное общение, необходимо исключить чсвшника из числа собеседников. На его комментарии не стоит реагировать, включаться в спор бесполезно. Самая безопасная позиция – полное игнорирование.

Важно! Чувство собственного величия штука заразная. Остановить болезнь можно только на ранних стадиях. Поэтому каждый должен регулярно проходить тест на ЧСВ, анализируя поведение в спорах. Есть подозрение на растущее эго? Нужно срочно идти к психологу, иначе дело может дойти до психиатров.

Что значит ЧСВ в других трактовках

Существуют иные версии расшифровки аббревиатуры. Так, для игроков Дота (Dota) она не имеет изначально негативного оттенка и определяет уровень мастерства. Но избыточная демонстрация достижений также может привести к конфликтным ситуациям, хвастунов не любят в любой социальной группе.

«Пол — это лава» игра для всех возрастов

В игре Dark Age переводится как число силы вещей, важных для защиты и ведения игры. Это объективный показатель, характеризующий уровень и возможности игрока.

Высокомерие, чванство, необоснованные понты. Прежде чем обвинять людей, нужно пристально посмотреть в свою сторону. Если человек перестал замечать личные недостатки, значит скоро «чсвшник» скажут про него.

Видео: «ЧСВ что значит»

Уважаемые читатели, подписывайтесь на наш канал в Яндекс.Дзен. Нажмите «Подписаться на канал», чтобы получать все самые лучшие материалы к себе в ленту.

(Пока оценок нет)

ЧСВ: что это значит, происхождение и история терминаНа вопрос о чсв википедия отвечает однозначно: чувство собственной важности, чувство собственного величия. В речь аббревиатура попала из книги выдающегося писателя-мистика Карлоса Кастанеды «Путешествие в Икстлан». Главный герой, Дон Хуан утверждает, для многих людей собственная личность заслоняет весь мир, резко смещает все акценты. Человек с гипертрофированным самомнением уверен в собственной исключительности. Он считает всех окружающих менее развитыми по уму, образованию, опыту, умению мыслить, излагать мнение, делать что-либо.Дон Хуан уверен, такие люди подобны жукам, занятым только собой, не замечающим окружающего мира. Склонность завышать собственную роль мешает адекватно воспринимать мир, заставляет постоянно доказывать личную исключительность, приводит к негативным последствиям, например, к самоубийству. Стремление самостоятельно прервать жизнь – крайнее проявление эго, когда подросток смертью пытается доказать исключительность и непохожесть на остальных сверстников.

Кто относится к группе риска

подростков, считающих себя профи на основании одной прочитанной книги, нескольких пройденных уровней игры;
женщин, приученных к командному стилю общения в семье отсутствием мужа, мужем-подкаблучником;
неудачников, страдающих от подчиненного положения, стремящихся реабилитироваться в анонимной обстановке виртуального общения.

Признаки чувства своей важности

чувство – субъективное отношение, не подкрепленное аргументами, конкретными фактами;
собственного – акцент делается на свою позицию, мнение людей игнорируется;
важности (величия) – преувеличение собственной значимости, безграничный рост самомнения.

пренебрежение чужим мнением;
разговор свысока, в поучающей манере;
игнорирование противоположных аргументов, при этом доказательства не приводятся;
полное отсутствие самокритики;
бурная реакция на критические замечания с переходом на нецензурную лексику;
отсутствие самоиронии и чувства юмора по отношению к себе.

Что значит ЧСВшник, как вести себя с носителями ЧСВ

Важно! Чувство собственного величия штука заразная. Остановить болезнь можно только на ранних стадиях. Поэтому каждый должен регулярно проходить тест на ЧСВ, анализируя поведение в спорах. Есть подозрение на растущее эго? Нужно срочно идти к психологу, иначе дело может дойти до психиатров.

Что значит ЧСВ в других трактовках

Видео: «ЧСВ что значит»

Что это — ЧСВ? Расшифровка популярного интернет-феномена

Среди огромного количества мемов в интернете есть один распространенный и невероятно актуальный в наше время — ЧСВ, расшифровка которого многим известна и, к сожалению, близка. Речь идет о чувстве собственной важности. Как ни крути, а подавляющая часть населения (если не страны, то интернета точно) чрезмерно высокого мнения о себе и своих собственных суждениях. Их взгляд на те или иные вещи априори самый разумный, правильный и обсуждению не подлежит. Такие люди требуют к себе особого отношения, хотя их значимость обычно преувеличена и стоит под вопросом. О таких говорят: «ЧСВ зашкаливает!»

А еще их высмеивают с помощью забавных афоризмов, тематических картинок в социальных сетях. Откуда же берутся такие личности? Кто придумал ставший столь популярным мем о завышенной самооценке? У кого из известных людей можно диагностировать синдром ЧСВ? Как понять, есть ли у вас предпосылки для его развития? Чем он опасен и как с ним бороться? Обо всем этом читайте ниже.

О том, как мы узнали о ЧСВ

Начнем, пожалуй, с того, откуда же появился данный термин. Ввел его известный американский писатель, ученый-эзотерик Кастанеда. Именно от него мы впервые узнали о таком явлении, как ЧСВ. Расшифровка данной аббревиатуры сегодня не вызывает сложностей ни у кого из активных пользователей интернета. А все благодаря русскоязычной викиэнциклопедии «Луркоморье» — именно ею был популяризирован мем ЧСВ, а также множество других известных интернет-феноменов. Благодаря отсутствию строгих формальностей (как в самой «Википедии»), данный ресурс охватывает большее число самых разнообразных объектов современного мира и дает более полное и понятное представление о них.

Кто они такие — люди с завышенным ЧСВ?

Итак, нам понятно, что такое ЧСВ, расшифровка известна, и источник, распространивший знание о нем, тоже. Но ведь само по себе чувство собственной важности появиться не могло, должны быть его «носители». И, разумеется, они есть. Таких людей всегда хватало, просто интернет помогает им «выйти в мир», показать себя огромному количеству людей (пользователям сети) и, соответственно, продемонстрировать свою яркость. Обнаружить носителя ЧСВ очень просто — нужно лишь пару раз наткнуться на его сообщения, комментарии к постам, и сразу все станет ясно. Все его разговоры ведутся с одной главной целью — обратить на себя внимание, заявить общественности о своей собственной крутости и уникальности, тем самым заодно и подпитать свое ЧСВ.

Среди людей, у которых ЧСВ завышенное и непоколебимое, есть много известных медиа-персон. Так, например, часто в соцсетях данная характеристика применялась к российскому дизайнеру и блоггеру Артемию Лебедеву, теле- и радиоведущей, а также скандальному блоггеру Кате Гордон, российскому публицисту, блоггеру и популяризатору сатанизма Варраксу. Все они известны своими эпатажными выходками, эгоистичной позицией и экспрессивными выражениями в работе/творчестве. Вокруг них постоянно какие-то споры, шум, обсуждения и эмоции (нередко отрицательные), впрочем, это в большинстве случаев входит в их планы.

ЧСВ в реальной жизни

В отношении знаменитостей и популярных фигур в масс-медиа все вроде бы вполне логично — им нужен пиар, им важно, чтобы о них говорили. А как насчет обычных, непубличных людей, таких, как мы с вами? Вы когда-нибудь обращали внимание на свое поведение и то, как позиционируете себя при общении с другими людьми (хоть в интернете, хоть в реальной жизни)? Ведь чрезмерное ЧСВ может очень и очень мешать.

Чем завышенное ЧСВ может быть опасно?

Во-первых, это может негативно сказаться на общении с другими людьми: друзьями, близкими, коллегами и просто окружающими нас повсюду каждый день. Как на них сказывается ваше ЧСВ? Расшифровка этого понятия может звучать так: «Я — пуп Земли». Кому понравится такая позиция? Вряд ли ваш коллега, а уж тем более начальник, будет рад работать с человеком, для которого его собственные интересы превыше всего. А родные люди? Легко ли им уживаться с вами и стараться угодить всем капризам? Рано или поздно у того, кто общается с носителем ЧСВ, закончится терпение, и отношения дадут трещину.

Во-вторых, завышенное ЧСВ вредит больше всего вам самим. Позиция «Я — лучше всех/идеален/всегда прав» может легко привести к деградации, отсутствию саморазвития, глухоте и слепоте к мнению и желаниям окружающих. В результате можно замкнуться в себе и потерять связь с действительностью. Конечно, это в особо тяжелых случаях, но ведь все начинается с малого.

Как не попасть в ловушку ЧСВ?

Если вы замечаете за собой подобное поведение, мысли, высказывания, то стоит остановиться и задуматься: «Почему я себя так веду и во что это может вылиться?» Безусловно, само по себе ЧСВ должно присутствовать у каждого человека, но в разумной доле. Заниженная самооценка так же опасна и вредна, как и завышенная. Попробуйте найти баланс. Придерживайтесь своих взглядов и суждений, если они обоснованы, обдуманы и взвешены, но уважайте и противоположные, отличные мнения. Будьте верны себе, но прислушивайтесь к другим — это бывает полезно. Что же касается социальных сетей, то иногда лучше «пройти мимо» какого-то поста, чем ввязываться в пустые разговоры, лучше заняться чем-то более полезным и продуктивным. Удачи!

Быстрая сборка генома и сравнение расшифровывают внутриштаммовые вариации альфагерпесвирусов человека

. 31 марта 2015 г.; 6(2):e02213-14.

doi: 10. 1128/mBio.02213-14.

Лэнс Р. Парсонс ¹ , Иоланда Р Тафури ² , Джейкоб Т. Шрив, Кристофер Д. Боуэн, Маккензи М. Шипли, Л. В. Энквист, Мориа Л. Шпара ³

Принадлежности

¹ Институт интегративной геномики Льюиса-Сиглера, Принстонский университет, Принстон, Нью-Джерси, США.
² Кафедра молекулярной биологии, Принстонский университет, Принстон, Нью-Джерси, США.
³ [email protected].

PMID: 25827418
PMCID: PMC4453532
DOI: 10. 1128/мБио.02213-14

Бесплатная статья ЧВК

Лэнс Р. Парсонс и др. мБио. 2015 .

Бесплатная статья ЧВК

. 31 марта 2015 г.; 6(2):e02213-14.

doi: 10.1128/mBio.02213-14.

Авторы

Принадлежности

¹ Институт интегративной геномики Льюиса-Сиглера, Принстонский университет, Принстон, Нью-Джерси, США.
² Кафедра молекулярной биологии, Принстонский университет, Принстон, Нью-Джерси, США.
³ [email protected].

PMID: 25827418
PMCID: PMC4453532
DOI: 10.1128/мБио.02213-14

Абстрактный

Вирус простого герпеса (ВПГ) — широко распространенный возбудитель, вызывающий поражение эпителия с рецидивирующим течением заболевания, проявляющимся в течение жизни. Пожизненный аспект инфекции возникает в результате латентной вирусной инфекции нейронов, резервуара, из которого вирус периодически реактивируется. Недавняя работа продемонстрировала широту генетической изменчивости глобально распространенных штаммов ВПГ. Однако количество вариаций или способность к мутациям в пределах одного штамма изучены недостаточно. Здесь мы разработали и применили новый упрощенный подход к сборке и сравнению больших ДНК-вирусных геномов, таких как HSV-1. Этот рабочий процесс сборки вирусного генома (VirGA) включает в себя комбинацию сборки de novo, выравнивания и стратегий аннотирования для автоматизации создания черновиков геномов для крупных вирусов. Мы применили этот подход для количественной оценки степени изменчивости между клональными производными общего исходного штамма вируса. Кроме того, мы исследовали генетическую основу фенотипов синцитиальных бляшек, проявляемых подмножеством этих штаммов. В каждом из синцитиальных штаммов мы обнаружили идентичное изменение ДНК, затрагивающее один остаток в слитом белке gB (UL27). Поскольку эти идентичные мутации могли появиться после обширного пассирования in vitro, мы применили метод секвенирования и сравнения VirGA к двум клиническим штаммам HSV-1, выделенным от одного и того же пациента. Один из этих штаммов был синцитиальным при первом культивировании; его последовательность выявила ту же мутацию gB. Эти данные дают представление о степени и происхождении внутриштаммовых вариаций HSV-1 по всему геному и представляют собой полезные методы для расширения до исследований инфекций пациентов in vivo.

Важность: Вирус простого герпеса (ВПГ) поражает более 70% взрослых людей во всем мире, вызывая поражения эпителия и рецидивирующие заболевания, проявляющиеся на протяжении всей жизни. Предыдущая работа показала, что штаммы ВПГ варьируются от страны к стране и у разных людей. Однако количество вариаций в пределах одного штамма изучено недостаточно. Чтобы решить эту проблему, мы разработали новый подход к сборке и анализу вирусного генома (VirGA). Мы использовали этот подход для количественной оценки степени вариации между сестринскими клонами общего родительского штамма вируса и для определения основы уникального слитого фенотипа, проявляемого несколькими вариантами. Эти данные показали, что в то время как сестринские клоны одного штамма ВПГ составляют более 9На 8% идентичные, эти варианты содержат достаточно генетических различий, чтобы изменить наблюдаемые характеристики. Подходы сравнительной геномики позволят нам изучить влияние межштаммового и внутриштаммового разнообразия вирусов на эффективность лекарств и вакцин.

Цифры

РИС. 1

Морфология бляшек в стаях ВПГ-1,…

РИС. 1

Морфология бляшек в материалах ВПГ-1 до и после очистки бляшек. Лабораторно-пассированные запасы…

РИСУНОК 1

Морфология бляшек в исходных материалах HSV-1 до и после очистки бляшек. Пассированные в лаборатории образцы классических штаммов HSV-1 KOS и F содержат множественные морфологии бляшек. (A) С помощью нескольких раундов предельного разведения различные морфологии бляшек могут быть разделены на популяции, которые действительно размножаются и демонстрируют значительно сниженное разнообразие (подробности см. в Таблице 1). (B) KOS HSV-1 можно разделить на большие, синцитиальные и гиперсинцитиальные варианты. (C) ВПГ-1 F можно разделить на большие, синцитиальные и малые варианты. (D) Мы использовали ранее описанный BAC-клонированный геном F HSV-1, который был модифицирован для кодирования слияния mRFP с вирусным капсидом (38). Восстановление этого клонированного генома в клетках млекопитающих восстанавливает разнообразие морфологии бляшек, наблюдаемое в запасах F HSV-1. Фазовые и флуоресцентные изображения показывают, что в дополнение к разнообразию морфологии бляшек флуоресцентно помеченные вирусные запасы демонстрируют разнообразие флуоресценции (дополнительные изображения можно найти на рис. S1 в дополнительном материале). (E) Клинические изоляты с низким числом пассажей HSV-1 h266 и h266 _Syncytial представляют собой отдельные штаммы, выделенные из спинномозговой жидкости одного и того же пациента во время эпизода вирусного менингита. Размер и внешний вид цитопатических и синцитиальных бляшек соответствуют наблюдаемым в выделенных в лаборатории вариантах ВПГ-1 KOS и F. Вирусы высевали в предельных разведениях на монослои клеток Vero, а затем фиксировали и окрашивали метиленовым синим при 72 HPI. Изображения были экспортированы из программного обеспечения Nikon NIS-Elements. Контраст был инвертирован с помощью Adobe Photoshop, чтобы более четко показать бляшки. Стержни: 1 мм (A), 5 мм (B, C и E) и 2 мм (D). Дальнейшие количественные оценки распределения размеров и частоты бляшек представлены на рис. 2 и в таблицах 1 и 2.

РИС. 2

Распределение морфологии бляшек до…

РИС. 2

Распределение морфологии бляшек до и после очистки от бляшек. На графике изображено…

РИС 2

Распределение морфологии бляшек до и после очистки бляшек. На графике показано количество бляшек с заданной площадью для каждого варианта морфологии бляшек, показанного на рис. 1. (A) Распределение исходного запаса KOS ВПГ-1 и больших, синцитиальных и гиперсинцитиальных вариантов. Ячейки включают в себя количество табличек с площадями до значения, указанного на 9Ось 0143 x (бины по 1 мм для субклонов HSV-1 KOS). (B) Распространение исходного запаса HSV-1 F и больших, малых и синцитиальных вариантов. Бункеры размером 0,5 мм использовали для субклонов F HSV-1. (C) Распределение размеров бляшек из клинических штаммов HSV-1 h266 и h266 _Syncytial с использованием ячеек размером 1 мм. Сплошные черные линии указывают на исходные запасы вируса, зеленые линии указывают на варианты со стандартным цитопатическим эффектом (CPE), а фиолетовые линии указывают на синцитиальные варианты. Все бляшки были количественно оценены при 72 HPI. Обратите внимание, что 9Масштаб оси 0143 x зависит от панели.

РИС. 3

Глубокий охват последовательностей HSV-1…

РИС. 3

Глубокий охват последовательностей вариантов HSV-1 из каждой группы штаммов. Предварительно обработанная последовательность считывает…

РИС 3

Глубокий охват последовательностей вариантов ВПГ-1 из каждой группы штаммов. Предварительно обработанные считывания последовательностей были сопоставлены с новыми проектами геномов для оценки глубины охвата каждой сборки. Глубина покрытия нанесена на лаг ₁₀ масштаб (ось y ) по всей длине генома HSV-1 (ось x ). Основные области генома ВПГ-1 показаны на диаграмме под осью x , включая длинные и короткие внутренние повторы (IRL и IRS). Геномы и покрытие показаны в усеченном формате (12), куда не включены терминальные копии IRL и IRS. Треки покрытия наложены для (A) вариантов KOS HSV-1, (B) вариантов F HSV-1 и (C) HSV-1 h266 и h266 _Syncytial. Общее количество полученных прочтений последовательностей было разным для каждого штамма HSV-1, что влияет на общую глубину охвата (таблица 3). Однако пики и впадины глубины покрытия приходятся на аналогичные участки генома HSV-1, при этом внутренние повторы (IRL и IRS) демонстрируют наибольшую изменчивость в покрытии.

РИС. 4

Синцитиальная вариация R858H в гликопротеине…

РИС. 4

Синцитиальная вариация R858H в гликопротеине B (gB [UL27]). (A) Схема сердечника…

РИС 4

Синцитиальная вариация R858H в гликопротеине B (gB [UL27]). (A) Схема основного слитого гликопротеина B (gB [UL27]) с маркировкой доменов, адаптированных из ссылки (TM, трансмембранный домен; h, спираль). (B) Выравнивание последовательности ДНК для сегмента хвоста gB (UL27), показывающее нуклеотидную мутацию G-to-A, которая является общей для всех синцитиальных штаммов и отсутствует во всех несинцитиальных штаммах (желтый столбец с красными прямоугольниками; открытая рамка считывания). [ORF] позиция 2577). Аминокислотные трансляции показаны под каждой последовательностью ДНК, демонстрируя результирующую мутацию R-to-H в белке gB. В этой области также видны две молчащие вариации ДНК; один общий для всех вариантов KOS (красные прямоугольники; позиция ORF 2534), а другой по совпадению общий для h266 _Syncytial (желтые прямоугольники; позиция ORF 2566).

См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC

Цитируется

Сравнение геномного разнообразия вируса простого герпеса 1 у взрослых половых партнеров с генитальной инфекцией.
Рэтбан М.М., Шипли М.М., Боуэн К.Д., Селке С., Вальд А., Джонстон С., Шпара М.Л. Ратбан М.М. и др. PLoS Патог. 2022 19 мая; 18 (5): e1010437. doi: 10.1371/journal.ppat.1010437. Электронная коллекция 2022 май. PLoS Патог. 2022. PMID: 35587470 Бесплатная статья ЧВК.
Дерматит во время космического полета, связанный с реактивацией ВПГ-1.
Мехта С.К., Шпара М.Л., Руни Б.В., Диак Д.М., Шипли М.М., Реннер Д.В., Кригер С.С., Нельман-Гонсалес М.А., Зварт С.Р., Смит С.М., Карась Б.Е. Мехта С.К. и др. Вирусы. 2022 11 апреля; 14 (4): 789. дои: 10.3390/v14040789. Вирусы. 2022. PMID: 35458519 Бесплатная статья ЧВК.
Вирус простого герпеса 2 (ВПГ-2) эволюционирует быстрее в культуре клеток, чем ВПГ-1, создавая большее генетическое разнообразие.
Лопес-Муньос А.Д., Растрохо А., Мартин Р., Алками А. Лопес-Муньос А.Д. и др. PLoS Патог. 2021 26 августа; 17 (8): e1009541. doi: 10.1371/journal.ppat.1009541. Электронная коллекция 2021 авг. PLoS Патог. 2021. PMID: 34437654 Бесплатная статья ЧВК.
Вирусные и прионные инфекции, связанные с синдромами центральной нервной системы в Бразилии.
Sousa IP Jr, Dos Santos FB, de Paula VS, Vieira TCRG, Dias HG, Barros CA, da Silva EE. Sousa IP Jr, et al. Вирусы. 2021 15 июля; 13 (7): 1370. дои: 10.3390/v13071370. Вирусы. 2021. PMID: 34372576 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.
Геномное разнообразие вируса герпеса Ostreid типа 1 во времени и месте, а также среди видов-хозяев.
Морга Б., Жако М., Пеллетье С., Шевиньон Г., Дегремон Л., Биетри А., Пепин Д.Ф., Эртебис С., Эскубас Д.М., Бин Т.П., Розани У., Бай К.М., Рено Т., Лами Д.Б. Морга Б. и др. Фронт микробиол. 2021 13 июля; 12:711377. дои: 10.3389/fmicb.2021.711377. Электронная коллекция 2021. Фронт микробиол. 2021. PMID: 34326830 Бесплатная статья ЧВК.

Просмотреть все статьи «Цитируется по»

использованная литература

1. Ройзман Б. , Сирс Э. 1996. Вирусы простого герпеса и их репликация, стр. 1043–1107. В Fields BN, Knipe DM, Howley PM (ed), Fields virology, 3rd ed. Липпинкотт Рэйвен, Филадельфия, Пенсильвания.
1. Гранштедт А.Е., Босс Дж.Б., Тиберге С.Ю., Энквист Л.В. 2013. Визуализация альфа-герпесвирусной инфекции in vivo выявляет синхронизированную активность, зависящую от аксональной сортировки вирусных белков. Proc Natl Acad Sci USA 110:E3516–E3525. doi:10.1073/pnas.1311062110. — DOI — ЧВК — пабмед
1. Koyuncu OO, Hogue IB, Enquist LW. 2013. Вирусные инфекции нервной системы. Клеточный микроб-хозяин 13: 379–393. doi:10.1016/j.chom.2013.03.010. — DOI — ЧВК — пабмед
1. Штайнер И., Кеннеди П.Г., Пахнер А.Р. 2007. Нейротропные вирусы герпеса: простой герпес и ветряная оспа. Ланцет Нейрол 6: 1015–1028. doi: 10.1016/S1474-4422(07)70267-3. — DOI — пабмед
1. Брэдли Х. , Марковиц Л.Е., Гибсон Т., Маккуиллан Г.М. 2014. Серопревалентность вируса простого герпеса типов 1 и 2 — США, 1999–2010 гг. J Infect Dis 209: 325–333. дои: 10.1093/infdis/jit458. — DOI — пабмед

Типы публикаций

термины MeSH

Грантовая поддержка

P40 OD010996/OD/NIH HHS/США
P40 RR 018604/RR/NCRR NIH HHS/США
K22 AI095384/AI/NIAID NIH HHS/США
R01 NS033506/NS/NINDS NIH HHS/США
P50 GM071508/GM/NIGMS NIH HHS/США

P40 RR018604/RR/NCRR NIH HHS/США

Интегративная функциональная геномика расшифровывает вирус простого герпеса 1

Реферат

Предсказанные 80 открытых рамок считывания (ОРС) вируса простого герпеса 1 (ВПГ-1) интенсивно изучались на протяжении десятилетий. Здесь мы распутываем полный вирусный транскриптом и транслатом во время литической инфекции с разрешением пар оснований путем вычислительной интеграции данных мультиомики. Мы идентифицируем в общей сложности 201 транскрипт и 284 ORF, включая все известные и 46 новых больших ORF. Это включает до сих пор неизвестную ORF в локусе, удаленном в одобренном FDA онколитическом вирусе Imlygic. Множественные изоформы транскриптов, экспрессируемые из отдельных генных локусов, объясняют трансляцию подавляющего большинства ORF, а также N-терминальные удлинения (NTE) и укорочения. Мы показываем, что NTE с неканоническими стартовыми кодонами управляют субклеточной локализацией белков и упаковкой ключевых вирусных регуляторов и структурных белков. Мы расширяем текущую номенклатуру, чтобы включить все продукты вирусных генов, и предоставляем браузер генома, который визуализирует все полученные данные от всего генома до разрешения одного нуклеотида.

Введение

Вирус простого герпеса 1 (ВПГ-1) является возбудителем герпеса, но также ответственен за тяжелые, опасные для жизни заболевания, включая генерализованные кожные инфекции, пневмонию, гепатит и энцефалит ¹ . Геном HSV-1 имеет размер около 152 т.п.н. и, как известно, кодирует не менее 80 открытых рамок считывания (ORF), многие из которых были тщательно изучены. Крупномасштабное секвенирование РНК и профилирование рибосом недавно показали, что кодирующая способность трех других герпесвирусов, а именно цитомегаловируса человека (HCMV), герпесвируса, ассоциированного с саркомой Капоши (KSHV) и вируса Эпштейна-Барра (EBV), значительно выше, чем считалось ранее ^2,3,4,5 . В частности, для HCMV и KSHV были идентифицированы сотни продуктов вирусных генов. Это результат тщательно регулируемого использования альтернативных сайтов начала транскрипции и трансляции во время литической инфекции. Более того, было обнаружено, что эти вирусы кодируют сотни коротких ОРС (кОРС) с неизвестной функцией. Подобно своим клеточным аналогам, они могут либо регулировать трансляцию продуктов вирусных генов, либо кодировать функциональные вирусные полипептиды ^6,7,8,9,10 . На сегодняшний день большинство этих вирусных генных продуктов не прошли экспериментальную проверку. Кроме того, отсутствие полной аннотации и пересмотренной номенклатуры серьезно затрудняет функциональные исследования.

Здесь мы использовали широкий спектр беспристрастных подходов к функциональной геномике и повторно проанализировали недавно опубликованные данные, чтобы всесторонне охарактеризовать генные продукты ВПГ-1 (рис. 1). Наш анализ вирусного транскриптома включал: ранее опубликованные эксперименты с временным ходом (i) общие данные RNA-seq и 4sU-seq ¹¹ , (ii) профилирование неопубликованного сайта начала транскрипции (TiSS) с использованием двух дополнительных подходов (cRNA-seq ² и dRNA-seq ¹² ), (iii) включение вирусных транскриптов, недавно идентифицированных двумя другими группами с использованием PacBio ¹³ и MinION ¹⁴, и (iv) локализация РНК с помощью секвенирования РНК субклеточных фракций как ВПГ-1 дикого типа ¹⁵, так и мутанта с делецией ключевого вирусного фактора экспорта РНК ICP27. Анализ вирусного транслатома включал: (i) стандартное профилирование рибосом ¹¹, а также неопубликованное до сих пор профилирование сайта начала трансляции (TaSS) с использованием (ii) харрингтона и (iii) лактимомицина. Вирусные ORF были проверены с использованием подходов количественной протеомики цельных клеток и обратной генетики. Чтобы сделать аннотацию и все полученные данные легко доступными для исследовательского сообщества, мы предоставляем собственное программное обеспечение для просмотра генома, адаптированное для визуализации HSV-1 и нашей коллекции данных (доступно по адресу http://software.erhard-lab). .de), а также все файлы данных для просмотра нашей аннотации и данных с помощью любого доступного браузера генома на Zenodo 9.0007 16 . Таким образом, экспрессию вирусного гена и все данные можно визуально исследовать от всего генома до разрешения одного нуклеотида.

Рис. 1: Обзор применяемых подходов Omics.

Экспрессию вирусных генов анализировали в первичных фибробластах человека (HFF). Недавно были опубликованы общие данные RNA-seq, 4sU-seq и профилирования рибосом ¹¹ . Чтобы всесторонне идентифицировать сайт начала транскрипции (TiSS), мы выполнили cRNA-seq ² и dRNA-seq ¹², а также RNA-seq на субклеточных фракциях РНК из фиктивных клеток, клеток дикого типа и клеток, инфицированных ΔICP27. Для всех из них были выполнены две биологические повторности. Кроме того, мы включили недавно опубликованные стенограммы из PacBio 9.0007 13 и MinION ¹⁴ данные секвенирования. Профилирование сайта начала трансляции (TaSS) выполняли путем профилирования рибосом после обработки клеток в течение 30 мин харрингтонином или лактимомицином ² . Анализ протеома включал два набора данных всего протеома с использованием SILAC и масс-спектрометрии без меток. Доступные моменты времени и условия обозначены звездочками.

Изображение полного размера

В целом, мы расширили количество известных геномных элементов ВПГ-1 до 201 вирусного транскрипта, кодирующего в общей сложности 284 ОРС; включая удлинения N-концевых пептидов и укорочения нескольких классически описанных вирусных белков, а также ранее не аннотированные кодирующие белок последовательности в локусах генов основных регуляторных белков ICP0 и ICP34. 5.

Результаты

Характеристика транскриптома ВПГ-1

Чтобы идентифицировать полный набор вирусных транскриптов, мы выполнили профилирование TiSS с использованием модифицированного протокола секвенирования РНК, основанного на циркуляризации фрагментов РНК (здесь это называется cRNA-seq) ² . Это позволяет количественно определять уровни РНК, а также идентифицировать 5′-концы транскриптов, создавая сильное обогащение (≈18-кратное) прочтений, которые начинаются с 5′-концов РНК. С помощью cRNA-seq мы идентифицировали 266 потенциальных TiSS (см. Дополнительные методы, критерии ii–iv), которые объясняют экспрессию многих ранее аннотированных вирусных кодирующих последовательностей (CDS). Чтобы всесторонне идентифицировать и подтвердить предполагаемый TiSS, мы применили второй подход к секвенированию на 5′-конце, названный дифференциальной РНК-секвенцией (дРНК-сек) ¹² , что обеспечивает гораздо более сильное (≈300-кратное) обогащение TiSS при повышенной чувствительности (потенциальный TiSS 446, см. Критерий i дополнительных методов). Он основан на селективном клонировании и секвенировании 5′-концов кэп-защищенных молекул РНК, устойчивых к 5′-3′-экзонуклеазе Xrn1. Два подхода предоставили очень согласованные данные с разрешением в один нуклеотид (рис. 2a). Кроме того, мы переоценили вирусные транскрипты, названные двумя другими группами, исключительно на основе методов секвенирования третьего поколения (MinION ¹⁴ и PacBio ¹³, см. Дополнительные методы, критерии v и vi). Это подтвердило многие из наших TiSS (дополнительный рисунок 1a, b). В 80 вирусных транскриптах (соответствующих в общей сложности 89 TiSS, некоторые из которых были разделены всего 5 нуклеотидами), которые были недавно идентифицированы с использованием данных MinION, обычно не хватало 7-18 нуклеотидов (нт) на 5′-конце из-за технических ограничений. метода прямого секвенирования РНК MinION (дополнительный рисунок 1b) ¹⁷ . После исправления этого смещения с использованием наших данных TiSS, полученные из MinION, в высокой степени соответствовали нашим данным cRNA-seq и dRNA-seq (рис. 2b). Только 11 из 89TiSS (12%), идентифицированный Depledge et al. не удалось подтвердить. Таким образом, мы не включили их в нашу окончательную аннотацию генома. Тем не менее, наш браузер генома кодирует отдельную дорожку, которая визуализирует все транскрипты MinION и PacBio. Около половины всех TiSS, которые были ранее идентифицированы с помощью секвенирования PacBio ¹³, соответствовали нашим данным с разрешением в один нуклеотид. Остальные TiSS (108 из 201; 54%) не могли быть подтверждены ни кРНК-секвенированием, ни дРНК-секвенированием (рис. 2с). Большинство из них были вызваны только из очень небольшого числа прочтений и, по-видимому, представляют собой продукты расщепления более крупных вирусных РНК. Это показывает, что дополнительные эксперименты необходимы для исключения ложноположительных результатов и что ни один из подходов сам по себе недостаточен для надежной идентификации всех вирусных TiSS.

Рис. 2: Анализ сайтов начала транскрипции вируса (TiSS).

a Снимок экрана нашего средства просмотра HSV-1, на котором показаны аннотированные мРНК MinION, PacBio и покрытие прочитанных 5’-концов для cRNA-seq и dRNA-seq локуса гена UL22.5-UL25. Стенограммы в нашей справочной аннотации обозначены синим цветом. b , c Диаграмма Венна, показывающая количество сайтов начала транскрипции (TiSS), которые были идентифицированы с помощью cRNA-seq, dRNA-seq и MinION ¹⁴ ( b ) или PacBio ¹³ ( c ) соответственно. TiSS, включенные в итоговую аннотацию, отмечены черным кружком. d Гистограмма, показывающая количество критериев TiSS, которым соответствовали отдельные вирусные транскрипты. e Логос последовательности перед вирусным TiSS, где вирусный TiSS сгруппирован в три ячейки одинакового размера в соответствии с их скоростью транскрипции (вверху: самая высокая; внизу: самая низкая). Показаны ТАТА-бокс и элемент-инициатор (Inr). f Логарифмическая кратность изменения между цитоплазматическим и ассоциированным с хроматином числом прочтений, нормализованным по FPKM (индекс экспорта) кластеров клеточных (серый) и вирусных (красный и синий) генов по сравнению с ВПГ-1 дикого типа (wt) и нулевым мутант фактора экспорта вирусной РНК ICP27 (ΔICP27). Вирусные немедленные ранние гены обозначены синим цветом.

Полноразмерное изображение

Чтобы всесторонне оценить вирусные кандидаты TiSS, которые были идентифицированы только с помощью одного подхода, мы разработали вычислительный конвейер, названный iTiSS ( i интегративный T ранскр i дополнительный S тарт S звонящий). Он выявляет потенциальное TiSS для кластерного накопления прочитанных 5′-концов в данных dRNA-seq (i) и cRNA-seq (ii). Он оценивает наши данные cRNA-seq для увеличения охвата чтения от восходящего к нисходящему при потенциальном TiSS (iii) и временных изменений в потенциальных кластерах чтения TiSS во временном ходе cRNAs-seq (iv). Он объясняет TiSS, уже идентифицированный секвенированием MinION (v) и PacBio (vi). Кроме того, мы также проанализировали наши данные 4sU-seq во времени, чтобы оценить потенциал TiSS, который объясняет временные изменения уровней экспрессии во время инфекции (vii), и увеличение охвата прочтений от восходящего к нисходящему (viii). Наконец, мы также оценили TiSS, который объясняет трансляцию вирусных ORF, для которых не было идентифицировано никаких других транскриптов (ix). Дополнительные сведения о каждом критерии см. в разделе Дополнительные методы. Таким образом, 9критерии были использованы для подтверждения потенциального TiSS. Все выявленные TiSS оценивались и курировались вручную. Всего в результате было выявлено 189 добросовестных вирусных TiSS, из которых 161 (85%) были вызваны как минимум по 2 критериям (рис. 2d). Три из пяти транскриптов (LAT ¹⁸, AL-RNA ¹⁹ и US5.1 ²⁰), которые мы не могли подтвердить каким-либо методом, ранее были убедительно проверены другими группами и поэтому были включены. Два других были включены после тщательной ручной проверки (см. Дополнительные методы). Полный набор транскриптов HSV-1 с соответствующими баллами представлен в дополнительных данных 1.

ТАТА-боксы являются ключевым элементом эукариотических промоторов, расположенных на 25–30 п. н. выше TiSS ²¹ . Они также распространены для генов герпесвируса ²² . Мы использовали наши данные dRNA-seq, чтобы разделить вирусные РНК на три категории транскрипции (высокая, средняя и низкая транскрипция). ТАТА-бокс или мотив, подобный ТАТА-боксу, обнаруживался значительно чаще в высокотранскрибируемой категории, чем в низкотранскрибируемой ( p < 10 ⁻⁶, точный критерий Фишера). В клетках млекопитающих TiSS маркируется инициирующим элементом (Inr), ядром которого является пиримидин-пуриновый (PyPu) динуклеотид 9.0007 23 . Интересно, что PyPu также преобладал для вирусного TiSS независимо от уровня экспрессии (рис. 2e). Это дает убедительные доказательства TiSS даже для наиболее слабо экспрессируемых вирусных транскриптов.

Затем мы рассмотрели сплайсинг внутри транскриптома HSV-1 на основе наших данных по общей РНК-секвенции и 4SU-секвенции ¹¹ . Сначала мы идентифицировали все уникальные чтения, которые охватывают предполагаемые экзон-экзонные соединения по крайней мере на 10 нт. Это подтвердило все 8 хорошо описанных событий сплайсинга и выявило дополнительный тандемный акцепторный сайт (NAGNAG) ²⁴ как для третьего экзона гена ICP0 ( RL2 ), так и для гена UL36.6 . Недавно Томбач и соавт. предложено 11 событий сплайсинга на основе данных секвенирования PacBio ¹³ . Наши данные подтвердили все эти события сплайсинга. Однако только 4 из них произошли на соответствующих уровнях по сравнению с общими уровнями транскриптов (дополнительные данные 2). Два из них объясняли трансляцию малых ORF (UL40.5 iORF и UL40.7 dORF). Наконец, мы определили 44 до сих пор неизвестных предполагаемых сайта событий сплайсинга на основе наших данных Illumina (дополнительный рисунок 2 и дополнительные данные 2). Однако все они показали значительно более низкий охват чтения, чем окружающие экзоны, что указывает на то, что они в лучшем случае представляли только редкие события. Поэтому мы решили не включать эти события сплайсинга с низкой численностью в нашу окончательную справочную аннотацию.

В недавней статье Tang et al. ²⁵ предложил 71 новое событие сплайсинга HSV-1. Мы также наблюдали 15 из них в наших данных Illumina. Интересно, что около половины (28 из 71) зарегистрированных случаев их сплайсинга наблюдались исключительно при заражении нулевым мутантом ICP27. Следует отметить, что ни один из наших 44 предполагаемых событий сплайсинга не оказался более обильным при заражении нулевым мутантом ICP27 (фракции субклеточной РНК из клеток, инфицированных ΔICP27). Мы пришли к выводу, что они не отражают аберрантные события сплайсинга, происходящие из инфицированных клеток, которые экспрессируют недостаточные уровни ICP27. Всего мы таким образом идентифицировали 189вирусный TiSS, дающий начало как минимум 201 транскрипту и изоформе транскрипта.

Процессинг 3′-конца РНК и экспорт вирусных транскриптов

В предыдущих исследованиях сообщалось о регулируемом использовании 47 вирусных поли(А)-сайтов во время продуктивной инфекции, которая, по-видимому, опосредуется или, по крайней мере, находится под влиянием вирусного белка ICP27 ^{26, 27,28,29,30,31} . Недавно мы сообщили, что литическая инфекция HSV-1 приводит к широко распространенному, но, тем не менее, селективному нарушению терминации транскрипции генов хозяина ¹¹ . В отличие от обширной сквозной транскрипции в поли(А)-сайтах хозяина, которую мы наблюдали через 4–8 ч после заражения, экспрессия вирусного гена оставалась практически неизменной. Недавно опубликованные данные секвенирования третьего поколения предложили множество очень больших вирусных транскриптов, охватывающих несколько вирусных генов ¹⁴ . Чтобы выяснить природу этих транскриптов и их роль в трансляции, мы провели секвенирование РНК на фракциях субклеточной РНК (общая РНК, цитоплазматическая РНК, нуклеоплазматическая РНК и хроматин-ассоциированная РНК), используя как ВПГ-1 дикого типа, так и нулевой мутант фактор экспорта вирусной РНК ICP27 (ΔICP27). Недавно были опубликованы данные по ВПГ-1 дикого типа и ложно инфицированным клеткам 9.0007 15 . Инфицирование ΔICP27 проводили в том же эксперименте. В соответствии с хорошо изученной ролью ICP27 в экспорте вирусной мРНК ³², все вирусные транскрипты оказались более эффективно (≈11 раз) экспортированы в цитоплазму у дикого типа, чем при инфекции ΔICP27 HSV-1 (рис. 2f). ). Интересно, что это включало даже сплайсированные гены немедленного раннего (IE) ICP0 (≈5 раз), ICP22 (≈17 раз) и ICP47 (≈27 раз), а также несплайсированные (IE) Ген ICP4 (≈11 раз). В ассоциированной с хроматином, ядерной и тотальной клеточной РНК значительное количество прочтений наблюдалось в пределах первых 500 нуклеотидов ниже вирусных поли(А)-сайтов (PAS). Однако во фракции цитоплазматической РНК инфицированных клеток уровни считывания существенно снизились сразу после PAS (рис. 3a). Это указывает на то, что считывания, картирующиеся ниже PAS, отражают предшественники мРНК, которые остаются ядерными и, таким образом, не вносят вклад в транслируемый вирусный транскриптом. Однако для некоторых вирусных генов, например, UL30 , UL38 и UL43 , во фракции цитоплазматической РНК присутствовало значительное количество прочтений, которые картировались ниже по течению от соответствующих PAS. Для UL30 PAS это стало значительно более заметным на поздних стадиях заражения (8 ч после заражения, рис. 3b). Кроме того, транскрипция UL25 , которая инициирует 107 нуклеотидов выше UL24 PAS, эффективно обходит UL24 PAS уже через 2 ч после заражения. на (дополнительный рис. 3). То же самое наблюдалось для UL24.5 , который представляет укороченную N-концевую изоформу UL24. Эти данные подтверждают предыдущие данные о дифференциальном полиаденилировании отдельных вирусных генов во время продуктивной инфекции ^{26,27,28,29,30} .

Рис. 3: Субклеточная локализация вирусных транскриптов.

a Уровни считывания 500 п.н. выше (слева) и ниже (справа) поли(А)-сайта (PAS) вирусных генов для ВПГ-1 дикого типа. Серые столбцы указывают на перекрывающиеся части с другими генами, для которых невозможно однозначно определить риды. Во фракции цитоплазматической РНК уровни считывания существенно снижались сразу после PAS. p-значения были рассчитаны с использованием одностороннего парного t-критерия по среднему кратному изменению уровней чтения на 500 пар оснований до и после PAS (от цитоплазмы до нуклеоплазмы: 9).0143 p -значение = 8,157 × 10 ⁻⁴, цитоплазматическое к хроматину, связанное: p -значение = 6,956 × 10 ^-8, цитоплазмас до P -VALUE = 4,068 × ^{× ^{× ^{× ^{× ^{× ^{× ^{× ^{. ). b Скриншот нашего средства просмотра HSV-1, показывающий считывание поли(А) на UL30 PAS в данных секвенирования кРНК через 2, 4 и 8 ч после инфицирования (hpi) реплики 1. Аннотированные транскрипты (мРНК) , белки (Proteins) и покрытие прочтений (Coverage) для связанных с хроматином, нуклеоплазматических, цитоплазматических и полных прочтений показаны только для положительной цепи. Сквозная транскрипция схематически обозначена красным цветом. Ниже UL30 PAS ассоциированные с хроматином и нуклеоплазматические риды показывают существенное считывание, тогда как цитоплазматические риды снижаются лишь до части того, что было раньше (синяя стрелка).}}}}}}}}

Изображение в натуральную величину

HSV-1 экспрессирует сотни до сих пор неизвестных ORF и sORF

Чтобы всесторонне идентифицировать вирусный транслатом, мы провели временной анализ профилирования рибосом, а также профилирование сайта начала трансляции (TaSS) (см. рис. . 1 и дополнительные методы). Полученные данные подтвердили экспрессию всех 80 ранее аннотированных ORF (CDS) и выявили 46 дополнительных больших ORF и 134 малых ORF (3–99 а.о.). Мы также идентифицировали 7 N-концевых усечений (NTT) и 17 N-концевых расширений (NTE) CDS. В общей сложности наши данные свидетельствуют о трансляции 284 вирусных ORF (дополнительные данные 3 и 4). Трансляция преимущественно инициируется со стартовых кодонов AUG (79%). Однако неканонические события инициации также внесли существенный вклад в транслатом ВПГ-1 с CUG, GUG, ACG и AUC, которые вместе инициировали трансляцию примерно 15% и 20% всех больших и малых ORF вируса соответственно (рис. 4a, b). ).

Рис. 4: Распределение использования стартового кодона для всех идентифицированных белков HSV-1.

Распределение и частота возможных стартовых кодонов, используемых открытыми рамками считывания (ORF) HSV-1 ( a ), короткими ORF (sORF) ( b ), N-концевыми усеченными ORF (NTT) ( c ) и удлиненные N-концевые ORF (NTE) ( d ). Сиротские ORF обозначены светло-серым цветом. Шесть из ранее идентифицированных CDS (UL11, UL49.5, US5, US9, US12 и RL2 iso1) имеют <100 а.о. и, таким образом, были включены в b .

Полноразмерное изображение

Мы наблюдали семь NTT, происходящих из нижестоящих событий инициации трансляции ранее описанных кодирующих последовательностей вируса (дополнительные данные 5). Все они инициировались стартовыми кодонами AUG (рис. 4c). Альтернативный TiSS ниже основного TiSS объяснил перевод 6 из 7 NTT (дополнительный рисунок 4). Только для US3.5 мы не смогли идентифицировать соответствующую расшифровку. Таким образом, остается неясным, переведен ли US3. 5 из независимой расшифровки или из-за некачественного сканирования. О шести из этих NTT (UL8.5, UL12.5, UL24.5, UL26.5, US1.5 и US3.5) уже сообщалось 9.0007 33,34,35,36,37,38 . Только NTT основного ДНК-связывающего белка pUL29 (ICP8; включает а.о. 516–1212) до сих пор не был описан. Интересно, что этот NTT инициируется стартовым кодоном AUG сразу после металл-(Zn)-связывающей петли (остатки 499-512) ^39,40 . Хотя данные профилирования рибосом показали сильный пик на соответствующем стартовом кодоне AUG, который был дополнительно обогащен обработкой LTM (дополнительная рис. 4), мы не смогли проверить усеченный белок UL29.5 с использованием C-конца 3×-флаг -меченый мутантный вирус. Таким образом, необходимы дальнейшие эксперименты, чтобы выяснить существование и стабильность UL29..5, а также его соответствующую расшифровку.

Интересно, что 16 из 80 вирусных эталонных ORF (20%) показали внутрирамочные NTE (дополнительные данные 6) с трансляционной активностью, превышающей 10% основной нижестоящей ORF. Большинство NTE (16 из 17, включая 2 NTE в UL50) инициировали трансляцию со стартовых кодонов, отличных от AUG (рис. 4d). К ним относятся ключевые вирусные белки, такие как основной белок ICP27 (UL54), основной капсидный белок (VP5, UL19) и хорошо изученная вирусная киназа US3. Для пяти вирусных генов мы создали мутантные вирусы, введя метку 3×-FLAG либо в NTE, либо ниже канонического стартового кодона AUG. Это подтвердило экспрессию 6 NTE, включая 2 NTE UL50 (рис. 5a–e). Интересно, что введение 3x-FLAG-метки в N-концевое удлинение как ICP27, так и VP5 приводило к мертвым вирусам, которые могли быть восстановлены только при трансфекции комплементарных клеток. Для UL54 экспрессия NTE уже наблюдалась, когда метка 3×-FLAG была введена ниже канонического стартового кодона AUG (рис. 5e). Для УЛ19(VP5) главный капсидный белок (MCP), NTE, помеченный 3×-FLAG, оказался даже доминантно-отрицательным. Реконструкция вируса в некомплементарных клетках приводила к частичной делеции NTE в течение двух пассажей. Это указывает на то, что NTE-MCP, помеченный 3×-FLAG, собирается в вирусные частицы, но делает их нефункциональными из-за вставленной на N-конце метки 3×-FLAG.

Рис. 5: Проверка N-концевых удлинений известных белков HSV-1.

Меченые вирусы были созданы путем вставки 3x-FLAG-метки либо перед каноническим стартовым кодоном в N-концевое расширение (NTE), либо ниже него (AUG). Показаны вестерн-блоты N-концевых удлинений, меченных 3×-FLAG, после инфицирования фибробластов крайней плоти человека указанными вирусами. Экспрессию в указанные часы (ч) после инфицирования сравнивают с неинфицированным (неинфицированным) и родительским (WT) вирусом через 24 часа после инфицирования. для генов ВПГ-1 a US3, b US5, c UL19, d UL50 и e UL54. Экспрессия NTE UL54 (ICP27) уже была видна, когда метка 3×-FLAG была вставлена ниже канонической AUG. f Иммунофлуоресценция фибробластов крайней плоти человека, инфицированных mCherry-VP26 HSV-1, содержащим 3×-FLAG-метки, вставленные перед каноническим стартовым кодоном в N-концевое удлинение (NTE) или ниже него (AUG) для US3 и г UL50. Ядра клеток окрашивали с использованием DAPI. Масштабные линейки отображают 20 микрон. Белковая локализация обоих НТЕ смещается в цитоплазму. Исходные данные предоставляются в файле исходных данных.

Полноразмерное изображение

Чтобы проверить влияние соответствующих NTE на локализацию белка, мы провели иммунофлуоресцентную микроскопию вирусов, меченных NTE и AUG. В то время как субклеточная локализация NTE UL54 и US5 была неотличима от их канонических аналогов (дополнительная рис. 5), NTE US3 и UL50 заметно изменили субклеточную локализацию (рис. 5f, g). В то время как канонический US3 был преимущественно ядерным, NTE-US3 локализовался в цитоплазме. NTE US3 содержит участок, богатый лейцином, что указывает на предполагаемый сигнал ядерного экспорта. Вирус псевдобешенства (PRV), свиной альфагерпесвирус, экспрессирует две изоформы US3, обе из которых инициируются стартовыми кодонами AUG на отдельных транскриптах (дополнительная рис. 6). Более длинная изоформа кодирует сигнал митохондриальной локализации, приводящий к цитоплазматической локализации и невозможности включения соответствующего белка в тегумент ⁴¹ . Последовательность ДНК US3 NTE консервативна в HSV-2 и ее роль в качестве сигнала ядерного экспорта соответствует данным, демонстрирующим, что HSV-2 US3 не может накапливаться в цитоплазме, когда ядерный экспорт ингибируется ⁴² . Подобно US3, локализация NTE-UL50 также сместилась в цитоплазму (рис. 5g). Сообщалось, что активность UL50 dUTPase в клетках, инфицированных PRV, является ядерной ⁴³ , в то время как она, по-видимому, преимущественно цитоплазматическая с HSV-2 ⁴⁴ и почти одинаково распределена в HSV-1. Мы пришли к выводу, что NTE, инициируемые стартовыми кодонами, отличными от AUG, распространены в протеомах альфагерпесвирусов. Они позволяют экспрессировать альтернативные изоформы белков с различной субклеточной локализацией и регуляторными мотивами.

В 2015 г. был одобрен первый онколитический вирус (talimogene laherparepvec (Imlygic)) для лечения меланомы ⁴⁵ . В этом модифицированном вирусе простого герпеса 1 отсутствуют два вирусных гена (ICP34. 5 и ICP47), и он экспрессирует GM-CSF для рекрутирования и стимуляции антигенпрезентирующих клеток. В локусе ICP34.5 (RL1) мы обнаружили ORF из 93 а.о., которую мы назвали RL1A (рис. 6а). Он инициируется со стартового кодона AUG, находящегося на 46 нуклеотидов выше стартового кодона AUG RL1, и транслируется с того же транскрипта на более чем в 4 раза более высоких уровнях. Таким образом, в Imlygic отсутствует третий вирусный белок, а именно RL1A.

Рис. 6: Доказательства наличия дополнительных последовательностей, кодирующих белок.

Данные профилирования рибосом, визуализирующие экспрессию двух вирусных открытых рамок считывания (ORF), RL1A и RL2A (три цвета, отображающие число считываний для каждой из трех возможных рамок, желтый = 1, синий = 2, зеленый = 3), экспрессируется из a RL1 и b RL2 локуса терминальных повторов (TRL). Показаны как стандартные данные профилирования рибосом в логарифмической шкале (Total.log), так и данные профилирования сайта начала трансляции, полученные с использованием лактимомицина (линейная шкала, ltm. LIN). Три возможных рамки считывания окрашены в желтый цвет (кадр 1), синий (кадр 2) и зеленый (кадр 3). Обе ORF хорошо выражены и подтверждены сильным пиком их соответствующего сайта начала трансляции (TaSS) в ltm-дорожке (черные стрелки). В то время как RL2A инициируется с неканонического стартового кодона ACG, 9Белок RL1A длиной 3 а.о. инициируется стартовым кодоном AUG и ранее был пропущен из-за его длины <100 а.о. c Подтверждение экспрессии RL2A вестерн-блоттингом. Первичные фибробласты человека были инфицированы двумя вирусными клонами (22, 33) с одним сегментом RL, экспрессирующим 3×-FLAG-меченый RL2A (RL2A), фиктивный, ВПГ-1 дикого типа (WT; в течение 24 часов) или 3×- FLAG-RL2A-ΔRL (=RL2A-ΔRL) на 24 часа. Интересно, что вставка 3×-FLAG-метки привела к потере экспрессии ICP0, предположительно из-за введения трех стартовых кодонов AUG вне кадра (внутри каждой FLAG-метки) выше ICP0 TaSS. Это было наиболее выражено при удалении второго повтора (RL2A-ΔRL). Актин служил в качестве хозяйственного контроля. Показан репрезентативный эксперимент двух независимых экспериментов. d Распределения всех идентифицированных типов ORF (кодирующая последовательность CDS, NTE N-концевые расширенные ORF, NTT N-концевые усеченные ORF, uORF восходящей ORF, uoORF восходящая ORF, iORF внутренняя ORF, dORF нисходящая ORF, sORF короткая ORF) HSV-1, классифицированных по ORF и орфанным ORF. Исходные данные предоставляются в файле исходных данных.

Изображение полного размера

Локус RL2 кодирует основной вирусный белок ICP0 непосредственно раннего периода. Здесь мы идентифицировали дополнительную сплайсированную ORF (названную RL2A) из 181 аминокислоты, которая инициируется стартовым кодоном ACG на 116 нуклеотидов выше ICP0 TaSS (рис. 6b). Экспрессия RL2A была подтверждена путем создания мутантного вируса (3×-Flag-RL2A) с 3×-FLAG-меткой, вставленной на 12 нуклеотидов ниже стартового кодона ACG (рис. 6c). Интересно, что экспрессия RL2A мутантным вирусом может быть обнаружена только на короткое время сразу после воссоздания вируса и легко теряется при серийном пассировании. Это указывает на то, что вставка 3x-FLAG-метки в область повтора RL2A серьезно нарушала приспособленность вируса, что приводило к рекомбинации ДНК с другим повтором дикого типа. Чтобы решить эту проблему, мы создали второй мутантный вирус (3×-FLAG-RL2A-ΔRL), последовательно удаляя RL2A дикого типа и часть RL2 из второго повтора для предотвращения рекомбинации и удаления вставленного 3×-Flag- метки при восстановлении и пассировании вируса. Это привело к стабильной экспрессии меченого 3×-Flag RL2A ожидаемого размера (21,8 кДа; рис. 6c). Интересно, однако, что экспрессия ICP0 у этого мутанта была почти полностью устранена. Впоследствии мы отметили, что метка 3×-FLAG содержит внерамочный стартовый кодон AUG (GATTACAAGG ATG ACGACGATAA) в каждом из трех повторов FLAG-tag. Инициация трансляции в соответствующих стартовых кодонах и рибосомах в обход ICP0 TaSS объясняет наблюдаемую почти полную потерю экспрессии ICP0 и, следовательно, быструю рекомбинацию нашего первичного мутанта 3×-FLAG-RL2A при серийном пассировании. Кроме того, это также может объяснить некоторую аттенуацию, которую мы наблюдали для мутантных вирусов с NTE, меченных 3×-FLAG, а именно для ICP27 и VP5. Соответственно, уровни белка канонического белка ICP27 были резко снижены для вируса NTE-ICP27 с меткой 3×-FLAG (дополнительная рис. 5). Эти наблюдения подчеркивают необходимость тщательного рассмотрения использования сайтов начала эктопической трансляции при манипулировании геномами герпесвирусов.

Транскрипция всех вирусных генов постоянно увеличивается на протяжении литической инфекции, за исключением транскриптов, кодирующих ORF-O и ORF-P. Эти две частично перекрывающиеся ORF экспрессируются антисмысловыми по отношению к гену ICP34.5 (RL1) ⁴⁶ . В соответствии с предыдущим отчетом соответствующий транскрипт уже хорошо определялся в данных 4sU-seq через 1 ч после заражения. но после этого транскрипционная активность быстро снижалась (дополнительная рис. 7a). Тем не менее, трансляция соответствующих транскриптов оставалась обнаруживаемой до поздних сроков заражения. Интересно, что отсутствие канонического стартового кодона привело к гипотезе, что ORF-O инициируется с того же стартового кодона AUG, что и ORF-P, но затем расходится в пределах первых 35 кодонов из-за рибосомального сдвига рамки считывания. Мы не наблюдали каких-либо признаков смещения рамки считывания в транслатоме HSV-1. Хотя трансляция ORF-O была довольно слабой, наши данные показывают, что она скорее инициируется с неканонического стартового кодона ACG на 76 нуклеотидов выше ORF-P (дополнительная рис. 7b).

Наконец, мы также стремились подтвердить недавно идентифицированные ORF HSV-1 с помощью масс-спектрометрии всего протеома. Мы получили данные полного протеома тройного SILAC от HFF, инфицированного HSV-1, через 0, 4 и 8 часов p.i ( n = 3). Кроме того, мы провели масс-спектрометрию всего протеома из первичных фибробластов легких, инфицированных ВПГ-1, в течение 0, 4, 9 и 15 часов. В целом это подтвердило только 11 (6%) из 186 ORF и sORF (дополнительные данные 7; за исключением NTE и NTT), выявленных в этом исследовании. Эта довольно небольшая часть согласуется с предыдущей работой по ORF HCMV 9.0007 2 и предположительно отражает тот факт, что большинство вирусных sORF по своей природе нестабильны и быстро деградируют при трансляции, как и их клеточные аналоги. Тем не менее, они могут играть важную роль в регуляции трансляции вирусных ОРС, кодируемых ниже по течению от них. Кроме того, идентифицированные большие вирусные ORF были экспрессированы на значительно более низких (~ 10 ×) уровнях, чем ранее идентифицированные последовательности, кодирующие вирусный белок (дополнительная рис. 8).

Полная номенклатура продуктов гена ВПГ-1

Большое количество продуктов вирусных генов потребовало расширения существующей номенклатуры. Сначала мы собрали блоки вирусных генов, включающие изоформы транскриптов, ОРС и регуляторные объекты, например, uORF и uoORF (дополнительные данные 3). Подробное описание применяемых правил приведено в дополнительных методах. Короче говоря, мы полностью сохранили текущую номенклатуру для всех ORF в справочной аннотации ¹ и приписали каждую ORF наиболее высоко экспрессируемому транскрипту в ее окрестностях. Альтернативные изоформы транскриптов, инициирующие менее 500 нуклеотидов, были помечены знаком «*» (удлиненный) или «#» (усеченный), например, мРНК UL13 *1. Наконец, альтернативно сплайсированные транскрипты были помечены iso 1 и iso 2. Короткие ORF (<100 а.о.) были названы восходящей ORF (uORF), восходящей перекрывающейся ORF (uoORF), внутренней ORF (iORF) и нижестоящей ORF (dORF) в отношении к следующей соседней большой ORF. Любая ORF, транскрипт которой не мог быть идентифицирован как ответственный за ее трансляцию, был помечен как потерянный. Обзор состояния различных типов ORF, которые мы идентифицировали, показан на рис. 6d. В соответствии с этим любой транскрипт, в котором не было обнаружено, что он кодирует ORF или sORF в пределах его первых 500 нуклеотидов, также был помечен как сиротский. Интересно, что мы идентифицировали 41 транскрипт-сироту (дополнительные данные 8), которые показали преимущественно ядерную локализацию, что указывает на то, что они могут представлять вирусные ядерные длинные некодирующие РНК (lncRNAs). Однако все они были выражены на достаточно низком уровне. Соответственно, нам не удалось проверить пять из них с помощью нозерн-блоттинга, несмотря на значительные усилия. Мы пришли к выводу, что HSV-1 не экспрессирует высоко транскрибируемых вирусных некодирующих РНК во время литической инфекции. Мы загрузили полностью повторно аннотированную информацию о геноме HSV-1 в базу данных аннотаций третьей стороны NCBI GenBank (номер доступа BK012101).

Обсуждение

В последние годы основные достижения в высокопроизводительной экспериментальной методологии показали, что экспрессия гена герпесвируса на удивление сложна. Хотя в ряде исследований за последние несколько лет описаны сотни вирусных транскриптов и ORF, систематический анализ, проверка и интеграция в генные модули, которые связывают отдельные ORF и sORF со специфическими транскриптами, из которых они экспрессируются, не предпринимались. Более того, отсутствие стандартизированной номенклатуры затрудняет функциональные исследования этих продуктов вирусных генов. Основываясь на широком спектре этих и уже опубликованных данных функциональной геномики, мы здесь предоставляем современную, полностью пересмотренную аннотацию генома ВПГ-1.

Вызов генных продуктов на основе больших данных сопряжен с риском ложных срабатываний. Поскольку репликация вируса уже начинается через 2 часа после заражения, первые вирусные частицы высвобождаются через 4 часа после заражения. и >80% трансляционной активности в инфицированных клетках является вирусной через 8 ч после заражения. ¹¹, мы ограничили наш анализ первыми 8 часами инфекции, чтобы снизить риск обнаружения аберрантной экспрессии генов в клетках с обширным цитопатическим нарушением механизма транскрипции. Интегративный анализ данных о сайте начала транскрипции (TiSS), полученных с помощью методов секвенирования второго (cRNA-seq, dRNA-seq) и третьего (PacBio, MinION) поколения, выявил необходимость проверки вирусного TiSS несколькими способами, чтобы исключить такие экспериментальные артефакты, генерируемые индивидуальные подходы. Сходным образом, различные подходы к профилированию транскрипции идентифицировали многочисленные предполагаемые события сплайсинга. Однако подавляющее большинство из них произошло только на очень низких уровнях. Мы ограничили наш анализ первыми 8 часами литической инфекции ВПГ-1 и включили только события сплайсинга, наблюдаемые как минимум двумя подходами. В то время как секвенирование MinION недавно идентифицировало сайты межгенного сплайсинга, приводящие к слитым белкам (например, между ICP0 и гликопротеином L) ¹⁴, соответствующие транскрипты возникают только на очень поздних стадиях инфекции, и их функциональное значение остается неясным. Поэтому мы не включили их в нашу аннотацию. Мы пришли к выводу, что сплайсинг в транскриптоме HSV-1 уже был хорошо описан в предыдущей справочной аннотации, но редкие события сплайсинга могут объяснить некоторые из наших орфанных вирусных ORF и sORF.

В эукариотических клетках РНК-полимераза II (Pol II) может продолжать транскрипцию тысяч нуклеотидов ниже PAS до тех пор, пока транскрипция не прекратится и Pol II не высвобождается из хроматина ⁴⁷ . Поскольку экспрессия вирусных генов быстро увеличивается во время литической инфекции, предшественники мРНК с необработанными 3′-концами, которые все еще выходят за пределы канонического сайта полиаденилирования, вероятно, будут преобладать в инфицированных клетках. Таким образом, необработанные вирусные пре-мРНК легко могут быть неверно истолкованы как зрелые вирусные транскрипты. Это предположительно объясняет предыдущие сообщения о почти полной транскрипции герпесвирусных геномов во время продуктивных инфекций ^2,48,49 . Анализ цитоплазматической, а не тотальной РНК дает более точную картину транскриптома зрелого вируса. В соответствии с предыдущими отчетами мы подтвердили, что основной фактор экспорта вирусной РНК ICP27 необходим для эффективного экспорта всех вирусных транскриптов 9.0007 32 . Интересно, что это также включало все непосредственные ранние гены и сплайсированные вирусные транскрипты.

Профилирование рибосом выявило 134 sORF, экспрессируемых во время литической инфекции HSV-1. Большинство из них представляют собой так называемые восходящие открытые рамки считывания (uORF). Интересно, что относительно большая часть изоформ транскриптов (~20%) кодирует свои собственные uORF, которые преимущественно (54%) инициируются стартовыми кодонами AUG. Клеточные uORF составляют важную регуляторную сеть, регулирующую экспрессию генов на уровне трансляции, влияя на инициацию трансляции нижестоящей ORF ⁵⁰ . Надежная аннотация как вирусных транскриптов, так и их соответствующих uORF теперь позволит проводить функциональные исследования этих загадочных продуктов вирусных генов. Полипептиды, кодируемые sORF, обычно очень нестабильны и, таким образом, не обнаруживаются с помощью масс-спектрометрии всего протеома. Соответственно, мы смогли подтвердить только около 5,5% ORF, идентифицированных с помощью рибосомного профилирования на уровне пептидов. Интересно, что недавно мы смогли показать, что пептиды, полученные из клеточных sORF, тем не менее, эффективно включаются и презентируются молекулами MHC-I на клеточной поверхности, несмотря на то, что они практически не обнаруживаются с помощью масс-спектрометрии всего протеома ⁵ . Таким образом, пептиды, производные вирусной sORF, могут составлять вирусный класс антигенов, которые эффективно презентируются MHC-I, но из-за их нестабильности и чрезвычайно низкого содержания в протеоме клетки представляют собой плохие субстраты для кросс-презентации и аугментации CD4-CD8. Необходимы дальнейшие исследования для оценки роли sORF HSV-1 в регуляции экспрессии вирусных белков, противовирусном Т-клеточном контроле и уклонении от него.

На основе нашей пересмотренной аннотации 201 вирусного транскрипта и 284 ORF мы расширили существующую номенклатуру, включив в нее все наши новые продукты вирусных генов. Это не связано с каким-либо переименованием ранее описанных продуктов вирусных генов. Таким образом, наша номенклатура объясняет экспрессию генов большинства вирусных ORF в контексте различных изоформ транскриптов, uORF и uoORF. Это облегчит функциональные исследования продуктов вирусных генов, а также регуляции их транскрипции и трансляции.

Методы

Культура клеток, вирусы и инфекции

Фибробласты крайней плоти человека (HFF, #86031405, приобретены в ECACC), 293T, Vero 2–2 (Smith, Hardwicke, & Sandri-Goldin, 1992) BHK-21, и BHK-21 dox-UL19 (описано ниже) клеточные линии культивировали в колбах, содержащих модифицированную Дульбекко среду Игла (DMEM), с высоким содержанием глюкозы, пируватом (ThermoFisher #41966052) с добавлением 1x заменимых аминокислот MEM (ThermoFisher #11140050), 1 мМ дополнительного пирувата натрия (ThermoFisher #11360070), 10% (об. /об.) эмбриональной бычьей сыворотки (FBS, Biochrom #S 0115), 200 МЕ/мл пенициллина (ручка) и 200 мкг/мл стрептомицина (стрептококк). Фибробласты WI-38 культивировали в минимальных основных средах (MEM) с добавлением 10% FBS, 100 МЕ/мл пенициллина и 200 мкг/мл стрептококка. Все клетки инкубировали при 37 °C в среде с 5% (об./об.) CO ₂ -обогащенный инкубатор.

HFF использовали из пассажей 11–17 для всех высокопроизводительных экспериментов. Запасы вирусов получали на клетках почек детенышей хомячка (BHK), за исключением вирусов, описанных ниже. Запасы нулевого мутанта ICP27 (штамм KOS) ⁵¹ были получены на комплементарных клетках Vero 2–2 ⁵² . HFF инфицировали в течение 15 минут при 37 °C примерно через 24 часа после последнего расщепления с множественностью заражения (MOI), равной 10. Затем инокулят удаляли, а к клеткам наносили свежую среду.

Для воссоздания NTE UL19 с меткой 3×-FLAG были созданы клетки BHK-21 dox-UL19 с индуцируемой доксициклином экспрессией UL19 путем клонирования кодирующей последовательности HSV-1 Syn17 + UL19 с использованием праймеров, описанных в дополнительных данных 9, в Сайты SalI и NheI pTh4, производного pCW57. 1 с пользовательским сайтом множественного клонирования вместо сайта клонирования шлюза и добавлением промотора TRE плотно из pTRE-Tight. Лентивирусные векторы были созданы путем котрансфекции этой конструкции с psPAX2 и pCMV-VSV-G в 29 клеток.3Т клетки. Супернатанты, содержащие лентивирус, подвергали стерильной фильтрации через фильтры из ацетата целлюлозы Minisart® NML 0,45 мкм (Sartorius #17598) и добавляли к клеткам BHK-21. Поликлональные популяции отбирали через 48 ч после трансдукции и поддерживали в 1 мкг/мл пуромицина.

Вирусный мутагенез и восстановление

Все вирусные мутанты были получены путем мутагенеза en passant ⁵³ с использованием штамма Escherichia coli GS1783 с бактериальной искусственной хромосомой (ВАС) HSV1(17+)-LoxCheVP26 ⁵⁴, экспрессирующий слитый белок mCherry на N-конце продукта гена UL35 (VP26). Полные последовательности праймеров и конструкций можно найти в дополнительных данных 9. ДНК BAC очищали с использованием набора NucleoBond BAC 100 (Macherey-Nagel #740579) и трансфицировали для реконструкции вируса в клетки BHK-21 с помощью липофектамина 3000 (ThermoFisher #L3000-075). . ВПГ-1, экспрессирующий N-концевое удлинение UL54, меченное 3×-FLAG, воссоздали и титровали на клетках Vero 2–2 ⁵² . Вирус, экспрессирующий меченый N-концевой участок UL19, был получен в клетках BHK-21 dox-UL19. Клетки BHK-21 dox-UL19 высевали за день до этого в среду, содержащую 1 мкг/мл доксициклина (Sigma #D3072), которая поддерживалась на протяжении всего поколения вируса. 3×-FLAG-меченые RL2A ВАС-производные вирусы были сконструированы путем вставки метки с канамициновой кассетой в один геномный повтор с последующей заменой второго повтора (область выше RL1 до второго экзона RL2) геном устойчивости к ампициллину. из pcDNA3. После этого канамициновая кассета была удалена путем бесследного мутагенеза.

Вирус, продуцируемый трансфицированными клетками, размножали минимум в пяти флаконах T175 с соответствующим типом клеток. Вируссодержащие супернатанты собирали при >90% цитопатическом эффекте и центрифугировали при 8000 RCF при 4 °С в течение 10 минут для осаждения клеток. Осадок клеток быстро замораживали в жидком азоте и трижды оттаивали при 37 °C для высвобождения ассоциированного с клеткой вируса. Клеточный дебрис осаждали при 10 000 RCF, 4 ° C в течение 10 минут, а супернатант объединяли с супернатантом на предыдущем этапе. Вирионы осаждали центрифугированием при 19000 RCF в течение двух часов при 4 °C, ресуспендировали в фосфатно-солевом растворе (PBS) и еще раз осаждали на подушке с 20% (вес/объем) сахарозы в PBS 16 000 об/мин в течение 2 ч при 4 °C в SW 28 роторов с качающимся ротором (Beckman). Вирусные осадки ресуспендировали в PBS, мгновенно замораживали в жидком азоте, хранили при -80°C и титровали методом анализа бляшек. Инфекции проводили в бессывороточной среде DMEM, содержащей пенициллин и стрептомицин, в течение 1 ч при 37°С. Время, когда инокулят заменяли ростовой средой, обозначали как точку времени 0 h.

Вестерн-блоттинг

Образцы собирали в указанные моменты времени путем удаления питательной среды и прямого лизиса в 2x буфере Лэммли, содержащем 5% (об. /об.) β-меркаптоэтанола. Образцы обрабатывали ультразвуком и нагревали в течение 5 минут при 95 °C перед загрузкой в гель Novex™ WedgeWell™ 4–20% Tris-Glycine Gel (ThermoFisher #XP04200BOX). Белки переносили на мембраны из поливинилидендифторида (PVDF), блокировали в течение 1 часа при комнатной температуре в 1xPBST, содержащем 5% (вес/объем) молока (Carl Roth T145.3), и исследовали с помощью α-FLAG M2 (Sigma #F1804) в течение ночи. при 4 °C в разведении 1:1000 и α-мышиный IgG (целая молекула)-пероксидаза (Sigma #9044) в течение 1 ч. β-актин исследовали с использованием антитела α-β-актина C4 (Santa Cruz Biotechnology #sc-47778) в разведении 1:1000 в течение 1 ч, а затем IRDye® 800CW козьего α-мышиного IgG (LI-COR #926-32210). ) при 1:5000 или α-мышиный IgG (целая молекула)-пероксидаза (Sigma # 9044) в течение 1 часа. ICP0 и ICP27 исследовали с использованием клона α-ICP0 5H7 (Santa Cruz Biotechnology #sc-56985) или клона α-ICP27 h2113 (Abcam #ab53480), соответственно, в разведении 1:1000 в течение 1 ч, а затем с помощью IRDye® 680RD козы. α-мышиный IgG (LI-COR #926-68070) в соотношении 1:5000 или α-мышиный IgG (целая молекула)-пероксидаза (Sigma #9044) в течение 1 ч. Образцы промывали 1xPBST и блокировали перед добавлением каждого антитела в буфер молоко/PBST. Блоты визуализировали с помощью системы визуализации LI-COR Odyssey® FC.

Иммунофлуоресценция

10 ⁵ Клетки HFF высевали на покровные стекла в 12-луночные чашки за 24 часа до заражения. Через 8 ч после инфицирования клетки фиксировали в 4% формальдегиде в PBS в течение 1 ч при комнатной температуре, трижды промывали в PBS и хранили при 4°C в течение ночи в PBS. Клетки инкубировали в пермеабилизирующем буфере (10% FBS, 0,25 M глицина, 0,2% Triton X-100, 1xPBS) в течение 1 часа при комнатной температуре, а затем инкубировали их в блокирующем буфере (10% FBS, 0,25 M глицина, 1xPBS) в течение 1 часа. при комнатной температуре. Антитело против FLAG (GenScript #A00187) инкубировали в 10% FBS и 1xPBS в течение 1 ч при 37°C в концентрации 1 мкг/мл. Вторичный антимышиный IgG, Alexa Fluor 488 (ThermoFisher # A11017), инкубировали в 10% FBS в 1xPBS в течение 1 часа при комнатной температуре с 0,5 мкг/мл 4’,6-диамидино-2-фенилиндола (DAPI). За всеми этапами следовали три 5-минутных промывания в PBS, за исключением первичного антитела, которое промывали 1xPBS и 0,05% Tween-20. Покровные стекла промывали водой перед помещением их в среду, содержащую Mowiol 4-88 и 2,5% (вес/объем) 1,4-диазабицикло[2.2.2]октана (DABCO).

Профилирование сайта начала транскрипции (TiSS)

Тотальную клеточную РНК выделяли с использованием Trizol (Invitrogen) в соответствии с инструкциями производителя. РНК ресуспендировали в воде и хранили при температуре -80 °C до использования. Набор данных профилирования TiSS с использованием cRNA-seq использует подход, аналогичный используемому для декодирования HCMV ² . После истощения рРНК и экстенсивной химической фрагментации РНК фрагменты РНК размером 50–80 нт извлекаются путем экстракции из геля. Подготовка библиотеки осуществляется путем лигирования и циркуляризации 3′-адаптера. Это по своей природе обогащает 5′-концы транскрипта в 20-30 раз. Подробный протокол включен в Дополнительные методы. Следует отметить, что наш протокол подготовки библиотеки cRNA-seq вводит уникальный молекулярный идентификатор (UMI) длиной 2 + 3 нуклеотида, который облегчает последующее удаление дубликатов ПЦР из библиотек секвенирования.

Набор данных профилирования TiSS с использованием dRNA-seq был подготовлен в соответствии с опубликованным протоколом ¹² с некоторыми изменениями, проведенными Core Unit Systems Medicine (Вюрцбург). Вкратце, для каждого образца 3 мкг расщепленной ДНКазой РНК обрабатывали полинуклеотидкиназой Т4 (NEB) в течение 1 часа при 37 °C. РНК очищали с помощью колонок Oligo Clean & Concentrator (Zymo) и каждый образец разделяли на образец Xrn1 (+Xrn1) и образец (-Xrn1). Образцы обрабатывали 1,5 ЕД Xrn1 (NEB; +Xrn1) или водой (-Xrn1) в течение 1 часа при 37 °C. Эффективность расщепления проверяли на биоанализаторе 2100 (Agilent), и 5′-концы удаляли путем инкубации с 20 ЕД RppH (NEB) в течение 1 часа при 37 °C. После этого РНК очищали и элюировали в 7 мкл, а 6 мкл использовали в качестве исходного материала для подготовки набора NEBNext® Multiplex Small RNA Library Prep Set для Illumina®. Подготовку библиотеки проводили в соответствии с инструкцией производителя со следующими модификациями: 3′-адаптер, SR RT-праймер и 5′-адаптер разбавляли 1:2, проводили 13 циклов ПЦР с временем элонгации 30 с, выбор размера не проводился. в конце подготовки библиотеки. Концентрации библиотек определяли с помощью Qubit 3.0 (Thermo Scientific), а размеры их фрагментов определяли с помощью Bioanalyzer. Библиотеки объединяли эквимолярно. Секвенирование одноконцевых прочтений длиной 75 пар оснований было выполнено на NextSeq 500 (Illumina) в Cambridge Genomic Services (cRNA-seq) и в Core Unit Systems Medicine в Вюрцбурге (dRNA-seq). Для проверки TiSS, идентифицированного с помощью cRNA-seq, dRNA-seq, PacBio или MinION (прочтения повторно не анализировались, для PacBio и MinION использовались только названные транскрипты), общие данные RNA-seq и 4sU-seq, которые были опубликованы ранее ¹¹ были повторно проанализированы (см. ниже).

РНК-последовательность фракций субклеточной РНК

Фракции субклеточной РНК (цитоплазматическая, нуклеоплазматическая и хроматин-ассоциированная РНК) получали путем объединения двух ранее опубликованных протоколов ^55,56 . Недавно были опубликованы данные по неинфицированным и инфицированным ВПГ-1 клеткам дикого типа ¹⁵ . В том же эксперименте проводили заражение нулевым мутантом ICP27. Что касается инфекции ВПГ-1 дикого типа, общую клеточную РНК выделяли с использованием тризола через 8 ч после заражения. Эффективность фракционирования была подтверждена данными секвенирования РНК путем сравнения значений экспрессии известных ядерных и цитоплазматических РНК, а также вклада интронов (см. Дополнительный рисунок 9).) ¹⁵ . Библиотеки для секвенирования готовили с использованием набора TruSeq Stranded Total RNA Kit (Illumina) после удаления рРНК с помощью Ribo-zero. Секвенирование парных концевых прочтений размером 75 п.н. выполняли на NextSeq 500 (Illumina) в Cambridge Genomic Services and the Core Unit Systems Medicine (Вюрцбург).

Профилирование рибосом

Данные профилирования рибосом во времени уже опубликованы (лизис в присутствии циклогексимида) ¹¹ . Кроме того, до сих пор неопубликованные данные, которые мы получили, включают профилирование сайта начала трансляции (TaSS), выполненное путем культивирования клеток в среде, содержащей либо харрингтонин (2 мкг/мл), либо лактимидомицин (50 мкМ) в течение 30 минут до сбора урожая. Образцы харрингтона были получены для 2-часового и 8-часового инъекций, лактимидомицин использовался для имитационных, 4- и 8-часовых инъекций. Были проанализированы две повторности каждого условия. Как описано для cRNA-seq, протокол подготовки библиотеки вводит уникальный молекулярный идентификатор (UMI) длиной 2 + 3 нуклеотида, который облегчает последующее удаление дубликатов ПЦР из библиотек для секвенирования. Все библиотеки были секвенированы на HiSeq 2000 в Пекинском институте геномики в Гонконге.

Протеомный анализ

Легочные фибробласты WI-38, выращенные в среде SILAC, инфицировали при MOI 10 и собирали через 4, 9 и 15 часов. После лизиса клеток концентрацию белка определяли методом Бредфорда, и 200 мкг каждого образца смешивали с равным количеством белка, экстрагированного из необработанных клеток, выращенных в легкой среде SILAC. Дополнительные этапы пробоподготовки подробно описаны в дополнительных методах. Первичные фибробласты крайней плоти человека выращивали в течение пяти пассажей в среде DMEM без лизина и аргинина (Thermo Scientific) с добавлением 10% диализированного FCS (Gibco), 100 единиц/мл пенициллина и 0,1 мг/мл стрептомицина, 280 мг/л пролина (Sigma) и легкие (K0, R0; Sigma), средние (K4, R6; Cambridge Isotope Laboratories) или тяжелые (K8, R10; Cambridge Isotope Laboratories) 13 C/15N, содержащие лизин (K) и аргинин (R) в концентрации 50 мг/л . Предварительно меченые клетки инфицировали ВПГ-1 при множественности заражения (MOI) 10 в течение 4 или 8 ч, а неинфицированные клетки включали в качестве контроля. Эксперимент проводился в трех повторностях (биологические повторы) с трехсторонней заменой меток SILAC. Полное описание обработки образца продолжается в файле дополнительных методов.

Анализ данных, статистика и воспроизводимость

Вестерн-блоттинг и иммунофлюоресцентные изображения репрезентативны как минимум для двух независимых биологических повторов. Случайные штрих-коды и образцы штрих-кодов в cRNA-seq и данные профилирования рибосом были проанализированы путем обрезки штрих-кодов образца и UMI и 3′-адаптеров из прочтений с использованием нашей собственной вычислительной геномной платформы gedi (доступно на https://github.com/erhard- лаборатория/геди). Штрих-коды, введенные праймерами для обратной транскрипции, включали три случайных основания (UMI, часть 1), за которыми следовали четыре основания штрих-кода, специфичного для образца, за которыми следовали два случайных основания (UMI, часть 2). Чтения были сопоставлены с использованием программы Bowtie 1.0 против генома человека (hg19), транскриптом человека (Ensembl 75) и HSV-1 (JN555585). Геном HSV-1 состоит из двух компонентов (L и S), каждый из которых окружен длинными повторами. Чтобы смягчить эффект чтения с множественным сопоставлением, мы маскировали терминальные повторы с помощью NNN. Три сопоставления были объединены, и были сохранены только выравнивания для чтения с минимальным количеством несоответствий. Чтения были назначены их конкретным образцам на основе штрих-кода образца. Штрих-коды, не соответствующие какой-либо специфичной для образца последовательности, были удалены. ПЦР-дубликаты прочтений, картированных в одном и том же месте генома, идентифицировали путем подсчета UMI. Если два наблюдаемых UMI отличались только одним основанием, один из них, вероятно, связан с ошибкой секвенирования. Таким образом, мы отказались от одного из двух в таких случаях. Если чтения в этом местоположении сопоставлялись с k местоположениями (т. е. чтения с множественным сопоставлением для k > 1), использовался дробный подсчет UMI 1/k (см. Дополнительную таблицу 1 для получения информации о прочтении) ¹¹ . Наконец, все сопоставления чтения в повторах были скопированы в ранее замаскированные области.

Данные dRNA-seq, 4sU-seq, тотальные RNA-seq и RNA-seq субклеточных фракций были обработаны так же, как данные cRNA-seq и профилирования рибосом, за исключением STAR (v.2.5.3a), используемого для картирования считывания и дубликаты ПЦР не были свернуты, так как не использовались случайные штрих-коды (см. Дополнительную таблицу 1 для получения информации о прочтении).

Все библиотеки были подготовлены с использованием протоколов, чувствительных к нитям. Следовательно, все чтения были сопоставлены только с соответствующей цепью. Кроме того, чтения были взвешены по количеству различных местоположений, с которыми они сопоставляются (т. Е. Если чтение сопоставлялось с тремя местоположениями, его вес составлял 1/3).

Наши данные профилирования dRNA-seq и cRNA-seq TiSS были проанализированы с помощью нашего конвейера анализа TiSS iTiSS ( i интегративное T ranscr i ptional S tart S , дополнительный метод, вызывающий идентифицирует потенциальный TiSS с разрешением в один нуклеотид. Вкратце, данные dRNA-seq и cRNA-seq искали для позиций, демонстрирующих сильное накопление ридов на 5′-концах по сравнению с их окружением, используя подход скользящего окна. Транскрипционная активность определялась наличием более сильной транскрипционной активности ниже потенциального TiSS, чем выше, идентифицированной с помощью точного теста Фишера. Селективную индукцию или репрессию (изменение кинетики экспрессии) соответствующих транскриптов во время инфекции ВПГ-1 определяли путем наблюдения за значительным изменением транскрипционной активности вокруг потенциального TiSS во время инфекции с использованием теста отношения правдоподобия, основанного на распределении Дирихле. .

Таким образом, каждая позиция в вирусном геноме может получить до четырех баллов по шкале iTiSS. Однако мы увеличили общее количество критериев до 9, включив дополнительные доказательства наличия TiSS других наборов данных или групп. Окончательный список критериев выглядит следующим образом (критерии i–iv проверяются iTiSS. Более подробное описание см. в дополнительных методах):

(i) Значительное накопление 5′-конца прочтений в обеих репликах дРНК -seq набор данных в одной позиции генома HSV-1.

(ii) Значительное накопление 5′-конца прочтений в обоих повторах набора данных cRNA-seq в одной позиции генома HSV-1.

(iii) Более сильная транскрипционная активность ниже потенциального TiSS, чем выше в обоих повторах cRNA-seq.

(iv) Значительные временные изменения уровней считывания TiSS в ходе инфекции в обеих репликах cRNA-seq.

(v) Вызов TiSS в наборе данных MinION с максимальным расстоянием 20 нт вниз по течению.

Для этой цели стенограммы, представленные в дополнительной таблице Depledge et al. ¹⁴ были взяты.

(vi)A TiSS вызывается в наборе данных PacBio в непосредственной близости (±5 нт).

Для этой цели мы вручную исправили файл GFF, предоставленный вместе с GEO-представлением для данных PacBio, которые не соответствовали стенограммам, представленным в документе.

(xii) Более сильная транскрипционная активность ниже потенциального TiSS, чем перед ним, в обоих повторах 4sU-seq.

(viii) Значительные временные изменения уровней считывания TiSS в ходе инфекции в обеих репликах 4sU-seq.

(ix) Наличие ORF не более чем на 250 п.н. ниже по течению, что еще не было объяснено другим транскриптом.

После этого потенциальные TiSS в пределах окна ±5 п.н. были объединены в один TiSS. Следовательно, TiSS определяется положением одного нуклеотида, включая окно ± 5 п.н. Верность этого определения можно оценить по сильному обогащению мотива Inr даже для наиболее слабо экспрессируемых вирусных транскриптов.

Сообщенные коэффициенты обогащения для dRNA-seq и cRNA-seq были рассчитаны на основе предсказанного TiSS у человека, а не HSV-1. Это было сделано для предотвращения нежелательных смещений из-за считывания, вызванного необычайно большим количеством перекрывающихся транскриптов в HSV-1. Предсказанные TiSS были упорядочены на основе количества прочтений, начинающихся с соответствующих позиций. Затем рассчитывали медиану по 50 наиболее сильным и 10 наиболее сильно экспрессированным TiSS для cRNA-seq и dRNA-seq соответственно.

Значимость корреляции между наличием мотива, подобного ТАТА-боксу, и силой транскрипции TiSS рассчитывали с использованием точного критерия Фишера. Здесь TiSS были упорядочены по количеству начальных чтений и отсортированы по трем ячейкам одинакового размера. Для бина, содержащего самый сильный TiSS, а также бина, содержащего самый слабый TiSS, суммировали количество всех нуклеотидов между положениями -30 и -25 относительно TiSS. Для параметров точного критерия Фишера использовались следующие суммы: самая слабая корзина).

Мы использовали наш собственный инструмент PRICE ⁵ версии 1.0.1, чтобы вызывать ORF отдельно для двух повторов данных профилирования рибосом, но объединяя все образцы из каждого повтора.

Данные секвенирования РНК были картированы с использованием STAR ⁵⁷ версии 2.5.3a с использованием комбинированного справочного индекса, полученного из Ensembl 90 и нашей окончательной аннотации HSV-1.

Мы проанализировали данные масс-спектрометрии с использованием MaxQuant ⁵⁸ версии 1.6.5.0. Спектры сопоставляли с комбинированной базой данных белков от Ensembl (версия 75) и со всеми ORF, идентифицированными с помощью профилирования рибосом. Мы использовали карбамидометилирование как фиксированное и ацетилирование (N-концевое) и окисление по метионину как переменные модификации. Пептиды были отфильтрованы на 1% FDR с использованием метода мишени-приманки MaxQuant.

Индексы экспорта ассоциированной с хроматином РНК и цитоплазматической РНК были получены путем вычисления их кратных изменений между диким типом и нулевым мутантом для ICP27 с использованием R-пакета lfc ⁵⁹ . Обработка данных и визуализация выполнялись с использованием R, включая пакеты ComplexHeatmap ⁶⁰ , circlize ⁶¹ , ggseqlogo, ggplot2, reshape2, plyr, Scales, ggforce, ggrepel и gridExtra.

Чтобы выявить потенциальную функцию или функциональные мотивы предсказанных белковых последовательностей, мы использовали сравнение последовательностей, состав домена, предсказание структуры и поиск мотива ^62,63,64 . Сравнения последовательностей итеративно использовали поиск Blast ⁶⁵ и идентифицировали каталитические, а также регуляторные домены, включая прогнозы по базе данных консервативных доменов ⁶⁶ . Прогнозируемый состав домена был проверен с использованием инструментов банка данных доменов SMART ⁶⁷ и Prodom ⁶⁸ . При поиске мотивов использовались регулярные выражения и профили Prosite, а также база данных интегративных сигнатур белков ⁶⁹ . В качестве независимых тестов для полученных в результате назначений функций аннотация структуры белковых доменов была сделана с использованием программного обеспечения AnDOM 9.0007 70 , а также предсказания гомологии SwissModel ⁷¹ . Методы контекста гена применялись для неясных последовательностей, связанных с невирусными последовательностями (база данных STRING ⁷²). Кроме того, кластеры ортологичных групп, использующие последнюю версию (5.0) инструмента eggNOG с его 2502 штаммами вируса, предоставили независимый ввод аннотаций ⁷³ .

Сводка отчета

Дополнительную информацию о дизайне исследования можно найти в Сводке отчета об исследовании природы, связанной с этой статьей.

Доступность данных

Все наборы данных, сгенерированные и/или проанализированные в ходе текущего исследования, были депонированы в базу данных Gene Expression Omnibus (GEO) с кодами доступа GSE128324 (профилирование сайта начала трансляции, профилирование сайта начала транскрипции), GSE59717 (4sU-seq и общая РНК-seq), GSE60040 (профилирование рибосом) и GSE128880 (цитоплазматическая, нуклеоплазматическая и хроматин-ассоциированная РНК). Мы использовали только транскрипты, предсказанные в наборах данных PacBio и MinION соответственно. Однако необработанные данные можно найти в базе данных GEO с кодом доступа GSE9.7785 (PacBio) ¹³ и из Европейского архива нуклеотидов (ENA) с кодом доступа к исследованию PRJEB27861 (MinION) ¹⁴ . Протеомные данные масс-спектрометрии были переданы в Консорциум ProteomeXchange через партнерский репозиторий PRIDE с идентификаторами наборов данных PXD013010 и PXD013407. Доступ к исправленной аннотации можно получить в базе данных сторонних аннотаций NCBI GenBank под номером доступа BK012101. Исходные данные, лежащие в основе рис. 1, 2b–d,f, 3a, 4a–d, 5a–g, 6c и дополнительный рисунок 5a–d представлены в виде файла исходных данных.

Доступность кода

Скрипты, используемые для создания рисунков, дополнительных данных и таблиц, а также для анализа данных omics, доступны по адресу Zenodo ⁷⁴ .

Ссылки

Fields, B.N. & Knipe, D.M. (David M. & Howley, P.M. Fields Virology . (Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins, 2013). ^{. и др. Расшифровка цитомегаловируса человека Наука 338 , 1088–1093 (2012).}
ОБЪЯВЛЕНИЯ КАС пабмед Статья Google ученый
Ариас, К. и др. KSHV 2.0: всесторонняя аннотация генома герпесвируса, ассоциированного с саркомой Капоши, с использованием секвенирования нового поколения выявляет новые геномные и функциональные особенности. Плос Патог. 10 , e1003847 (2014).
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый
Bencun, M. et al. Трансляционное профилирование В-клеток, инфицированных вирусом Эпштейна-Барр, выявляет рекрутирование 5′-лидерной рибосомы через расположенные выше открытые рамки считывания. Рез. нуклеиновых кислот. 46 , 2802–2819 (2018).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Erhard, F. et al. Улучшенный Ribo-seq позволяет идентифицировать загадочные события трансляции. Нац. Методы 15 , 363–366 (2018).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Хиннебуш А. Г., Иванов И. П. и Соненберг Н. Контроль трансляции 5′-нетранслируемыми областями эукариотических мРНК. Наука 352 , 1413–1416 (2016).
ОБЪЯВЛЕНИЯ КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый
Старк, С. Р. и др. Трансляция из 5′-нетранслируемой области формирует интегрированную реакцию на стресс. Наука 351 , aad3867 (2016).
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый
Young, S. K. & Wek, R. C. Открытые рамки считывания вверх по течению по-разному регулируют трансляцию гена в комплексной реакции на стресс. Дж. Биол. хим. 291 , 16927–16935 (2016).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Cabrera-Quio, L. E., Herberg, S. & Pauli, A. Расшифровка трансляции sORF — от малых белков до регуляции генов. РНК Биол. 13 , 1051–1059 (2016).
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Чу, К., Ма, Дж. и Сагателян, А. Идентификация и характеристика полипептидов, кодируемых sORF. Крит. Преподобный Биохим. Мол. биол. 50 , 134–141 (2015).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Rutkowski, A.J. et al. Широко распространенное нарушение терминации транскрипции хозяина при инфекции HSV-1. Нац. коммун. 6 , 7126 (2015).
ОБЪЯВЛЕНИЕ пабмед Статья Google ученый
Шарма, К.М. и Фогель, Дж. Дифференциальная последовательность РНК: лежащий в основе подход и полученные биологические знания. Курс. мнение микробиол. 19 , 97–105 (2014).
КАС пабмед Статья Google ученый
«>
Tombacz, D. et al. Секвенирование изоформ с длительным чтением выявляет скрытую сложность транскрипционного ландшафта вируса простого герпеса типа 1. Фронт. микробиол. 8 , 1079 (2017).
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Depledge, D. P. et al. Прямое секвенирование РНК на массивах нанопор переопределяет сложность транскрипции вирусного патогена. Нац. коммун. 10 , 754 (2019).
ОБЪЯВЛЕНИЯ КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Hennig, T. et al. Индуцированное HSV-1 нарушение терминации транскрипции напоминает реакцию клеточного стресса, но избирательно повышает доступность хроматина ниже генов. PLoS Pathog. 14 , e1006954 (2018).
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый
«>
Whisnant, A.W., Jürges, C.S., Erhard, F. & Doelken, L. Интегративное функциональное геномное декодирование вируса простого герпеса 1 Viewer. Зенодо , https://doi.org/10.5281/zenodo.2630579 (2019).
Молдован, Н. и др. Мультиплатформенный подход к секвенированию выявил новый профиль транскриптома вируса псевдобешенства. Перед. микробиол. 8 , 2708 (2018).
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Stevens, J.G., Wagner, E.K., Devi-Rao, G.B., Cook, M.L. & Feldman, L.T. РНК, комплементарная мРНК альфа-гена герпесвируса, видна в латентно инфицированных нейронах. Наука 235 , 1056–1059 (1987).
ОБЪЯВЛЕНИЯ КАС пабмед Статья Google ученый
Пернг, Г.-К. и другие. Новый транскрипт вируса простого герпеса типа 1 (AL-РНК), антисмысловой к 5′-концу транскрипта, ассоциированного с латентностью, продуцирует белок у инфицированных кроликов. Дж. Вирол. 76 , 8003–8010 (2002).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Jovasevic, V. & Roizman, B. Новая РНК HSV-1 US5-1 транскрибируется с домена, кодирующего US5, US4, US3, US2 и альфа22. Вирол. J. 7 , 103 (2010).
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый
Смейл, С. Т. и Кадонага, Дж. Т. Основной промотор РНК-полимеразы II. Анну. Преподобный Биохим. 72 , 449–479 (2003).
КАС пабмед Статья Google ученый
Сандри-Голдин, Р. М. Вирусы герпеса человека: биология, терапия и иммунопрофилактика (Cambridge University Press, 2007).
Карнинчи, П. и др. Полногеномный анализ архитектуры и эволюции промотора млекопитающих. Нац. Жене. 38 , 626–635 (2006).
КАС пабмед Статья Google ученый
Hiller, M. et al. Широкое распространение альтернативного сплайсинга на акцепторах NAGNAG способствует пластичности протеома. Нац. Жене. 36 , 1255–1257 (2004).
КАС пабмед Статья Google ученый
Тан, С., Патель, А. и Краузе, П. Р. Скрытая регуляция сплайсинга пре-мРНК вируса простого герпеса 1 и полиаденилирования кодируемым вирусом ранним геном ICP27. PLoS Патог. 15 , e1007884 (2019).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
McLauchlan, J., Simpson, S. & Clements, J.B. Вирус простого герпеса индуцирует процессинговый фактор, который стимулирует использование поли(А)-сайтов. Cell 59 , 1093–1105 (1989).
КАС пабмед Статья Google ученый
МакГрегор, Ф., Фелан, А., Данлоп, Дж. и Клементс, Дж. Б. Регулирование использования сайта поли(А) вируса простого герпеса и действие немедленно-раннего белка IE63 при раннем-позднем переключении. Дж. Вирол. 70 , 1931–1940 (1996).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Hann, L.E., Cook, WJ, Uprichard, S.L., Knipe, DM & Coen, DM. Роль вируса простого герпеса ICP27 в регуляции экспрессии гена UL24 путем дифференциального полиаденилирования. Дж. Вирол. 72 , 7709–7714 (1998).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Райкани Дж., Андреа В. и Ингеборг Р. Особенности транскрипции вируса простого герпеса (ВПГ): обзор. Вирусные гены 28 , 293–310 (2004).
КАС пабмед Статья Google ученый
McLauchlan, J., Phelan, A., Loney, C., Sandri-Goldin, R. M. & Clements, J. B. Вирус простого герпеса IE63 действует на посттранскрипционном уровне, стимулируя процессинг вирусной мРНК 3’. Дж. Вирол. 66 , 6939–6945 (1992).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Тан С., Патель А. и Краузе П. Р. Вирус простого герпеса ICP27 регулирует альтернативное полиаденилирование пре-мРНК и сплайсинг в зависимости от последовательности. Проц. Натл акад. науч. США 113 , 12256–12261 (2016).
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый
Сандри-Голдин, Р. М. Многочисленные роли высокоинтерактивного белка ВПГ ICP27, ключевого регулятора инфекции. Футур. Microbiol 6 , 1261–1277 (2011).
КАС Статья Google ученый
Baradaran, K., Dabrowski, C.E. & Schaffer, P.A. Транскрипционный анализ области генома вируса простого герпеса типа 1, содержащей гены UL8, UL9 и UL10, и идентификация нового генного продукта с задержкой-ранним периодом, OBPC. Дж. Вирол. 68 , 4251–4261 (1994).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Draper, K.G. et al. Характеристика генов, кодирующих щелочные экзонуклеазы вируса простого герпеса типа 1 и типа 2 и перекрывающиеся белки. Дж. Вирол. 57 , 1023–1036 (1986).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Дриди, С. и др. Мутация в гене UL24 отменяет экспрессию недавно идентифицированного белка UL24. 5 вируса простого герпеса 1 и приводит к увеличению патогенности у мышей. Дж. Вирол. 92 , e00671–18 (2018).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Liu, F.Y. & Roizman, B. Промотор, транскрипционная единица и кодирующая последовательность белков семейства 35 вируса простого герпеса 1 содержатся внутри и в рамке с открытой рамкой считывания UL26. Дж. Вирол. 65 , 206–212 (1991).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ogle, W. O. & Roizman, B. Функциональная анатомия вируса простого герпеса 1, перекрывающиеся гены, кодирующие белок 22 инфицированной клетки и белок US1.5. Дж. Вирол. 73 , 4305–4315 (1999).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
«>
Poon, A. P. W., Benetti, L. & Roizman, B. Протеинкиназы U(S)3 и U(S)3.5 вируса простого герпеса 1 различаются по своим функциям в блокировании апоптоза, созревании и выходе вириона . Дж. Вирол. 80 , 3752–3764 (2006).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Gupte, S.S., Olson, J.W. & Ruyechan, W.T. Основным ДНК-связывающим белком вируса простого герпеса типа 1 является металлопротеин цинка. Дж. Биол. хим. 266 , 11413–11416 (1991).
КАС пабмед Google ученый
Mapelli, M., Panjikar, S. & Tucker, P. A. Кристаллическая структура белка, связывающего одноцепочечную ДНК вируса простого герпеса 1, предполагает структурную основу для гибкого кооперативного связывания одноцепочечной ДНК. Дж. Биол. хим. 280 , 2990–2997 (2005 г.).
КАС пабмед Статья Google ученый
«>
Calton, C.M., Randall, J.A., Adkins, M.W. & Banfield, B.W. Серин/треонинкиназа вируса псевдобешенства Us3 содержит митохондриальные, ядерные и мембранные сигналы локализации. Вирусные гены 29 , 131–145 (2004).
КАС пабмед Статья Google ученый
Финнен, Р. Л., Рой, Б. Б., Чжан, Х. и Банфилд, Б. В. Анализ индукции филаментозного процесса и свойств ядерной локализации серин/треонинкиназы HSV-2 Us3. Вирусология 397 , 23–33 (2010).
КАС пабмед Статья Google ученый
Ns, AJ & Mettenleiter, TC. Идентификация и характеристика dUTPase вируса псевдобешенства. Дж. Вирол. 70 , 1242–1245 (1996).
Артикул Google ученый
Wohlrab, F., Garrett, B.K. & Francke, B. Контроль экспрессии дезоксипиримидинтрифосфатазы, индуцированной вирусом простого герпеса, в клетках, инфицированных мутантами вируса простого герпеса типов 1 и 2 и межтиповыми рекомбинантами. Дж. Вирол. 43 , 935–942 (1982).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Pol, J., Kroemer, G. & Galluzzi, L. Первый онколитический вирус, одобренный для иммунотерапии меланомы. Онкоиммунология 5 , e1115641 (2016).
ПабМед Статья КАС Google ученый
Randall, G., Lagunoff, M. & Roizman, B. Продукт ORF O, расположенный в домене генома вируса простого герпеса 1, транскрибируемый во время латентной инфекции, связывается и ингибирует in vitro связывание инфицированного клеточного белка 4 с его родственный участок ДНК. Проц. Натл акад. науч. США 94 , 10379–10384 (1997).
ОБЪЯВЛЕНИЯ КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый
Праудфут, Нью-Джерси. Прекращение транскрипции у млекопитающих: остановка мощной РНК-полимеразы II. Наука 352 , aad9926 (2016).
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый
Гатерер, Д. и др. Транскриптом цитомегаловируса человека с высоким разрешением. Проц. Натл акад. науч. США 108 , 19755–19760 (2011 г.).
ОБЪЯВЛЕНИЯ КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый
Marcinowski, L. et al. Транскрипционное профилирование экспрессии клеточных и вирусных генов в режиме реального времени во время литической цитомегаловирусной инфекции. PLoS Pathog. 8 , e1002908 (2012).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Johnstone, T.G., Bazzini, A. A. & Giraldez, A.J. Восходящие ORF являются распространенными трансляционными репрессорами у позвоночных. EMBO J. 35 , 706–723 (2016).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Смит, И. Л., Хардвик, М. А. и Сандри-Голдин, Р. М. Доказательства того, что белок ICP27 непосредственного раннего периода вируса простого герпеса действует посттранскрипционно во время инфекции, регулируя экспрессию генов. Вирусология 186 , 74–86 (1992).
КАС пабмед Статья Google ученый
Секулович, Р. Э., Лири, К. и Сандри-Голдин, Р. М. Альфа-белок вируса простого герпеса типа 1 ICP27 может действовать как транс-репрессор или транс-активатор в сочетании с ICP4 и ICP0. Дж. Вирол. 62 , 4510–4522 (1988).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
«>
Тишер, Б.К., Смит, Г.А., Остерридер, Н. и Эн Пассант Мутагенез: двухэтапная безмаркерная система красной рекомбинации. Методы Мол. биол. (Клифтон, Нью-Джерси) 634 , 421–430 (2010).
КАС Статья Google ученый
Sandbaumhüter, M. et al. Цитозольные капсиды вируса простого герпеса требуют не только связывания внутреннего белка тегумента pUL36, но также и pUL37 для активного транспорта перед вторичной оболочкой. Сотовый. микробиол. 15 , 248–269 (2013).
ПабМед Статья КАС Google ученый
Рознер, М., Шипани, К. и Хенгстшлагер, М. Объединение высококачественного биохимического фракционирования с подходом усовершенствованной проточной цитометрии для мониторинга экспрессии ядерно-цитоплазматических белков в течение ненарушенного клеточного цикла млекопитающих. Нац. протокол 8 , 602–626 (2013).
ПабМед Статья КАС Google ученый
Пандья-Джонс, А. и Блэк, Д.Л. Котранскрипционный сплайсинг конститутивных и альтернативных экзонов. РНК 15 , 1896–1908 (2009).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Добин А. и др. STAR: сверхбыстрый универсальный выравниватель RNA-seq. Биоинформатика 29 , 15–21 (2013).
КАС пабмед Статья Google ученый
Cox, J. & Mann, M. MaxQuant обеспечивает высокую скорость идентификации пептидов, индивидуальную точность массы в диапазоне частей на миллиард и количественный анализ белков в масштабах всего протеома. Нац. Биотехнолог. 26 , 1367–1372 (2008).
КАС пабмед Статья Google ученый
«>
Эрхард, Ф. Оценка псевдосчетов и кратных изменений для цифровых измерений экспрессии. Биоинформатика 34 , 4054–4063 (2018).
КАС пабмед Статья Google ученый
Гу, З., Эйлс, Р. и Шлеснер, М. Сложные тепловые карты выявляют закономерности и корреляции в многомерных геномных данных. Биоинформатика 32 , 2847–9 (2016).
КАС пабмед Статья Google ученый
Gu, Z., Gu, L., Eils, R., Schlesner, M. & Brors, B. circlize реализует и улучшает круговую визуализацию в R. Биоинформатика 30 , 2811–2812 (2014) .
КАС пабмед Статья Google ученый
Дандекар, Т. и др. Реаннотирование последовательности генома Mycoplasma pneumoniae: добавление значения, функции и рамок считывания. Рез. нуклеиновых кислот. 28 , 3278–3288 (2000).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Gaudermann, P. et al. Анализ и предсказание функций ранее законсервированных гипотетических или предполагаемых белков Blochmannia floridanus. ВМС микробиол. 6 , 1 (2006).
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый
Бенкурова Э., Гупта С., Саруханян Э. и Дандекар Т. Идентификация противогрибковых мишеней на основе компьютерного моделирования. J. Fungi 4 , 81 (2018).
КАС Статья Google ученый
Камачо, К. и др. BLAST+: архитектура и приложения. БМС Биоинформа. 10 , 421 (2009).
Артикул КАС Google ученый
«>
Лу, С. и др. CDD/SPARCLE: база данных консервативных доменов в 2020 г. Nucleic Acids Res. 48 , Д265–Д268 (2020).
ПабМед Статья Google ученый
Летуник И., Доеркс Т. и Борк П. SMART: последние обновления, новые разработки и статус в 2015 г. Nucleic Acids Res. 43 , Д257–Д260 (2015).
КАС пабмед Статья Google ученый
Hernández, S. et al. Биоинформатика и подрабатывающие белки. Перед. биоинж. Биотехнолог. 3 , 90 (2015).
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Хантер, С. и др. InterPro: интегративная база данных сигнатур белков. Рез. нуклеиновых кислот. 37 , Д211–Д215 (2009).
КАС пабмед Статья Google ученый
«>
Шмидт, С., Борк, П. и Дандекар, Т. Универсальный сервер структурного анализа доменов с использованием матриц весов профилей. J. Chem. Инф. вычисл. науч. 42 , 405–407 (2002).
КАС пабмед Статья Google ученый
Waterhouse, A. et al. SWISS-MODEL: моделирование гомологии белковых структур и комплексов. Рез. нуклеиновых кислот. 46 , W296–W303 (2018 г.).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Шклярчик, Д. и др. База данных STRING в 2011 г.: сети функционального взаимодействия белков, глобально интегрированные и оцененные. Рез. нуклеиновых кислот. 39 , Д561–Д568 (2011).
КАС пабмед Статья Google ученый
Huerta-Cepas, J. et al. Быстрая функциональная аннотация всего генома посредством назначения ортологии с помощью eggNOG-mapper. Мол. биол. Эвол. 34 , 2115–2122 (2017).
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Whisnant, A.W., Jürges, C.S., Erhard, F. & Doelken, L. Интегративное функциональное геномное декодирование вируса простого герпеса 1 Сценарии и данные. Зенодо https://doi.org/10.5281/zenodo.2621226 (2019).

Ссылки на скачивание

Благодарности

Эта работа была поддержана Европейским исследовательским советом (ERC-2016-CoG 721016 – HERPES to LD), MRC (CSF G1002523 для LD и MR/P008801/1 для NJM), Wellcome Trust (PRF 210688/Z/ 18/Z в PJL), NHSBT (WP11-05 в LD и WPA15-02 в NJM), DFG (1275/6-1 в LD, GR950/16-1 в FG, LA2941/4-1 в ML, SFB1123/ Z2 в RZ и FR2938/7-1 в CCF), NIHR Cambridge BRC, Стратегическая премия Wellcome Trust для CIMR и IZFK в Университете Вюрцбурга (проект Z-6). А.В.В. был получателем щедрого гранта от Фонда Александра фон Гумбольдта и Федерального министерства иностранных дел Германии. Эта публикация была поддержана Фондом публикаций открытого доступа Вюрцбургского университета.

Информация об авторе

Примечания автора

Эти авторы внесли равный вклад: Адам В. Уиснант, Кристофер С. Юргес.

Авторы и принадлежности

Институт вирусологии и иммунобиологии, Юлиус-максимилианс-Университет, Вурцбург, Версбахер Страсс 7, 97078, Würzburg, Hermany
Adampesh Whashresher, S.üress, S. Jürges, Shressher. , Лара Джакович, Флориан В. Х. Кюнциг, Флориан Эрхард и Ларс Дёлькен
Берлинский институт медицинской системной биологии, Центр молекулярной медицины им. Макса Дельбрюка, 13125, Берлин, Германия
Эмануэль Вайлер, Гвидо Мастробуони, Крис Билоу, Стефан Кемпа и Маркус Ланталер

Andrzej J. Rutkowski, Anne L’hernault и Lars Dölken

Core Unit Systems Medicine, Julius-Maximilians-University Würzburg, Josef- Шнайдер-ул. 2/Д15, 97080, Вюрцбург, Германия
Margarete Göbel & Kristina Döring
Институт вирусологии, здание 47, Университетская школа Саарланда, 66421, Homburg, Saar, Germany
Дженнифер Менегатти и Фридрич Грэсс, Германия
. Иммунология и инфекционные заболевания (CITIID), медицинский факультет, Кембриджский биомедицинский кампус, Кембриджский университет, Паддикомб-Уэй, Кембридж, CB2 0AW, Великобритания
Робин Антробус, Николас Дж. Мэтисон и Пол Дж. Ленер
Департамент биоинформатики, биоцентр, Am Hubland, Julius-Maximilians-University Würzburg, 97074, Würzburg, Germany
Institute Liang и Thomas Dandekar

. 17, 80333, Мюнхен, Германия

Ральф Циммер и Кэролайн С. Фридель

Институт исследований инфекций на основе РНК им. Гельмгольца (HIRI), Центр исследований инфекций им. Гельмгольца (HZI), 97080, Würzburg, Germany
Lars Dölken

Авторы

Adam W. Whisnant
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Christopher S. Jürges
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Thomas Hennig
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия
Emanuel Wyler
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Bhupesh Prusty
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Andrzej J. Rutkowski
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Anne L’hernault
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Lara Djakovic
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Margarete Göbel
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Кристина Деринг
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Jennifer Menegatti
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Robin Antrobus
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Николас Дж. Мэтисон
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Florian W. H. Künzig
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Guido Mastrobuoni
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Chris Bielow
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Stefan Kempa
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Chunguang Liang
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Thomas Dandekar
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия
Ralf Zimmer
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Markus Landthaler
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Friedrich Grässer
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Paul J. Lehner
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Кэролайн С. Фридель
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Florian Erhard
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Lars Dölken
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

Вклады

проводил опыты. A.W.W., C.S.J., F.E. и L.D. разработал эксперименты, проанализировал данные и написал статью. C.S.J., C.C.F. и FE выполнили вычислительный анализ. Р.З. руководил разработкой вычислительных методов (для анализа рибосомного профилирования). С.К., М.Л. и П.Дж.Л. руководил масс-спектрометрическим анализом, а CL и TD внесли свой вклад в анализ мотивов для вирусных ОРС.

Авторы переписки

Переписка с Флориан Эрхард или Ларс Дёлькен.

Заявление об этике

Конкурирующие интересы

Авторы не заявляют об отсутствии конкурирующих интересов.

Дополнительная информация

Информация о рецензировании Nature Communications благодарит Дену Лешковитц, Ангуса Уилсона и других анонимных рецензентов за их вклад в рецензирование этой работы. Доступны отчеты рецензентов.

Примечание издателя Springer Nature остается нейтральной в отношении юрисдикционных претензий в опубликованных картах и институциональной принадлежности.

Дополнительная информация

Файл рецензирования

РЕЗЮМЕ Отчетности

Описание дополнительных дополнительных файлов

Дополнительные данные 1

ДПАКТЫ ДАННЫХ 1

Ди -н. 0017
Supplementary Data 3
Supplementary Data 4
Supplementary Data 5
Supplementary Data 6
Supplementary Data 7
Supplementary Data 8
Supplementary Data 9
Исходные данные
Исходные данные
Права и разрешения
Открытый доступ Эта статья находится под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 International License, которая разрешает использование, совместное использование, адаптацию, распространение и воспроизведение на любом носителе или в любом формате. , при условии, что вы укажете первоначальных авторов и источник, предоставите ссылку на лицензию Creative Commons и укажите, были ли внесены изменения. Изображения или другие сторонние материалы в этой статье включены в лицензию Creative Commons для статьи, если иное не указано в кредитной строке материала. Если материал не включен в лицензию Creative Commons статьи, а ваше предполагаемое использование не разрешено законом или выходит за рамки разрешенного использования, вам необходимо получить разрешение непосредственно от правообладателя. Чтобы просмотреть копию этой лицензии, посетите http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.
Перепечатка и разрешения
Об этой статье
Эту статью цитирует
Селективное ингибирование процессинга миРНК миРНК, кодируемой герпесвирусом
Томас Хенниг
Арчана Б. Прусти
Бхупеш К. Прусти
Природа (2022)
Вакцина против SARS-CoV-2 ChAdOx1 nCoV-19Инфекция клеточных линий человека выявляет низкие уровни транскрипции генов вирусной основы наряду с очень высокими уровнями транскрипции генов S-гликопротеина SARS-CoV-2.
Абдулазиз Алмукрин
Эндрю Д. Дэвидсон
Дэвид А. Мэтьюз
Геномная медицина (2021)
Идентификация гена вируса простого герпеса 1, кодирующего фактор нейровирулентности, с помощью химической протеомики
Акихиса Като
Сюнго Адачи
Ясуси Кавагути
Nature Communications (2020)
Метааналитический подход к профилированию транскриптома вируса простого герпеса 1 типа
Дора Томбач
Габор Торма
Жолт Болдогкой
Научные данные (2020)
Комментарии
Отправляя комментарий, вы соглашаетесь соблюдать наши Условия и Правила сообщества. Если вы обнаружите что-то оскорбительное или не соответствующее нашим условиям или правилам, отметьте это как неприемлемое.
Разработка нового метода расшифровки вирусных генов — Открытие новых вирусных белков ВПГ и выяснение механизма возникновения герпесвирусного энцефалита —
30 октября 2020 г.
Всесторонняя идентификация вирусных белков, кодируемых вирусными генами, необходима для понимания патофизиологии вирусных инфекций. Исследовательская группа под руководством профессора Ясуси Кавагути из Института медицинских наук Токийского университета провела масс-спектрометрию, специализирующуюся на новых синтетических белках вирусов, и разработала новый метод декодирования вирусных генов, с помощью которого можно легко и быстро получить даже неканонические генетическая информация.
Используя этот новый метод декодирования, они идентифицировали девять новых белков, кодируемых вирусом простого герпеса типа 1 (HSV-1) (1), и обнаружили, что один из них, piUL49, является патогенным фактором, который специфически контролирует начало герпесного энцефалита. (2).
Эти результаты были опубликованы в « Nature Communications» 29 сентября 2020 г.
Белок piUL49 участвует в пролиферации вируса, специфичного для головного мозга, и в механизме возникновения вирусного энцефалита
Трудно расшифровать всю картину разнообразной и сложной генетической информации, скрытой в вирусном геноме, с помощью обычных технологий, и потребовалась разработка нового метода для расшифровки вирусных генов, особенно тех, которые кодируют неканонические трансляционные элементы.
Известно, что многие вирусы блокируют новый синтез белков-хозяев. Сосредоточившись на этом свойстве, исследовательская группа очистила вновь синтезированные белки методом BONCAT (3) и провела высокочувствительную масс-спектрометрию.
Они обнаружили, что большинство полученных пептидов были получены из ВПГ-1, включая пептиды из вирусных белков, кодируемых девятью новыми генами ВПГ-1. Все вновь идентифицированные гены ВПГ-1 кодируют неканонические продукты трансляции.
Они назвали один из этих новых вирусных белков piUL49. Используя анализ мышиной модели инфекции HSV-1, они выяснили, что piUL49 участвует в пролиферации вируса, специфичного для головного мозга, и в механизме возникновения вирусного энцефалита. Подробности исследования см. в статье.
Ожидается, что это приведет к разработке новых методов лечения ВПГ-энцефалита
Полная последовательность оснований генома ВПГ-1 была определена около 20 лет назад, и считается, что расшифровка вирусных генов, кодирующих канонические трансляционные элементы, уже завершена. было завершено. Однако информация о расшифровке вирусных генов, кодирующих неканонические элементы трансляции, ограничена.
Открытие почти 10 новых генов ВПГ и уточнение того, что один из них кодирует piUL49, имеет большое академическое значение., который участвует в развитии вирусного энцефалита.
Профессор Кавагути, ведущий ученый этого исследования, подчеркнул важность их открытия следующим образом. «Выяснение механизма возникновения энцефалита с помощью piUL49 внесет большой вклад в понимание высокой ориентации ВПГ-1 на центральную нервную систему. Мы надеемся, что результаты приведут к разработке новых методов лечения энцефалита, вызванного ВПГ-1.
Рис. 1: Идентификация ранее не идентифицированных CDS HSV-1 с помощью химической протеомики
Эта диаграмма иллюстрирует процедуру экспериментов по мечению AHA для МС-анализа на основе BONCAT (n = 2). В каждом из двух экспериментов дважды проводили МС-анализ. b Интенсивность ионов вирусных полипептидов по сравнению с полипептидами вируса и хозяина. Каждое значение представляет собой среднее ± SEM четырех МС-анализов. c Общее количество пептидов, обнаруженных в инфицированных ВПГ-1 клетках через 4 и 12 часов после заражения и сопоставленных с известными или ранее не идентифицированными кодирующими последовательностями ВПГ-1 (CDS) в экспериментах, показанных на рис. 1а и дополнительном рис. 1а . Число отображается над полосами. d Диаграммы Венна, показывающие результаты двух независимых экспериментов по мечению AHA через 4 часа после инфицирования с использованием клеток, инфицированных HSV-1 (F) дикого типа, как описано на рис. 1a. Цифры указывают количество пептидов, полученных из CDS HSV-1. e Диаграммы Венна, показывающие результаты пяти независимых экспериментов по мечению AHA через 12 часов после заражения с использованием клеток, инфицированных ВПГ-1 (F) дикого типа, как описано на рис. 1a (n = 2) и дополнительном рис. 1a (n = 3). Цифры указывают количество пептидов, полученных из CDS HSV-1. f Схематическая диаграмма генома ВПГ-1 дикого типа и карта CDS ВПГ-1, известных и идентифицированных в этом исследовании.

Примечания к исследованиям
(1) Вирус простого герпеса типа 1 (ВПГ-1)
Вирус простого герпеса типа 1 (ВПГ-1) представляет собой вирус, вызывающий различные заболевания человека, включая энцефалит, кератит, кожно-слизистые и кожные заболевания, такие как лабиальный герпес, генитальный герпес и герпетический панариций.
(2) Герпесный энцефалит
Герпетический энцефалит вызывается инфекцией головного мозга ВПГ. Летальность без лечения достигает 70% и более. Даже при применении противовирусных препаратов 10-15% больных умирают. Были также отмечены такие проблемы, как серьезные последствия.
(3) Метод BONCAT
BONCAT (BioOrthogonal Non-Canonical Amino acid Tagged) — это инструмент для отслеживания синтеза белка на уровне отдельных клеток в сообществах и целых организмах. Метод, позволяющий концентрировать только вновь синтезированные белки. Впервые об этом методе сообщил в 2006 году доктор Д.К. Даниэла из Калифорнийского университета и др.

Финансирование
Это исследование было поддержано Грантами на научные исследования и Грантами на научные исследования (S) (20H05692) от Японского общества содействия развитию науки (JSPS), Гранты на научные исследования в инновационных областях от Министерства образования, культуры, науки, спорта и технологий Японии (16H06433, 16H06429, 16H06430, 16K21723, 17H05610, 18H04968, 20H04853 и 24115007), гранты Японского агентства медицинских исследований и разработок (AMED) в рамках Программы Японской инициативы по глобальной исследовательской сети по инфекционным заболеваниям (J-GRID) (JP18fm0108006), Исследовательской программы по новым и вновь появляющимся Инфекционные болезни (19fk018105h0001), а также Японская программа исследований и инфраструктуры в области инфекционных заболеваний (20wm0125002h0001, 20wm0225017s, 20wm0225009h), грант для Международного совместного исследовательского проекта Института медицинских наук Токийского университета, гранты Научного фонда Такэда, Фонда Найто , а также Фонд Итиро Канехара, Фонд содействия медицинской науке Канаэ, Японский фонд Ваксмана и исследовательский грант GSK Japan 2018. Вычислительный ресурс был предоставлен Суперкомпьютерной системой, Центром генома человека, Институтом медицинских наук. и Токийский университет.

Об исследовании
1) Статья в журнале
Акихиса Като, Сюнго Адачи, Шуичи Кавано, Косукэ Такэсима, Мизуки Ватанабэ, Синобу Китадзуме, Рёта Арии, Югито Кояна, Хидео Кусано Томохиса Хатта, Тору Нацумэ и Ясуси Кавагути. «Идентификация гена вируса простого герпеса 1, кодирующего фактор нейровирулентности, с помощью химической протеомики». Нац. коммуна 11, 4894 (2020).
DOI：10.1038/s41467-020-18718-9
URL: https://www.nature.com/articles/s41467-020-18718-9
2) Publication Journal
Nature Communications
https://www.nature.com/ncomms/

Соответствующие преподаватели
Вирус простого герпеса: враждебный гость, захвативший ваш дом
Введение
Альфа (α)-герпесвирусы представляют собой ДНК-вирусы, принадлежащие к семейству Herpesviridae; herpein означает «ползать». Их члены принадлежат к одному из родов: Илтовирус, мардивирус, скутавирус, симплексвирус и варицелловирус . Вирионы α-герпесвирусов заключены в двухслойную липидную оболочку и способны к продуктивному лизису, а также к установлению реактивной латентной инфекции. Вирусы α-герпеса человека, состоящие из вируса простого герпеса (HSV-1 и HSV-2) и вируса ветряной оспы (VZV), инфицируют широкий круг позвоночных и беспозвоночных (Pellett and Roizman, 2013). Инфекция ВПГ-1 вызывает кератит роговицы и/или герпес в рото-губной области, тогда как инфекция ВПГ-2 в основном ответственна за поражение гениталий (Shukla and Spear, 2001). В некоторых исключительных случаях ВПГ-1 может вызывать генитальный герпес, а ВПГ-2 также может вызывать оральный герпес. ВПГ, хотя во многих случаях протекает бессимптомно, вызывает выделение вируса при высокой вирусной нагрузке, а прямой контакт с инфицированными пациентами через слизь и другие биологические жидкости приводит к заражению (Fatahzadeh and Schwartz, 2007). Следовательно, ВПГ-2 может передаваться от матери к новорожденному во время родов через инфицированный родовой канал (Anzivino et al., 2009). Наиболее тяжелыми проявлениями ВПГ являются энцефалит, менингит и слепота (Connolly et al., 2011). В развитых странах ВПГ-1 считается основной причиной роговичной слепоты и вирусного энцефалита (Группа по изучению герпетических заболеваний глаз, 1998; Shoji et al., 2002). Инфекция через HSV может вызвать прямое разрушение клетки посредством лизиса или может скрыться от атак иммунной системы хозяина, установив латентный период (Whitley and Roizman, 2001) в зависимости от типа клеток. ВПГ-1 и ВПГ-2 вызывают латентный период в сенсорных нейронах и ганглиях. За счет установления латентного периода ВПГ позволяет избежать встречи с противовирусными препаратами, такими как ацикловир и его аналоги (James and Prichard, 2014).
Вирусы простого герпеса представляют собой оболочечные двухцепочечные ДНК-вирусы. Наружная оболочка состоит из 16 мембранных белков, из которых 12 являются гликопротеинами (Campadelli-Fiume et al. , 2000; Mettenleiter, 2004; Diefenbach et al., 2008). Эти гликопротеины (gB, gC, gD, gE, gG, gH, gI, gJ, gK, gL, gM и gN) в основном способствуют проникновению вируса в клетки-хозяева. Под оболочкой находится тегумент, который содержит около 22 вирусных белков (ВП). Под тегументом находится икосаэдрический капсид, инкапсулирующий геном ВПГ. Капсид имеет на своей поверхности 162 капсомера и шесть VP (Diefenbach et al., 2008). Самым внутренним ядром вирусной частицы является геном ВПГ размером около 152 т.п.н., из которого закодировано не менее 74 генов (McGeoch et al., 2006). С самого начала встречи вируса с клеткой-хозяином ВПГ готов разработать стратегический план по перенаправлению компонентов клетки-хозяина на ее патогенез для установления продуктивной инфекции. В настоящее время наши знания о динамике органелл во время инфекций ВПГ все еще находятся в зачаточном состоянии. В этом обзоре мы кратко суммируем те механистические процессы ВПГ по отношению к различным клеточным органеллам, которые приводят к обширной клеточной реорганизации хозяина для благополучного установления жизненного цикла вируса. Этот обзор послужит связующим звеном между двумя наиболее важными разделами, вирусологией ВПГ и клеточной биологией хозяина, что приведет к развитию новых направлений исследований. В обзоре рассматриваются события, происходящие в клеточных органеллах при ВПГ-инфекции.
Мембрана клетки
«Главные ворота» для проникновения вируса простого герпеса
Мембрана клетки действует как ограждение клетки, придавая ей характерную форму. Он также действует как «дверь» для входа и выхода веществ из клетки. Клеточная мембрана клеток-мишеней ВПГ, как и любой другой клетки животного, полупроницаема, то есть селективна к входящему и выходящему из клетки содержимому. ВПГ способен нацеливаться на такие клетки, потому что он приспособился к этому в ходе эволюции (Karasneh and Shukla, 2011). ВПГ представляет собой оболочечный вирус, и его оболочка образуется из клеточной мембраны клетки-хозяина, которую он заражает в процессе «отпочкования». Хотя слияние мембран для проникновения является особенностью оболочечных вирусов из-за наличия липидного двойного слоя вокруг них, ВПГ также способен использовать другие пути проникновения (Wittels and Spear, 19). 91; Клемент и др., 2006) (рис. 1). Он способен вызывать разрывы мембран, образуя поры или фрагментации в мембране, чтобы вызвать эндоцитоз (Wittels and Spear, 1991). Путь проникновения зависит от клетки. Вирус проникает в эпителиальные клетки через эндоцитарный путь и в нейрональные клетки через путь слияния мембран (Nicola et al., 2005; Miranda-Saksena et al., 2018) (рис. 1). Факторы, которые направляют вирус на выбор пути проникновения в клетку, неясны. Однако этот выбор сильно зависит от цикла репликации вируса. ВПГ использует эпителиальные клетки для установления своей литической фазы и нейрональные клетки для установления лизогенной фазы. Однако репликация ВПГ наблюдалась и в нейрональных клетках. Повышенная репликация вируса (например, при реактивации) в нейронах может привести к критическим проявлениям, таким как энцефалит (Kennedy and Steiner, 2013). На клеточной мембране клетки-хозяина-мишени происходят три события, а именно прикрепление, проникновение и высвобождение (рис. 1). Во всех этих процессах решающее участие принимают вирусные гликопротеины.
Рис. 1. Вирус простого герпеса (ВПГ) проникает в клеточную мембрану и высвобождается из нее. (А) Приложение . Гликопротеины оболочки ВПГ gB, gD и gH/gL взаимодействуют с рецепторами на клеточной мембране. (Б) Проникновение . Проникновение ВПГ в клетку происходит либо путем слияния мембран, когда мембрана вируса и клетка сливаются только для захвата клеткой нуклеокапсида, либо путем эндоцитоза, когда оболочечный вирус поглощается эндосомой с последующим слиянием эндосомы с освобождают нуклеокапсиды. Нуклеокапсиды проникают в ядро для репликации вируса. (С) Выпуск . Потомки ВПГ высвобождаются в цитоплазму, приобретают мембрану из клетки-хозяина в процессе, называемом почкованием .
Приложение
Процесс прикрепления, включающий взаимодействие рецептор-лиганд, является обычным явлением для частиц ВПГ, проникающих в клетку, независимо от пути проникновения. Гликопротеины, присутствующие на поверхности ВПГ, действуют как лиганды к рецепторам, присутствующим на поверхности клетки-хозяина, инициируя процесс прикрепления. На липидной оболочке ВПГ-1 имеется 15 мембранных белков, из которых 12 гликозилированы (Karasneh and Shukla, 2011). Из всех гликозилированных белков или гликопротеинов (g) только четыре (gD, gH, gL и gB) необходимы для процесса проникновения (Turner et al., 19).98; Heldwein and Krummenacher, 2008). Гликопротеин B (gB) вместе с gC (заменимым гликопротеином) необходим для прикрепления HSV к гепарансульфатным (HS) протеогликанам (HSPG) на поверхности клетки (Heldwein and Krummenacher, 2008). После присоединения gB к своему рецептору gD связывается с любым из своих рецепторов, нектин-1 или медиатор проникновения вируса герпеса (HVEM) или HS, модифицированный семейством 3-OST (3-OS-HS), вызывая само по себе конформационное изменение (Агелидис, Шукла, 2015). Нектин-1 и нектин-2 являются членами суперсемейства иммуноглобулинов. В то время как проникновение HSV-2 может быть опосредовано обоими, нектин-2-опосредованное проникновение HSV-1 дикого типа еще не наблюдалось (Krummenacher et al. , 2004). HVEM является одним из членов суперсемейства рецепторов фактора некроза опухоли (TNF), который в основном участвует в облегчении проникновения HSV в Т-клетки и некоторые клетки эпителия глаза. Хотя и нектин-1, и HVEM являются рецепторами gD, они имеют свои собственные пути проникновения HSV и блокируют проникновение вируса через другой (Zhang et al., 2011). 3-OS-HS является основным рецептором HSV в фибробластах роговицы, где экспрессия нектина-1 и HVEM снижена (Tiwari et al., 2006). Изменение конформации gD представляет собой смещение С-конца, после которого обнажается активирующий слияние домен gD (Gallagher et al., 2013). Измененная конформация gD позволяет ему связываться с гетеродимером gH/gL (Fan et al., 2014). Затем комплекс gD/gH/gL активирует фузогенный домен gB, чтобы инициировать процесс проникновения. Комплекс gD/gH/gL вместе с gB называют основным рецептор-связывающим аппаратом HSV (Atanasiu et al., 2013). Также похвально то, насколько вирус контролирует клеточные рецепторы, так что эти белки отдают приоритет своей роли в вирусном патогенезе, а не своим обычным обязанностям по отношению к клетке-хозяину. Известно, что gD HSV связывается с интерфейсом гомодимеризации нектина-1, так что нектин-1 не может функционировать как молекула клеточной адгезии (Zhang et al., 2011). Гепарансульфат (HS) и gB также необходимы для серфинга HSV. ВПГ-серфинг — это явление, при котором вирионы ВПГ-1, как известно, транспортируются в тела клеток. Этому феномену способствуют актиновые филаменты цитоскелета, тогда как небольшая Rho GTPase, Cdc42, является одним из регуляторов того же самого (Oh et al., 2010). Как только ВПГ воспользовался рецепторами для своего проникновения, он готов проникнуть в клетку, чтобы установить инфекцию.
Проникновение
После прикрепления ВПГ к клетке-хозяину мембрану вируса и клетки-хозяина необходимо слить. Фузогены представляют собой специализированные гликопротеины на поверхности вируса, которые опосредуют слияние двух мембран путем внесения конформационных изменений в мембраны. Фузоген обычно подпружинен и срабатывает, когда вирус приземляется на правильную клетку-мишень или внутриклеточный компартмент, такой как эндосома. Активация фузогена зависит либо от рецептора, либо от pH компартмента (Mas and Melero, 2013). HSV-1 gB представляет собой фузоген, который опосредует слияние мембран для облегчения проникновения HSV в клетку-хозяина (Atanasiu et al., 2013).
Известно, что ВПГ-1 и ВПГ-2 используют эндоцитозный путь для проникновения в клетки-хозяева. Клемент и др. (2006) продемонстрировали новый фагоцитозоподобный механизм эндоцитоза ВПГ. Приближаясь к эпителиальным клеткам, ВПГ-1 взаимодействовал с выпячиваниями мембраны и затем поглощался эпителием. Механизм фагоцитоза включает перестройку цитоскелета за счет активации Rho GTPases с последующим размещением вируса в фагосомоподобных везикулах. Эндоцитоз не был опосредован клатрином, потому что мутанты с делецией Eps15 не были подвержены проникновению HSV-1. Скопления нектина или HVEM в фагосомах также наблюдались в клетках, инфицированных HSV-1, что свидетельствует о контакте между оболочкой вируса и оболочкой фагосомальной мембраны. С тех пор опосредованное фагоцитозом поглощение ВПГ стало новым механизмом проникновения ВПГ в эпителиальные клетки (непрофессиональные фагоциты). Эффективная репликация ВПГ подготавливает потомство и клетку к высвобождению во внеклеточную среду для распространения и заражения соседних клеток.
Выпуск
Как и в случае проникновения вируса, для высвобождения ВПГ-1 из инфицированных клеток требуются определенные гликопротеины. Вирус желает покинуть захваченную клетку, чтобы распространиться на другие неинфицированные клетки, чтобы еще больше увеличить количество вирусов-потомков. Например, гетеродимер gp, gE/gI, перераспределяет себя в клеточных соединениях, чтобы способствовать распространению вируса в другие клетки (Farnsworth and Johnson, 2006). В нейрональных клетках gE/gI помогает транспортировать капсиды из тела клетки через аксоны, приближая их к моторным белкам кинезина для антероградного транспорта (Howard et al., 2012). Т.о., gE/gI может также использовать тот же механизм для реактивации из латентного состояния, способствуя распространению HSV из тел нейронов в эпителиальные клетки (Howard et al., 2014). Кроме того, было обнаружено, что gK отвечает за распространение HSV из эпителия роговицы в нейроны, что позволяет предположить, что gK важен для установления латентного периода инфекции роговицы с HSV-1, который имеет мутацию на N-конце gK. не удалось заразить ганглии тройничного нерва у мышей (David et al., 2008, 2012; Saied et al., 2014). Гепараназа представляет собой эндогликозидазу, которая может расщеплять HS, катализируя расщепление β-(1,4)-гликозидной связи между остатками глюкуроновой кислоты и глюкозамина HS (Agelidis et al., 2017). ВПГ требует высвобождения гепараназы-1 (HPSE) из инфицированных клеток (Hadigal et al., 2015). HPSE ослабляет связь между вирусом и рецептором HS, освобождая его от клетки. Просто удивительно, что ВПГ контролирует клетку таким образом, что уровни HPSE постепенно увеличиваются после заражения. Это возможное увеличение уровней HPSE является заранее спланированной стратегией для перевода клетки из состояния прикрепления вируса в состояние отделения вируса HSV, чтобы высвобождение HSV было плавным. Высвобожденные потомки ВПГ способны повторно инициировать процесс проникновения в близлежащие клетки. Цитоскелет вступает во владение после того, как вирус проник в клетки.
Цитоскелет
«Магистрали» для распространения вируса простого герпеса внутри клетки
Цитоскелет является основой клетки. Это внутриклеточная сеть микрофиламентов, промежуточных филаментов и микротрубочек, способная взаимодействовать с ВПГ (Feierbach et al., 2006). Во время инфекции ВПГ вирус использует эту сеть для проникновения в клетку и перемещения через нее к ядру. В ядре репликации вируса способствуют микрофиламенты, которые перед выходом собираются с капсидом. Изменения в структуре цитоскелета либо способствуют патогенезу ВПГ, либо противодействуют ему. Эти трансформации цитоскелета в клетках могут сделать их раковыми (Zheng et al., 2007).
Вирус простого герпеса использует микрофиламенты и микротрубочки для ретроградного/антероградного транспорта. рецепторы. Когда gD HSV-1 взаимодействует с нектином-1 на клеточной поверхности, активируется передача сигналов Rho GTPase, что в дальнейшем вызывает перестройку связанного с ними актина (Hoppe et al., 2006). Даже во время процесса выхода ВПГ взаимодействие немышечного миозина IIA (NMIIA) с VP22, который представляет собой тегументный белок ВПГ, имеет жизненно важное значение для вирионов, покидающих клетку, для проникновения во внеклеточную среду (Conti and Adelstein, 2008; Ван и др.
, 2017). После успешного проникновения в клетки микрофиламенты вместе с моторным белком динеином помогают ВПГ пройти от мембраны к ядру. Согласно обзору Wu et al. (2019), когда ВПГ необходимо распространиться на другие клетки-хозяева, он использует протеинкиназу US3 для фосфорилирования RhoA, чтобы перестроить актиновые микрофиламенты и способствовать разрушению актиновых стрессовых волокон (сократительные пучки, состоящие из актиновых микрофиламентов и NMIIA).
Вирус простого герпеса нуждается в транспортном механизме хозяина для его транспорта в ядро. Микротрубочки, один из компонентов цитоскелета, играют важную роль в транспорте ВПГ от плазматической мембраны к ядру (Dohner et al., 2005). Этот транспорт управляется моторными белками, кинезином и динеином (Lyman and Enquist, 2009).). HSV способен использовать комплекс белка, отслеживающего конец (+ TIP), чтобы начать ретроградный транспорт к ядру (рис. 2). Этот комплекс состоит из концевого связывающего белка 1 (EB1), цитоплазматического линкерного белка 170 (CLIP-170) и динактина-1 (DCTN1) (Jovasevic et al. , 2015). ВПГ ретроградно транспортируется вдоль минус-конца микротрубочек к центру организации микротрубочек (MTOC), расположенному рядом с ядром (Dammermann et al., 2003). Рекрутирование моторных белков, динеина, динактина, кинезина-1 и кинезина-2, осуществляется pUS3, pUL36, pUL37, ICP0, pUL14, pUL16 и pUL21, капсидными белками, экспонированными в цитоплазму после проникновения ВПГ. . Различные белки ВПГ взаимодействуют с различными моторными белками, чтобы облегчить процесс транспорта. VP26 представляет собой внешний капсидный белок HSV, который взаимодействует с RP3 и Tctex1, легкими цепями динеина (Douglas et al., 2004). Кроме того, белок UL34 [компонент комплекса ядерного выхода ВПГ (NEC)] связывается с промежуточной цепью динеина (Reynolds et al., 2002). Транспорт вирусных капсидов из ядра на периферию клетки происходит антероградно, вдоль плюс-конца микротрубочек (Lee et al., 2006) (рис. 2). Капсидный белок pUL37 рекрутирует дистонин (BPAG1), который помогает в этом перемещении (McElwee et al. , 2013; Pasdeloup et al., 2013). В опухолевых клетках, возникающих в результате онколитической инфекции HSV-1 (oHSV), гистондеацетилаза 6 (HDAC6) может способствовать распространению oHSV, модулируя перенос онколитических вирусных частиц (OV) посредством ацетилирования микротрубочек (Nakashima et al., 2015). ). Помимо сети микротрубочек, HSV способен использовать сеть эндоплазматического ретикулума (ER)-Golgi для своего транспорта внутри клетки.
Рис. 2. Транспортная система вируса простого герпеса (ВПГ) внутри клетки. (A) Ретроградный транспорт . После попадания в клетку микротрубочки с помощью моторных белков транспортируют вирус по минус-концу к центру организации микротрубочек (ЦМТ), откуда проникают в ядро для репликации генома. ВПГ также может использовать сеть эндоплазматического ретикулума (ER)-Гольджи для перемещения от клеточной мембраны к ядру для того же самого, поскольку ER имеет общую непрерывную мембрану, соединяющую перинуклеарное пространство (PNS) и аппарат Гольджи. (B) Антероградный транспорт . После репликации вирусы транспортируются из ядра в MTOC, от минус-конца к плюс-концу микротрубочек, чтобы достичь клеточной мембраны, откуда они высвобождаются. Вирусы-потомки также могут проходить через ПНС в ЭР. Нуклеокапсиды, заключенные в мембраны ER, транспортируются на GA, где они транспортируются по сети trans- Golgi в везикулы и высвобождаются на клеточной мембране, процесс, сходный с высвобождением секреторных белков клетки.
Эндоплазматический ретикулум и аппарат Гольджи
Вирус простого герпеса Стратегии преодоления стресса эндоплазматического ретикулума
Также чрезвычайно важно, что ВПГ достаточно мощен, чтобы использовать императивную органеллу клетки в своих интересах. Самая большая клеточная органелла, ER, представляет собой сложную сеть, простирающуюся по всей цитоплазме клетки. Это место синтеза белка [грубый ER (RER)], модификации и транспорта мембранных, а также секреторных белков. Будучи основной органеллой для фолдинга белка (необходимой, поскольку фолдинг обеспечивает функциональность белка), нарушение регуляции в ER способно изменить всю биологию клетки и привести клетку к гибели. ER имеет порог для этого фолдинга, и слишком большая белковая нагрузка вынуждает ER вызывать неправильную укладку белков, запуская путь реакции развернутых белков (UPR). Таким образом, ER обладает чувствительными к стрессу молекулами, которые регулируют количество белка, используемого для фолдинга. Это связано с тем, что UPR задерживает процесс фолдинга белка до тех пор, пока возможности ER по фолдингу белка не будут восполнены (Harding et al., 2002). Активация пути UPR может привести к ответу любой из двух ветвей. Ветвь IRE1/ATF-6 непосредственно регулирует укладку ER путем экспрессии генов, которые обеспечивают способность ER правильно укладывать белки. Другая ветвь представлена киназами, которые вызывают временную остановку процесса трансляции, фосфорилируя и тем самым инактивируя фактор инициации трансляции, eIF2α. Две ветви UPR сходятся для поддержания гомеостаза; контратака на любой стресс, навязанный ER (Harding et al., 2002). Одним из таких стрессов является вирусная инфекция. Вирусам требуется eIF-2 для производства собственных белков (Liu et al., 2004). Однако фосфорилирование eIF-2 по α-субъединице предотвращает превращение гуанозинтрифосфата (GTP) в гуанозиндифосфат (GDP). Это дополнительно ингибирует процесс рециркуляции, чтобы поддерживать продукцию активного eIF-2 для рекрутирования тРНК на 40S рибосому (Mohr, 2006). Будучи зависимыми от механизмов клетки-хозяина в своих жизненных процессах, вирусы полагаются на ER для фолдинга своих белков. Это создает стрессовое состояние в ER, где ER загружается большим количеством белков для правильного фолдинга, клеточных плюс вирусных белков, что приводит к активации UPR (Harding et al., 2002). Протеинкиназа R (PKR) является компонентом UPR, который фосфорилирует eIF2α. На ранней стадии инфекции HSV-1 отключает экспрессию генов хозяина, ограничивая нагрузку клеточных белков, поступающих в ER для фолдинга (Harding et al., 2002). Также продукты вирусных генов Us11 и γ ₁ 34,5 способны ослаблять фосфорилирование eIF2α для продолжения продукции белков (He et al. , 1997; Novoa et al., 2001). Важно отметить, что Us11 и γ ₁ 34.5 мутанты HSV-1 могут противостоять острому стрессу ER, проливая свет на возможность других механизмов блокирования UPR (Mulvey et al., 2006). Таким образом, была установлена важность PERK (PKR-подобная киназа эндоплазматического ретикулума) в резистентности к UPR (Mulvey et al., 2007). HSV-1 использует свой gB для накопления вирусных полипептидов внутри клетки-хозяина. Было обнаружено, что гликопротеин gB HSV-1 взаимодействует с люминальным доменом PERK, доменом, который отвечает за распознавание стресса ER. Возможный механизм, предложенный Mulvey et al. (2007) взаимодействие gB с PERK аналогично взаимодействию gB с MHC-II для нарушения процессинга белков в инфицированных клетках. Люминальные домены в IRE1 и PERK одинаковы, и оба воспринимают развернутые белки путем образования олигомеров в этих доменах (Harding et al., 19).99; Бертолотти и др., 2000). Эти олигомеры в PERK создают бороздку, которая напоминает бороздку связывания пептидов главного комплекса гистосовместимости (MHC) (Credle et al. , 2005). Поскольку gB имеет сродство к такой бороздке в MHC-II, которую он использует для отключения пути процессинга белка (Sievers et al., 2002; Neumann et al., 2003), возможно, что gB взаимодействует с люминальной стороной. PERK таким же образом и блокирует способность PERK воспринимать стресс ER. PERK остается неактивным во время инфекции HSV-1 (Mulvey et al., 2007).
Вирус простого герпеса ремоделирует структуру эндоплазматического ретикулума–Гольджи для своего выживания
Вирусы способны модифицировать мембраны клеточных органелл хозяина (Suhy et al., 2000; Tolonen et al., 2001; Egger et al. , 2002). Имеются в основном две причины для ремоделирования мембраны клеточных органелл хозяина. Во-первых, вирусы, которые размножаются в цитоплазме клетки, нуждаются в этих модифицированных мембранах для образования компартментов. Эти компартменты называются фабриками репликации 9.0144, которые способствуют синхронному сбору вирусных и клеточных компонентов для эффективной репликации и сборки вируса. Во-вторых, вирусы изменяют мембраны, создавая барьер, чтобы спрятаться от клеточных иммунных реакций (Suhy et al., 2000; Tolonen et al., 2001; Egger et al., 2002). Хотя мало что известно о ремоделировании мембраны HSV-1, было обнаружено, что аппарат Гольджи (GA) и транс -сеть Гольджи (TGN) рассредоточены по всей цитоплазме в клетках, инфицированных HSV-1 (Campadelli). и др., 1993). ER не только участвует в синтезе белка, но также придает белку функциональность, складывая его в правильную конформацию. Затем именно ER обеспечивает вирус конечными продуктами своих генов, белками, которые помогают вирусу установить патогенез (Romero-Brey and Bartenschlager, 2016). HSV-1 использует свой вирусный белок UL34 для интенсивного изменения глобальной структуры ER, чтобы проникнуть в ядро для репликации (Maeda et al., 2017). Вся архитектура ER вместе с вирусным фактором UL34 и мембранным белком хозяина CD9.Тяжелая цепь 8 (CD98hc) была сжата вокруг ядерной мембраны (NM). UL34 является компонентом комплекса ВПГ-выход, который участвует в механизме выхода, известном как опосредованный везикулами ядерно-цитоплазматический транспорт (Roller et al. , 2000; Reynolds et al., 2001; Mettenleiter et al., 2013). Согласно этому предполагаемому механизму, ВПГ приобретает первичную оболочку во время выхода из внутренней НМ (ВНМ), освобождается от оболочки на внешней НМ (ВНМ), которая сливается с ВНМ, чтобы экспонироваться в цитоплазму (Johnson and Baines, 2011). ; Меттенлейтер и др., 2013). UL34 вместе с UL31 помогает в процессе обволакивания и сжатия ER вокруг NM. CD98hc представляет собой гликопротеин клеточной поверхности, который служит переносчиком аминокислот, связываясь с одной из легких цепей (Verrey et al., 2004). Он связывается с интегрином β1 и β3, чтобы регулировать передачу сигналов интегрина и, следовательно, клеточную адгезию и миграцию (Fenczik et al., 1997; Feral et al., 2005; Prager et al., 2007). CD98hc, как и UL34 в HSV, участвует в процессе слияния других оболочечных вирусов, таких как вирус болезни Ньюкасла, вирус парагриппа типа 2 и ВИЧ (Ito et al., 1992; Ohgimoto et al., 19).95; Окамото и др., 1997). Несмотря на то, что CD98hc является мембранным гликопротеином, удержание CD98hc на плазматической мембране (PM) ингибируется компонентами HSV, вызывая накопление CD98hc в ER. UL34 индуцирует сжатие ER вокруг НМ, принося с собой CD98hc (Maeda et al., 2017). Можно сделать вывод, что ремоделирование ER вирусом осуществляется для создания среды слитых молекул вокруг NM для эффективного выхода HSV. Поскольку сеть ER-Golgi непрерывна, GA также трансформируется после инфекции HSV.
GA работает рука об руку с ER, модифицируя белки, которые будут секретироваться вне клеток (рис. 2). Следовательно, мембрана ГА является продолжением мембраны ЭР для эффективного транспорта белков из ГА на периферию клеток (Bauerfeind and Huttner, 1993). Как упоминалось выше, ВПГ-1, помимо ремоделирования ЭР для собственных нужд, также нарушает целостность Гольджи (Campadelli et al., 1993). Мартин и др. (2017) наблюдали, что два игрока в целостности GA, Src tyrosine kinase и dynamin 2 (Dyn2) GTPase, опосредуют нарушение структуры GA после инфекции HSV-1 в первичных нейрональных клетках. Инфицированные HSV-1 первичные нейрональные клетки изображали активированную киназу Src и последующее фосфорилирование ее субстрата динактина 2, чтобы выявить нарушение структурной целостности GA. Это искажение в структуре органелл может свидетельствовать о нейропатогенезе ВПГ через разрушение секреторной системы. Протеинкиназы Src (произносится как «сарк» для краткой формы саркомы) являются нерецепторными киназами, участвующими в онкогенезе. Они играют важную роль в путях роста, деления, миграции и выживания клеток (Roskoski, 2015). Тирозинкиназы Src сами активируются путем фосфорилирования по остатку Y424 и фосфорилируют свой субстрат Dyn2 по остаткам Y231 и Y59.7 (Веллер и др., 2010). Фосфорилирование Dyn2 активирует его GTPase активность (Cao et al., 2010). ГТФазная активность Dyn2 контролирует фрагментацию GA и TGN во время секреторных процессов (Ishida et al., 2011). Известно, что продолжающаяся активация киназы Src и Dyn 2 нарушает целостность GA и в др. типах клеток (Weller et al., 2010). Мартин и др. (2017) продемонстрировали, что белок вирусного тегумента VP11/12 HSV-1 не имеет решающего значения, но частично участвует в активации Dyn2 через киназы Src, что приводит к деградации GA во время размножения HSV-1 в первичных нейронах.
Есть два возможных предположения о механизме активации Src в нейронах, инфицированных HSV-1. Одной из возможностей является активация посредством прямого взаимодействия ВПГ с клеточными рецепторами. Как известно для других герпесвирусов, gH/gL gps инициируют процесс проникновения путем взаимодействия с интегрином αvβ8 и требуют для этого активированного Dyn2 (Gianni et al., 2010). Dyn2 физически взаимодействует с киназой фокальной адгезии (FAK), рекрутируясь на сайты фокальной адгезии. Здесь Dyn2 активируется Src и способствует индукции эндоцитоза интегринов, тем самым облегчая инвазию клеток (Wang et al., 2011). Другим возможным механизмом активации Src является взаимодействие вирусных белков с Src после проникновения ВПГ. Домен Sh3 Src связан с тирозиновыми мотивами VP11/12, чтобы стимулировать путь фосфоинозитид-3-киназы (PI3K)/AKT в Т-клетках (Strunk et al., 2016). Следовательно, VP11/12 может также активировать киназы Src после проникновения вируса в нейрональные клетки, хотя возможна активация Src с помощью других механизмов.
Сеть эндоплазматического ретикулума–Гольджи как средство транспортировки вируса простого герпеса
На протяжении многих лет предлагались различные пути выхода из ядра. Согласно одному из предложенных маршрутов, синтез на ОНМ довольно популярен. Слияние в ONM подтверждается свидетельствами первичной оболочки в INM, за которой следует распаковка или слияние в ONM. Это слияние или процесс удаления оболочки, при котором первичная оболочка сливается с ONM, требует gH/gL HSV. Однако вирионы с оболочкой наблюдались в цитоплазме, а также во внеклеточном пространстве у мутантов с делецией gH/gL, что позволяет предположить, что существуют другие пути выхода ВПГ из клетки. Уайлд и др. (2018) отметили, что HSV использует транспортную систему ER-Golgi клетки для выхода из NM в PM и из клетки. В естественных условиях груз перевозится из ER в GA через пузырьков, отпочковывающихся от позиций выхода ER (Bonifacino and Glick, 2004) или через промежуточный компартмент ER-Golgi (EGIC) (Hauri and Schweizer, 1992; Klumperman, 2000; Saraste et al. , 2009). В цистернах ГА груз расфасован в гранулы, которые высвобождаются за пределы клетки (Паладе, 1975) (рис. 2). Процесс упаковки приводит к потере мембраны GA, но GA можно восполнить несколькими способами (Orci et al., 1981). После репликации ВПГ и сборки капсида в ядре хозяина капсиды отправляются в ГА для приобретения тегумента и оболочки. Затем обернутый вирион покрывается транспортной вакуолью. Эта включающая процедура известна как , обертывающий (Roizman et al., 2014). Когда инфицированные ВПГ-1 клетки наблюдали между 8 и 16 часами после заражения (hpi), мембраны GA, ER и ONM были соединены, чтобы установить континуум между перинуклеарным пространством (PNS) и цистернами Гольджи (рис. 2). Количество вирионов в ЭР увеличилось почти в четыре раза к концу 24 HPI, после чего ГА деградировал (Wild et al., 2015). Следовательно, целостность GA важна для транспорта вирионов из ER. Путь транспорта ВПГ подобен транспорту секреторных белков из клетки, который осуществляется через образование пузырьков или EGIC (Klumperman, 2000). Кроме того, внутрипросветно транспортируемые вирионы покрыты плотным белковым слоем. Этот слой можно использовать в качестве защиты от слияния вирусной мембраны с мембранами транспортных органелл, тем самым усиливая возможность альтернативного пути выхода ВПГ. Трансляция белков ВПГ является важным этапом перед упаковкой вирусных частиц. Рибосомы, являющиеся частью RER и сайтом вирусной трансляции, также манипулируются ВПГ для его патогенеза.
Рибосомы
Роль рибосомных и вирусных белков в трансляции вируса простого герпеса
Рибосома — клеточная фабрика по производству белков; процесс, известный как «перевод» в центральной догме. Он содержит рибосомные РНК (рРНК), которые катализируют образование пептидной связи между аминокислотами и рибосомными белками (РП), чтобы регулировать процесс трансляции. Образование рибосом у эукариот (80S) происходит в ядрышке. Эукариотическая рибосома 80S состоит из малой субъединицы (40S) и большой субъединицы (60S). Субъединица 40S, известная тем, что расшифровывает мРНК для включения соответствующей аминокислоты, состоит из 18S рРНК и 33 RP. 5S, 5.8S и 28S рРНК вместе с примерно 47 RP собираются в субъединицу 60S, которая катализирует образование пептидной связи. Таким образом, эукариотическая рибосома состоит из четырех рРНК и около 80 РП (Wilson and Doudna Cate, 2012). RP, такие большие по количеству, функционируют как шапероны, чтобы стабилизировать и облегчить правильную укладку рРНК для сборки рибосом (Fromont-Racine et al., 2003). RP также важны для регуляции клеточной пролиферации, клеточного цикла, апоптоза, онкогенеза, развития и целостности генома (Chen and Ioannou, 19).99; Бхавсар и др., 2010 г.; Де Лас Эрас-Рубио и др., 2014 г.; Сюй и др., 2016). Во время некоторых вирусных инфекций, таких как герпесвирусы, трансляция клеточных транскриптов мРНК может быть остановлена или заметно снижена, тогда как трансляция мРНК RP увеличивается и сохраняется на поздних стадиях, поддерживая размножение вируса (Greco et al., 1997; Simonin et al. др., 1997). Известно, что L22, RP, взаимодействует с инфицированным клеточным белком 4 (ICP4). Белок ICP4 HSV-1 представляет собой непосредственно ранний белок и регулятор транскрипции многих ранних и поздних генов HSV-1, необходимых для синтеза вирусной ДНК и усиления патогенеза у хозяина (Leopardi and Roizman, 19).96; Ли, 2019).
Инициация трансляции транскриптов мРНК в белки требует рекрутирования кэп-связывающего комплекса эукариотического фактора инициации 4F (eIF4F), который состоит из eIF4E, eIF4G, eIF4A, eIF4B и eIF4H, к 5’m7G-кэпу мРНК. eIF4G в связанном состоянии обеспечивает сборку преинициаторного комплекса 43S. Преинициаторный комплекс, который в основном состоит из 40S рибосомной субъединицы, перемещается по 5′-нетранслируемой области (UTR), чтобы проследить стартовый кодон. Присоединение 60S рибосомной субъединицы к преинициаторному комплексу создает функционально активную 80S рибосому, готовую к трансляции (Jackson et al., 2010). Как и другие биологические процессы, ВПГ зависит от механизма трансляции хозяина для трансляции около 70 кодируемых белков. Поэтому он всегда будет пытаться сделать процесс перевода более эффективным и беспрепятственным с помощью ряда стратегий (Смит и др. , 2008; Уолш и Мор, 2011). Одной из таких стратегий является усиление инициации трансляции за счет увеличения сборки комплекса связывания кэпа. ICP6, ICP27 и киназа HSV Ser/Thr US3 являются тремя белками, ответственными за улучшенную сборку комплекса, связывающего кэп (Walsh and Mohr, 2004; Hargett et al., 2005; Walsh and Mohr, 2006; Chuluunbaatar et al. ., 2010). Для эффективной трансляции своих собственных белков HSV может парализовать экспрессию гена в клетке-хозяине, так что большее количество транскриптов его мРНК получает доступ к механизму трансляции. ВПГ кодирует белок отключения вириона-хозяина (vhs), который действует как эндонуклеаза и является специфическим деструктором мРНК. Vhs необходим для трансляции поздних мРНК HSV-1 (Dauber et al., 2014) (Fig. 3). Он кодируется геном UL41 и является тегументным белком. Vhs дестабилизирует клеточные мРНК, связываясь с геликазой и кофакторами геликазы (Doepker et al., 2004; Feng et al., 2005; Page and Read, 2010; Read, 2013; Shiflett and Read, 2013). Деградации мРНК способствует клеточная РНКаза XrnI (Gaglia et al., 2012). Vhs-опосредованное разрушение мРНК вируса одновременно достигает двух целей. Во-первых, он снижает конкуренцию между транскриптами мРНК, которые транслируются механизмом трансляции хозяина, и, во-вторых, наносит вред противовирусному иммунному ответу хозяина (Paladino and Mossman, 2009).). Хотя это может показаться странным, vhs также дестабилизирует вирусные мРНК (Read, 2013). Такие дестабилизации жизненно важны для сдвигов между экспрессией гена непосредственно раннего, раннего, дырявого позднего и истинно позднего HSV, так что конкуренция за доступность к аппарату трансляции еще больше снижается. Тем не менее, трансляция истинно поздних транскриптов мРНК, US11, UL47 и gC, была нарушена в vhs-дефицитных клетках Hela, инфицированных HSV-1. Уровни US11 могут быть восстановлены, если транскрипты поздней мРНК US11 присутствуют до того, как рибосомы и факторы, необходимые для трансляции, станут лимитирующими. Эти результаты предполагают, что в отсутствие vhs механизм трансляции перегружен мРНК как хозяина, так и ВПГ и не будет транслировать мРНК, которые вошли позже, то есть мРНК поздних вирусных генов (Dauber et al. , 2014). . Наша клетка, однако, имеет свой собственный механизм «самоочищения» от этих вирусных белков, который содержится в лизосомах клетки.
Рисунок 3. Трансляционная регуляция, опосредованная отключением вириона-хозяина (vhs). (A) Деградация клеточной мРНК . Белок vhs запускает деградацию клеточных мРНК с помощью XRN1. (B) Ядерная защитная оболочка . Vhs также предотвращает перегрузку мРНК на рибосомах во время поздней экспрессии генов путем ограничения мРНК вируса IE/E в ядре. (C) Вирусный перевод . Деградация клеточной мРНК и содержание в ядре других мРНК IE/E позволяет только поздним вирусным мРНК покинуть ядро и транслироваться на рибосомах. Белки поздних генов, gC, Us11 и UL47, ингибируют иммунную систему комплемента хозяина, предотвращают аутофагию и способствуют выходу из ядра, соответственно.
Лизосомы
Важность «самоочищения» для цитозащиты
Лизосомы представляют собой внутриклеточные мембранные компартменты, содержащие пищеварительные ферменты для деградации нежелательного содержимого цитоплазмы, такого как токсичные, дефектные или избыточные белки, бактерии и вирусы. . Этот процесс деградации называется аутофагией и запускается в ответ на атаку патогенов, голодание, стресс и гипоксию, причем более 35 белков (ATG) управляют этим процессом. Таким образом, аутофагия лизосомами является механизмом очищения клетки для увеличения ее продолжительности жизни. Этапы аутофагии в хронологическом порядке можно обозначить как: (1) инициация фагофора; (2) удлинение мембраны; (3) образование аутофагосомы; (4) слияние аутофагосомы с гидролитическими ферментами в лизосоме (Mizushima et al., 2011). Мишени аутофагии выбираются в зависимости от селективных рецепторов, экспрессируемых на фагофоре. Эти рецепторы имеют убиквитин-связывающий домен (UBD) для взаимодействия с убиквитиновыми метками на мишенях и мотив LC3-interacting region (LIR), который взаимодействует с белками LC3 (Stolz et al., 2014). Танк-связывающая киназа 1 (TBK1) является регулятором аутофагии и играет важную роль в уничтожении патогенов лизосомой (Wild et al., 2011; Pilli et al., 2012; Sparrer et al. , 2017). В случае вирусной атаки процесс аутофагии может модулироваться вирусом для собственного выживания или может быть просто уклонен от экспрессии вирусом специфических белков. Вирус должен избегать процесса аутофагии, когда аутофагия защищает клетку различными способами. Цитозащитными стратегиями аутофагии являются: нацеливание на патогены для уничтожения, стимуляция и/или регуляция воспаления, стимуляция презентации антигена и распространение защиты посредством аутофагии в соседние клетки (Levine, 2005; Levine et al., 2011; Jackson, 2015; Paul and Münz, 2016). ВПГ-1 является таким вирусом, который подавляет защитные эффекты аутофагии. Первичные нейрональные клетки у мышей предпочитают аутофагию противовирусным эффектам, опосредованным интерфероном, для элиминации вируса (Yordy et al., 2012). ВПГ-1 ингибирует аутофагию под действием белков US11 и ICP34.5 (рис. 4). US11 дефосфорилирует PKR и ингибирует фосфорилирование eIF2α; фосфорилированный eIF2α, являющийся индуктором аутофагии (Lussignol et al. , 2013). ICP34.5 взаимодействует с беклином-1 и ингибирует аутофагию (Orvedahl et al., 2007).
Рисунок 4. Ингибирование апоптоза и аутофагии вирусом простого герпеса (ВПГ). (А) Ингибирование апоптоза . Внутренний путь апоптоза для запрограммированной гибели клетки генерируется из митохондрий, когда цитохром С высвобождается и образует апоптосому вместе с Apaf-1 и другими белками. Это позволяет активировать каспазу-9 и другие эффекторные каспазы для образования апоптотических телец. LAT и pUs 3 блокируют активацию каспазы-9и эффекторные каспазы, соответственно, чтобы предотвратить гибель клетки для ее собственного выживания. (B) Ингибирование аутофагии . pUs 11 ингибирует процесс аутофагии, посредством которого ферменты лизосом разрушают вирусные белки, тем самым ингибируя клиренс вируса из клетки.
Аутофагия позволяет клетке выживать в течение более длительных периодов времени, препятствуя патогенезу. Мутантные клетки мыши, имеющие высокие базальные уровни аутофагии, ограничивали репликацию HSV-1 (Le Sage and Banfield, 2012). Более того, данные показывают, что препараты, вызывающие аутофагию, способны снижать вирусную нагрузку. MG132 является одним из таких индукторов, который может снижать титры ВПГ-1 в эпителиальных клетках роговицы человека (Yakoub and Shukla, 2015). Точно так же рапамицин может ограничивать патогенез ВПГ-1 в клетках фибробластов человека и способствовать выживанию клеток (Ahmad et al., 2019).). Защитный аутофагический эффект в клетках при инфекции HSV-1 приписывают TBK-1. TBK-1 представляет собой клеточную киназу, которая фосфорилирует и активирует селективные рецепторы на фагофоре для избирательного нацеливания груза, который должен быть доставлен в лизосому для разрушения гидролитическими ферментами (Ahmad et al., 2019). Противовирусные ответы, такие как ответы от интерферона (IFN)γ, значительно снижаются, когда снижается презентация антигена MHC-II. Аутофагия может обеспечить перекрестную презентацию антигенов HSV-1 MHC-I. Исследования показали, что gB HSV-1 может перекрестно презентироваться на MHC-I макрофага BMA3. 1A7 зависимым от аутофагии образом (English et al., 2009).; Радтке и др., 2013). Кроме того, клетки, инфицированные HSV-1, могут вызывать аутофагические эффекты посредством опосредованной TBK-1 паракринной передачи сигналов. Паракринно-опосредованная аутофагия возникает на ранней стадии инфекции ВПГ-1 и защищает инфицированную клетку от гибели (Ahmad et al., 2019). Другим механизмом уничтожения вируса является запрограммированная смерть клетки с целью уничтожения самой себя и патогена внутри нее для ограничения распространения вируса.
Митохондрии
Вирус простого герпеса управляет «электростанцией» клетки
Другой клеточной органеллой, которая может иметь общую мембрану с ER, являются митохондрии. Митохондрии, известные как « электростанция клетки », поскольку они являются основными компартментами для производства АТФ, рассредоточены по всей цитоплазме клетки. Митохондрия имеет свой собственный геном, оборудование для репликации и механизм транскрипции/трансляции, но также зависит от ядерных генов, без экспрессии которых она не может активно функционировать. Кроме того, если митохондрии выходят из строя, клетка не может выжить. Это связано с тем, что помимо синтеза энергии митохондрии участвуют в ряде клеточных процессов, таких как апоптоз и регуляция уровня кальция, которые влияют на выживание клетки. Следовательно, митохондриальные изменения, вызванные вирусной атакой, являются критическими для клетки (Murata et al., 2000).
Поддержание и эксплуатация митохондрий до средней стадии инфицирования вирусом простого герпеса с последующей его деградацией на более поздних стадиях , продукт гена UL12 (Saffran et al., 2007). Это согласуется с ранними результатами, согласно которым производство митохондриальных белков снизилось на 60% в инфицированных ВПГ клетках по сравнению с неинфицированными клетками (Lund and Ziola, 19).86; Латчман, 1988). В другом исследовании повреждение митохондрий было связано с энцефалитом, вызванным инфекцией ВПГ. Нейрональные клетки подтвердили серьезное разрушение митохондриальных транскриптов мРНК и мтДНК с помощью вирусных белков pUL12.
5 или US3 ВПГ (Wnêk et al., 2016). Цитохром С-оксидаза (СО), последний фермент в цепи переноса электронов, была заметно снижена в астроцитах при 24 hpi (Wnêk et al., 2016). Мурата и др. (2000) обнаружили, что митохондрии собираются вокруг ядра вместе с белками тегумента UL41 и UL46 после инфицирования ВПГ. HSP60, белок, реагирующий на стресс, был обнаружен в таких условиях повышенным. Уровни АТФ и лактата в клетках сохранялись до 6 hpi, но затем снижались, что указывает на то, что митохондрии реагируют на инфекцию ВПГ. Они мигрируют с белками тегумента в ПНС, образуя кольцеобразную структуру вокруг одной стороны ядра, оптимально функционируя до средней стадии инфекции, после которой целостность митохондрий снижается. Присутствие митохондрий в конденсированном состоянии вокруг ядра, где митохондрии очень активны в отношении дыхания, необходимо, когда идет процесс морфогенеза ВПГ, так что процесс морфогенеза обеспечивается достаточным запасом энергии через АТФ (Murata et al., 2000).
Модуляция апоптоза вирусом простого герпеса
Митохондрии участвуют в процессе апоптоза. Запрограммированная гибель клеток или апоптоз имеет решающее значение для клетки, поскольку решает судьбу клетки. Процесс четко определен и вызывает разрушение клеток, что способствует развитию или препятствует распространению инфекции или росту раковой ткани. Клетки, подвергшиеся апоптозу, отличаются сморщиванием, образованием апоптотических телец и ядерной фрагментацией (Wyllie, 19).97). Два пути апоптоза, внутренний и внешний пути, сходятся при активации ферментативного пути цистеин-специфической аспартатазной протеазы (каспазы), вызывая протеолиз и, в конечном итоге, гибель клетки (Galluzzi et al., 2012). Внутренний путь назван так из-за участия собственного компонента клетки, митохондрий. Митохондриальный путь инициируется запуском проницаемости митохондриальной внешней мембраны (MOMP). Это обеспечивает выход цитохрома С из внутренней митохондриальной мембраны в цитоплазму через поры в митохондриальной мембране. Путь апоптоза регулируется членами семейства белков Bcl-2. Цитохром С связывается с Apaf-1, чтобы инициировать сборку апоптосом. Апоптосома рекрутирует прокаспазу-9. Прокаспаза-9 расщепляется с образованием активной каспазы-9. Таким образом, запускается каспазный каскад с последующей активацией других каспаз для полного разрушения клетки (Yuan, Akey, 2013; Yuan et al., 2013; Jiang, 2014). PERK, который является стресс-чувствительным белком ER, также вносит вклад во внутренний путь апоптоза (Verma and Datta, 2012). Апоптоз инфицированных вирусом клеток ограничивает репликацию и передачу вирусов. Следовательно, ВПГ пытается ингибировать апоптоз в инфицированных клетках (рис. 4). Антиапоптотические белки HSV представляют собой US3, gJ и латентно-ассоциированный транскрипт (LAT). LAT транскрибируется и сплайсируется во время латентного периода ВПГ и является ингибитором апоптоза в инфицированных клетках (Wagner et al., 19).88; Джонс, 2013). Он ингибирует апоптоз, опосредованный каспазой 8/9 (Henderson et al. , 2002), поддерживая уровни фосфорилирования AKT, который, в свою очередь, фосфорилирует для инактивации проапоптотических белков (Bad, Bax, каспаза 9) (Liu and Cohen, 2015). Ген LAT составляет 8,3 т.п.н., из которых начальные 1,5 т.п.н. транскрибируются в две малые РНК из 62 и 36 нуклеотидов, которые ответственны за антиапоптотические эффекты LAT (Shen et al., 2009). С одной стороны, поскольку LAT способен предотвращать апоптоз даже при отсутствии других генов HSV-1 (Carpenter et al., 2007), ICP22 не является очень сильным антиапоптотическим белком. ICP22 является регулятором экспрессии антиапоптотических генов HSV-1 и не влияет непосредственно на апоптозную передачу сигналов (Aubert et al., 2008). ICP22 ингибирует проапоптотические функции p53, ослабляя ингибирование Bax (Pietsch et al., 2008). С-конец ICP27 также является косвенным индуктором антиапоптотических эффектов, повышая экспрессию антиапоптотических генов (Fontaine-Rodriguez and Knipe, 2008), а также способствуя активации ядерного фактора (NF)κB, способствуя выживанию клеток. Харгетт и др., 2006). Протеинкиназа US3 является еще одним прямым ингибитором прокаспазы 3, препятствующим митохондриально-опосредованному пути апоптоза (Benetti and Roizman, 2007). Вирусный белок US3 также участвует в выходе ВПГ из ядра. Ядро, являющееся «мозгом клетки», является одной из основных органелл-мишеней для вируса.
Ядро
Временное сохранение генов вируса простого герпеса во избежание нагрузки на аппарат хозяина
Ядро — это компартмент для репликации клеточного и вирусного генома, а также транскрипции мРНК из генетической информации. Поскольку генетический код всех жизненных процессов содержится в ядре, ядро также называют «информационным центром» клетки. Транскрипты мРНК покидают ядро, когда они необходимы для трансляции в белки. Vhs, белок отключения хозяина HSV, ответственный за деградацию клеточной мРНК, также отвечает за удержание вирусных мРНК в ядре (Elliott et al., 2018). Vhs вызывает удержание транскриптов мРНК IE и E в ядре, но позволяет поздним транскриптам перемещаться в цитоплазму. Это происходит в начале поздней транскрипции гена. Как регулятор vhs, VP22 способен высвобождать индуцированную vhs задержку в ядре на поздних транскриптах, чтобы обеспечить их транслокацию в цитоплазму, чтобы поздние белки могли транслироваться с них. HSV-1 проверяет нагрузку транскриптов, поступающих в механизм трансляции, для эффективного развития инфекции, ограничивая не только клеточные мРНК, но и собственные мРНК (Pheasant et al., 2018).
Модель разрушения ядерной оболочки для выхода вируса простого герпеса
Ядерная оболочка (NE) служит барьером для вирусов; второй шлюз для прохождения HSV (рис. 5). NE ядра делится на три области: ONM, PNS и INM. Промежуток между ОНМ и ИНМ представляет собой ПНС диаметром 20–50 нм и переходит в ЭР. PNS состоит из комплексов ядерных пор (NPCs), соединяющих ядро с цитоплазмой (Stewart et al., 2007). Сборка капсидов ВПГ-1 происходит в ядре. После сборки он либо транспортируется в ПНС и отпочковывается в ONM, либо повреждает ядерную пору (белковые каналы), создавая искажения в NE для выхода из ядра (Leuzinger et al. , 2005; Wild et al., 2005). . Под INM, по направлению к нуклеоплазме, находится ядерная пластинка. Функция ядерной ламины состоит в обеспечении структурной поддержки NE, следовательно, она состоит из сборки ламинов A/C/B вместе с мембранными белками. Нуклеокапсиды ВПГ, будучи больше по размеру (120–130 нм в диаметре), чем ламиновая сеть (с интервалом около 15 нм) или ядерные поры (диаметром около 38 нм), нуждаются в другом механизме для модификации ламины и NE выходит из ядра (Alber et al., 2007; Goldberg et al., 2008; Lee and Chen, 2010). Одним из таких механизмов является взаимодействие ядерного комплекса выхода HSV (pUL31 и pUL34) с ламином, чтобы разрушить дальнейшие ассоциации между ламинами (Reynolds et al., 2004). Другим механизмом является гиперфосфорилирование эмерина, мембранного белка. PKC-δ и US3 гиперфосфорилируют эмерин, чтобы нарушить его взаимодействие с ламинами (Leach et al., 2007; Morris et al., 2007). Хотя PKC-α, но не PKC-ζ, также рекрутируется в NE после инфекции HSV-1, PKC-α не является однозначно необходимой для репликации HSV-1 (Leach and Roller, 2010). Киназа US3 также участвует в изменении ядерной поры для выхода вируса. Уайлд и др. (2019) продемонстрировали роль US3 в повреждении ядерных пор после инфекции HSV. Конфокальная микроскопия сверхвысокого разрешения и криопольная эмиссия показали значительную потерю ядерных пор в HSV-инфицированных клетках, и это резкое уменьшение не наблюдалось в вариантах HSV с делецией US3. Более того, максимальное количество капсидов сохранялось в ядре у мутантов с делецией US3 и очень минимальное наблюдалось в цитозоле, тогда как при инфицировании ВПГ-1 дикого типа наблюдался противоположный сценарий. Таким образом, был сделан вывод, что US3 жизненно важен для повреждения ядерной поры ядра хозяина для выхода ВПГ (Wild et al., 2019).).
Рисунок 5. Вирус простого герпеса (ВПГ), выход из ядра. Существует два предполагаемых механизма выхода ВПГ из ядра клеток. (A) Модель слияния ядерной мембраны , в которой нуклеокапсид ВПГ приобретает оболочку внутренней ядерной мембраны (INM) (1. Первичная оболочка) и высвобождается в перинуклеарное пространство (PNS) с последующим слиянием этой приобретенной оболочки с внешним NM (ONM), чтобы обеспечить выход нуклеокапсида из ядра и проникновение в цитоплазму (2. Развитие оболочки), и (B) модель разрушения ядерной оболочки , в которой ламины, лежащие в основе INM, модифицированы, а ядерная пора разрушена, чтобы освободить место для выхода нуклеокапсида HSV в цитоплазму.
Модель слияния ядерных мембран для выхода вируса простого герпеса
В соответствии с альтернативным путем выхода из ядра ВПГ покидает ядро через механизм слияния мембран (рис. 5). В соответствии с моделью слияния есть два шага:
(1) Первичная оболочка , где новообразованные нуклеокапсиды отпочковываются от INM. В ходе этого процесса они приобретают мембранные компоненты INM и покрываются оболочкой. После почкования частицы ВПГ в оболочке присутствуют в ПНС. NEC, включающий белковые продукты HSV генов UL31 и UL34, способствует первичной оболочке. Без NEC нуклеокапсиды сохраняются в ядре (Reynolds et al., 2001). Другие белки, кодируемые HSV, могут быть рекрутированы NEC, чтобы помочь им в первичной оболочке. HSV-1 кодирует UL41 и ICP22, которые, как было обнаружено, совместно локализованы с NEC в INM, чтобы помочь NEC путем взаимодействия с белками, участвующими в ядерном выходе HSV-1 (Liu et al., 2014; Maruzuru et al., 2014). Известно, что UL16 и UL21 ВПГ-2 вносят вклад в его первичную оболочку (Le Sage et al., 2013; Gao et al., 2017).
(2) Деоболочка , при которой оболочка ВПГ сливается с ONM для высвобождения нуклеокапсидов в цитоплазму. Подобно слиянию на клеточной мембране, слияние между первичными вирионами и ONM включает гликопротеины. В отсутствие gB и gH HSV-1 не может выйти из NE (Farnsworth et al., 2007). Опосредованное pUS3 фосфорилирование pUL31 и gB необходимо для процесса слияния (Mou et al., 2009; Wisner et al., 2009). Кроме того, рекрутирование CD98hc, p32 и включение интегрина β1 в мембрану ядра после инфекции HSV-1 подтверждает модель слияния (Hirohata et al. , 2015; Liu et al., 2015). Неспособность рекрутировать какой-либо из этих белков вызывает накопление вирионов в ПНС или везикулах, полученных из INM.
Заключение
Попадание вируса в клетки-хозяева можно рассматривать как наиболее важный этап в цикле инфицирования ВПГ-1. Это связано с тем, что ВПГ-1 необходимо проникнуть в клетку, чтобы начать свой репликативный цикл. Следовательно, небольшие молекулы, пептиды или наночастицы, которые могут блокировать проникновение ВПГ-1 в клетки, могут оказаться сильными противовирусными кандидатами. Одной из таких небольших молекул является галлат эпигаллокатехина, который конкурентно ингибирует связывание HS с HSV-1 (Colpitts and Schang, 2014). Некоторые небольшие катионные пептиды были признаны ингибиторами прикрепления ВПГ-1 и блокируют проникновение ВПГ-1 (Tiwari et al., 2011; Jose et al., 2013; Jaishankar et al., 2015). BX795, ингибитор TBK-1, снижает инфицирование глаз ВПГ-1 путем ингибирования пути Akt, в конечном итоге блокируя синтез белка ВПГ-1. Этот ингибитор киназы рассматривается наравне с трифтортимидином (TFT), который в настоящее время назначается для лечения глазного герпеса (Jaishankar et al., 2018). Ядавалли и др. (2019) обнаружили, что частицы активированного угля являются эффективными системами доставки ацикловира (ACV), которые захватывают вирионы внутри себя. Микронаночастицы и нанопроволоки оксида цинка также могут ингибировать проникновение ВПГ-1 (Antoine et al., 2012; Trigilio et al., 2012). Такие нанопроволоки могут блокировать распространение ВПГ-1 от клетки к клетке. Что касается ремоделирования цитоскелета с помощью HSV-1, существуют ингибиторы микротрубочек, такие как нокодазол (Naranatt et al., 2005), но они не доказали свою эффективность в качестве противовирусных средств. Мы также можем обратить внимание на то, что полный процесс торговли людьми, который приводит к раку, еще не выяснен. Визуализация с высоким разрешением, такая как атомно-силовая микроскопия (АСМ), может выявить ультраструктуру опухолей, вызванных инфекцией ВПГ (Deng et al. , 2018). Это могло бы пролить больше света на образование опухолей в результате манипуляции цитоскелета вирусами. Аутофагия в клетках, инфицированных ВПГ, может обеспечить защиту определенных типов клеток, ограничивая нагрузку ВПГ в этих клетках и позволяя клеткам выживать. Следовательно, ВПГ пытается ингибировать аутофагию. В нейронных клетках, где ВПГ предпочитает прятаться от атак иммунных клеток со стороны хозяина, агенты, усиливающие аутофагию, могут быть выбраны в качестве подходящих терапевтических средств для уменьшения инфекции ВПГ (Yakoub and Shukla, 2015; Ahmad et al., 2019).). Точно так же ВПГ не позволяет клетке погибнуть в результате апоптоза, иначе будет разрушена ее единственная система жизнеобеспечения. Следовательно, ВПГ прилагает большие усилия для подавления апоптоза клеток-мишеней. Ингибирование апоптоза — очень эффективный механизм при установлении латентной инфекции (Jones, 2013). Следовательно, выяснение этих антиапоптотических эффектов ВПГ может привести к разработке препаратов, которые могут способствовать гибели инфицированных клеток на ранней стадии инфекции, подвергая ВПГ иммунным атакам хозяина. Кроме того, клеточная морфология изменяется при пост-ВПГ-инфекции. Связанные с мембраной органеллы, такие как ER и митохондрии, сжаты вокруг ядра для правильного рекрутирования и доступа к факторам, необходимым для выхода HSV. Таким образом, этот обзор дает представление о взаимодействии ВПГ-клетки-хозяина и о том, как знание этих взаимодействий поможет восполнить пробелы в исследованиях ВПГ. Очевидно, что ВПГ, будучи вирусом, эволюционировавшим совместно с человеком, способен использовать клеточные органеллы для усиления своего патогенеза. Будь то перестройка мембраны органеллы (клеточная мембрана, ЭР-Гольджи, митохондрии, ядро) или ингибирование контратак со стороны органелл (аутофагия, апоптоз, ЭР-стресс), ВПГ успешно подавляет клетку-хозяина. Дальнейшие исследования по более глубокому раскрытию этих механизмов на молекулярном уровне открыли бы новые возможности для открытия лекарств или вакцин против ВПГ, которые были бы более эффективными, чем существующие.
Вклад авторов
AB и AM разработали обзор. АБ написал статью и сделал цифры. СК участвовал в доработке. AM редактировал и руководил рукописью.
Финансирование
Эта работа была поддержана Индийским советом медицинских исследований (ICMR), Департаментом биотехнологии (DBT/JRF/15/AL/224) и исследовательским грантом RAMANUJAN (SB/S2/RJN-065/ 2015 SERB-DST, Индия) и средства, предоставленные ICMR — Национальным научно-исследовательским институтом СПИДа.
Конфликт интересов
Авторы заявляют, что исследование проводилось в отсутствие каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.
Ссылки
Агелидис А. М., Хадигал С. Р., Джайшанкар Д. и Шукла Д. (2017). Вирусная активация гепараназы управляет патогенезом вируса простого герпеса-1. Cell Rep. 20, 439–450. doi: 10.1016/j.celrep.2017.06.041
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Агелидис, А. М., и Шукла, Д. (2015). Механизмы проникновения в клетку ВПГ: что мы узнали за последние годы. Будущее Вирол. 10, 1145–1154. doi: 10.2217/fvl.15.85
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Ахмад Л., Машбат Б., Леунг К., Брукс К., Хамад С., Кроковски С. и др. (2019). Киназа 1, связывающая TANK человека, необходима для ранней индукции аутофагии при инфицировании вирусом простого герпеса 1. J. Аллергическая клиника. Иммунол. 143, 765–769.e7. doi: 10.1016/j.jaci.2018.09.013
CrossRef Полный текст | Google Scholar
Альбер Ф., Докудовская С., Винхофф Л. М., Чжан В., Киппер Дж., Девос Д. и др. (2007). Молекулярная архитектура комплекса ядерной поры. Природа 450, 695–701.
Реферат PubMed | Google Scholar
Антуан Т. Э., Мишра Ю. К., Тригилио Дж., Тивари В., Аделунг Р. и Шукла Д. (2012). Профилактическое, терапевтическое и нейтрализующее действие четвероногих конструкций из оксида цинка на инфекцию ВПГ-2. Противовирусный рез. 96, 363–375. doi: 10.1016/j.antiviral.2012.09.020
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Anzivino, E., Fioriti, D., Mischitelli, M., Bellizzi, A., Barucca, V., Chiarini, F., et al. (2009). ВПГ-инфекция у беременных и новорожденных: состояние дел в эпидемиологии, диагностике, терапии и профилактике. Вирол. Дж. 6:40. doi: 10.1186/1743-422X-6-40
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Атанасиу Д., Кэрнс Т. М., Уитбек Дж. К., Со В. Т., Рао С., Айзенберг Р. Дж. и др. (2013). Регуляция gB-индуцированного вирусом простого герпеса слияния клеток с помощью мутантных форм gH/gL в отсутствие gD и клеточных рецепторов. mBio 4:e00046-13. doi: 10.1128/mBio.00046-13
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Aubert, M., Chen, Z., Lang, R., Dang, C.H., Fowler, C., Sloan, D.D., et al. (2008). Антиапоптотический гликопротеин J вируса простого герпеса локализуется во многих клеточных органеллах и индуцирует образование активных форм кислорода. Дж. Вирол. 82, 617–629. doi: 10.1128/ОВИ.01341-07
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Бауэрфайнд Р. и Хаттнер В. Б. (1993). Биогенез конститутивных секреторных пузырьков, секреторных гранул и синаптических пузырьков. Курс. мнение Клеточная биол. 5, 628–635. doi: 10.1016/0955-0674(93)
-a
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Бенетти Л. и Ройзман Б. (2007). В трансдуцированных клетках протеинкиназа US3 вируса простого герпеса 1 предотвращает активацию и индукцию апоптоза трансфицированной прокаспазой 3. 90–143 J. Virol. 81, 10242–10248. doi: 10.1128/ОВИ.00820-07
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Бертолотти А., Чжан Ю., Хендершот Л. М., Хардинг Х. П. и Рон Д. (2000). Динамическое взаимодействие трансдукторов стресса BiP и ER в реакции развернутого белка. Нац. Клеточная биол. 2, 326–332. doi: 10.1038/35014014
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Бхавсар Р. Б., Макли Л. Н. и Цонис П. А. (2010). Другая жизнь рибосомных белков. Гул. Геномика 4, 327–344. doi: 10.1186/1479-7364-4-5-327
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Бонифачино, Дж. С., и Глик, Б. С. (2004). Механизмы почкования и слияния пузырьков. Сотовый 116, 153–166. doi: 10.1016/s0092-8674(03)01079-1
CrossRef Full Text | Google Scholar
Кампаделли Г., Брандимарти Р., Ди Лаззаро К., Уорд П. Л., Ройзман Б. и Торриси М. Р. (1993). Фрагментация и диспергирование белков Гольджи и перераспределение гликопротеинов и гликолипидов, процессированных через аппарат Гольджи после инфицирования вирусом простого герпеса 1. Проц. Натл. акад. науч. США 90, 2798–2802. doi: 10.1073/pnas.90.7.2798
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Кампаделли-Фиуме Г. , Кокки Ф., Менотти Л. и Лопес М. (2000). Новые рецепторы, опосредующие проникновение вирусов простого герпеса и альфагерпесвирусов животных в клетки. Rev. Med. Вирол. 10, 305–319. doi: 10.1002/1099-1654(200009/10)
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Цао Х., Чен Дж., Крюгер Э. У. и МакНивен М. А. (2010). Опосредованное Src фосфорилирование динамина и кортактина регулирует «конститутивный» эндоцитоз трансферрина. Мол. Клетка. биол. 30, 781–792. doi: 10.1128/MCB.00330-09
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Карпентер Д., Сян С., Браун Д. Дж., Джин Л., Осорио Н., Бен Мохамед Л. и др. (2007). Стабильные клеточные линии, экспрессирующие высокие уровни LAT вируса простого герпеса 1 типа, невосприимчивы к активации каспазы 3 и лестничной структуре ДНК после апоптоза, вызванного холодовым шоком. Вирусология 369, 12–18. doi: 10.1016/j.virol.2007.07.023
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Чен Ф. В. и Иоанну Ю.А. (1999). Рибосомальные белки в клеточной пролиферации и апоптозе. Междунар. Преподобный Иммунол. 18, 429–448. doi: 10.3109/088301899092
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Чулуунбаатар У., Роллер Р., Фельдман М. Э., Браун С., Шокат К. М. и Мор И. (2010). Конститутивная активация mTORC1 суррогатом Akt вируса герпеса стимулирует трансляцию мРНК и репликацию вируса. Гены Дев. 24, 2627–2639. doi: 10.1101/gad.1978310
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Клемент К., Тивари В., Скэнлан П. М., Вальи-Надь Т., Юэ Б. Я. и Шукла Д. (2006). Новая роль фагоцитозоподобного поглощения при проникновении вируса простого герпеса. J. Cell Biol. 174, 1009–1021. doi: 10.1083/jcb.200509155
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Колпиттс, К.С., и Шанг, Л.М. (2014). Небольшая молекула ингибирует присоединение вириона к гликанам, содержащим гепарансульфат или сиаловую кислоту. Дж. Вирол. 88, 7806–7817. doi: 10.1128/ОВИ.00896-14
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Коннолли, С. А., Джексон, Дж. О., Джардецки, Т. С., и Лонгнекер, Р. (2011). Слияние структуры и функции: структурный взгляд на механизм проникновения вируса герпеса. Нац. Преподобный Микробиолог. 9, 369–381. doi: 10.1038/nrmicro2548
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Конти, Массачусетс, и Адельштейн, Р.С. (2008). Немышечный миозин II движется в новых направлениях. J. Cell Sci. 121, 11–18. doi: 10.1242/jcs.007112
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Кредл, Дж. Дж., Файнер-Мур, Дж. С., Папа, Ф. Р., Страуд, Р. М., и Уолтер, П. (2005). О механизме восприятия развернутых белков в эндоплазматическом ретикулуме. Проц. Натл. акад. науч. США 102, 18773–18784. doi: 10.1073/pnas.050
02
CrossRef Full Text | Google Scholar
Даммерманн А. , Десаи А. и Огема К. (2003). Минус конец не за горами. Курс. биол. 13, Р614–Р624. doi: 10.1016/s0960-9822(03)00530-x
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Даубер, Б., Саффран, Х. А., и Смайли, Дж. Р. (2014). Белок выключения хозяина вириона вируса простого герпеса 1 усиливает трансляцию вирусных поздних мРНК, предотвращая перегрузку мРНК. Дж. Вирол. 88, 9624–9632. doi: 10.1128/ОВИ.01350-14
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Дэвид А. Т., Багиан А., Фостер Т. П., Чуленко В. Н. и Кусулас К. Г. (2008). Гликопротеин K(gK) HSV типа 1 (HSV-1) необходим для распространения вируса на роговицу и нейроинвазивности. Курс. Глаз Res. 33, 455-467. doi: 10.1080/02713680802130362
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Дэвид А.Т., Сайед А., Чарльз А., Субраманиан Р., Чуленко В.Н. и Кусулас К.Г. (2012). Мутант HSV 1 (McKrae), лишенный гена гликопротеина K, не может инфицировать через аксоны нейронов и выходить из тел нейронов. mBio 3:e00144-12. doi: 10.1128/mBio.00144-12,
CrossRef Полный текст | PubMed Резюме | Академия Google
Де Лас Эрас-Рубио, А., Перучо, Л., Пачуччи, Р., Виларделл, Дж., и Леонарт, М.Е. (2014). Рибосомальные белки как новые участники онкогенеза. Раковые метастазы Ред. 33, 115–141. doi: 10.1007/s10555-013-9460-6
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Дэн Х., Сюн Ф., Ли Х., Сян Б., Чжэн Л., Ву Х. и др. (2018). Применение атомно-силовой микроскопии в исследовании рака. J. Нанобиотехнологии. 16:102. дои: 10.1186/с12951-018-0428-0
Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Дифенбах Р. Дж., Миранда-Саксена М., Дуглас М. В. и Каннингем А. Л. (2008). Транспорт и выход вируса простого герпеса в нейронах. Rev. Med. Вирол. 18, 35–51. doi: 10.1002/rmv.560
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Доепкер, Р. К., Хсу, В. -Л., Саффран, Х. А., и Смайли, Дж. Р. (2004). Белок отключения вириона вируса простого герпеса стимулируется факторами инициации трансляции eIF4B и eIF4H. Дж. Вирол. 78, 4684–4699. doi: 10.1128/jvi.78.9.4684-4699.2004
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Донер К., Нагель С. Х. и Содейк Б. (2005). Вирусные остановки и движения по микротрубочкам: путешествие с динеином и кинезинами. Тенденции микробиол. 13, 320–327. doi: 10.1016/j.tim.2005.05.010
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Дуглас М. В., Дифенбах Р. Дж., Хома Ф. Л., Миранда-Саксена М., Риксон Ф. Дж., Виттоне В. и др. (2004). Капсидный белок вируса простого герпеса типа 1 VP26 взаимодействует с легкими цепями динеина RP3 и Tctex1 и играет роль в ретроградном клеточном транспорте. Дж. Биол. хим. 279, 28522–28530. doi: 10.1074/jbc.M311671200
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Эггер Д. , Волк Б., Госерт Р., Бьянки Л., Блюм Х. Э., Морадпур Д. и др. (2002). Экспрессия белков вируса гепатита С индуцирует отчетливые изменения мембраны, в том числе комплекс репликации вируса-кандидата. Дж. Вирол. 76, 5974–5984. doi: 10.1128/ОВИ.76.12.5974-5984.2002
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Эллиот Г., Фазан К., Эберт-Кил К., Стилианоу Дж., Франклин А. и Джонс Дж. (2018). Множественные посттранскрипционные стратегии для регуляции эндорибонуклеазы vhs вируса простого герпеса типа 1. Дж. Вирол. 92:e00818-18. doi: 10.1128/ОВИ.00818-18
CrossRef Full Text | Google Scholar
English, L., Chemali, M., Duron, J., Rondeau, C., Laplante, A., Gingras, D., et al. (2009). Аутофагия усиливает презентацию эндогенных вирусных антигенов на молекулах МНС класса I во время инфекции ВПГ-1. Нац. Иммунол. 10, 480–487. doi: 10.1038/ni.1720
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Fan, Q. , Longnecker, R., and Connolly, SA (2014). Замена входных гликопротеинов вируса простого герпеса 1 на гликопротеины saimiriine герпесвируса 1 выявляет функциональное взаимодействие gD-gH/gL и область в домене изобилия gD, которая является критической для слияния. Дж. Вирол. 88, 6470–6482. doi: 10.1128/ОВИ.00465-14
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Фарнсворт, А., и Джонсон, округ Колумбия (2006). ВПГ gE/gI должен накапливаться в сети транс-Гольджи в ранние сроки, а затем перераспределяться по клеточным соединениям, чтобы способствовать межклеточному распространению. Дж. Вирол. 80, 3167–3179. doi: 10.1128/ОВИ.80.7.3167-3179.2006
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Фарнсворт А., Визнер Т.В., Уэбб М., Роллер Р., Коэн Г., Айзенберг Р. и др. (2007). Гликопротеины gB и gH вируса простого герпеса функционируют при слиянии оболочки вириона с внешней ядерной мембраной. Проц. Натл. акад. науч. США 104, 10187–10192. doi: 10.1073/pnas.07037
CrossRef Full Text | Google Scholar
Фатахзаде М. и Шварц Р. А. (2007). ВПГ-инфекции человека: эпидемиология, патогенез, симптоматика, диагностика и лечение. Дж. Ам. акад. Дерматол. 57, 737–763. doi: 10.1016/j.jaad.2007.06.027
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Фейербах Б., Пиччинотти С., Бишер М., Денк В. и Энквист Л. В. (2006). Альфа-герпесвирусная инфекция индуцирует образование ядерных актиновых филаментов. PLoS Патог. 2:e85. doi: 10.1371/journal.ppat.0020103
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Фенчик С.А., Сети Т., Рамос Дж.В., Хьюз П.Е. и Гинзберг М.Х. (1997). Дополнение доминантной супрессии вовлекает CD98 в активацию интегрина. Природа 390, 81–85. doi: 10.1038/36349
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Фэн П., Эверли Д. Н. и Рид Г. С. (2005). Распад мРНК во время инфекций, вызванных вирусом простого герпеса (ВПГ): белок-белковые взаимодействия с участием белка отключения хозяина вириона ВПГ и факторов трансляции eIF4H и eIF4A. Дж. Вирол. 79, 9651–9664. doi: 10.1128/ОВИ.79.15.9651-9664.2005
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Feral, C.C., Nishiya, N., Fenczik, C.A., Stuhlmann, H., Slepak, M., and Ginsberg, M.H. (2005). CD98hc (SLC3A2) опосредует передачу сигналов интегрина. Проц. Натл. акад. науч. США 102, 355–360. doi: 10.1073/pnas.0404852102
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Фонтейн-Родригес, Э. К., и Найп, Д. М. (2008). Вирус простого герпеса ICP27 увеличивает трансляцию подмножества вирусных поздних мРНК. Дж. Вирол. 82, 3538–3545. doi: 10.1128/ОВИ.02395-07
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Фромонт-Расин М., Сенгер Б., Савеану К. и Фасиоло Ф. (2003). Сборка рибосом у эукариот. Ген 313, 17–42. doi: 10.1016/S0378-1119(03)00629-2
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Галья М. М., Коваррубиас С., Вонг В. и Глаунсингер Б. А. (2012). Общая стратегия деградации РНК хозяина дивергентными вирусами. Дж. Вирол. 86, 9527–9530. doi: 10.1128/ОВИ.01230-12
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Галлахер, Дж. Р., Со, В. Т., Атанасиу, Д., Лу, Х., Айзенберг, Р. Дж., и Коэн, Г. Х. (2013). Смещения С-конца gD вируса простого герпеса достаточно, чтобы обнажить интерфейсы активации слияния на gD. Дж. Вирол. 87, 12656–12666. doi: 10.1128/ОВИ.01727-13
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Галлуцци, Л., Кепп, О., и Кремер, Г. (2012). Митохондрии: главные регуляторы сигнализации об опасности. Нац. Преподобный Мол. Клеточная биол. 13, 780–788. doi: 10.1038/nrm3479
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Гао, Дж. , Хэй, Т.Дж.М., и Банфилд, Б.В. (2017). Продукт гена UL16 вируса простого герпеса 2 имеет решающее значение для выхода капсидов из ядер инфицированных клеток. Дж. Вирол. 91:e00350-17. doi: 10.1128/ОВИ.00350-17
Резюме PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Джанни Т., Гатта В. и Кампаделли-Фиуме Г. (2010). αvβ3-интегрин направляет вирус простого герпеса к пути проникновения, зависящему от богатых холестерином липидных рафтов и динамина 2. Proc. Натл. акад. науч. США 107, 22260–22265. doi: 10.1073/pnas.1014
8
CrossRef Full Text | Google Scholar
Голдберг М.В., Фисерова Дж., Хаттенлаух И. и Стик Р. (2008). Новая модель организации ядерной пластинки. Биохим. соц. Транс. 36, 1339–1343. doi: 10.1042/BST0361339
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Греко А., Лоран А. М. и Маджар Дж. Дж. (1997). Репрессия синтеза бета-актина и персистенция синтеза рибосомных белков после инфицирования клеток HeLa вирусом простого герпеса типа 1 находятся под трансляционным контролем. Мол. Генерал Жене. 256, 320–327. doi: 10.1007/s004380050575
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Хадигал, С.Р., Агелидис, А.М., Караснех, Г.А., Антуан, Т.Е., Якуб, А.М., Рамани, В.К., и соавт. (2015). Гепараназа является ферментом-хозяином, необходимым для высвобождения ВПГ-1 из клеток. Нац. коммун. 6:6985. doi: 10.1038/ncomms7985
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Хардинг Х. П., Калфон М., Урано Ф., Новоа И. и Рон Д. (2002). Транскрипционный и трансляционный контроль в реакции развернутого белка млекопитающих. Анну. Преподобный Cell Dev. биол. 18, 575–599. doi: 10.1146/annurev.cellbio.18.011402.160624
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Хардинг Х. П., Чжан Ю. и Рон Д. (1999). Трансляция и фолдинг белка связаны с киназой, резидентной в эндоплазматическом ретикулуме. Природа 397, 271–274. doi: 10.1038/16729
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Hargett, D. , McLean, T., and Bachenheimer, S.L. (2005). Вирус простого герпеса ICP27 активирует стрессовые киназы JNK и p38. Дж. Вирол. 79, 8348–8360. doi: 10.1128/ОВИ.79.13.8348-8360.2005
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Харгетт Д., Райс С. и Бахенхаймер С. Л. (2006). Вирус простого герпеса типа 1 ICP27-зависимая активация NF-κB. Дж. Вирол. 80, 10565–10578. doi: 10.1128/ОВИ.01119-06
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Хаури, Х. П., и Швейцер, А. (1992). Промежуточный отдел эндоплазматического ретикулума-Гольджи. Курс. мнение Клеточная биол. 4, 600–608. doi: 10.1016/0955-0674(92)-q
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Хе Б., Гросс М. и Ройзман Б. (1997). Белок γ134.5 вируса простого герпеса 1 образует комплексы с протеинфосфатазой 1-альфа, чтобы дефосфорилировать альфа-субъединицу эукариотического фактора инициации 2 и предотвратить отключение синтеза белка с помощью двухцепочечной РНК-активируемой протеинкиназы. Проц. Натл. акад. науч. США 94, 843–848. doi: 10.1073/pnas.94.3.843
Полный текст CrossRef | Google Scholar
Heldwein, E.E., and Krummenacher, C. (2008). Проникновение герпесвирусов в клетки млекопитающих. Сотовый. Мол. Жизнь наук. 65, 1653–1668. doi: 10.1007/s00018-008-7570-z
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Хендерсон Г., Пэн В., Джин Л., Пернг Г.-К., Несберн Б., Векслер С. Л. и др. (2002). Регуляция апоптоза, индуцированного каспазой 8 и каспазой 9, транскриптом, ассоциированным с латентностью вируса простого герпеса типа 1. J. Нейровирол. 8, 103–111. doi: 10.1080/135502802

085
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Исследовательская группа по герпетическим заболеваниям глаз. (1998). Ацикловир для профилактики рецидивирующего заболевания глаз, вызванного вирусом простого герпеса. Н. англ. Дж. Мед. 339, 300–306. doi: 10.1056/NEJM1998073033
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Хирохата Ю. , Арии Дж., Лю З., Синдо К., Ояма М., Кодзука-Хата Х. и др. (2015). Вирус простого герпеса 1 рекрутирует CD98 тяжелых цепей и интегрин бета1 к ядерной мембране для снятия вирусной оболочки. Дж. Вирол. 89, 7799–7812. doi: 10.1128/ОВИ.00741-15
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Хоппе С., Шелхаас М., Ягер В., Либих Т., Петерманн П. и Кнебель-Мёрсдорф Д. (2006). Ранняя инфекция вирусом простого герпеса типа 1 зависит от регулируемой передачи сигналов Rac1/Cdc42 в эпителиальных клетках MDCKII. Дж. Генерал Вирол. 87, 3483–3494. дои: 10.1099/vir.0.82231-0
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Howard, P.W., Howard, TL, and Johnson, D.C. (2012). Мембранные белки HSV gE/gI и US9 действуют сообща, способствуя транспорту капсидов и гликопротеинов из тел нейронов в начальные сегменты аксона. Дж. Вирол. 87, 403–414. doi: 10.1128/ОВИ.02465-12
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Howard, P. W., Wright, CC, Howard, T., and Johnson, D.C. (2014). Внеклеточные домены gE/gI ВПГ способствуют аксональному транспорту и распространению от нейронов к эпителиальным клеткам. Дж. Вирол. 88, 11178–11186. doi: 10.1128/ОВИ.01627-14
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Исида Н., Накамура Ю., Танабэ К., Ли С. А. и Такей К. (2011). Dynamin 2 связывается с микротрубочками при митозе и регулирует ход клеточного цикла. Структура ячейки. Функц. 36, 145–154. doi: 10.1247/csf.10016
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Ито Ю., Комада Х., Кусагава С., Цурудоме М., Мацумура Х., Кавано М. и др. (1992). Белки регуляции слияния на клеточной поверхности: выделение и характеристика моноклональных антител, которые усиливают образование гигантских поликариоцитов в инфицированных вирусом болезни Ньюкасла клеточных линиях человеческого происхождения. Дж. Вирол. 66, 5999–6007.
Реферат PubMed | Google Scholar
Джексон, Р. Дж., Хеллен, К. У., и Пестова, Т. В. (2010). Механизм инициации эукариотической трансляции и принципы ее регуляции. Нац. Преподобный Мол. Клеточная биол. 11, 113–127. doi: 10.1038/nrm2838
Резюме PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Джексон, В. Т. (2015). Вирусы и путь аутофагии. Вирусология 47, 450–456. doi: 10.1016/J.VIROL.2015.03.042
CrossRef Полный текст | Google Scholar
Джайшанкар Д., Якоуб А. М., Богданов А., Валый-Надь Т. и Шукла Д. (2015). Характеристика протеолитически стабильного d-пептида, который подавляет инфекцию ВПГ 1: значение для разработки противовирусной терапии на основе входа. Дж. Вирол. 89, 1932–1938 гг. doi: 10.1128/ОВИ.02979-14
CrossRef Full Text | Google Scholar
Джайшанкар Д., Якоуб А. М., Богданов Джайшанкар Д., Якоуб А. М., Ядавалли Т., Агелидис А. и др. (2018). Нецелевой эффект BX795 блокирует инфекцию глаз вирусом простого герпеса 1 типа. науч. Перевод Мед. 10:eaan5861. doi: 10.1126/scitranslmed.aan5861
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Джеймс С. Х. и Причард М. Н. (2014). Текущие и будущие методы лечения инфекций HSV: механизм действия и лекарственная устойчивость. Курс. мнение Вирол. 8, 54–61. doi: 10.1016/j.coviro.2014.06.003
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Цзян, X. (2014). «Внутренний путь апоптоза», в Cell Death , ed. Х. Ву (Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer), 15–40.
Google Scholar
Джонсон, округ Колумбия, и Бейнс, Дж. Д. (2011). Вирусы герпеса реконструируют мембраны хозяина для выхода вируса. Нац. Преподобный Микробиолог. 9, 382–394. doi: 10.1038/nrmicro2559
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Джонс, К. (2013). Вирус герпеса крупного рогатого скота 1 (BHV-1) и вирус простого герпеса 1 типа (HSV-1) способствуют выживанию латентно инфицированных сенсорных нейронов, частично путем ингибирования апоптоза. J. Гибель клеток 6, 1–16. doi: 10.4137/JCD.S10803
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Хосе Г. Г., Ларсен И. В., Гогер Дж., Карбальо Э., Стерн Р., Браммель Р. и др. (2013). Катионный пептид TAT-Cd0 ингибирует глазную инфекцию HSV типа 1 in vivo. Инвест. Офтальмол. Вис. науч. 54, 1070–1079. doi: 10.1167/iovs.12-10250
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Йовасевич В., Нагави М. Х. и Уолш Д. (2015). Микротрубочки плюс ассоциированный с концами CLIP-170 инициируют ретроградный транспорт ВПГ-1 в первичных клетках человека. J. Cell Biol. 211, 323–337. doi: 10.1083/jcb.201505123
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Карасне Г. А. и Шукла Д. (2011). Вирус простого герпеса заражает большинство типов клеток in vitro: ключ к его успеху. Вирол. Дж. 8:481. doi: 10.1186/1743-422X-8-481
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Кеннеди П. Г.Е. и Штайнер И. (2013). Современные проблемы герпесного энцефалита. J. Нейровирол. 19, 346–350. doi: 10.1007/s13365-013-0178-6
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Клумперман, Дж. (2000). Транспорт между ER и Golgi. Курс. мнение Клеточная биол. 12, 445–449. дои: 10.1016/s0955-0674(00)00115-0
Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Крумменахер К., Барибо Ф., Понсе де Леон М., Барибо И., Уитбек Дж. К., Сюй Р. и др. (2004). Сравнительное использование медиатора входа герпесвируса А и нектина-1 лабораторными штаммами и клиническими изолятами ВПГ. Вирусология 322, 286–299. doi: 10.1016/j.virol.2004.02.005
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Latchman, DS (1988). Влияние инфекции вируса простого герпеса типа 2 на экспрессию митохондриальных генов. Дж. Генерал Вирол. 69, 1405–1410. doi: 10.1099/0022-1317-69-6-1405
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Le Sage, V. and Banfield, BW (2012). Нарушение регуляции аутофагии в мышиных фибробластах, устойчивых к инфекции ВПГ-1. PLoS One 7:e42636. doi: 10.1371/journal.pone.0042636
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Ле Сейдж В., Юнг М., Альтер Д. Д., Уиллс Э. Г., Джонстон С. М., Кавагути Ю. и др. (2013). Белок UL21 вируса простого герпеса 2 необходим для размножения вируса. Дж. Вирол. 87, 5904–5915. doi: 10.1128/ОВИ.03489-12
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Лич Н., Бьерке С. Л., Кристенсен Д. К., Бушар Дж. М., Моу Ф., Парк Р. и др. (2007). Эмерин гиперфосфорилируется и перераспределяется в клетках, инфицированных вирусом простого герпеса типа 1, способом, зависящим как от UL34, так и от US3. Дж. Вирол. 81, 10792–10803. doi: 10.1128/ОВИ.00196-07
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Лич, Н. Р., и Роллер, Р. Дж. (2010). Значение киназ клетки-хозяина в выходе вируса простого герпеса типа 1 и разборке ламин-ассоциированного белка из ядерной пластинки. Вирусология 406, 127–137. doi: 10.1016/j.virol.2010.07.002
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Lee, CP, and Chen, MR (2010). Выход герпесвирусов из ядра. Rev. Med. Вирол. 20, 214–230. doi: 10.1002/rmv.643
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Lee, G.E., Murray, J.W., Wolkoff, A.W., and Wilson, D.W. (2006). Реконструкция зависимого от микротрубочек вируса простого герпеса транспорта in vitro. Дж. Вирол. 80, 4264–4275. doi: 10.1128/ОВИ.80.9.4264-4275.2006
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Леопарди Р. и Ройзман Б. (1996). Функциональное взаимодействие и колокализация основного регуляторного белка ICP4 вируса простого герпеса 1 с EAP, ядрышково-рибосомным белком. Проц. Натл. акад. науч. США 93, 4572–4576. doi: 10.1073/pnas.93.10.4572
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Leuzinger, H. , Ziegler, U., Schraner, E.M., Fraefel, C., Glauser, D.L., Heid, I., et al. (2005). Оболочка вируса простого герпеса 1 протекает двумя различными путями. Дж. Вирол. 79, 13047–13059. doi: 10.1128/ОВИ.79.20.13047-13059.2005
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Левин, Б. (2005). Поедание себя и незваных гостей: пути клеточной защиты, связанные с аутофагией. Мобильный 120, 159–162. doi: 10.1016/j.cell.2005.01.005
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Левин Б., Мидзусима Н. и Вирджин Х. В. (2011). Аутофагия в иммунитете и воспалении. Природа 469, 323–335. doi: 10.1038/nature09782
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Ли, С. (2019). Регуляция рибосомных белков при вирусной инфекции. Клетки 8:E508. doi: 10.3390/cells8050508
Полнотекстовая перекрестная ссылка | Google Scholar
Лю Н., Куанг X., Ким Х. Т., Стойка Г., Цян В., Скофилд В. Л. и др. (2004). Возможное участие как эндоплазматического ретикулума, так и митохондриально-зависимых путей в MoMuLV-ts1-индуцированном апоптозе в астроцитах. J. Нейровирол. 10, 189–198. doi: 10.1080/135502804
043
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Лю X. и Коэн Дж. И. (2015). Роль PI3K/Akt в герпесвирусной инфекции человека: от скамейки к постели. Вирусология 479, 568–577. doi: 10.1016/j.virol.2015.02.040
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Лю З., Като А., Ояма М., Кодзука-Хата Х., Арии Дж. и Кавагути Ю. (2015). Роль клетки-хозяина p32 в деоболочке вируса простого герпеса 1 во время выхода вируса из ядра. Дж. Вирол. 89, 8982–8998. doi: 10.1128/ОВИ.01220-15
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Лю З., Като А., Синдо К., Нода Т., Сагара Х., Каваока Ю. и др. (2014). Вирус простого герпеса 1 UL47 взаимодействует с факторами выхода вируса из ядра UL31, UL34 и Us3 и регулирует выход вируса из ядра. Дж. Вирол. 88, 4657–4667. doi: 10.1128/ОВИ.00137-14
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Лунд К. и Зиола Б. (1986). Синтез митохондриальных макромолекул в клетках Vero, инфицированных вирусом простого герпеса 1 типа. Биохим. Клеточная биол. 64, 1303–1309. doi: 10.1139/o86-171
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Lussignol, M., Queval, C., Bernet-Camard, M.-F., Cotte-Laffitte, J., Beau, I., Codogno, P., et al. (2013). Белок Us11 вируса простого герпеса 1 ингибирует аутофагию посредством взаимодействия с протеинкиназой PKR. Дж. Вирол. 87, 859–871. doi: 10.1128/ОВИ.01158-12
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Лайман, М. Г., и Энквист, Л. В. (2009). Взаимодействие герпесвируса с цитоскелетом хозяина. Дж. Вирол. 83, 2058–2066. doi: 10.1128/ОВИ.01718-08
CrossRef Full Text | Google Scholar
Маэда Ф. , Арии Дж., Хирохата Ю., Марузуру Ю., Коянаги Н., Като А. и др. (2017). Белок UL34 вируса простого герпеса 1 регулирует глобальную архитектуру эндоплазматического ретикулума в инфицированных клетках. Дж. Вирол. 91:e00271-17. doi: 10.1128/ОВИ.00271-17
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Martin C., Leyton L., Hott M., Arancibia Y., Spichiger C., McNiven M.A. и др. (2017). Нейрональная инфекция, вызванная вирусом простого герпеса 1 типа, нарушает целостность аппарата Гольджи за счет активации тирозинкиназы Src и ГТФазы Dyn-2. Перед. Клетка. Заразить. микробиол. 7:371. doi: 10.3389/fcimb.2017.00371
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Марузуру Ю., Синдо К., Лю З., Ояма М., Кодзука-Хата Х., Арии Дж. и др. (2014). Роль непосредственно раннего белка ICP22 вируса простого герпеса 1 в выходе вируса из ядра. Дж. Вирол. 88, 7445–7454. doi: 10.1128/ОВИ.01057-14
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Мас, В. М., и Мелеро, Дж. А. (2013). «Проникновение оболочечных вирусов в клетки-хозяева: слияние мембран», в «Структура и физика вирусов: интегрированный учебник », изд. MG Mateu (Дордрехт: Springer), 467–487. дои: 10.1007/978-94-007-6552-8_16
CrossRef Полный текст | Google Scholar
МакЭлви М., Бейльштейн Ф., Лабетуль М., Риксон Ф.Дж. и Пасделуп Д. (2013). Dystonin/BPAG1 способствует транспорту капсидов вируса простого герпеса 1 в направлении плюс-конца на микротрубочках во время проникновения. Дж. Вирол. 87, 11008–11018. doi: 10.1128/ОВИ.01633-13
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
McGeoch, D.J., Rixon, F.J., and Davison, A.J. (2006). Вопросы геномики и эволюции герпесвирусов. Вирус Рез. 117, 90–104. doi: 10.1016/j.virusres.2006.01.002
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Меттенлейтер, TC (2004). События почкования в морфогенезе герпесвирусов. Вирус Рез. 106, 167–180. doi: 10.1016/j.virusres.2004.08.013
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Меттенлейтер Т.С., Мюллер Ф., Гранцов Х. и Клапп Б.Г. (2013). Выход: что мы знаем и чего не знаем о ядерном выходе герпесвируса. Сотовый. микробиол. 15, 170–178. doi: 10.1111/cmi.12044
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Миранда-Саксена, М., Денес, К.Э., Дифенбах, Р.Дж., и Каннингем, А.Л. (2018). Инфекция и транспорт вируса простого герпеса 1 типа в нейронах: роль цитоскелета. Вирусы 10:E92. doi: 10.3390/v10020092
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Мидзусима Н., Йошимори Т. и Осуми Ю. (2011). Роль белков Atg в формировании аутофагосом. год. Преподобный Cell Dev. биол. 27, 107–132. doi: 10.1146/annurev-cellbio-0
-15400
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Мор, И. (2006). События фосфорилирования и дефосфорилирования, которые регулируют трансляцию вирусной мРНК. Вирус Рез. 119, 89–99. doi: 10.1016/j.virusres.2005.10.009
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Моррис Дж. Б., Хофемайстер Х. и О’Хара П. (2007). Вирус простого герпеса индуцирует фосфорилирование и делокализацию эмерина, ключевого белка внутренней ядерной мембраны. Дж. Вирол. 81, 4429–4437. doi: 10.1128/ОВИ.02354-06
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Моу, Ф., Уиллс, Э., и Бейнс, Дж. Д. (2009). Фосфорилирование белка U(L)31 вируса простого герпеса 1 киназой, кодируемой U(S)3, регулирует локализацию комплекса ядерной оболочки и выход нуклеокапсидов. Дж. Вирол. 83, 5181–5191. doi: 10.1128/ОВИ.00090-09
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Малви, М., Ариас, К., и Мор, И. (2006). Устойчивость трансляции мРНК к агентам, индуцирующим острый стресс эндоплазматического ретикулума, в клетках, инфицированных вирусом простого герпеса типа 1, требует множественных функций, кодируемых вирусом. Дж. Вирол. 80, 7354–7363. doi: 10.1128/ОВИ.00479-06
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Малви М., Ариас К. и Мор И. (2007). Поддержание гомеостаза эндоплазматического ретикулума (ER) в клетках, инфицированных вирусом простого герпеса типа 1, посредством ассоциации вирусного гликопротеина с PERK, клеточным сенсором стресса ER. Дж. Вирол. 81, 3377–3390. doi: 10.1128/ОВИ.02191-06
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Мурата Т., Гошима Ф., Дайкоку Т., Инагаки-Охара К., Такакува Х., Като К. и др. (2000). Распределение и функция митохондрий в клетках, инфицированных вирусом простого герпеса. Дж. Генерал Вирол. 81, 401–406. doi: 10.1099/0022-1317-81-2-401
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Накашима Х., Кауфманн Дж. К., Ван П. Ю., Нгуен Т., Сперанца М. К., Касаи К. и др. (2015). Ингибирование гистондеацетилазы 6 усиливает онколитическую репликацию вируса в глиоме. Дж. Клин. Инвестировать. 125, 4269–4280. doi: 10.1172/JCI80713
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Наранатт П.П., Кришнан Х.Х., Смит М.С. и Чандран Б. (2005). Ассоциированный с саркомой Капоши вирус герпеса модулирует динамику микротрубочек посредством передачи сигналов RhoA-GTP-diaphanous 2 и использует динеиновые моторы для доставки своей ДНК в ядро. Дж. Вирол. 79, 1191–1206. doi: 10.1128/ОВИ.79.2.1191-1206.2005
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Нойманн, Дж., Эйс-Хубингер, А.М., и Кох, Н. (2003). Вирус простого герпеса типа 1 нацелен на путь процессинга MHC класса II для уклонения от иммунитета. Дж. Иммунол. 171, 3075–3083. doi: 10.4049/jimmunol.171.6.3075
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Никола А.В., Хоу Дж., Мейджор Э.О. и Штраус С.Э. (2005). Вирус простого герпеса типа 1 проникает в эпидермальные кератиноциты человека, но не в нейроны, через рН-зависимый эндоцитарный путь. Дж. Вирол. 79, 7609–7616. doi: 10.1128/JVI.79
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Новоа И., Зенг Х., Хардинг Х. П. и Рон Д. (2001). Ингибирование обратной связи ответа развернутого белка посредством GADD34 -опосредованного дефосфорилирования eIF2 альфа. J. Cell Biol. 153, 1011–1022. doi: 10.1083/jcb.153.5.1011
Полный текст CrossRef | Google Scholar
О, М. Дж., Ахтар, Дж., Десаи, П., и Шукла, Д. (2010). Роль гепарансульфата в вирусном серфинге. Биохим. Биофиз. Рез. коммун. 391, 176–181. doi: 10.1016/j.bbrc.2009.11.027
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Огимото С., Табата Н., Суга С., Нисио М., Охта Х., Цурудоме М. и др. (1995). Молекулярная характеристика регуляторного белка-1 слияния (FRP-1), который индуцирует образование многоядерных гигантских клеток моноцитов и слияние клеток, опосредованное gp160 ВИЧ. FRP-1 и 4F2/CD98 являются идентичными молекулами. Дж. Иммунол. 155, 3585–3592.
Реферат PubMed | Google Scholar
Окамото К., Цурудоме М., Огимото С., Кавано М., Нисио М., Комада Х. и др. (1997). Моноклональное антитело против регуляторного белка-1 слияния подавляет слияние клеток, индуцированное вирусом парагриппа человека типа 2. Дж. Генерал Вирол. 78, 83–89. doi: 10.1099/0022-1317-78-1-83
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Орчи Л., Монтесано Р. и Перреле А. (1981). Экзоцитоз-эндоцитоз, наблюдаемый с помощью морфологических зондов организации мембран. Методы Cell Biol. 23, 283–300.
Google Scholar
Орведаль А., Александр Д., Таллоци З., Сунь К., Вэй Ю., Чжан В. и др. (2007). HSV-1 ICP34.5 придает нейровирулентность путем нацеливания на белок аутофагии беклин-1. Микроб-хозяин клетки 1, 23–35. doi: 10.1016/j.chom.2006.12.001
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Page, HG, and Read, GS (2010). Эндонуклеаза отключения вириона-хозяина (UL41) вируса простого герпеса взаимодействует с клеточным кэп-связывающим комплексом eIF4F. Дж. Вирол. 84, 6886–6890. doi: 10.1128/ОВИ.00166-10
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Паладе, Г. (1975). Внутриклеточные аспекты процесса синтеза белка. Наука 189, 347–358. doi: 10.1126/science.1096303
Полный текст CrossRef | Google Scholar
Паладино, П., и Моссман, К.Л. (2009). Механизмы, используемые вирусом простого герпеса 1 для ингибирования реакции интерферона. J. Интерферон Цитокин Res. 29, 599–607. doi: 10.1089/jir.2009.0074
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Пасделуп, Д., МакЭлви, М., Бейльштейн, Ф., Лабетулль, М., и Риксон, Ф. Дж. (2013). Белок тегумента герпесвируса pUL37 взаимодействует с дистонином/BPAG1, способствуя транспорту капсида по микротрубочкам во время выхода. Дж. Вирол. 87, 2857–2867. doi: 10.1128/ОВИ.02676-12
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Пол П. и Мюнц К. (2016). Аутофагия и вирусы млекопитающих. Доп. Вирус рез. 95, 149–195. doi: 10.1016/bs.aivir.2016.02.002
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Пеллетт П. и Ройзман Б. (2013). «Herpesviridae», в Fields Virology , 6-е изд., ред. Д. М. Найп и П. М. Хоули (Филадельфия, Пенсильвания: Липпинкотт), 1802–1822.
Google Scholar
Фазан К., Меллер-Левет К.С., Джонс Дж., Депледж Д., Брейер Дж. и Эллиотт Г. (2018). Ядерно-цитоплазматическая компартментализация клеточного транскриптома, инфицированного вирусом простого герпеса 1, координируется вирусной эндорибонуклеазой vhs и кофакторами для облегчения трансляции поздних белков. PLoS Патог. 14:e1007331. doi: 10.1371/journal.ppat.1007331
CrossRef Полный текст | Google Scholar
Питч, Э. К., Сайкс, С. М., МакМахон, С. Б. , и Мерфи, М. Э. (2008). Семейство p53 и запрограммированная гибель клеток. Онкоген 27, 6507–6521. doi: 10.1038/onc.2008.315
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Пилли М., Арко-Менса Дж., Понпуак М., Робертс Э., Мастер С., Манделл М. А. и др. (2012). TBK-1 способствует антимикробной защите, опосредованной аутофагией, контролируя созревание аутофагосом. Иммунитет 37, 223–234. doi: 10.1016/j.immuni.2012.04.015
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Prager, GW, Feral, CC, Kim, C., Han, J., and Ginsberg, MH (2007). Взаимодействие CD98hc (SLC3A2) с цитоплазматическим доменом бета-субъединицы интегрина опосредует адгезивную передачу сигналов. Дж. Биол. хим. 282, 24477–24484. doi: 10.1074/jbc.M702877200
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Радтке К., Инглиш Л., Рондо К., Лейб Д., Липпе Р. и Дежарден М. (2013). Ингибирование реакции отключения трансляции хозяина вирусом простого герпеса 1 запускает аутофагию, происходящую из ядерной оболочки. Дж. Вирол. 87, 3990–3997. doi: 10.1128/ОВИ.02974-12
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Read, GS (2013). Эндонуклеазы, кодируемые вирусом: ожидаемые и новые функции. Wiley Interdiscip. Ред. РНК 4, 693–708. doi: 10.1002/wrna.1188
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Рейнольдс, А. Э., Лян, Л., и Бейнс, Дж. Д. (2004). Конформационные изменения в ядерной пластинке, вызванные вирусом простого герпеса типа 1, требуют генов U(L)31 и U(L)34. Дж. Вирол. 78, 5564–5575. doi: 10.1128/ОВИ.78.11.5564-5575.2004
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Рейнольдс А. Э., Рикман Б. Дж., Бейнс Дж. Д., Чжоу Ю., Лян Л. и Роллер Р. Дж. (2001). Белки UL31 и UL34 вируса простого герпеса типа 1 образуют комплекс, который накапливается на ободе ядра и необходим для оболочки нуклеокапсидов. Дж. Вирол. 75, 8803–8817. doi: 10.1128/ОВИ.75. 18.8803-8817.2001
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Рейнольдс, А. Э., Уиллс, Э. Г., Роллер, Р. Дж., Рикман, Б. Дж., и Бейнс, Дж. Д. (2002). Ультраструктурная локализация белков UL31, UL34 и US3 вируса простого герпеса типа 1 предполагает специфическую роль в первичной оболочке и выходе нуклеокапсидов. Дж. Вирол. 76, 8939–8952. doi: 10.1128/jvi.76.17.8939-8952.2002
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Ройзман Б., Найп Д. М. и Уитли Р. Дж. (2014). «Вирусы простого герпеса», в Филдс Вирусология , Vol. 2, ред. Д. М. Найп и П. М. Хоули (Филадельфия, Пенсильвания: Уолтерс Клувер), 1823–1897.
Google Scholar
Роллер Р. Дж., Чжоу Ю., Шнетцер Р., Фергюсон Дж. и ДеСальво Д. (2000). Продукт гена U(L)34 вируса простого герпеса типа 1 необходим для вирусной оболочки. Дж. Вирол. 74, 117–129. doi: 10.1128/ОВИ.74.1.117-129.2000
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Ромеро-Брей, И. , и Бартеншлагер, Р. (2016). Эндоплазматический ретикулум: излюбленная внутриклеточная ниша для репликации и сборки вируса. Вирусы 8:E160. doi: 10.3390/v8060160
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Роскоски, Р. (2015). Структура протеин-тирозинкиназы Src, механизм и низкомолекулярные ингибиторы. Фармакол. Рез. 94, 9–25. doi: 10.1016/j.phrs.2015.01.003
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Саффран Х.А., Паре Дж.М., Коркоран Дж.А., Веллер С.К. и Смайли Дж.Р. (2007). Вирус простого герпеса уничтожает митохондриальную ДНК хозяина. EMBO Rep. 8, 188–193. doi: 10.1038/sj.embor.7400878
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Саид А. А., Чуленко В. Н., Субраманян Р. и Кусулас К. Г. (2014). Компетентный к репликации HSV-1 (McKrae) с мутацией в амино-конце гликопротеина K (gK) неспособен инфицировать ганглии тройничного нерва мыши после инфицирования роговицы. Курс. Глаз Res. 39, 596–603. doi: 10.3109/02713683.2013.855238
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Сарасте, Дж., Дейл, Х.А., Баззокко, С., и Мари, М. (2009). Возникающие новые роли промежуточного компартмента пре-Гольджи в биосинтетически-секреторном трафике. Письмо ФЭБС. 583, 3804–3810. doi: 10.1016/j.febslet.2009
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Шен В. Э., Сильва М. С., Джабер Т., Витвицкая О., Ли С., Хендерсон Г. и др. (2009). Две малые РНК, закодированные в пределах первых 1,5 килобазы латентно-ассоциированного транскрипта вируса простого герпеса типа 1, могут ингибировать продуктивную инфекцию и кооперироваться для ингибирования апоптоза. Дж. Вирол. 83, 9131–9139. doi: 10.1128/ОВИ.00871-09
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Шифлетт, Л. А., и Рид, Г. С. (2013). Распад мРНК во время инфекций, вызванных вирусом простого герпеса (ВПГ): мутации, влияющие на трансляцию мРНК, влияют на сайты, в которых она расщепляется белком выключения хозяина вириона ВПГ (Vhs). Дж. Вирол. 87, 94–109. doi: 10.1128/ОВИ.01557-12
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Сёдзи Х., Адзума К., Нисимура Ю., Фудзимото Х., Сугита Ю. и Эйдзуру Ю. (2002). Острый вирусный энцефалит: последние достижения. Интерн. Мед. 41, 420–428. doi: 10.2169/internalmedicine.41.420
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Шукла Д. и Спир П. Г. (2001). Вирусы герпеса и гепарансульфат: интимные отношения в помощь проникновению вируса. Дж. Клин. Инвестировать. 108, 503–510. doi: 10.1172/JCI13799
Полный текст CrossRef | Академия Google
Sievers, E., Neumann, J., Raftery, M., Schonrich, G., Eis-Hubinger, A.M., and Koch, N. (2002). Гликопротеин В из штамма 17 вируса простого герпеса типа I содержит гомологичную последовательность инвариантной цепи, которая связывается с молекулами МНС класса II. Иммунология 107, 129–135. doi: 10.1046/j.1365-2567.2002.01472. x
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Симонин Д., Диас Дж. Дж., Массе Т. и Маджар Дж. Дж. (1997). Сохранение синтеза рибосомных белков после инфицирования клеток HeLa вирусом простого герпеса 1 типа. Дж. Генерал Вирол. 78, 435–443. doi: 10.1099/0022-1317-78-2-435
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Смит, Р. В., Грэм, С. В., и Грей, Н. К. (2008). Регуляция инициации трансляции герпесвирусами. Биохим. соц. Транс. 36, 701–707. doi: 10.1042/BST0360701
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Спаррер К.М.Дж., Габлеске С., Зуренски М.А., Паркер З.М., Фулл Ф., Баумгарт Г.Дж. и др. (2017). TRIM23 опосредует индуцированную вирусом аутофагию посредством активации TBK1. Нац. микробиол. 2, 1543–1557. doi: 10.1038/s41564-017-0017-2
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Стюарт, К.Л., Ру, К. Дж., и Берк, Б. (2007). Размытие границ: ядерная оболочка расширяется. Наука 318, 1408–1412. doi: 10.1126/science.1142034
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Штольц А., Эрнст А. и Дикич И. (2014). Распознавание грузов и торговля ими при селективной аутофагии. Нац. Клеточная биол. 16, 495–501. doi: 10.1038/ncb2979
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Странк, У., Рамос, Д.Г., Саффран, Х.А., и Смайли, Дж.Р. (2016). Роль основанных на тирозине мотивов связывания вируса простого герпеса 1 VP11/12 для киназ семейства Src, p85, Grb2 и Shc в активации пути фосфоинозитид-3-киназа-Akt. Вирусология 498, 31–35. doi: 10.1016/j.virol.2016.08.007
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Suhy, D.A., Giddings, T.H. Jr., and Kirkegaard, K. (2000). Ремоделирование эндоплазматического ретикулума полиовирусной инфекцией и отдельными вирусными белками: аутофагоподобное происхождение вирус-индуцированных везикул. Дж. Вирол. 74, 8953–8965. doi: 10.1128/JVI.74.19.8953-8965.2000
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Тивари В., Клемент К., Сюй Д., Вальи-Надь Т., Юэ Б.Ю., Лю Дж. и др. (2006). Роль 3-O-сульфатированного гепарансульфата как рецептора для проникновения ВПГ 1 типа в первичные фибробласты роговицы человека. Дж. Вирол. 80, 8970–8980. doi: 10.1128/ОВИ.00296-06
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Тивари В., Лю Дж., Вальи-Надь Т. и Шукла Д. (2011). Пептиды против гепарансульфата, которые блокируют инфекцию HSV in vivo . Дж. Биол. хим. 286, 25406–25415. doi: 10.1074/jbc.M110.201103
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Толонен Н., Доглио Л., Шлейх С., Крийнсе и Локер Дж. (2001). Репликация ДНК вируса коровьей оспы происходит в цитоплазматических мини-ядрах, окруженных эндоплазматическим ретикулумом. Мол. биол. Ячейка 12, 2031–2046. doi: 10.1091/mbc.12.7.2031
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Trigilio, J., Antoine, T.E., Paulowicz, I., Mishra, Y.K., Adelung, R., and Shukla, D. (2012). Нанопроволоки оксида олова подавляют проникновение HSV-1 и слияние мембран клеток. PLoS One 7:e48147. doi: 10.1371/journal.pone.0048147
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Тернер А., Бруун Б., Минсон Т. и Браун Х. (1998). Гликопротеины gB, gD и gHgL вируса простого герпеса типа 1 необходимы и достаточны для обеспечения слияния мембран в системе трансфекции клеток Cos. Дж. Вирол. 72, 873–875.
Реферат PubMed | Google Scholar
Верма Г. и Датта М. (2012). Критическая роль JNK в перекрестных помехах ER-митохондрий во время апоптотической гибели клеток. Дж. Сотовый. Физиол. 227, 1791–1795. doi: 10.1002/jcp.22903
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google
Verrey, F. , Closs, E.I., Wagner, C.A., Palacin, M., Endou, H., and Kanai, Y. (2004). CAT и HAT: семейство переносчиков аминокислот SLC7. Арка Пфлюгера. 447, 532–542. doi: 10.1007/s00424-003-1086-z
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Вагнер Э. К., Фланаган В. М., Деви-Рао Г., Чжан Ю. Ф., Хилл Дж. М., Андерсон К. П. и др. (1988). Транскрипт вируса простого герпеса, связанный с латентностью, сплайсируется во время латентной фазы инфекции. Дж. Вирол. 62, 4577–4585.
Реферат PubMed | Google Scholar
Уолш Д. и Мор И. (2004). Фосфорилирование eIF4E с помощью Mnk-1 усиливает трансляцию и репликацию HSV-1 в покоящихся клетках. Гены Дев. 18, 660–672. doi: 10.1101/gad.1185304
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Уолш Д. и Мор И. (2006). Сборка активного комплекса фактора инициации трансляции вирусным белком. Гены Дев. 20, 461–472. doi: 10.1101/gad.1375006
Резюме PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Уолш Д. и Мор И. (2011). Вирусная подрывная деятельность механизма синтеза белка хозяина. Нац. Преподобный Микробиолог. 9, 860–875. doi: 10.1038/nrmicro2655
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Ван М., Чжао Дж., Чжан Л., Вэй Ф., Лиан Ю., Ву Ю. и др. (2017). Роль микроокружения опухоли в онкогенезе. Дж. Рак 8, 761–773. doi: 10.7150/jca.17648
Резюме PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Ван Ю., Цао Х., Чен Дж. и МакНивен М. (2011). Прямое взаимодействие между большой GTPase dynamin-2 и FAK регулирует динамику фокальной адгезии в ответ на активный Src. Мол. биол. Ячейка 22, 15:29–15:38. doi: 10.1091/mbc.E10-09-0785
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Weller, S.G., Capitani, M., Cao, H., Micaroni, M., Luini, A., Sallese, M., et al. (2010). Киназа Src регулирует целостность и функцию аппарата Гольджи посредством активации динамина 2. Проц. Натл. акад. науч. США 107, 5863–5868. doi: 10.1073/pnas.0
3107
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Уитли, Р. Дж., и Ройзман, Б. (2001). инфекции ВПГ. Ланцет 357, 1513–1518.
Google Scholar
Wild, P., Engels, M., Senn, C., Tobler, K., Zeigler, U., Schraner, E.M., et al. (2005). Нарушение ядерных пор в клетках MDBK, инфицированных бычьим герпесвирусом 1. Дж. Вирол. 79, 1071–1083. дои: 10.1128/ОВИ.79.2.1071-1083.2005
Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Уайлд П., Фархан Х., Макьюэн Д. Г., Вагнер С., Рогов В. В., Брейди Н. Р. и др. (2011). Фосфорилирование рецептора аутофагии оптинеурина ограничивает рост Salmonella . Наука 333, 228–233. doi: 10.1126/science.1205405
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Уайлд П., Каеч А., Шранер Э. М., Вальзер Л. и Акерманн М. (2018). Переход эндоплазматического ретикулума в Гольджи при инфицировании вирусом герпеса. F1000рез. 6:1804. doi: 10.12688/f1000research.12252.2
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Уайлд П., Лейзингер С., де Оливейра А. П., Дёнер Дж., Шранер Э. М., Фрейфель К. и др. (2019). Нарушению ядерной оболочки способствует Us3-киназа вируса простого герпеса 1. F1000рез. 8:198. doi: 10.12688/f1000research.17802.1
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Уайлд П., Лейзингер С., де Оливейра А. П., Шранер Э. М., Каеч А., Акерманн М. и др. (2015). Делеционный мутант Us3 вируса простого герпеса 1 является инфекционным, несмотря на нарушение транслокации капсида в цитоплазму. Вирусы 7, 52–71. doi: 10.3390/v7010052
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Уилсон, Д. Н., и Дудна Кейт, Дж. Х. (2012). Строение и функция эукариотической рибосомы. Гавань Колд Спринг. Перспектива. биол. 4:а011536. doi: 10.1101/cshperspect.a011536
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Wisner, T. W., Wright, C.C., Kato, A., Kawaguchi, Y., Mou, F., Baines, J.D., et al. (2009). Слияние между оболочкой вириона и внешней ядерной мембраной во время выхода вируса, вызванное вирусом gB герпеса, регулируется вирусной киназой US3. Дж. Вирол. 83, 3115–3126. doi: 10.1128/ОВИ.01462-08
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Виттельс М. и Спир П. Г. (1991). Проникновение вируса простого герпеса в клетки не требует низкозависимого от рН эндоцитарного пути. Вирус Рез. 18, 271–290. doi: 10.1016/0168-1702(91)^-P
CrossRef Full Text | Google Scholar
Внек М., Рессел Л., Риччи Э., Родригес-Мартинес К., Герреро Дж. К., Исмаил З. и др. (2016). Герпесный энцефалит связан с избирательным повреждением митохондрий; посмертное исследование и исследование in vitro. Акта Нейропатол. 132, 433–451. doi: 10.1007/s00401-016-15972
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Ву, Ю. , Вэй, Ф., Тан, Л., Ляо, К., Ван, Х., Ши, Л., и др. (2019). Герпесвирус воздействует на цитоскелет и способствует прогрессированию рака. Дж. Рак 10, 2185–2193. doi: 10.7150/jca.30222
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Уилли, А. (1997). Апоптоз: обзор. Бр. Мед. Бык. 53, 451–465. doi: 10.1093/oxfordjournals.bmb.a011623
CrossRef Full Text | Google Scholar
Сюй Х., Сюн Х. и Сунь Ю. (2016). Роль рибосомных белков в регуляции клеточной пролиферации, онкогенеза и целостности генома. науч. Китайская наука о жизни. 59, 656–672. doi: 10.1007/s11427-016-0018-0
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Yadavalli, T., Ames, J., Agelidis, A., Suryawanshi, R., Jaishankar, D., Hopkins, J., et al. (2019). Инкапсулированный в лекарство углерод (DECON): новая платформа для улучшенной доставки лекарств. науч. Доп. 5:eaax0780. doi: 10.1126/sciadv.aax0780
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Якоуб А. М. и Шукла Д. (2015). Стимуляция аутофагии устраняет инфекцию вируса простого герпеса-1. науч. Респ. 5:9730. doi: 10.1038/srep09730
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Йорди Б., Иидзима Н., Хаттнер А., Лейб Д. и Ивасаки А. (2012). Нейрон-специфическая роль аутофагии в противовирусной защите от вируса простого герпеса. Микроб-хозяин клетки 12, 334–345. doi: 10.1016/j.chom.2012.07.013
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Юань, С., и Эйки, К.В. (2013). Структура апоптосом, сборка и активация прокаспазы. Структура 21, 501–515. doi: 10.1016/j.str.2013.02.024
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Юань С., Топф М., Реубольд Т. Ф., Эшенбург С. и Эйки К. В. (2013). Изменения в конформации Apaf-1, которые управляют сборкой апоптосом. Биохимия 52, 2319–2327. doi: 10.1021/bi301721g
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Zhang, N. , Yan, J., Lu, G., Guo, Z., Fan, Z., Wang, J., et al. (2011). Связывание гликопротеина D ВПГ с нектином-1 использует адгезию клеток-хозяев. Нац. коммун. 2:577. doi: 10.1038/ncomms1571
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Zheng, Z., Zhou, Y., Xiong, W., Luo, X., Zhang, W., Li, X., et al. (2007). Анализ экспрессии генов идентифицирует молекулярные маркеры-кандидаты при карциноме носоглотки с использованием микродиссекции и микрочипа кДНК. Дж. Рак Рез. клин. Онкол. 133, 71–81. doi: 10.1007/s00432-006-0136-2
PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar
Расшифровка вируса простого герпеса 1 с помощью интегративной мультиомики
5 апреля 2019 г. Другой Открытый доступ
Виснант, Адам; Юргес, Кристофер; Хенниг, Томас; Уайлер, Эмануэль; Прусти, Бхупеш; Л’Эрно, Энн; Гёбель, Маргарет; Деринг, Кристина; Менегатти, Дженнифер; Руфковски, Анджей; Мэтисон, Ник; Кюнциг Флориан; Мастробуино, Гвидо; Билоу, Крис; Кемпа, Стефан; Чуньгуан, Лян; Дандекар, Томас; Циммер, Ральф; Ландталер, Маркус; Грассер, Фридрих; Ленер, Пол; Фридель, Кэролайн; Эрхард, Флориан; Дёлькен, Ларс
Здесь представлены две папки. Тот, который называется «figures_and_tables», содержит скрипты для создания рисунков и таблиц нашей статьи (кроме тех, которые содержат только скриншоты, т. е. кляксы). Один из названий «iTiSS_program» содержит программу iTiss и инструкции о том, как запустить ее на предоставленном наборе данных, чтобы воспроизвести результаты нашей статьи.
Обе папки содержат файл README с инструкциями по выполнению сценариев и их требованиями. Короче говоря, figure_and_tables содержит make-файл, который можно запустить, просто вызвав make. iTiSS_program содержит make.bash, который необходимо выполнить для запуска всего.
Однако в целом все фигуры уже созданы и существуют внутри папок. Только если вы хотите перезапустить все, что вы должны выполнить, makefile и make.bash.
Системные требования:
Java 1.8, R (включая следующие библиотеки: lfc, scales, ggplot2, ggforce, reshape2, plyr, cowplot, ggrepel, circlize, RWebLogo, complexHeatmap, gird, gridExtra)

Предварительный просмотр
Файлы (15,3 ГБ)
Имя Размер
цифры_и_таблицы. zip
md5:351a
ce8be51a1f00be42f3b8dd6
2,1 ГБ Скачать
HSV1_Annotation.gtf
md5:b0
d2772d3353c66de498641dde0
113,0 КБ Скачать
igv.zip
мд5:7дб31а290е067е73677412993аб65176 13,1 ГБ Скачать
iTiss_program. zip
md5:57d89dfc1153a898b12c693b9530f5cc 150,1 МБ Скачать
iTiSS_source.zip
md5:d4be9
6961c67f13642b0319e0e8
430,1 КБ Скачать
Цитаты
Проиндексирован в
Дата публикации:
5 апреля 2019 г.
DOI:
Знак Зенодо DOI
ДОИ
10.5281/зенодо.3724023
Уценка
[![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.3724023.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.3724023)
реструктурированный текст
.. изображение:: https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.3724023.svg : цель: https://doi.org/10.5281/zenodo.3724023
HTML

URL-адрес изображения
https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.3724023.svg
Целевой URL-адрес
https://doi. org/10.5281/zenodo.3724023
Ключевое слово(я):
ВПГ-1
Лицензия (для файлов):
Creative Commons Attribution 4.0 International
Версии
Версия 10 10.5281/зенодо.3724023 5 апреля 2019 г.
Версия 9 10.5281/зенодо.3610055 5 апреля 2019 г.
Версия 8 10.5281/зенодо.3470642 5 апреля 2019 г.
Версия 7 10.5281/зенодо.2817981 5 апреля 2019 г.
Версия 6 10. 5281/зенодо.2650227 5 апреля 2019 г.
Посмотреть все 10 версий
Приводить все версии? Вы можете ссылаться на все версии, используя DOI 10.5281/zenodo.2621226. Этот DOI представляет все версии и всегда будет разрешаться в последнюю версию. Читать далее.
Поделиться
Указать как
Экспорт
BibTeX
CSL
DataCite
Дублинское ядро
DCAT
JSON
JSON-LD
GeoJSON
MARCXML
Менделей
Сравнительная геномная, транскриптомная и протеомная реаннотация вируса герпеса человека 6 | BMC Genomics
Исследовательская статья
Открытый доступ
Опубликовано: 20 марта 2018 г.
Александр Л. Гренингер ORCID: orcid.org/0000-0002-7443-0527 ^1,2 ,
Giselle M. Knudsen ³ ,
Pavitra Roychoudhury ^1,2 ,
Derek J. Hanson ¹ ,
Рут Холл Седлак ¹ ,
Хонг Се ¹ ,
Джон Гуан ¹ ,
Thuy Nguyen ¹ ,
Vikas Peddu ¹ ,
Michael Boeckh ² ,
Meei-Li Huang ¹ ,
Linda Cook ¹ ,
Daniel P. Depledge ⁴ ,
Danielle M. Zerr ⁵ ,
David M. Koelle ¹ ,
Soren Gantt ⁶ ,
Tetsushi Yoshikawa ⁷ ,
Mary Caserta ⁸ ,
Joshua A Холм ² и
…
Кейт Р. Джером ^1,2
Геномика BMC том 19 , номер статьи: 204 (2018) Процитировать эту статью
3456 доступов
29 цитирований
7 Альтметрический
Сведения о показателях
Abstract
Исходная информация
Вирусы герпеса человека-6A и -6B (HHV-6) представляют собой бета-герпесвирусы, серораспространенность которых среди взрослого населения достигает > 90%. Уникальный среди вирусов герпеса человека HHV-6 может интегрироваться в субтеломерные области хромосом человека; когда это происходит в клетках зародышевой линии, это вызывает состояние, называемое наследственным хромосомно интегрированным HHV-6 (iciHHV-6). Для репликации HHV-6B доступны только два полных генома, что приводит к многочисленным противоречивым аннотациям и мало известно о глобальном геномном разнообразии этого вездесущего вируса.
Результаты
Используя пользовательскую панель захвата для HHV-6B, мы сообщаем о полных геномах 61 изолята HHV-6B от активных инфекций (20 из Японии, 35 из штата Нью-Йорк и 6 из Уганды) и 64 штаммов HHV-6B. iciHHV-6B (в основном из Северной Америки). Последовательность HHV-6B сгруппирована по географическому признаку и иллюстрирует обширную рекомбинацию. Было обнаружено, что несколько последовательностей iciHHV-6B от неродственных людей в Соединенных Штатах полностью идентичны, что соответствует эффекту основателя. Несколько штаммов iciHHV-6B сгруппированы со штаммами от недавней активной педиатрической инфекции. Объединив наш геномный анализ с первыми исследованиями РНК-Seq и протеомики HHV-6B, мы полностью реаннотировали геном HHV-6B, изменив аннотации для более чем 10% существующих генов, с многочисленными случаями нового сплайсинга и генами, которые до сих пор не были обнаружены. ушел без примечаний.
Заключение
Наши результаты согласуются с моделью прерывистой интеграции de novo HHV-6B в клетки зародышевой линии хозяина во время активной инфекции с большим вкладом эффекта основателя в iciHHV-6B. Наши данные обеспечивают значительный прогресс в геномной аннотации HHV-6B, что будет способствовать обнаружению, разнообразию и контролю этого вируса.
Справочная информация
HHV-6 представляет собой повсеместно распространенный бета-герпесвирус, который делится на два вида (HHV-6A и -6B) [1]. HHV-6B заражает > 90% детей в возрасте до 2 лет, вызывая розеолу, также называемую экзантемой или шестой болезнью, которая является основной причиной фебрильных судорог у детей [2,3,4,5]. Вирус персистирует во многих типах клеток с постоянно обнаруживаемой вирусной ДНК в слюне. HHV-6B реактивируется примерно у 50% пациентов с аллогенной трансплантацией гемопоэтических клеток (HCT) и является наиболее частой причиной энцефалита в этих условиях. HHV-6B также был связан с реакцией «трансплантат против хозяина», гепатитом, пневмонитом и смертностью после HCT, хотя причинно-следственная связь еще предстоит доказать [2].
Как и другие вирусы герпеса человека, HHV-6A и -6B имеют пожизненную латентность, но они являются уникальными среди вирусов герпеса человека, они обладают способностью интегрироваться в хромосомы человека. Когда эта интеграция происходит в зародышевой клетке, вирус может передаваться потомству и приводит к наследственному хромосомно интегрированному HHV6 (iciHHV6). Пострадавшие люди имеют копию вируса в каждой из своих клеток и способность передавать в интегрированном состоянии 50% своего потомства. IciHHV-6 присутствует у 0,5-2% населения, что составляет почти 70 миллионов человек во всем мире, причем большинство из них относятся к iciHHV-6B [6]. iciHHV-6 также может передаваться между людьми при трансплантации [7, 8]. IciHHV-6 недавно был связан с повышенным риском острой реакции «трансплантат против хозяина» и виремии ЦМВ у пациентов с HCT [9].]. Было показано, что интегрированный вирус реактивируется как in vitro, так и in vivo и может мешать анализам на активную инфекцию HHV-6 [10]. Механизм интеграции и вирусные белки, необходимые для интеграции, неясны [11].
Клиническое тестирование HHV-6 до сих пор проводилось только крупными академическими медицинскими центрами и справочными лабораториями из-за опасений по поводу реактивации у пациентов с HCT. Беспристрастное метагеномное секвенирование выявило инфекцию HHV-6 в ряде случаев энцефалита и лихорадки, которые ранее были «нераскрытыми» [12,13,14]. Следует отметить, что HHV-6 недавно был включен в новые экспресс-панели мультиплексной ПЦР по месту оказания медицинской помощи для выявления менингита/энцефалита и лихорадочных заболеваний [15]. Учитывая простоту использования и чрезвычайно быстрое время обработки этих мультиплексных ПЦР-панелей, они уже были приняты тысячами больниц по всему миру [15,16,17]. Поскольку дети нередко обнаруживают ВГЧ-6В в спинномозговой жидкости примерно во время первичного инфицирования, мы ожидаем, что в ближайшие годы будут выявлены сотни тысяч случаев инфицирования ВГЧ-6, которые ранее остались бы незамеченными из-за огромного количества образцов, которые будут тестироваться на ВГЧ-6 [18]. В связи с тем, что обнаружено так много новых инфекций, возрастает потребность в понимании клинических ассоциаций, разнообразия последовательностей и базовой биологии этого вируса.
На сегодняшний день доступны только два полных генома репликации HHV-6B — штамм типа Z29 из Заира и штамм HST из Японии — и для HHV-6B были проведены ограниченные сравнительные геномные исследования [19,20,21]. . Эти два генома имеют несколько противоречивых аннотаций для генных и белковых продуктов. Кроме того, функции аннотированных генов в основном основаны на гомологии цитомегаловируса, другого бетагерпесвируса человека. Границы генов, последовательности белков и разнообразие штаммов во времени, месте и статусе iciHHV-6 относительно неизвестны. Эти факторы имеют решающее значение для возможности проведения исследований молекулярных механизмов вирусного патогенеза [22].
Учитывая, что так мало известно о разнообразии генома HHV-6, аннотации генов/белков и функциях генов/белков, несмотря на ассоциации с клиническими заболеваниями, существует возможность использовать независимые технологии для быстрого аннотирования генома HHV-6. Крупномасштабное секвенирование генома, РНК-Seq и профилирование рибосом ранее проводились для других герпесвирусов человека, чтобы обнаружить новые гены и белки и приписать новые функции известным генам этих облигатных внутриклеточных паразитов [23,24,25,26,27]. . Здесь мы сообщаем о результатах первого крупномасштабного секвенирования генома HHV-6B со 125 почти полными геномами, а также реаннотации генома с помощью сравнительной геномики, транскриптомики и протеомики. Результаты показывают ограниченное разнообразие последовательностей среди последовательностей HHV-6B с географическим скоплением последовательностей HHV-6B от острых инфекций и идентичных последовательностей iciHHV-6B среди людей без известных недавних общих предков. Секвенирование РНК и протеомика дробовика в сочетании со сравнительным геномным анализом позволили повторно аннотировать продукты гена HHV-6B, которые послужат источником для будущих клинических и фундаментальных научных исследований HHV-6B.
Результаты
Глобальное геномное разнообразие HHV-6
Чтобы понять геномное разнообразие HHV-6, мы провели секвенирование захвата 125 штаммов HHV-6B, состоящих из 20 вирусных изолятов из Японии, 35 изолятов из Нью-Йорка. York, 6 штаммов из Уганды и 74 штамма iciHHV-6 (64 вида B, 10 видов A) от реципиентов или доноров HCT в Сиэтле (рис. 1a, таблица 1). Олигонуклеотиды HHV-6B, разработанные для секвенирования захвата, могут извлекать > 99% генома HHV-6B, при этом менее 1% остается неразрешенным из-за повторяющихся элементов. Та же панель смогла восстановить примерно 80% генома HHV-6A, опять же из-за повторяющихся элементов и в этом случае сниженной идентичности последовательности с набором олигонуклеотидов HHV-6B (рис. 1b). Среди штаммов HHV-6B извлекаемая смежная уникальная (U) область HHV-6B измеряется 1190,6 т.п.н., N-концевой контиг U86 размером 3,1 т.п.н., контиг U90/91 размером 6,0 т.п.н. и контиг U94-U100 размером 10,2 т.п.н. Собранные 10 штаммов HHV-6A имели длину от 60 до 119 т.п.о. со средней длиной 118 т.п.о.
Рис. 1
Экспериментальная установка и макет вызова генома HHV-6. a В общей сложности 129 образцов HHV-6, состоящих из 55 культивируемых штаммов HHV-6B от острых инфекций, 6 клинических образцов от острых инфекций и 64 клеточных линий iciHHV-6B и 10 iciHHV-6A, были секвенированы с использованием панели захвата на основе эталонный геном HHV-6B (NC_000898). b Консенсусные геномы, используемые для филогенетического анализа, были запрошены для областей за пределами областей повторов для образцов HHV-6B, включая уникальную длинную область (119 кб), область U90/91 (6 кб, между повторами R2 и R3), и U94-100 (10 т.п.н., между повторами R3 и DR-R). Панель захвата HHV-6B восстановила большую часть уникальной длинной области образцов HHV-6A. c Общая филогения последовательности длиной 40,2 т.п.н., которая была восстановлена из секвенированных штаммов HHV-6A и HHV-6B, показывает разделение HHV-6A и HHV-6B как отдельных видов герпесвируса. Изображения местоположения, приобретенные в Adobe Stock
Полноразмерное изображение
Таблица 1. Сводка выборок, секвенированных в этом исследовании
Полноразмерная таблица
Демографические характеристики когорт
Когорта младенцев с лихорадкой в Йорке составляла 11 месяцев [1–25 месяцев], а когорта в Уганде составляла 25 месяцев. Все 20 пациентов из двух когорт из Японии имели японское происхождение, а все 6 пациентов из когорты из Уганды были чернокожими африканцами. В нью-йоркской когорте 16/35 (45,7%) пациентов были европеоидами, 8/35 (22,9%)%) были афроамериканцами, 4/35 (11,4) были латиноамериканцами, 1/35 (2,9%) были азиатами и 6/35 (17,1%) были неизвестного происхождения. Из секвенированных образцов iciHHV-6 68/74 (91,9%) пациентов прибыли из США, 2 пациента прибыли из Великобритании, 2 пациента из Германии и 1 из Австралии (дополнительный файл 1: Таблица S1). Средний возраст секвенированных лиц с iciHHV-6B составлял 40 лет [1–68 лет] и 57 лет [21–63 года] для лиц с iciHHV-6A (таблица 1).
Сравнение HHV-6A и HHV-6B
Филогенетический анализ сегмента размером 40,2 т.п.н. в диапазоне от U18 до U41, который мог быть захвачен как в штаммах HHV-6A, так и в штаммах HHV-6B, секвенированных в этом исследовании, продемонстрировал отдельные кластеры штаммов HHV-6A и HHV-6B, соответствующие их обозначение как уникальный вид вирусов герпеса человека (рис. 1в). Анализы рекомбинации с использованием всех 10 частичных последовательностей iciHHV-6A, штамма типа HHV-6A и 14 выбранных последовательностей HHV-6B не выявили сайтов рекомбинации между последовательностями HHV-6A и HHV-6B. Было обнаружено, что у двух человек из Германии и США, не имеющих родственных связей, идентичные последовательности iciHHV-6A. Последовательности HHV-6A показали небольшое расхождение в этой области размером 40,2 т.п.н. с 98,4% сайтов не имеют вариантов нуклеотидов. При простом сравнении максимального расхождения между последовательностями iciHHV-6A и ici-HHV6B в области 40,2 т.п.н. штаммы iciHHV-6A показали большее максимальное парное расхождение, чем штаммы iciHHV-6B (354 по сравнению с 68 SNP).
Расхождение последовательностей в HHV-6B
Филогенетический анализ уникальной длинной области выявил кластер из двух вирусов из Уганды и одного из Нью-Йорка NY310, которые включают наиболее дивергентные вирусы HHV-6B, секвенированные на сегодняшний день (рис. 1c). NY310 наиболее близок к Z29штамм, отличающийся от штамма Z29 644 сайтами из 119 635 (0,54%). NY310 показал большую генетическую дистанцию со следующим ближайшим американским штаммом NY434 (703 сайта, 0,59%). Этот штамм не имел очевидных уникальных демографических или клинических характеристик, поскольку был получен от 18-месячного белого самца с лихорадкой всего после 2 пассажей в культуре (дополнительный файл 1: таблица S1). NY310 служил внешней группой для всех последующих филогенетических анализов геномов HHV-6B.
В целом, уникальный длинный контиг HHV-6B размером 119,6 т.п.н. показал удивительно небольшое расхождение последовательностей с 98,1% сайтов идентичны среди всех 127 геномов HHV-6B, а общая попарная идентичность между штаммами составляет > 99,9%. Прототипический типирующий ген U90 был наиболее расходящимся с изменениями в 6,14% от общего числа сайтов, в то время как гены повторов U15 и B6 имели наименьшую степень расхождения: только 0,52% и 0,41% сайтов расходились (рис. 2). Среднее нуклеотидное разнообразие последовательностей U угандийского HHV-6B было в 7 раз больше, чем у штаммов iciHHV-6B, которые имели наименьшее количество разнообразия среди всех профилированных штаммов (таблица 2). Японские изоляты были примерно на 40% менее разнообразны, чем изоляты из Нью-Йорка. Оба теста нейтральности Ахаза и Тадзимы для проверки эволюции неслучайной последовательности во всем регионе U были сильно отрицательными во всех когортах, вероятно, из-за структуры населения и демографической истории проанализированных выборок [28, 29]. ].
Рис. 2
Нуклеотидное разнообразие по генам. Неидентичные сайты, перечисленные по генам, в процентах от сайтов с любой дисперсией. Прототипический типирующий ген U90 является наиболее дивергентным с изменениями в 6,14% от общего числа сайтов, в то время как гены повторов U15 и B6 имеют наименьшую степень дивергенции: только 0,52% и 0,41% сайтов расходятся
Полноразмерное изображение
Таблица 2 Статистика популяционной геномики для области U по когортам секвенированных
Полная таблица
Филогенетический анализ последовательностей HHV-6B при острых инфекциях
Непрерывная репликация вируса HHV-6B, присутствующая при острых инфекциях, предполагает иную эволюционную историю, чем у последовательностей iciHHV-6B, которые потенциально сохраняются с течением времени благодаря высокой точности репликации генома человека. Филогенез уникальной длинной области генома HHV-6B размером 119,6 т. п.н. выявил кластеризацию по географическому признаку, а также по типу образца (т. е. острая инфекция HHV-6B по сравнению с iciHHV-6B) (рис. 3). Штаммы от активных нью-йоркских инфекций продемонстрировали наибольшую степень расхождения последовательностей по крайней мере с двумя разными кластерами, в то время как японские штаммы все сгруппированы вместе, включая эталонную последовательность штамма HST. Три последовательности из Уганды сгруппировались среди одного из кластеров штаммов Нью-Йорка, а три других сформировали уникальную кладу (рис. 3). Последовательность единственного известного пациента азиатского происхождения из Нью-Йорка (NY379) попал в японский кластер вместе с двумя дополнительными нью-йоркскими штаммами HHV-6B.
Рис. 3
Филогенетическое дерево уникального длинного региона из образцов HHV-6B. Геномы HHV-6B были выровнены с использованием MAFFT, выбраны последовательности за пределами областей повторов, а филогенетические деревья были построены с использованием MrBayes вдоль уникальной длинной области 119 т. п.н. В качестве внешней группы использовали HHV6-6B NY310. Образцы окрашены и помечены по происхождению в зависимости от Нью-Йорка (зеленый), Японии (синий), Уганды (фиолетовый) или iciHHV6 от реципиентов ТГСК или их доноров в Сиэтле (черный), а также того, были ли два генома восстановлены из первого степенные родственники (красный). Изображения местоположения, приобретенные в Adobe Stock
Изображение в полный размер
Идентичные штаммы iciHHV-6B у неродственных людей
Штаммы IciHHV-6B показали заметное родство среди неродственных людей. В 62 из 64 U-областей iciHHV-6B, секвенированных здесь, только 334 из 119 635 (0,28%) сайтов имели полиморфизмы. Среди реципиентов HCT iciHHV-6B, чьи доноры были родственниками первой степени родства, все 6 пар имели штаммы iciHHV-6B, которые оказались идентичными (рис. 3). Идентичные штаммы iciHHV-6B также были обнаружены у неродственных людей из Германии и США. Примечательно, что повторное секвенирование нескольких идентичных штаммов iciHHV-6B от неродственных людей дало идентичную последовательность в 11 из 12 образцов с учетом возможности лабораторного загрязнения или перепутывания образцов (дополнительный файл 2: рисунок S1). Единственным исключением был штамм с сингулярным основанием с частотой вариантного аллеля почти ровно 50% в каждой повторности секвенирования. Анализ нецелевых считываний митохондрий человека от неродственных индивидуумов выявил уникальные митохондриальные SNP, подтверждающие, что они принадлежат неродственным индивидуумам (данные не показаны) . штамма IciHHV-6B были обнаружены вкраплениями среди нью-йоркского кластера острых инфекций, а также среди японского кластера острых инфекций, и несколько нью-йоркских штаммов острой инфекции попали в кластеры iciHHV-6B. Длина ветвей обычно была больше для большинства штаммов с острой инфекцией, что указывает на большее расхождение последовательности от общего предка по сравнению со штаммами iciHHV-6B.
Разнообразие последовательностей HHV-6B в регионах, отличных от U, U90-91 и U94-100
На основании наших данных, показывающих U90, чтобы быть наиболее дивергентным геном в HHV-6B, мы секвенировали дополнительные 11 последовательностей U90 из положительных клинических образцов HHV-6, представленных в клинической лаборатории UW Virology. Филогении из регионов U90-91 и U94-100 показали топологию, аналогичную топологии уникальной длинной филогении, за несколькими заметными исключениями. Нью-йоркские штаммы снова продемонстрировали наибольшее разнообразие, а японские штаммы снова сгруппировались вместе. Филогения U90-91 показала два японских штамма (B1 и B4), нью-йоркский штамм (NY40), клинический изолят UW (UW_Ah2) и один штамм iciHHV-6B (61C11), который сгруппировался с Z29.штамм типа и четыре штамма с последовательностью U90, присутствующие в Genbank (рис. 4, дополнительный файл 3: рисунок S2B). Дополнительные недавние клинические штаммы UW, для которых была доступна последовательность U90, сгруппированы по всему дереву HHV-6B U90, восстановленному из последовательности всего генома, с одной дополнительной заметной внешней группой (UW_BF2). Японский и нью-йоркский штаммы находились каждый в своем соответствующем длинном кластере, а штамм iciHHV-6B-61C11 попал в японский кластер. Несоответствие между U и U90 является свидетельством потенциальной рекомбинации этих штаммов с HHV-6B, который ближе к заирскому штамму Z29 или внешней группе NY310. Следует отметить, что штамм Japan-B1 также занял уникальное положение в регионе U94-100 среди кластера iciHHV-6B, в то время как штамм NY40 был расположен в японском кластере U94-100 (дополнительный файл 3: рисунок S2B). В дополнение к филогенетическому анализу, свидетельствующему о рекомбинации, оценки Hudson-Kaplan RM событий экономной рекомбинации в регионе U варьировались от 20 сайтов рекомбинации для штаммов iciHHV-6B до 103 сайтов для штаммов New York (таблица 2), что предполагает широко распространенную рекомбинацию внутри HHV. -6В видов. Межвидовых рекомбинантов HHV-6A x HHV-6B не наблюдалось [30].
Рис. 4
Филогенетические деревья образцов HHV-6B в регионе U90, включая клинические изоляты UW. Последовательность HHV-6B U90, захваченная из 125 полных геномов и непосредственно амплифицированная с помощью ПЦР из когортных образцов UW, была выровнена с использованием MAFFT, а филогенетические деревья были построены с использованием MrBayes. Образцы окрашены и помечены в соответствии с происхождением на основе клинических образцов из Нью-Йорка (зеленый), Японии (синий), Уганды (фиолетовый), UW Virology (золотой) или iciHHV6/FHCRC (черный), а также того, были ли два генома восстановлены из родственники первой степени (красные). Изображения местоположения, приобретенные в Adobe Stock
Полноразмерное изображение
Аннотации HHV-6B с помощью сравнительной геномики
Между опубликованными геномами HHV-6B Z29 и HST существуют множественные расхождения в аннотациях генов. При наличии 125 новых геномов HHV-6B мы затем изучили сайты этих расхождений аннотаций в наших новых последовательностях генома HHV-6B. Например, ген U91 содержит аннотированный сайт сплайсинга в Z29, тогда как в сборке HST такой аннотации нет. Секвенирование по Сэнгеру кДНК U91 из культивируемого в нашей лаборатории Z29штамм (Z29-1) выявил другой сайт сплайсинга на расстоянии 13 п.н. от аннотированного сайта сплайсинга Z29, добавив 5 дополнительных аминокислот к середине белка U91 (рис. 5а). И клонированный сайт сплайсинга, и аннотированный сайт сплайсинга содержали каноническое интронное секвенирование сплайсинга (GU…AG). Клонирование кДНК Z29-1 с новым сайтом сплайсинга выявило ранний стоп-кодон, который разрушал бы аннотированную С-концевую половину белка в штаммах Z29. Геномное секвенирование культивируемого штамма HHV-6B Z29-1 совпало с Z29.-1 последовательность кДНК. Следует отметить, что Z29 является единственным штаммом HHV-6B в нашем геномном секвенировании с единственной вставкой аденина вблизи начала второго экзона. Используя клонированный сайт сплайсинга, все другие гены U91, секвенированные в этом исследовании, будут находиться в кадре до конца аннотированного U91, показывая, что Z29, вероятно, уникален среди штаммов HHV-6B отсутствием С-концевой половины U91.
Рис. 5
Аннотация HHV-6B на основе сравнительной геномики. Различия в аннотации между последовательностями HHV-6B Z29 и HST сравниваются с подмножеством 119 последовательностей. геномы, секвенированные в этом исследовании. a Секвенирование по Сэнгеру кДНК U91 выявило другой сайт сплайсинга на 13 п.н. выше по течению, чем тот, который аннотирован в эталонном штамме Z29. Аберрантная аннотация сайта сплайсинга в Z29, вероятно, связана с вставкой одного основания, обнаруженной только в Z29, которая изменяет рамку считывания во втором экзоне. Секвенирование генома нашего культивируемого штамма HHV-6B (Z29-1) подтвердило последовательность кДНК Z29-1. Рамка считывания, изображенная для Z29, соответствует аннотации в эталонном геноме NCBI (NC_000898). Основываясь на недавно обнаруженном сайте сплайсинга, Z29 U91 будет содержать ранний стоп-кодон, в то время как все другие последовательности U91, полученные в этом исследовании, продолжат рамку считывания до конца U91, как аннотировано в Z29. Изображено несколько ключевых различных локусов в генах U12 ( b ), U27 ( c ) и US52 ( d ), которые изменяют длину открытых рамок считывания в Z29 и HST. e Гомополимерный полиморфизм в U83 изменяет ожидаемую длину и последовательность его открытой рамки считывания между различными штаммами
Полноразмерное изображение
Несколько других расхождений в аннотациях между существующими последовательностями HHV-6B можно согласовать с нашими новыми последовательностями генома. Ген U12 в штамме Z29 прерывается стоп-кодоном, а штамм HST содержит одну длинную ORF (рис. 5б). Сравнение с последовательностями генома 126 U в этом исследовании показывает, что для U12 HST CDS следует считать более репрезентативным из исходных двух геномов. Альтернативно для U27 и U52 гомополимерные SNP в HST создают аномально длинные и короткие аннотированные ORF, соответственно, которые не отражаются во вновь секвенированных геномах (Fig. 5c/d). Гомополимерные SNP также обнаружены в гене U83, что приводит к полиморфной аннотации во многих геномах последовательностей (Fig. 5e).
Повторная аннотация генома HHV-6B с помощью секвенирования РНК и протеомики «шотган» type для более полной реаннотации генома HHV-6B.
Два биологических повтора были подготовлены для библиотеки RNA-Seq Z29 HHV-6B в клетках SupT1 и были секвенированы с покрытиями 266X и 3600X, в то время как одна специфичная для нитей библиотека была приготовлена для HHV-6B Z29.инфицированные клетки MOLT3 при среднем покрытии 5751X. Значения RPKM для генов HHV-6 из реплик SupT1 были высоко воспроизводимыми (r ² = 0,92) (рис. 6a). По сравнению с транскриптомом Z29 в клетках SupT1 транскриптом Z29 в клетках MOLT3 продемонстрировал значительно меньшую корреляцию (r ² = 0,66) (рис. 6б). В то время как только 3/104 (2,9%) CDS HHV-6B имели в 2 раза более высокую экспрессию в клетках SupT1 по сравнению с клетками MOLT3, 19/104 (18,2%) CDS имели большую экспрессию в клеточных линиях MOLT3 (рис. 6c).
Рис. 6
Секвенирование РНК клеточных линий Sup-T1 и MOLT3, асинхронно инфицированных штаммом типа Z29 HHV-6B. Значения RPKM для транскриптов HHV-6B Z29 в биологических репликах вируса, выращенного в клетках Sup-T1, демонстрируют превосходную воспроизводимость ( и ). Значения RPKM транскриптов Z29 HHV-6B для вируса, выращенного в клетках MOLT3, демонстрируют различия в экспрессии по сравнению с вирусом, выращенным в клетках Sup-T1 ( b ). Список CDS HHV-6B с > 2-кратной абсолютной вариацией экспрессии в клеточных линиях Sup-T1 и MOLT3 ( с ). Значительно больше генов HHV-6B имели более высокую экспрессию в клетках MOLT3, чем в клетках Sup-T1. Все картированные сайты сплайсинга были полностью консервативны в 127 проанализированных геномах HHV-6B. Пять из 43 (11,6%) всех восстановленных сайтов сплайсинга были неканоническими, при этом 4/5 (80%) неканонических сайтов сплайсинга встречались в транскриптах U7-U9. Чтобы проверить эти новые формы сплайсинга и удлинения, которые повлияли на кодирующие последовательности, мы провели масс-спектрометрию дробовика на 1D-разделенных в геле белках из HHV-6B Z29.культивировали в клетках SupT1 (дополнительный файл 4: рисунок S3, дополнительный файл 5: рисунок S4). Протеомный анализ дробовика дал 350 уникальных спектров, охватывающих 39 различных белков HHV-6, которые можно просмотреть в MS Viewer (дополнительный файл 6: таблица S2 и дополнительный файл 7: таблица S3).
Интересно, что были обнаружены три новые изоформы мРНК U79, одна из которых также продемонстрировала дивергентный сплайсинг на основе культивирования в клеточных линиях SupT1 и MOLT3 (рис. 7). Пептидное подтверждение новой сплайсоформы U79, присутствующей в клетках SupT1, было подтверждено двумя пептидами — LSTCEYLK с m / z 507,25 (2+) и YLCVR 355,68 (2+) — из анализа протеомики дробовика (Дополнительный файл 7: Таблица S3). U19ген продемонстрировал неаннотированное сплайс-соединение непосредственно перед аннотированным стоп-кодоном, удлиняющее С-конец белка на 13 аминокислот (рис. 8). Были восстановлены пептиды непосредственно перед и после соединения сплайсинга, что подтверждает экспрессию С-концевого расширения (DFLEEIAN 475.72 (2+) и SPENAVHESAAVLR 493.92 (3+) в дополнительном файле 7: таблица S3). Антисмысловые считывания вместе с новым стоп-кодоном были восстановлены до существующей аннотации U83 (рис. 9).
Рис. 7
Альтернативный и дифференциальный сплайсинг транскриптов HHV-6B U79 в клетках Sup-T1 по сравнению с клетками MOLT3. Секвенирование РНК, специфичное для нитей, выявило три дополнительные формы сплайсинга гена U79 в штамме Z29 HHV-6B, культивируемом в клетках Sup-T1, по сравнению с эталонной аннотацией Z29 в NC_000898 ( a ). Чтения, изображенные оранжевым цветом, являются чтениями с положительным смыслом, а чтения с отрицательным смыслом показаны синим цветом. Выделенный красным цветом пептид из транскрипта U79a2 был подтвержден протеомикой дробовика HHV-6B, культивируемого Sup-T1. В то время как в SupT1 всего обнаружено четыре сплайсоформы ( b ), в клетках MOLT3 выявляются только две формы сплайсинга в U79 ( c )
Рис. Секвенирование специфичной для цепи РНК HHV-6B, культивируемого в клетках Sup-T1, продемонстрировало новый сайт сплайсинга на 3′-конце транскрипта U19 в кодоне непосредственно перед аннотированным стоп-кодоном. Новый сайт сплайсинга ведет к С-концевому удлинению из 13 аминокислот, что было подтверждено методом дробовой протеомики
Изображение полного размера
Рис. 9
Антисмысловая транскрипция и новый сплайсинг гена U83 HHV-6B. Почти все считывания последовательностей РНК, специфичных для цепи, из клеток Sup-T1 в аннотированном гене HHV-6B Z29 U83 были антисмысловыми по отношению к существующей аннотации и включали новый сайт сплайсинга. Такой же сайт сплайсинга в контексте преобладания антисмыслового транскрипта был восстановлен из вируса, культивируемого в клетках MOLT3. В этом альтернативно сплайсированном антисмысловом транскрипте с помощью протеомики дробовика не было обнаружено пептидов с высокой степенью достоверности
Полноразмерное изображение
Обсуждение
В этом исследовании мы секвенировали 125 геномов HHV-6B и 10 частичных геномов HHV-6A, увеличив полные геномные данные, доступные для HHV-6, более чем на порядок. Мы обнаружили удивительно небольшое разнообразие последовательностей среди штаммов HHV-6B, взятых из Нью-Йорка, Сиэтла и Японии, при этом средний штамм имел менее 150 различий в уникальной длинной области 119 т. п.н. по сравнению с любым другим штаммом, секвенированным здесь. IciHHV-6B со всех концов Соединенных Штатов имел значительно меньшее разнообразие, чем другие отобранные когорты HHV-6. Секвенированные здесь штаммы HHV-6A и HHV-6B не показали перекрытия или рекомбинации между видами, а наиболее отличающийся штамм HHV-6B, идентифицированный на сегодняшний день, был выделен и секвенирован. Вирусные последовательности, сгруппированные по географическому происхождению, и идентичные штаммы iciHHV-6B были обнаружены среди многих явно неродственных людей.
Эти результаты показывают, что интеграция HHV-6B является относительно редким событием, что iciHHV-6B в целом не отражает штаммов, циркулирующих в сообществе, вызывающих острую инфекцию, и что разнообразие последовательностей может быть обусловлено эффектом основателя. Альтернативно, некоторые штаммы могут быть склонны к интеграции. В то же время последовательности iciHHV-6B были обнаружены в смеси со штаммами HHV-6B от острой инфекции, что позволяет предположить, что случаи интеграции не являются редкостью. Однако гипотеза о том, что интеграция HHV-6 в зародышевую линию является нечастым событием, согласуется с эффектом основателя для каждой клады идентичного iciHHV-6B, обнаруженным у наших пациентов в Северной Америке, и объясняет идентичные последовательности iciHHV-6, обнаруженные между двумя пары особей с разных сторон Атлантического океана. Это также предполагает, что хромосомная интеграция HHV-6 в зародышевую линию является чрезвычайно редким событием, и большинство людей с iciHHV-6 приобрели свой вирус в результате отдаленного события интеграции [31]. Для проверки этой гипотезы необходимо дополнительное секвенирование как циркулирующих штаммов HHV-6, так и индивидуумов с iciHHV-6, и, несомненно, оно станет доступным по мере секвенирования большего количества человеческих геномов. Гипотезу о том, что смещение интеграции из-за вирусной последовательности является причиной вырождения геномов iciHHV-6, трудно отделить от эффекта основателя, и ее можно проверить только in vitro или путем наблюдения за многими людьми, остро инфицированными различными штаммами HHV-6B.
Несмотря на широко распространенную рекомбинацию, филогенетический анализ продемонстрировал географическую кластеризацию штаммов HHV-6B с уникальными кладами для японских штаммов и нескольких нью-йоркских штаммов. Следует отметить, что единственный пациент азиатского происхождения в нью-йоркской когорте лучше всего соответствовал японским штаммам. Эти данные согласуются с гипотезой о семейном источнике передачи острого ВГЧ-6В. Из-за кластеризации последовательностей HHV-6 в Нью-Йорке и Японии мы не можем установить, могут ли различия в штаммах объяснить поразительные различия в зарегистрированных показателях энцефалита у младенцев с первичной инфекцией HHV-6 между Японией и Соединенными Штатами [32]. .
Географический кластер HHV-6B подобен наблюдаемому для геномных последовательностей HSV-1 и HSV-2, которые также демонстрируют высокую степень межвидовой рекомбинации [25, 26, 33]. Ограниченное разнообразие HHV-6B, измеренное средним парным разнообразием нуклеотидов, сравнимо с разнообразием, обнаруженным в HSV-2, в отличие от выявленного в штаммах HSV-1 [25, 26]. Следует отметить, что разнообразие, наблюдаемое у HHV-6B, значительно меньше, чем у филогенетически родственного бета-герпесвируса человека CMV (HHV-5) [27]. На сегодняшний день сравнительная геномика другого человеческого бетагерпесвируса HHV-7 не проводилась.
Ограничения нашего подхода включают ограниченную выборку штаммов HHV-6B по всему миру, которая включала Уганду, Японию и США (с образцами в когорте Фреда Хатчинсона iciHHV-6, полученными от нескольких жителей Северной Европы и только от одного человека из Австралии). ). Следует отметить, что в нашем секвенировании iciHHV-6 в Северной Америке участвовали люди как минимум из 25 разных штатов. Необходимо больше штаммов как от остро инфицированных, так и от лиц с iciHHV-6 из Азии, Ближнего Востока, Южной Америки и Африки. Учитывая разнообразие, наблюдаемое в ограниченном подмножестве угандийских штаммов, и ограниченное разнообразие, наблюдаемое в iciHHV-6 в нашем исследовании, было бы целесообразно секвенировать iciHHV-6 из африканских популяций, чтобы проверить гипотезы о влиянии эффекта основателя и эффектов последовательности штаммов на Интеграция HHV-6. Секвенирование U90 из реактивированных штаммов HHV-6B из нашей клинической лаборатории выявил дополнительные линии HHV-6, которые впоследствии были подтверждены секвенированием угандийских изолятов HHV-6. Наши клинические последовательности U90 указывают на то, что существует еще больше линий, которые мы не исследовали на основе всего генома.
Мы также не смогли секвенировать каждый повтор в вирусе, и поэтому наши оценки разнообразия будут смещены к нулю, учитывая, что повторяющиеся элементы могут быть одним из первых участков эволюции генома. Мы также не смогли восстановить почти полные геномы HHV-6A из-за использования панели захвата HHV-6B для секвенирования. Будущие исследования должны быть сосредоточены на продолжении изучения глобального разнообразия последовательностей HHV-6, понимании степени смешения между острыми инфекциями и штаммами iciHHV-6, а также на том, связаны ли выявленные здесь генотипы с различными клиническими исходами. Основываясь на представленных здесь результатах, не было четкой связи между вирусной последовательностью и клиническими фенотипами, такими как симптомы ЦНС, хотя наша способность обнаруживать такие различия была ограничена. Будущие исследования также потребуются для проверки вклада человеческих SNP и генетического разнообразия в любые ассоциации, обнаруженные между последовательностями iciHHV-6 и клиническими фенотипами.
Наши данные секвенирования РНК обнаружили новые формы сплайсинга и антисмысловые транскрипты в 10% генов, аннотированных в настоящее время в HHV-6B Z29. Эти данные были ограничены использованием одного повтора транскриптома для клеток MOLT3, хотя мы отмечаем, что биологические повторы сильно коррелировали в клетках SupT1. Протеомный анализ методом «шотган» выявил пептиды для трех изменений в кодирующих последовательностях HHV-6B и подтвердил экспрессию 39 существующих белков при литической инфекции HHV-6B. Мы также обнаружили дифференциальный сплайсинг U79.в клетках SupT1 по сравнению с клетками MOLT3. Эти данные позволяют провести наиболее полную аннотацию генома HHV-6 на сегодняшний день и позволят уверенно изучать белок-белковые взаимодействия HHV-6 [22, 34]. Конечно, требуется дополнительная работа, чтобы охарактеризовать, как новые сплайсоформы, удлинения и транскрипты, обнаруженные здесь, влияют на репликацию вируса и функцию генов, и присутствуют ли они во многих штаммах, секвенированных здесь.
Выводы
Извлеченные здесь последовательности представляют собой крупнейшие усилия по секвенированию HHV-6, проведенные на сегодняшний день, и значительно увеличивают количество доступных геномов для HHV-6B. Используя эти данные, мы предлагаем модель прерывистой интеграции de novo HHV-6B в клетки зародышевой линии хозяина во время активной инфекции с большим вкладом эффекта основателя в iciHHV-6B. Наши данные обеспечивают значительный прогресс в геномной аннотации HHV-6B, что будет способствовать обнаружению, разнообразию и контролю этого вируса. Благодаря построению консенсусных аннотаций генов и белков непосредственные результаты, полученные в результате подробно описанных здесь экспериментов, включают разработку ORFeome HHV-6B, которая позволит проводить последующие исследования функции генов и обнаружение Т-клеточного эпитопа и антигена, а также дизайн праймеров для ОТ-ПЦР. и зонды RNA-ISH для нацеливания на ген с высокой экспрессией для тестирования клинических образцов на реактивацию HHV-6 in situ. Эти данные также подчеркивают постоянную потребность в последовательностях генома для достижения согласованной аннотации для понимания микробной биологии [35].
Методы
Сбор образцов
Нью-йоркская когорта
Тридцать пять изолятов вируса HHV-6B были получены из образцов периферической крови детей в возрасте до 3 лет с острыми лихорадочными заболеваниями или судорогами, поступивших в отделение неотложной помощи Медицинского центра Университета Рочестера. Отделение или амбулаторное отделение в Рочестере, штат Нью-Йорк, как описано ранее [4, 18, 36, 37]. Образцы от детей с известной аномалией иммунной функции были исключены.
Мононуклеарные клетки периферической крови (РВМС) отделяли от образцов крови с антикоагулянтом ЭДТА с помощью центрифугирования в градиенте плотности (Histopaque 1077; Sigma Diagnostics, St. Louis, Миссури) и совместно культивировали со стимулированными мононуклеарными клетками пуповинной крови. Положительные культуры идентифицировали по характерному цитопатическому эффекту (ЦПЭ), подтвержденному непрямой иммунофлуоресцентной окраской моноклональными антителами, направленными против ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, и полимеразной цепной реакцией, как описано ранее [4, 38].
Японская когорта
HHV-6B был выделен из РВМС, полученных от 10 пациентов с ЭС и 10 реципиентов ТГСК путем совместного культивирования со стимулированными мононуклеарными клетками пуповинной крови. Зараженные культуры идентифицировали на основе цитопатического эффекта (т.е. характеристик плеоморфных, баллоноподобных крупных клеток). Присутствие вируса было подтверждено иммунофлуоресцентным окрашиванием сокультур специфическими моноклональными антителами HHV-6B (OHV-3; предоставлено Т. Окуно, кафедра микробиологии Медицинского колледжа Хиого, Хиого, Япония). Совместно культивированные мононуклеарные клетки пуповинной крови, инфицированные клиническими изолятами, хранили после нескольких пассажей при температуре - 80 °C до анализа.
Уганда когорта
Образцы слюны были получены от младенцев в ранее описанном когортном исследовании первичной герпесвирусной инфекции [39]. Острая инфекция HHV-6B определяется еженедельным ПЦР-тестированием мазков из полости рта. Цельную слюну собирали каждые 4 месяца с помощью системы сбора Salivette® (Sarstedt), переносили в криопробирки и замораживали при температуре - 80 °C до анализа. Образцы, использованные для этого исследования, были получены от 2 младенцев (обоим было 3 месяца на момент отбора проб), 3 детей старшего возраста (возраст 2,1 года, 2,8 года и 4,2 года) и 1 взрослый (возраст неизвестен).
Когорта IciHHV-6
Семьдесят четыре человека с iciHHV-6A или -6B были идентифицированы как часть продолжения ранее описанного исследования [40]. ДНК экстрагировали из линий бета-лимфобластоидных клеток (LCL), полученных из инфицированных вирусом Эпштейна-Барра мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC), полученных от реципиентов трансплантата гемопоэтических клеток и доноров. Пациенты получали ТГСК в Центре исследования рака Фреда Хатчинсона (FHCRC) в Сиэтле, штат Вашингтон. Доноры были получены от родственников пациентов и международных реестров доноров костного мозга. Затем мы использовали стратегию объединенного тестирования, как описано ранее, с использованием количественной ПЦР [41] и капельной цифровой ПЦР [42] для выявления лиц с iciHHV-6. Законсервированный регион U94 был амплифицирован для различения видов HHV-6A и HHV-6B.
Когорта пациентов вирусологического университета Вашингтона
Образцы от 21 человека, ранее имевшие положительный результат ПЦР на ВГЧ-6, были случайным образом отобраны из плазмы, представленной для тестирования в Лабораторию клинической молекулярной вирусологии Вашингтонского университета в 2014–2015 гг. Большинство образцов было получено после посттрансплантационного тестирования на подозрение на системные инфекции HHV-6. Одиннадцать образцов были взяты у детей в возрасте до 16 лет (3–16 лет), а 10 — у взрослых (17–51 лет). Пробы были взяты у 13 самцов и 8 самок. Пять образцов имели вирусную нагрузку < 1000 копий/мл (910, 740, 720, 550 и 480), в то время как остальные вирусные нагрузки варьировались от 1000 до 53000 копий/мл. Из них 11 дали достаточную последовательность после вложенной ПЦР для включения в последующие анализы.
Экстракция ДНК и количественная ПЦР и секвенирование U90
Приблизительно 5 мкг ДНК экстрагировали из B-LCL с помощью iciHHV-6 и делили на аликвоты при концентрациях ~ 200 мкг/мкл. ДНК штаммов Japan и New York экстрагировали из 200 мкл вирусной культуры с использованием набора ДНК QIAamp 96 (Qiagen) и элюировали в 100 мкл буфера AE (Qiagen). Для количественного определения количества HHV-6 и ДНК человека использовали 10 мкл очищенной ДНК для проведения количественной ПЦР в реальном времени, как описано ранее [40]. Образцы плазмы из когорты пациентов Вашингтонского университета были извлечены с использованием набора для выделения ДНК MagnaPure LC (Roche) и MagnaPure LC с начальным объемом 200 мкл и объемом элюирования 100 мкл. U90 локус амплифицировали с использованием протокола вложенной ПЦР, как описано ранее [43]. Ампликоны от одного и того же пациента были объединены, разбавлены, и с помощью набора Nextera XT были созданы библиотеки для секвенирования нового поколения.
Секвенирование транскрипта РНК U91
Семь миллионов инфицированных HHV6B (Z29) клеток SupT1 (из программы NIH AIDS Reagent Program) использовали в качестве исходного материала для создания библиотеки РНК с помощью набора Qiagen RNeasy Mini Kit в соответствии с инструкциями производителя. Тотальную РНК обрабатывали ДНКазой TURBO I (Thermo Fisher Scientific), а затем использовали для создания библиотеки кДНК с обратной транскриптазой SuperScript II (Thermo Fisher Scientific) в соответствии с инструкциями производителя. Использование этой кДНК в качестве матрицы и Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity (Thermo Fisher Scientific), транскрипт U91 амплифицировали с помощью ПЦР при температуре отжига 55,5 °C в течение 30 циклов с праймерами, которые включали клонирование распознаваемых последовательностей: U91 смысл, 5′- GGGGACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTTCTCTGTAACACTGATCATGATGGGATATGAGGA-3′; U91 антисмысловой, 5′-GGGGACCACTTTGTACAAGAAAGCTGGGTCTTACACATTCATTTTCAGTTTTCGGTATAATAGCCTC-3′. Этот продукт ПЦР встраивали в клонирующий вектор pDONR221 (Thermo Fisher Scientific) и секвенировали по Сэнгеру с использованием праймеров M13F (- 21) и M13R.
Секвенирование захвата
Библиотеки секвенирования для когорт Нью-Йорка, Японии и iciHHV-6 были подготовлены с использованием 100 нг геномной ДНК с использованием фрагментазы NEB, репарации концов/хвоста dA, лигирования Y-адаптера и ПЦР Truseq с двойным индексом на основе или через набор Kapa HyperPlus, следуя протоколу производителя [44]. Приблизительно 60 нг очищенной, амплифицированной библиотеки ДНК объединяли в наборы из семи или восьми образцов на основе относительного соотношения вирусной количественной ПЦР и человеческого бета-глобина количественного ПЦР, так что образцы с аналогичными относительными концентрациями вируса были объединены вместе [45]. Секвенирование захвата выполняли в соответствии с протоколом IDT xGen с использованием половины количества блокирующего адаптера и не менее 4 часов гибридизации 65C с библиотекой захвата биотинилированных олигонуклеотидов на основе эталонного генома HHV6-B (NC_00089).8). Библиотеки после захвата были секвенированы для достижения не менее 200 000 прочтений на библиотеку образцов (по крайней мере, 100-кратное покрытие на основе не менее 50% совпадения) при одностороннем цикле 1×180 п.н. или парном анализе 300×300 п.н. на Illumina MiSeq.
Секвенирование захвата для когорты Уганды ( n = 6 образцов) было выполнено с использованием специально разработанной панели олигонуклеотидов SureSelect ^XT, охватывающей геномы HHV-6 и HHV-7, и секвенировано с использованием Illumina NextSeq с использованием v2 300 циклов в середине -выходной комплект (2х150п. н. парный конец) [46, 47]. Библиотеки были подготовлены, как описано в SureSelect 9.0007 XT Протокол автоматического обогащения мишеней версии J0 (декабрь 2016 г.) с двумя незначительными изменениями. 20 нг общей ДНК разрезали перед восстановлением концов, А-хвостом и лигированием адаптера (разведение 1:100). Два дополнительных цикла ПЦР проводили во время амплификации библиотеки перед гибридизацией, а четыре дополнительных цикла ПЦР добавляли к этапу амплификации/индексирования после гибридизации.
РНК-Seq штамма HHV-6B Z29
Тотальную РНК экстрагировали из клеток MOLT3 и Sup-T1, асинхронно инфицированных HHV-6B Z29штамм с > 10 ⁶ копий/мл вируса в супернатанте. 3 мкг тотальной РНК использовали в качестве исходных данных для полиА-очистки, а библиотеки специфичных для нитей РНК-Seq готовили с использованием набора для подготовки библиотеки ультранаправленной РНК NEBNext. Две библиотеки были приготовлены из инфицированных клеток SupT1 и одна из инфицированных клеток MOLT3. Библиотеки транскриптомов секвенировали на Illumina MiSeq с использованием нескольких типов прогонов (2x94bp, 1x188bp). Значения RPKM для генов HHV-6B в клеточных линиях SupT1 и MOLT3 доступны в дополнительном файле 6: Таблица S2.
Протеомика Shotgun
Протеомные образцы готовили из растворимых клеточных лизатов или бессывороточных кондиционированных сред из клеток Sup-T1, инфицированных HHV6. Количественное определение HHV-6B в лизатах составило 23 683 766 копий на реакцию ПЦР с соответствующим количеством копий бета-глобина 12 900 копий на реакцию; Количественное определение HHV-6B в среде без сыворотки составило 3 122 307 копий на реакцию с соответствующим количеством копий бета-глобина 10 115 копий на реакцию. Приблизительно 2–20 мкг белка отделяли при двух анализах 10–20% Criterion Tris-HCl в MOPS или при одном анализе 4–12% Criterion Tris-HCl в гелях MES SDS-PAGE (Bio-Rad), окрашивали серебром и гель полосы вырезали для секвенирования пептидов на основе масс-спектрометрии, как описано ранее [48, 49]. ] (Дополнительный файл 4: рисунок S3). Образцы расщепляли только трипсином для секвенирования (Promega) или трипсином, а затем AspN (Roche) в соответствии со стандартным протоколом UCSF MS (http://msf.ucsf.edu/protocols.html) [50].
Секвенирование пептидов проводили с использованием масс-спектрометра LTQ-Orbitrap Velos (Thermo), оснащенного УЭЖХ nanoACUITY (Waters) под давлением 10 000 фунтов на кв. дюйм. Жидкостную хроматографию с обращенной фазой проводили с использованием колонки EasySpray C18 (Thermo, ES800, PepMap, размер гранул 3 мкм, 75 мкм ×15 см). ВЭЖХ работал со скоростью потока 600 нл/мин для загрузки и 300 нл/мин для разделения пептидов по линейному градиенту в течение 60 минут от 2% до 30% ацетонитрила в 0,1% муравьиной кислоте. Для анализа МС/МС на LTQ Orbitrap Velos обзорные сканирования были записаны в диапазоне 350–1400 м/z, а сканирование МС/МС HCD было выполнено для шести наиболее интенсивных ионов-предшественников с минимумом 2000 импульсов. Для сканирования HCD ширина изоляции составляла 3,0 а. е.м. с нормализованной энергией столкновения 30%. Внутренняя повторная калибровка по иону полидиметилциклосилоксана (PCM) с m/z = 445,120025 использовалась как для МС, так и для МС/МС сканирования [51].
Списки центроидных пиков для масс-спектрометрии были созданы с использованием собственного программного обеспечения под названием PAVA, а поиск данных был проведен с использованием программного обеспечения Protein Prospector v. 5.19.1 [52]. Искали данные по карбамидометилированию Cys как фиксированной модификации, так и по вариабельным модификациям, окислению метионина, N-концевому пироглутамату из глутамина, запуску процессинга метионина и N-концевому ацетилированию белка. Трипсин или специфичность трипсина плюс AspN выбирали в соответствии с требованиями для каждого эксперимента. Допуск точности по массе был установлен на 20 частей на миллион для исходной массы и 30 частей на миллион для масс фрагментов. Для идентификации белка поиски проводились по 9База данных 874 записей, содержащая все белковые последовательности длиннее или равные 8 аминокислотам, полученные из геномной последовательности штамма HHV-6 Z29, транслированной во всех шести рамках считывания, в сочетании с транслированными соединениями сплайсинга, полученными из данных RNA-Seq. Поиск также проводился в базе данных человека SwissProt (, загружено 6 сентября 2016 г. ), содержащей 20 198 записей, и эмбриональной бычьей сыворотке (P02769) в качестве добавки к клеточной культуре. Базы данных были объединены с соответствующими полностью рандомизированными версиями каждой базы данных для оценки частоты ложных открытий (FDR) [53].
Первоначально был проведен поиск в базе данных белков HHV-6B с учетом двух пропущенных и одного неспецифического расщепления, чтобы учесть пептиды с альтернативным сплайсингом или непредсказуемыми сайтами начала/остановки. Стандартные оценки Protein Prospector (минимальная оценка белка 22, минимальная оценка пептида 15, максимальное ожидаемое значение белка 0,01 и максимальное ожидаемое значение пептида 0,001) давали 5% FDR для идентификации белков. Все совпадающие спектры пептидов HHV6 были секвенированы вручную de novo, и их можно просмотреть с помощью бесплатного программного обеспечения MS-Viewer, доступного через пакет программного обеспечения Protein Prospector по следующему URL-адресу: http://prospector2. ucsf.edu/prospector/cgi. -bin/msform.cgi?form=msviewer с ключом поиска: 7awn6ehwzd. Файлы исходных данных масс-спектрометрии и файлы списка пиков были размещены в ProteoSAFE (http://massive.ucsd.edu) под номером доступа MSV000081332 (дополнительный файл 7: таблица S3, дополнительный файл 8: таблица S4).
Анализ последовательности
Прочтения секвенирования ДНК были проверены на качество и адаптированы к адаптеру с использованием Trimmomatic v0.36 и Cutadapt, собраны de novo с использованием SPAdes v3.7 и сопоставлены с эталонными геномами NC_000898 и NC_001664 с использованием Bowtie2 [54,55,56]. Контиги были выровнены по эталонным геномам с помощью программы множественного выравнивания Mugsy v1.2.3 и разрешены относительно согласованных последовательностей из сопоставленных прочтений с использованием пользовательских скриптов в R/Bioconductor [57,58,59]. Окончательные сборки были созданы после отбрасывания любых контигов с mapq <= 5. Собранные геномы были аннотированы с помощью Prokka и депонированы в Genbank (номер доступа в дополнительном файле 1: таблица S1).
Поскольку длины секвенирования было недостаточно, чтобы регулярно различать последовательности в прямых повторах и в нескольких меньших повторах, присутствующих в геноме HHV-6B, был проведен анализ выровненных последовательностей, которые были сокращены, чтобы сохранить четыре области, не содержащие повторы. : между повторами R0 и R1 (U), между повторами R1 и R2A (выше и N-концевая область U86), между повторами R2B и R3 (содержащими гены U90/91) и между генами U94-U100 (рис. 1). Популяционный геномный анализ, включая оценки нуклеотидного разнообразия, оценки D Тадзимы, Y Ахаза и оценки рекомбинации Хадсона-Каплана, выполняли с использованием пакета PopGenome R [28, 29]., 60]. Анализы обнаружения рекомбинации были выполнены с использованием пакета DualBrothers с использованием длины окна 800 п.н. и размера шага 100 п.н. [61].
прочтений секвенирования РНК были обрезаны с помощью cutadapt и сопоставлены с эталонным геномом Z29 HHV-6B с использованием выравнивателя прочтений Geneious v9. 1 с обнаружением структурных вариантов (уменьшение штрафа за пробелы) [62]. Значения RPKM были рассчитаны на основе аннотаций эталонного генома HHV-6B Z29 и отображены с использованием пользовательских сценариев в R/Bioconductor.
Сокращения
BMT:
Пересадка костного мозга
CMV:
Цитомегаловирус
CPE:
Цитопатический эффект
ДНК:
Дезоксирибонуклеиновая кислота
HCT:
Трансплантация гемопоэтических клеток
HHV-6:
Герпесвирус человека 6
ТГСК:
Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток
iciHHV-6:
Унаследованный хромосомно-интегрированный HHV-6
IRB:
Институциональный контрольный совет
РВМС:
Мононуклеарные клетки периферической крови
ПКР:
Полимеразная цепная реакция
РНК:
Рибонуклеиновая кислота
РПКМ:
чтений на килобазу расшифровки на миллион чтений
У:
Уникальный
Ссылки
«>
Аблаши Д., Агут Х., Альварес-Лафуэнте Р., Кларк Д.А., Дьюхерст С., ДиЛука Д., Фламанд Л., Френкель Н., Галло Р., Гомпелс Ю.А., Хёльсберг П., Якобсон С., Луппи М., Луссо P, Malnati M, Medveczky P, Mori Y, Pellett PE, Pritchett JC, Yamanishi K, Yoshikawa T. Классификация HHV-6A и HHV-6B как отдельных вирусов. Арх Вирол. 2014;159: 863–70.
КАС Статья пабмед Google ученый
Браун Д.К., Домингес Г., Пеллетт П.И. Вирус герпеса человека 6. Clin Microbiol Rev. 1997; 10:521–67.
КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Милличап Дж.Г., Милличап Дж.Дж. Роль вирусных инфекций в этиологии фебрильных судорог. Педиатр Нейрол. 2006; 35: 165–72.
Артикул пабмед Google ученый
Hall CB, Long CE, Schnabel KC, Caserta MT, McIntyre KM, Costanzo MA, Knott A, Dewhurst S, Insel RA, Epstein LG. Герпесвирусная инфекция человека-6 у детей. Проспективное исследование осложнений и реактивации. N Engl J Med. 1994; 331:432–8.
КАС Статья пабмед Google ученый
Зерр Д.М., Мейер А.С., Селке С.С., Френкель Л.М., Хуанг М.Л., Уолд А., Роудс М.П., Нгуй Л., Борнеманн Р., Морроу Р.А., Кори Л. Популяционное исследование первичной инфекции вируса герпеса человека 6. N Engl J Med. 2005; 352: 768–76.
КАС Статья пабмед Google ученый
Кларк Д.А. Клинико-лабораторные особенности хромосомной интеграции герпесвируса человека 6. Clin Microbiol infect от Publ Eur soc Clin Microbiol. Заразить Дис. 2016;22:333–9.
КАС Google ученый
Арбакл Дж.Х., Медвецкий М.М., Лука Дж., Хэдли С.Х., Люгмайр А., Аблаши Д., Лунд Т.С., Толар Дж., Де Мейрлейр К. , Монтойя Дж.Г., Комарофф А.Л., Амброс П.Ф., Медвецкий П.Г. Латентный геном вируса герпеса-6А человека специфически интегрируется в теломеры хромосом человека in vivo и in vitro. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010;107:5563–8.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Арбакл Дж. Х., Кладовая С. Н., Медвецкий М. М., Причетт Дж., Лумис К. С., Аблаши Д., Медвецкий П. Г. Картирование интегрированного в теломеры генома вирусов герпеса человека 6A и 6B. Вирусология. 2013; 442:3–11.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Hill JA, Magaret AS, Hall-Sedlak R, Mikhaylova A, Huang M-L, Sandmaier BM, Hansen JA, Jerome KR, Zerr DM, Boeckh M. Результаты трансплантации гемопоэтических клеток с использованием доноров или реципиентов с унаследованным хромосомно интегрированным HHV -6. Кровь. 2017; 130:1062–9.
КАС Статья пабмед Google ученый
Седлак Р.Х., Хилл Дж.А., Нгуен Т., Чо М., Левин Г., Кук Л., Хуанг М.Л., Фламанд Л., Зерр Д.М., Боек М., Джером К.Р. Обнаружение реактивации вируса герпеса человека 6B (HHV-6B) у реципиентов трансплантата гемопоэтических клеток с унаследованным хромосомно интегрированным HHV-6A с помощью капельной цифровой ПЦР. Дж. Клин Микробиол. 2016;54:1223–7.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Валлашек Н., Гравель А., Фламанд Л., Кауфер Б.Б. Предполагаемая интеграза U94 необходима для хромосомной интеграции вируса герпеса человека 6 (HHV-6). Джей Ген Вирол. 2016; 97: 1899–903.
КАС Статья пабмед Google ученый
Seo S, Renaud C, Kuypers JM, Chiu CY, Huang M-L, Samayoa E, Xie H, Yu G, Fisher CE, Gooley TA, Miller S, Hackman RC, Myerson D, Sedlak RH, Kim Y-J, Fukuda T, Fredricks DN, Madtes DK, Jerome KR, Boeckh M. Синдром идиопатической пневмонии после трансплантации гемопоэтических клеток: свидетельство скрытой инфекционной этиологии. Кровь. 2015;125:3789–97.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Йозвяк Н.Л., Скьюз-Кокс П., Стенглейн М.Д., Балмаседа А., Харрис Э., ДеРизи Дж.Л. Идентификация вируса в неизвестных случаях тропической лихорадки с использованием глубокого секвенирования. PLoS Negl Trop Dis. 2012;6:e1485.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Кавада Дж.И., Окуно Ю., Тории Ю., Окада Р., Хаяно С., Андо С., Камия Ю., Кодзима С., Ито Ю. Идентификация вирусов в случаях детского острого энцефалита и энцефалопатии с использованием секвенирования нового поколения. Научный доклад 2016; 6: 33452.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
«>
Лебер А.Л., Эверхарт К., Балада-Лласат Дж.М., Каллисон Дж., Дейли Дж., Холт С., Лефарт П., Салимния Х., Шрекенбергер П.С., Дежарле С., Рид С.Л., Чапин К.С., Леблан Л., Джонсон Дж.К., Соливен Н.Л. , Кэрролл К.С., Миллер Дж.А., Дьен Бард Дж., Местас Дж., Банковски М., Эномото Т., Хеммерт А.С., Бурзак К.М. Многоцентровая оценка панели менингита/энцефалита BioFire FilmArray для обнаружения бактерий, вирусов и дрожжей в образцах спинномозговой жидкости. Дж. Клин Микробиол. 2016;54:2251–61.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Салимния Х., Фэйрфакс М.Р., Лефарт П.Р., Шрекенбергер П., Дежарле С.М., Джонсон Дж.К., Робинсон Г., Кэрролл К.С., Грир А., Морган М., Чан Р., Леффельхольц М., Валенсия-Шелтон Ф., Дженкинс С., Шютц А.Н. , Дейли Дж. А., Барни Т., Хеммерт А., Канак К. Дж. Оценка панели идентификации культуры крови FilmArray: результаты многоцентрового контролируемого исследования. Дж. Клин Микробиол. 2016; 54: 687–98.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Грин Д.А., Хитоалай Л., Котански Б., Кэмпбелл С.М., Пипер Д.Р. Клиническая полезность мультиплексного тестирования респираторных патогенов по требованию среди взрослых амбулаторных пациентов. Дж. Клин Микробиол. 2016;54:2950–5.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Казерта МТ, Холл С.Б., Шнабель К., Макинтайр К., Лонг С., Костанцо М., Дьюхерст С., Инсел Р., Эпштейн Л.Г. Нейроинвазия и персистенция вируса герпеса человека 6 у детей. J заразить дис. 1994;170:1586–1589.
КАС Статья пабмед Google ученый
Гомпелс Ю.А., Николас Дж., Лоуренс Г., Джонс М., Томсон Б.Дж., Мартин М.Э.Д., Эфстатиу С., Кракстон М., Маколей Х. А. Последовательность ДНК вируса герпеса-6 человека: структура, кодирование и эволюция генома. Вирусология. 1995; 209: 29–51.
КАС Статья пабмед Google ученый
Исегава Ю., Мукаи Т., Накано К., Кагава М., Чен Дж., Мори Ю., Сунагава Т., Каваниши К., Сашихара Дж., Хата А., Зоу П., Косугэ Х., Яманиши К. Сравнение полных последовательностей ДНК вирус герпеса человека 6, варианты А и В. J Virol. 1999;73:8053–63.
КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Домингес Г., Дамбо Т.Р., Стами Ф.Р., Дьюхерст С., Иноуэ Н., Пеллетт П.И. Последовательность генома вируса герпеса человека 6B: содержание кодирования и сравнение с вирусом герпеса человека 6A. Дж Вирол. 1999;73:8040–52.
КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый
«>
Nakatsu F, Baskin JM, Chung J, Tanner LB, Shui G, Lee SY, Pirruccello M, Hao M, Ingolia NT, Wenk MR, De Camilli P. Синтез PtdIns4P с помощью PI4KIIIα на плазматической мембране и его влияние на идентичность плазматической мембраны. Джей Селл Биол. 2012;199:1003–16.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Ариас С., Вайсбурд Б., Стерн-Гиноссар Н., Мерсье А., Мадрид А.С., Белларе П., Холдорф М., Вайсман Дж.С., Ганем Д. KSHV 2.0: исчерпывающая аннотация генома герпесвируса, связанного с саркомой Капоши, с использованием следующего секвенирование поколения выявляет новые геномные и функциональные особенности. PLoS Патог. 2014;10:e1003847.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Штерн-Гиноссар Н., Вайсбурд Б., Михальски А., Ле ВТК, Хейн М.Ю., Хуанг С.-Х., Ма М., Шен Б., Цянь С. -Б., Хенгель Х., Манн М., Инголия Н.Т., Вайсман Д.С. Расшифровка цитомегаловируса человека. Наука. 2012; 338:1088–93.
КАС Статья пабмед Google ученый
Шпара М.Л., Собиратель Д., Очоа А., Гринбаум Б., Долан А., Боуден Р.Дж., Энквист Л.В., Лежандр М., Дэвисон А.Дж. Эволюция и разнообразие геномов вируса простого герпеса человека. Дж Вирол. 2014;88:1209–27.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Ньюман Р.М., Ламерс С.Л., Вайнер Б., Рэй С.К., Колгроув Р.С., Диас Ф., Цзин Л., Ван К., Саиф С., Янг С., Хенн М., Лайендекер О., Тобиан А.АР., Коэн Д.И., Кёлль Д.М., Куинн ТС, Кнайп ДМ. Секвенирование генома и анализ географически разнообразных клинических изолятов вируса простого герпеса 2. J Virol. 2015;89:8219–32.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
«>
Ренцетт Н., Бхаттачарджи Б., Дженсен Д.Д., Гибсон Л., Ковалик Т.Ф. Обширная полногеномная изменчивость цитомегаловируса человека у врожденно инфицированных младенцев. PLoS Патог. 2011;7:e1001344.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Ахаз Г. Испытания нейтральности частотного спектра: один за всех и все за одного. Генетика. 2009; 183: 249–58.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Тадзима Ф. Статистический метод проверки гипотезы нейтральной мутации с помощью полиморфизма ДНК. Генетика. 1989; 123: 585–95.
КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Гренингер А., Ройчоудхури П., Махсус Н., Хэнсон Д., Чейз Дж., Крюгер Г., Се Х., Хуанг М.Л., Сондерс Л., Аблаши Д., Коэль Д. М., Кук Л., Джером К.Р. Неоднородность числа копий, большие тандемные повторы происхождения и межвидовая рекомбинация в эталонных штаммах HHV-6A и HHV-6B. bioRxiv. 2017:1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/294.
Чжан Э., Белл А.Дж., Уилки Г.С., Суарес Н.М., Батини С., Телятина К.Д., Армендарис-Кастильо И., Нойманн Р., Коттон В.Е., Хуанг И., Портеус Д.Дж., Джарретт Р.Ф., Дэвисон А.Дж., Ройл, Н.Дж. Унаследованные хромосомно интегрированные геномы вируса герпеса человека 6 являются древними, интактными и потенциально способны реактивироваться с теломер. Ж Вирол ОВИ. 2017;91:01137–17.
Google ученый
Тесини Б.Л., Эпштейн Л.Г., Казерта МТ. Клинические последствия первичной инфекции розеоловирусами. Карр Опин Вирол. 2014;9: 91–6.
КАС Статья пабмед Google ученый
Коэль Д. М., Норберг П., Фитцгиббон М.П., Рассел Р.М., Гренингер А.Л., Хуанг М.Л., Стенсланд Л., Цзин Л., Магарет А.С., Дием К., Селке С., Се Х., Целум С., Лингаппа Дж.Р., Джером К.Р., Вальд A, Johnston C. Всемирная циркуляция рекомбинантных штаммов HSV-2 × HSV-1. Научный доклад 2017; 7: 44084.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Моррис Дж. Х., Кнудсен Г. М., Вершурен Э., Джонсон Дж. Р., Симерманчич П., Гренингер А. Л., Пико А. Р. Аффинная очистка, масс-спектрометрия и сетевой анализ для понимания белок-белковых взаимодействий. Нат Проток. 2014;9:2539–54.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Гренингер А.Л., Мессакар К., Даннебаке Т., Наккаче С.Н., Федерман С., Букет Дж., Мирски Д., Номура Ю., Яги С., Глейзер С., Фоллмер М., Пресс СА, Кляйншмидт-ДеМастерс Б.К., Кленшмидт-ДеМастерс Б. К., Домингес С.Р., Чиу С.И. Клиническая метагеномная идентификация энцефалита Balamuthia mandrillaris и сборка проекта генома: продолжающийся случай секвенирования эталонного генома. Геном Мед. 2015;7:113.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Hall CB, Caserta MT, Schnabel KC, Long C, Epstein LG, Insel RA, Dewhurst S. Персистенция вируса герпеса человека 6 в зависимости от локализации и варианта: возможный больший нейротропизм варианта a. Clin Infect Dis Off Publ Infect Dis Soc Am. 1998; 26: 132–137.
КАС Статья Google ученый
Нортон Р.А., Казерта М.Т., Холл К.Б., Шнабель К., Хокнелл П., Дьюхерст С. Обнаружение вируса герпеса человека 6 методом ПЦР с обратной транскрипцией. Дж. Клин Микробиол. 1999;37:3672–5.
КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый
«>
Pruksananonda P, Hall CB, Insel RA, McIntyre K, Pellett PE, Long CE, Schnabel KC, Pincus PH, Stamey FR, Dambaugh TR. Первичная инфекция вирусом герпеса человека 6 у детей раннего возраста. N Engl J Med. 1992; 326:1445–50.
КАС Статья пабмед Google ученый
Гант С., Орем Дж., Кранц Э.М., Морроу Р.А., Селке С., Хуанг М.Л., Шиффер Дж.Т., Джером К.Р., Накаганда А., Уолд А., Каспер С., Кори Л. Проспективная характеристика факторов риска передачи и симптомов первичных герпесвирусных инфекций человека среди младенцев Уганды. J заразить дис. 2016; 214:36–44.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Hill JA, HallSedlak R, Magaret A, Huang ML, Zerr DM, Jerome KR, Boeckh M. Эффективная идентификация унаследованного хромосомно интегрированного вируса герпеса человека 6 с использованием объединения образцов. J Clin Virol Off Publ Pan Am Soc Clin Virol. 2016;77:71–6.
КАС Статья Google ученый
Зерр Д.М., Гупта Д., Хуанг М.Л., Картер Р., Кори Л. Влияние противовирусных препаратов на репликацию вируса герпеса человека 6 у реципиентов трансплантата гемопоэтических стволовых клеток. Clin Infect Dis Off Publ Infect Dis Soc Am. 2002;34:309–17.
КАС Статья Google ученый
Седлак Р.Х., Кук Л., Хуанг М.Л., Магарет А., Зерр Д.М., Бекх М., Джером К.Р. Идентификация хромосомно интегрированного вируса герпеса человека 6 методом капельной цифровой ПЦР. Клин Хим. 2014;60:765–72.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Stanton R, Wilkinson GWG, Fox JD. Анализ вариаций последовательности IE1 вируса герпеса-6 человека в клинических образцах. J Med Virol. 2003; 71: 578–84.
КАС Статья пабмед Google ученый
Salipante SJ, SenGupta DJ, Cummings LA, Land TA, Hoogestraat DR, Cookson BT. Применение полногеномного секвенирования для типирования бактериальных штаммов в молекулярной эпидемиологии. Дж. Клин Микробиол. 2015;53:1072–9.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Johnston C, Magaret A, Roychoudhury P, Greninger AL, Reeves D, Schiffer J, Jerome KR, Sather C, Diem K, Lingappa JR, Celum C, Koelle DM, Wald A. Вирус простого генитального герпеса с двойным штаммом инфекция типа 2 (ВПГ-2) в США, Перу и 8 странах Африки к югу от Сахары: вложенное кросс-секционное исследование генотипирования вируса. ПЛОС Мед. 2017;14:e1002475.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
«>
Depledge DP, Palser AL, Watson SJ, Lai IY-C, Gray ER, Grant P, Kanda RK, Leproust E, Kellam P, Breuer J. Специфический захват и полногеномное секвенирование вирусов из клинических образцов. ПЛОС Один. 2011;6:e27805.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Твиди Дж., Спайроу М.А., Дональдсон К.Д., Депледж Д., Брейер Дж., Гомпелс Ю.А. Полная последовательность генома штамма AJ вируса герпеса человека 6A из Африки напоминает штамм GS из Северной Америки. Объявление генома. 2015;3. https://doi.org/10.1128/genomeA.01498-14.
Гренингер А.Л., Кнудсен Г.М., Бетегон М., Бурлингейм А.Л., Дериси Д.Л. Белок 3A из нескольких пикорнавирусов использует адаптерный белок Гольджи ACBD3 для рекрутирования PI4KIIIβ. Дж Вирол. 2012;86:3605–16.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
«>
Гренингер А.Л., Кнудсен Г.М., Бетегон М., Бурлингейм А.Л., ДеРизи Д.Л. На взаимодействие ACBD3 с белком домена 22 TBC1 по-разному влияет связывание энтеровирусного и кобувирусного белка 3A. МБио. 2013;4:e00098–13.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Хеллман Ю., Вернштедт К., Гоньес Дж., Хелдин К.Х. Усовершенствование процедуры расщепления «в геле» для микропрепарирования внутренних белковых фрагментов для секвенирования аминокислот. Анальная биохимия. 1995; 224:451–5.
КАС Статья пабмед Google ученый
Олсен Дж.В., де ЛМФ Г., Ли Г., Мацек Б., Мортенсен П., Пеш Р., Макаров А., Ланге О., Хорнинг С., Манн М. Точность определения массы в миллионных долях на масс-спектрометре Orbitrap с помощью блокировки ввода массы в С-ловушка. Mol Cell Proteomics MCP. 2005;4:2010–21.
КАС Статья пабмед Google ученый
«>
Chalkley RJ, Baker PR, Medzihradszky KF, Lynn AJ, Burlingame AL. Углубленный анализ данных тандемной масс-спектрометрии с разных типов приборов. Mol Cell Proteomics MCP. 2008;7:2386–98.
КАС Статья пабмед Google ученый
Элиас Дж. Э., Гиги С.П. Стратегия поиска мишени-приманки для повышения уверенности в крупномасштабной идентификации белков с помощью масс-спектрометрии. Нат Методы. 2007; 4: 207–14.
КАС Статья пабмед Google ученый
Martin M. Cutadapt удаляет последовательности адаптеров из считываний высокопроизводительного секвенирования. ЭМБнет. Журнал. 2011;17:10–2.
Google ученый
Банкевич А., Нурк С., Антипов Д., Гуревич А.А., Дворкин М., Куликов А.С., Лесин В.М., Николенко С.И., Фам С., Пржибельский А.Д. , Пышкин А.В., Сироткин А.В., Вяхи Н., Теслер Г., Алексеев М.А., Певзнер ПА. SPAdes: новый алгоритм сборки генома и его приложения для секвенирования отдельных клеток. J Компьютерная биология. 2012;19: 455–77.
КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Bolger AM, Lohse M, Usadel B. Trimmomatic: гибкий триммер для данных последовательностей Illumina. Биоинформа Oxf англ. 2014;30:2114–20.
КАС Статья Google ученый
Зееманн Т. Прокка: экспресс-аннотация генома прокариот. Биоинформа Oxf англ. 2014;30:2068–9.
КАС Статья Google ученый
Джентльмен Р.С., Кэри В.Дж., Бейтс Д.М., Болстад Б., Деттлинг М., Дудойт С., Эллис Б., Готье Л., Ге Ю., Джентри Дж., Хорник К., Хотхорн Т., Хубер В., Якус С., Иризарри Р. , Лейш F, Li C, Maechler M, Rossini AJ, Sawitzki G, Smith C, Smyth G, Tierney L, Yang JYH, Zhang J. Bioconductor: разработка открытого программного обеспечения для вычислительной биологии и биоинформатики. Геном биол. 2004;5:R80.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Джонстон С., Магарет А., Ройчоудхури П., Гренингер А.Л., Ченг А., Дием К., Фитцгиббон М.П., Хуанг М.Л., Селке С., Лингаппа Дж.Р., Целум С., Джером К.Р., Уолд А., Кёлле Д.М. Высококонсервативные внутригенные последовательности HSV-2: результаты секвенирования следующего поколения UL и US областей HSV-2 из генитальных мазков, собранных с 3 континентов. Вирусология. 2017;510:90–8.
КАС Статья пабмед Google ученый
Хадсон РР, Каплан НЛ. Статистические свойства количества событий рекомбинации в истории выборки последовательностей ДНК. Генетика. 1985;111:147–64.
КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый
Минин В.Н., Дорман К.С., Фанг Ф., Сушард М.А. Двойная модель с несколькими точками разладки приводит к более точному обнаружению рекомбинации. Биоинформа Oxf англ. 2005; 21:3034–42.
КАС Статья Google ученый
Кирс М., Мойр Р., Уилсон А., Стоунз-Хавас С., Чеунг М., Старрок С., Бакстон С., Купер А., Марковиц С., Дюран С., Тьерер Т., Эштон Б., Мейнджес П., Драммонд А. Гениальный базовый : интегрированная и расширяемая настольная программная платформа для организации и анализа данных о последовательности. Биоинформа Oxf англ. 2012; 28:1647–9.
Артикул Google ученый
Загрузить ссылки
Благодарности
Масс-спектрометрический анализ был предоставлен Центром масс-спектрометрии UCSF под руководством Эла Берлингейма при поддержке Фонда медицинских исследований Адельсона. Мы признательны за помощь Алексу Ямане, Габби Долгонос и Критике Натамуни за тщательную проверку масс-спектральных назначений пептидов. Мы благодарим Samia Naccache, Nicole Lieberman, Jesse Bloom за полезные комментарии к рукописи.
Финансирование
Для этого исследования не было получено специального финансирования.
Доступность данных и материалов
Все геномные данные общедоступны в Genbank по спискам, перечисленным в Дополнительном файле 1: Таблица S1 и файлы списка протеомных пиков были депонированы в ProteoSAFE (http://massive.ucsd.edu) с доступом номер MSV000081332.
Информация об авторе
Авторы и организации
Факультет лабораторной медицины, Вашингтонский университет, Сиэтл, Вашингтон, США
Александр Л. Гренингер, Павитра Ройчоудхури, Дерек Дж. Хэнсон, Рут Холл Седлак, Хонг Се, Джон Гуан, Туи Нгуен, Викас Педду, Мей-Ли Хуанг, Линда Кук, Дэвид М. Кёлле и Кит Р. Джером
Онкологический исследовательский центр Фреда Хатчинсона, Сиэтл, Вашингтон, США
Александр Л. Гренингер, Павитра Ройчаудхури, Майкл Бекх, Джошуа А. Хилл и Кит Р. Джером
Факультет фармацевтической химии, Калифорнийский университет, Сан-Франциско , Калифорния, США
Giselle M. Knudsen
Отделение инфекций и иммунитета Университетского колледжа Лондона, Лондон, Великобритания
Daniel P. Depledge
Факультет педиатрии Вашингтонского университета, Сиэтл, Вашингтон, США
3 Danielle M. Zerr
Университет Британской Колумбии, Британская Колумбия, Исследовательский институт детской больницы, Ванкувер, Канада
Soren Gantt
Кафедра педиатрии, Медицинский университет Фудзита, Фудзита, Тойоаке, Япония
Tetsushi yoshikawa
Медицинский центр Медицинского центра Университета Рочестера, Рочестер, Нью -Йорк, США
Мэри Касерта
Авторы
Александр Л. Гренер
. Посмотреть авторы
Александр Л. Гренер
Посмотреть авторы
Александр Л. Гренер
. этот автор в PubMed Google Scholar
Giselle M. Knudsen
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия
Pavitra Roychoudhury
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Derek J. Hanson
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Ruth Hall Sedlak
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия
Hong Xie
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Jon Guan
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Thuy Nguyen
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Викас Педду
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Michael Boeckh
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Meei-Li Huang
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Линда Кук
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Daniel P. Depledge
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Danielle M. Zerr
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
David M. Koelle
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Soren Gantt
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Tetsushi Yoshikawa
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Mary Caserta
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия
Джошуа А. Хилл
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Keith R. Jerome
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Contributions
Эксперименты, разработанные ALG и KRJ. ALG, GMK, DJH, RHS, MH, DPD, HX, JG, TN, VP получили данные. ALG, GMK, PR проанализировали данные. JAH, MC, TY, SG, MB, DMK, DMK, LC предоставили образцы. DMK, DZ помогли интерпретировать данные и предоставили критическую оценку рукописи. Все авторы помогли составить окончательный вариант рукописи и одобрили ее представление.
Автор, ответственный за переписку
Переписка с Александр Л. Гренингер.
Декларация этики
Одобрение этики и согласие на участие
Изоляты из Нью-Йорка первоначально были получены в рамках одобренных IRB исследований эпидемиологии и патогенеза [4, 18, 36, 37]. Для этого исследования деидентифицированные изоляты и сопутствующая клиническая информация были отправлены в Вашингтонский университет, и протокол был одобрен Институциональным наблюдательным советом Университета Рочестера с отказом от согласия. Японские образцы были собраны во время обычных посещений педиатра. Информированное устное согласие было получено от родителей или опекунов всех детей-участников от их имени и задокументировано в медицинской карте. Использование устного согласия и образцов было одобрено Институциональным наблюдательным советом Университета здоровья Фудзита (№ 14-09).6). Использование образцов слюны младенцев в когортном исследовании [39], собранных в Кампале, Уганда и полученных от доктора Сорена Ганта, было одобрено Институциональными наблюдательными советами Вашингтонского университета, Центра исследования рака Фреда Хатчинсона, Британского университета. Колумбия, Университет Макерере и Национальный совет Уганды по науке и технологиям. Институциональный наблюдательный совет Вашингтонского университета одобрил использование образцов iciHHV-6 из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона и использование анонимных избыточных HHV-6-положительных образцов, представленных для тестирования в вирусологической лаборатории Вашингтонского университета. Все образцы перед анализом были обезличены.
Согласие на публикацию
Неприменимо.
Конкурирующие интересы
Майкл Бёк заявляет о конкурирующих интересах со стороны Chimerix (личное вознаграждение и финансирование исследований), Vir (личное вознаграждение) и Microbiotix (личное вознаграждение).
Примечание издателя
Springer Nature остается нейтральной в отношении юрисдикционных претензий в опубликованных картах и институциональной принадлежности.
Дополнительные файлы
Дополнительный файл 1:
Таблица S1. Список образцов, секвенированных в этом исследовании, и соответствующие номера доступа. (DOCX 72 КБ)
Дополнительный файл 2:
Рисунок S1. Повторное секвенирование отдельных образцов iciHHV-6B подтверждает идентичные последовательности среди неродственных пациентов. Образцы из выбранных образцов iciHHV-6B с идентичными последовательностями были повторно извлечены, повторно подготовлены и повторно секвенированы из исходного материала пациента, чтобы исключить загрязнение или смену образца образца в процессе секвенирования. 11/12 образцов дали идентичную последовательность во всей уникальной длинной области непосредственно из сборки de novo. Один образец (iciHHV-6B-30E3) имел одно изменение нуклеотида (G77564 T) при повторном секвенировании основания, которое имело частоту аллеля варианта G/T примерно 50 % каждый раз, когда образец секвенировали. (PDF 145 КБ)
Дополнительный файл 3:
Рисунок S2. Филогенетическое дерево HHV-6B полных локусов U90/91 и U94/100. Геномы HHV-6B были выровнены с использованием MAFFT, отобраны для последовательности за пределами повторяющихся областей, а филогенетические деревья были построены с использованием MrBayes вдоль областей U90/91 (A) размером 6 kb и U94-100 (B) размером 10 kb. В качестве внешней группы использовали HHV6-6B NY310. Образцы окрашены и помечены для происхождения на основе Нью-Йорка (зеленый), Японии (синий) или iciHHV6-B от реципиентов ТГСК или их доноров в Сиэтле (черный), а также того, были ли два генома восстановлены от родственников первой степени родства ( красный). Изображения местоположения, приобретенные в Adobe Stock. (ZIP 656 КБ)
Дополнительный файл 4:
Рисунок S3. Несмежные изображения геля окрашенного серебром лизата HHV-6B Z29 в клетках SupT1 или бессывороточного супернатанта прогоняют на гелях 10-20% TrisHCl в буфере MOPS. (PDF 3011 КБ)
Дополнительный файл 5:
Рисунок S4. Изображение геля окрашенного серебром лизата HHV-6B Z29 в клетках SupT1 или бессывороточного супернатанта, обработанного 4–12% геля TrisHCl в буфере MES. (PDF 1335 КБ)
Дополнительный файл 6:
Таблица S2. Значения RPKM для данных RNA-Seq. (XLSX, 51 КБ)
Дополнительный файл 7:
Таблица S3. Белки HHV-6, идентифицированные методом Shotgun Proteomics. Результаты поиска в базе данных масс-спектрометрии показаны для белков HHV6, идентифицированных с помощью Protein Prospector v 5.19.1, как описано в Методах. Данные были оценены при 5% FDR с минимальными баллами белков и пептидов 22 и 15 и максимальными ожидаемыми значениями для белков и пептидов 0,01 и 0,001 соответственно. Количество уникальных пептидов, пептидное (или спектральное) количество, процентное покрытие последовательности и наилучшее ожидаемое значение пептида даны для каждой идентификации белка, объединены из всех образцов. (XLSX, 53 КБ)
Дополнительный файл 8:
Таблица S4. Пептиды HHV-6, идентифицированные с помощью Shotgun Proteomics. Результаты поиска в базе данных масс-спектрометрии показаны для пептидов HHV6, идентифицированных с помощью Protein Prospector v 5.19.1, описанного в разделе «Материалы и методы». В таблице представлены наиболее совпадающие спектры пептидов. Приведены отношение массы к заряду (m/z), заряд (z), ошибка массы в ppm, последовательность пептида с предыдущей и следующей аминокислотами в последовательности, переменная модификация, фракция и время удерживания в качестве идентификаторов спектра. Приведены начальный и конечный порядковые номера, а также оценка пептида Protein Prospector и ожидаемое значение пептида. (XLSX, 88 КБ)
Права и разрешения
Открытый доступ Эта статья распространяется на условиях международной лицензии Creative Commons Attribution 4.

Имя	Размер
цифры_и_таблицы. zip md5:351a ce8be51a1f00be42f3b8dd6	2,1 ГБ	Скачать
HSV1_Annotation.gtf md5:b0 d2772d3353c66de498641dde0	113,0 КБ	Скачать
igv.zip мд5:7дб31а290е067е73677412993аб65176	13,1 ГБ	Скачать
iTiss_program. zip md5:57d89dfc1153a898b12c693b9530f5cc	150,1 МБ	Скачать
iTiSS_source.zip md5:d4be9 6961c67f13642b0319e0e8	430,1 КБ	Скачать

РубрикаРазное

Версия 10 10.5281/зенодо.3724023	5 апреля 2019 г.
Версия 9 10.5281/зенодо.3610055	5 апреля 2019 г.
Версия 8 10.5281/зенодо.3470642	5 апреля 2019 г.
Версия 7 10.5281/зенодо.2817981	5 апреля 2019 г.
Версия 6 10. 5281/зенодо.2650227	5 апреля 2019 г.
Посмотреть все 10 версий